Yeşilırmak nehrinin kenarında ve güneybatıdan kuzeydoğuya doğru uzanan kayalık bir vadide kurulmuştur. Amasya adı, Pontus Krallığı tarafından milattan önce II. yüzyılda basılan sikkelerde Amasseia, Roma dönemi sikkelerde ise Amacceia, Amacceiac olarak geçmektedir. Yapılan arkeolojik yüzey araştırmalarında şehrin Erken Kalkolitik çağlarından itibaren (m.ö. 5500-4500) yerleşimlere sahne olduğu ortaya çıkmıştır.

Amasya, İslamî dönemde sahip olduğu ilim merkezi olma vasfından dolayı Bağdâdü'r-Rûm, Rûmiye-yi Suğrâ, Hısnü'l-Mir'ât, Kubbetü'l-Ulemâ, Türbetü'l-Evliyâ Dârü'n-Nasr, Dârü'l-İzz, Dârü'l-Fütûh ve Kasrü's-Selâtîn isimleriyle anılmıştır.

Emevîler zamanında Mesleme b. Abdülmelik, 726 yılında Amasya civarını ele geçirmiştir. Çağrı Bey kumandasında 1068'de Anadolu'ya yapılan akınlarda Selçuklu askerleri Amasya'ya kadar gelmişlerdir. 1071'deki Malazgirt Savaşı'ndan sonra Dânişmendli Gümüştegin Ahmed Gazi ile Amasya'da Türk hakimiyeti başlamıştır. Selçuklu Sultanı II. Kılıcarslan, Amasya'yı küçük şehzadesi Şâhinşah'a bırakmıştır. Dânişmendliler döneminde nehrin kuzeyindeki yerde cami, köprü, han, küçük saray, hamam ve medreseler yapılmıştır.

I. İzzeddin Keykâvus döneminde Amasya idarecisi olan Mübârizüddin Halifet Gazi, Amasya'da görev yaptığı 1222-1228 yılları arasında Halifet Gazi Medresesi'ni inşa ettirmiştir. Medresenin ilk müderrisi Kadı Burhâneddin olmuştur.

Selçuklu Valisi Nûreddin Toğrak'ın 1229-1235 yılları arasında Amasya'da yaptırdığı cami, daha sonra Doğrakiye Medresesi adıyla medreseye dönüştürülmüştür. Medreseye ilk müderris olarak Ömer Efendi tayin edilmiştir. 1891'de Yeşilırmak'ın taşması sonucu tahrip olan medrese, son müderris Canikli Mehmed Efendi tarafından onarılmıştır.

II. Gıyâseddin Keyhüsrev zamanında Hârizm Türkmenleri'nden Baba İlyas, Amasya'nın Çat (İlyas) köyüne yerleşerek bir zaviye kurmuş, kısa sürede müritleri çoğalınca isyan etmiştir. Şehir Subaşısı Mübârizüddin Armağan Şah tarafından yakalanmış ve idam olunmuştur (1240). Bu dönemin veziri Necmeddin Ferruh ve kardeşi Haznedar Yûsuf'un Amasya'da 1242'de yaptırdıkları Burmalı Minare Camii günümüze kadar gelmiştir.

Seyfeddin Torumtay 1243 yılında Kösedağ Savaşı'ndan sonra Abaka Han'ın Selçuklu şehirlerini işgal ettiği 1277'ye kadar Amasya'yı idare etmiştir. III. Gıyâseddin Keyhüsrev'in son zamanlarında Amasya dizdarı olan Torumtay, bu görevinin ardından vali olmuştur. Torumtay'ın 1267'de yaptırdığı Torumtay Medresesi, diğer ismiyle Gökmedrese günümüze kadar gelmiştir. Seyfeddin Torumtay'ın ölümünden sonra cenazesi Gökmedrese'nin yanındaki türbeye defnedilmiştir.

İlhanlı döneminde Dânişmend vilayeti olarak bilinen Amasya, daha sonra eyâlet-i Rûmî olarak anılmıştır. Bu dönemde İlhanlı Hükümdarı Olcaytu Han ve eşi Uldız Hatun adına 1309 yılında Anber b. Abdullah tarafından inşa edilen Dârüşşifa Medresesi (Bîmarhane), Amasya'da uygulamalı tıp eğitimi alanında faaliyet göstermiştir. Günümüze kadar gelen bu medresede görev yapan ilk doktorun Reşîdüddin Lokmân-ı Hârizmî olduğu kaydedilmiştir. Kitâbü'l-Cerrâhiye isimli eserin sahibi Sabuncuoğlu Şerefeddin (1385-1468) burada yetişmiş ve yaklaşık on dört yıl hizmet etmiştir. Amasya Emîri Nâsırüddin Ahmed tarafından 1322'de beş oda, bir dershane ve bahçeli olarak yaptırılan Atabey Medresesi de İlhanlı döneminde inşa edilmiştir.

Amasya 1337 yılında Eretna hakimiyetine geçince Şadgeldi Paşa tarafından yönetilmiş, ancak Şadgeldi Paşa 1352'de bağımsızlığını ilan etmiştir. Şadgeldi Paşa 1373'te Alaca Yahyâ Bey Medresesi'ni yaptırmış ve ilk müderris olarak Sadreddin Artuk Türkmânî tayin edilmiştir. Amasya mutasarrıfı Ziyâ Paşa, 1865'te medreseyi yıkarak yerine rüştiye mektebi inşa ettirmişti.

Kadı Burhâneddin Ahmed, 1381'de Amasya'yı ele geçirmek için Şadgeldi Paşa ile yaptığı savaşta şehri alamamış, şehir ümerası da toplanarak Şadgeldi Paşa'nın oğlu Fahreddin Ahmed'i idareci seçmişlerdir. Fahreddin Ahmed de Kadı Burhâneddin ile yaptığı savaşta başarısız olunca I. Murad'a bağlılığını bildirmiştir. Şehzade Bayezid 1386 yılında Amasya sancak beyi tayin edilinceye kadar da idarede kalmıştır. Bayezid 1389'da Amasya idaresini Fahreddin Ahmed'e bırakarak Kosova Savaşı'na katılmış, I. Murad'ın şehit olması üzerine Osmanlı tahtına oturmuştur. Bu sırada Kadı Burhâneddin Amasya'yı kuşatmış, ancak Yıldırım Bayezid'in 1390'da Amasya'ya yürümesi üzerine Kadı Burhâneddin geri çekilmek zorunda kalmıştır. Yıldırım Bayezid, 1399'da Şehzade Çelebi Mehmed'i Amasya'ya göndermiştir.

1402'deki Ankara savaşında galip gelen Emîr Timur, Türk beylerine topraklarını iade ederken Amasya'yı Tâceddin Devletşah'a vermiştir. Tâceddin Devletşah'tan memnun olmayan halk, Çelebi Mehmed'i şehre davet etmiştir. Çelebi Mehmed, Devletşah'ı ortadan kaldırmış ve 1403'te Rûmiye-yi Suğrâ eyaletinde hakimiyetini sağlamıştır. Çelebi Mehmed'in veziri Yâkub Paşa, 1412'de Yâkub Paşa (Çilehane, Halvetî) Medresesi'ni yaptırmıştır. 1622'ye kadar tekke olarak hizmet vermiş olan çilehane kısmı, bu tarihten sonra medreseye dahil edilmiştir. Çelebi Mehmed'in diğer veziri Bayezid Paşa tarafından 1419'da yaptırılan Bayezid Paşa Medresesi ise cami içerisinde hizmet vermiş ve günümüze kadar gelmiştir. Çelebi Mehmed 1413'te tahta oturduktan sonra Gümüşhacıköy'de Halîliye Medresesi ve Merzifon'da Çelebi Mehmed Medresesi inşa edilmiştir.

II. Murad'ın 1421'de Amasya sancak beyliğine ikinci defa tayin ettiği Yörgüç Paşa'nın yaptırdığı Yörgüç Paşa Camii ve Medresesi günümüzde hizmet vermeye devam etmektedir. II. Murad döneminde Amasya sancak beyliği yapmış olan Hızır Paşa'nın 1466'da yaptırdığı Hızır Paşa Medresesi ise cami, imaret, hamam, mektep ve şadırvandan oluşan bir külliye şeklinde inşa edilmiştir. Yörgüç Paşa 1435'te Edirne muhafızı olunca II. Murad'ın büyük şehzadesi Ahmed, Amasya sancak beyi olmuş üç yıl sonra vefat edince yerine Şehzade Alâeddin Amasya sancak beyi olmuştur.

Fâtih Sultan Mehmed, İstanbul'u fethettikten sonra Amasya sancak beyliğine Şehzade II. Bayezid'i tayin etmiş, şehzadenin bu görevi 1481'e kadar devam etmiştir. II. Bayezid, 1481'de inşasına başlanan ve 1486'da tamamlanan II. Bayezid Külliyesi'ni yaptırtmıştır. II. Bayezid'in vezirlerinden Hızır Paşazâde Mehmed Paşa'nın 1484'te kendi adına yaptırdığı Mehmed Paşa Medresesi ise günümüze kadar gelmiştir. 1485'te Sinanoğlu Hacı Abdullah Paşa tarafından dârülhadis olarak yaptırılan Abdullah Paşa Medresesi'nde Şermîzâde Takıyyüddin Efendi ve Abdi Efendi gibi muhaddis ulema müderrislik yapmışlardır. Şehzade Bayezid'in ümerası Kasım Bey tarafından Hakala'da 1464'te yapılan Hakala Kasım Bey Medresesi, 1827'ye kadar eğitim vermiştir. II. Bayezid'in kapı ağası Hüseyin Ağa tarafından 1488'de yaptırılan Büyük Ağa Medresesi, günümüzde de hizmet vermeye devam etmektedir. Medrese 1939 depreminde yıkılmış ve uzun müddet kaderine terkedilmiştir. 1978'de Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından aslına uygun olarak tamir edilmiştir. Kapıağası Ayas Ağa'nın 1495'te yaptırdığı Küçük Ağa Medresesi de Şamlar mahallesinde bulunmaktadır.

Kubalızâde Şeyh Hüsâmeddin Hüseyin Halvetî tarafından 1453'te yaptırılan Hüsâmiye Medresesi, 1602 ve 1688'de çıkan yangınlar neticesinde tahrip olmuş, 1713'te Kubalı Hafız Ali Efendi tarafından tekrar medrese olarak onarılmıştır. 1826 yılından sonra ise yıkılmaya terkedilmiştir. Hakala'da Hacı Beyzâde Muhyiddin Mehmed Çelebi tarafından 1541'de yaptırılan Muhyiddin Bey Medresesi, XIX. asır ortalarına kadar hizmet vermiştir.    

Amasya II. Bayezid'in oğlu Şehzade Ahmed'in sancak beyliği zamanında Şah İsmâil'in müritlerinin ayaklanmasına sahne olmuştur. Şahkulu, 1511'de öldükten sonra bu defa Nûr Ali Halîfe ve müritleri ayaklanmayı devam ettirmişlerdir. Amasya sancak beyi Şehzade Ahmed, 1512'de tahta oturmak için İstanbul'a gidince yerine Şehzade Murad tayin edilmiş, ancak bu şehzadenin İran'a sığınması, şehrin isyancıların eline geçmesine sebep olmuştur. Yahşi Beyzâde Ahmed Paşa şehri isyancıların elinden kurtarmıştır.

Yavuz Sultan Selim, zamanında 1516 yılında Amasya'da çıkan isyanda Koçi Bey'in öldürülmesi, sancağın Sivas eyaletine bağlanmasına sebep olmuştur. Bu dönemde Kadı Seydi Ali oğlu Osman Çelebi tarafından 1527'de ahşaptan yaptırılan Dârülhadis Medresesi 1816'da harap olmuştur.

1538'de Kanûnî Sultan Süleyman'ın şehzadesi Mustafa'nın Amasya sancak beyliğine atanmasıyla Sivas'tan idarî bakımdan ayrılan şehir, bu defa Çorum, Canik ve Şarkîkarahisar'ı kapsayan müstakil eyalete dahil edilmiştir. Şehzade Mustafa'nın 1553'te öldürülmesiyle tekrar Rum eyaletine bağlı bir sancak haline getirilmiştir. Kanûnî 1553'te İran seferine Amasya üzerinden çıkmış, sefer dönüşünde burada kalmıştır. Padişah Avusturya İmparatoru I. Ferdinand'ın elçisi A. G. de Busbecq'i ve Şah Tahmasb'ın elçisini burada kabul etmiştir. İran ile 1555'te imzalanan Amasya Antlaşması ismini buradan almıştır. 1557'de Amasya'ya tayin edilen Şehzade Bayezid, isyan etmişse de İran'a kaçınca yerine Sinan Paşa gönderilmiştir.

II. Selim döneminde sancak beyleri tarafından yönetilen Amasya, 1568-1636 yılları arasında mütesellimlerce idare edilmiş, bir müddet sonra ise paşa unvanlı kişilere arpalık olarak verilmeye başlanmıştır. Bu dönemde Büyük Ağa Medresesi müderrisi Kara Osman Efendi tarafından 1737'de Osmaniye Medresesi, Seyyid Feyzullah Efendi adına 1739'da ahşaptan Fevziye Medresesi inşa edilmiştir. I. Mahmud'un saraylılarından Amasyalı Fatma Hatun tarafından 1740'ta yaptırılan Fâtımiye Medresesi'nin (Hatuniye) ilk müderrisliğini Şeyh İsmâil Efendi yapmıştır. 1750'de inşası tamamlanan Sungurlu Medresesi, Sungurzâde Hacı Mehmed Ağa tarafından yaptırılmıştır. Aynı tarihte Mısır eski mirlivası Amasyalı Bekir Beyzâde Hacı Osman tarafından yaptırılan Bekir Paşa Medresesi günümüze kadar ulaşmıştır. Halil Ağazâde Ömer Ağa tarafından 1762'de yaptırılan Kâşifiye Medresesi, ismini Sekükköylüzâde Mehmed Kâşif Efendi'den almıştır. Türüdüzâde Hafız Süleyman Ağa tarafından 1754'te ahşaptan inşa edilen Narlı Bahçe Medresesi ise 1865'te Ziyâ Paşa tarafından yıktırılmıştır.

Amasya, tarihî süreçte eğitim ve kültür merkezi olma özelliğini muhafaza etmiş bir şehir olarak birçok devlet adamı yetiştirmiştir. Dânişmendli, Selçuklu, İlhanlı ve Osmanlı dönemlerinde eğitim öğretim hizmeti veren çok sayıda medrese kurulmuştur. Selçuklular zamanında Gökmedrese ve Halifet Gazi Medresesi, İlhanlı döneminde Dârüşşifa ismiyle hastane ve tıp eğitimi, Osmanlılar döneminde Büyük Ağa, Küçük Ağa, Sultan Bayezid, Şamlılar, Doğrakiye, Çöplüce, Alaca Yahyâ medreseleri inşa edilmiştir. İlmî müesseselerin sayıları 1398-1592 yılları arasında en üst seviyeye çıkmış, ancak Paşa sancağından Sivas eyaletine bağlandıktan sonra duraklama olmuştur. 1800 yılından itibaren gerileme devam etmiş ve neticede ilim ve hayır müesseseleri tahrip olmuştur. Maarif Nezareti 1864'te Alaca Yahyâ Medresesi'ni yıkarak yerine bir rüştiye mektebi yaptırmıştır.

1870 tarihli Sivas Salnamesi'ne göre Amasya'da yirmi yedi ilkokulda 718 müslüman talebe öğrenim görmüştür. Ermeniler'e ait bir sıbyan okulunda 195 talebenin olduğu, ayrıca şehirdeki otuz bir medresede toplam yirmi altı hatip, yirmi üç imam, kırk dört müderris ve 278 öğrencinin bulunduğu kaydedilmiştir. 1891'de Amasya'ya gelen Vital Cuinet, la Turguie d'Asie isimli eserinde; müslüman okullarında üç öğretmenli bir medresede 240 öğrencinin olduğunu, sekiz öğretmenli iki rüştiyede 5500 erkek öğrenci ve 610 öğretmenli 610 ilkokulda 660 kız öğrencinin olduğunu kaydetmiştir. 310 Ermeni ilkokulunda 1610 erkek öğrencinin ve Rumlar'a ait otuz iki ilkokulda 590 öğrencinin olduğunu söylemiştir. 1892 tarihli Sivas Salnamesi'ne göre ise Amasya'da bir rüştiye ve dört ilkokul açılmıştır. 1908'deki Meşrutiyet idaresi sırasında ise iki mektep daha açılmıştır. Zileli Hasan Efendi, biri Tatar mahallesinde diğeri de Sultan Bayezid Camii avlusunda olmak üzere iki mektep yaptırmıştır. Topçuzâde Halil Efendi ve kardeşi, eski rüştiye mektebinin yerine yeni bir mektep, Amasya İttihat Terakkî Kulübü de Kazancı mahallesinde Ravza-yı İttihat ismiyle bir mektep yaptırmıştır. Hatipzâde Mehmed Emin Efendi, Burma Minare bitişiğindeki Mimarbaşı Hasan Efendi Mektebi'nin yerinde bir medrese yaptırmıştır. Yumuk Osmanzâde Mehmed Hamdi Efendi ise Sultan Bayezid Camii avlusunda bir kütüphane yaptırarak maarifin yayılmasına gayret sarfetmiştir.

Amasya'da 1912'deki idâdî sayısı altıya yükselmiş, kız mektebinin sayısı da ikiye çıkarılmıştır. Maarif Vekâleti ve özel idare haricinde vilayet merkezinde bir vakıf mektebi, beş mahalle mektebi, Merzifon'da üç, Gümüş'te bir, Ladik'te bir ve Köprü'de iki mahalle mektebi açılmıştır.

Amasya'da Ermeniler'e ait Bartevian Koleji'nden başka Katolik Fransız okulu Christ Fathers Higher College (Peder yüksek okulu) ismiyle açılmıştır. 1883'te Fransız Jojiyet Rûhânî Heyeti bir kilise ve mektep açarak misyonerlik faaliyeti yapmış, 1892'de müslüman ailelerin bu okullara çocuklarını kaydettirmeleri yasaklanmıştır.

Cumhuriyet'in ilk yıllarında Amasya'da ortaöğretimde merkez vilayet lisesindeki öğretmenlerin müdür de dahil on üç öğretmen görev yapmıştır. Maarif Vekâleti, 1924'te Millî Eğitim'in kuruluş ve hizmetlerinin tespiti yönünde illerdeki "maarif eminliği" olan Millî Eğitim müdürlüklerine gönderdiği anketten öğrenildiğine göre, Amasya'da 1920'de bir lise, bir dârülhilafe, bir idâdî olmak üzere üç orta mektep, kız ve erkek karışık olmak üzere üç Rum ve bir Ermeni mektebi açılmıştır. Aynı tarihte Maarif Müdüriyeti kurulmuş, maarif idaresinde bir müdür, bir başkâtip ve bir hademe tayin edilmiştir. Bu görevliler maaşlarını "umumi vezne"den almışlardır. 1921'de merkezde bir sultânî, bir dârülhilafe, üç orta mektep ve Merzifon'da bir idâdî açılmıştır. 1 Temmuz 1921'de Maarif İdaresi kaldırılarak "Maarif Memurluğu" kurulmuştur. Amasya'daki okullarda görev yapan seksen sekiz muallimden yedi kişi dârülmuallim, on beşi medrese ve altmış altısı ilkokul mezunu olarak görev yapmışlardır.

Amasya'da 1922 yılında bir sultânî, bir idâdî, bir dârülhilafe, üç orta mektep ve altmış bir ilk mektep mevcuttu. İlk mekteplerde 114 muallimden yedisi dârülmuallim, yedisi muallimlik diplomasına haiz olup dört orta mektep mezunu, yirmi dokuz ilk mektep mezunu, on bir medrese mezunu, sekiz kişi ise diğer kaynaklardan ve dokuz kişi de ehliyetnamesiz muallim olarak görev yapmışlardır. 1923'te ise bir sultânî, bir idâdî, bir dârülhilafe olmak üzere üç orta mektep, yedisi kız, elli sekizi erkek toplam altmış beşi ilk mektep vardı. İlk mekteplerde 125 muallim görev yapmıştır. 1924'te sultânîden liselere çevrilen okullarda Arapça ve Farsça dersleri kaldırılmıştır.

Kurtuluş Savaşı sırasında Amasya'da eğitim öğretim aksamış, 125 olan muallim sayısı 1927'de seksen sekize düşmüştür. Harf inkılabı sonrasında "eğitmen" ismiyle öğretmenler görevlendirilmiştir. Yeni harflerle okuma yazma seferberliği başlatılmış, Maarif Vekâleti de "millet mektepleri" adı altında faaliyete geçmiştir. 24 Kasım 1928 tarihinde yayımlanan "Millet Mektepleri Teşkilatı Talimnamesi"ne göre yeni harflerle okuma yazmayı bilmeyen on dört-kırk beş yaş arasındaki kişilerin mahallelerde açılacak "millet mektepleri"ne gitmeleri zorunlu tutulmuştur.

Amasya'da 1925'te kız mektebi olarak açılan Kılıcaslan Mektebi, açıldıktan üç yıl sonra Kılıcaslan İlk Mektebi adını almıştır. İlk müdürü İsmet Şâkir'dir. Okul binası bir müddet Amasya Üniversitesi Rektörlüğü, bir süre Amasya Valiliği ve son dönemde ise Halk Eğitim Merkezi olarak hizmet etmiştir. 1895'te Amasya Mekteb-i İdâdîsi olarak kurulan, 1926'dan itibaren ise Amasya Ortaokulu olarak eğitim öğretime devam eden okulun lise kısmı ise 1954-1955 eğitim öğretim yılında açılmış ve müdürlüğüne ise Emin Çakıroğlu tayin edilmiştir. Okulun 1993-1994 eğitim öğretim yılında ortaokul kısmı kademeli olarak kaldırılmıştır. Bugün Amasya Anadolu Lisesi olarak faaliyetine devam etmektedir. Amasya Lisesi kadar eski olan ve ilk müdürlüğünü Ethem Hoca'nın yaptığı Yeşilırmak İlkokulu, 1906'daki kuruluşundan günümüze intikal etmiştir. 

Plevne İlkokulu, 1927'de açıldıktan sonra müdürlüğüne Kenan Gür, 1928'de hizmete açılan Üçler İlkokulu müdürlüğüne ise Fehmi Bey getirilmiştir. Amasya Kız Enstitüsü, 1943'te Akşam Kız Sanat Okulu olarak açılmış, 1957 yılından itibaren de enstitü haline getirilmiştir. İlk müdürü Nuran Tohumcu'dur. 1947'de Orta Sanat Okulu olarak açılan Erkek Sanat Enstitüsü'nün ilk müdürlüğüne Hamdi Ciritlioğlu görevlendirilmiştir. 1947'de açılan Atatürk İlkokulu'nun ilk müdürlüğüne Ali Hatunoğlu, 1958'de hizmete başlayan Yavuz Selim İlkokulu müdürlüğüne Bekir Gündem, 1959'da açılan Bayezid İlkokulu müdürlüğüne Halil Yılmaz, 1959'da açılan ZiyâPaşa İlkokulu müdürlüğüne Osman Nuri Büyükahıska, 1960'ta açılan Mehmetçik İlkokulu müdürlüğüne Muhsin Acar, 1961'de açılan Hürriyet İlkokulu müdürlüğüne Kâzım Kocaman, 1965'te açılan Yazıbağları İlkokulu müdürlüğüne Zihni Turan getirilmişlerdir. 1961-1962 eğitim öğretim yılında hizmet vermeye başlayan Amasya Kız Öğretmen Okulu, üç yıllık olup 1965'te doksan beş mezun vermiştir. Okulun ilk müdürlüğünü ise Kemal Uğur yapmıştır. 

Amasya'da 2003 yılında dokuz genel lise, üç anadolu lisesi, bir fen lisesi, bir anadolu öğretmen lisesi, on dokuz meslek lisesi olmak üzere toplam otuz üç lisede 14.137 öğrenci eğitim öğretim görmüştür. 2023'te Din Öğretimi Genel Müdürlüğü'ne bağlı yirmi iki ortaokul ve lise, Mesleki ve Teknik Eğitim Genel Müdürlüğü'ne bağlı otuz lise, Ortaöğretim Genel Müdürlüğü'ne bağlı on altı lise, Özel Eğitim ve Rehberlik Hizmetleri Genel Müdürlüğü'ne bağlı yirmi okul ve Temel Eğitim Genel Müdürlüğü'ne bağlı 203 ilkokul, ortaokul ve lise bulunmaktadır.

Amasya'da 1974-1975 eğitim öğretim yılında Millî Eğitim Bakanlığı Öğretmen Okulları Genel Müdürlüğü'ne bağlı Amasya Eğitim Enstitüsü açılmıştır. 1982 yılına kadar devam eden bu uygulama, aynı yıl Amasya Eğitim Enstitüsü de Amasya Eğitim Yüksekokulu ismiyle Ondokuz Mayıs Üniversitesi'ne bağlanmıştır. 2 Temmuz 1992 tarih ve 3836 sayılı kanun ile aynı üniversite bünyesinde Amasya Eğitim Fakültesi'ne dönüştürülmüştür. 2006 yılında Amasya Üniversitesi kurulduktan sonra kurucu rektör olarak Zafer Eren tayin edilmiştir. 2023 yılına gelindiğinde ise rektörlüğünü Süleyman Elmacı'nın yaptığı Amasya Üniversitesi, Eğitim Fakültesi, Tıp Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, Mimarlık Fakültesi, İlahiyat Fakültesi, Merzifon İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve ilçelerde kurulan sekiz yüksekokul ile hizmet vermeye devam etmektedir. 

2022-2023 eğitim öğretim yılında üniversite de 19337 öğrenci 725 akademik personel bulunmaktadır. Günümüze kadar mezun ettiği öğrenci sayısı da 37.604'tür.