İslam düşünce geleneğinde daha çok "metafizik" mânasında kullanılan ilahiyat terimi medreselerin kapatılmasından sonra kurulan yüksek din öğretimi kurumlarının adı olmuştur.

Din ile modernleşme, aralarında felsefî olarak bir zıtlık ilişkisi bulunmasına rağmen Batı Avrupa'daki tecrübenin aksine İslam dünyasında bir arada yürütülmeye, ikisi arasında bir uyum sağlanmaya çalışıldı. Bu siyasetin neticelerinden biri olarak Tanzimat döneminde medreselerde din eğitimine devam edilirken bir tür laik eğitim Batı tarzında kurulan yeni mekteplere bırakıldı. Ancak II. Abdülhamid devrinde mekteplerde de yoğun bir din eğitimi verilmek istendi. Medrese ile mektep arasında amaç, zihniyet ve istikamet farklılığından kaynaklı, bir taraftan zıtlıklar devam ederken diğer taraftan gittikçe artan bir geçişkenlik tesis edildi, çift taraflı etkilenmelerin yolu açıldı. Hatta 1884'te bugünkü İlahiyat fakültelerinin ilk numunesi olarak değerlendirilebilecek bir ulum-ı dîniye mektebi açma teşebbüsünde bulunuldu, fakat bu proje gerçekleşmedi. Nihayet 1 Eylül 1900 tarihinde dördüncü defa açılan Darülfünun'da bu kez Ulum-ı Âliye-i Dîniye Şubesi'ne de yer verilerek ilk defa medrese dışında, mektep çizgisinde yüksek din eğitimi verilmeye başlandı. Amaç orta ve yüksek dereceli mekteplere din dersleri muallimleri yetiştirmek ve yüksek din eğitimini mektep çizgisine de taşımaktı. Öğretim kadrosunu medrese hocalarının oluşturduğu dört senelik bu ilk tecrübede şu derslere yer verildi: Tefsir, hadis ve usul-i hadis, ilm-i fıkıh, usul-i fıkıh, ilm-i kelam, tarih-i din-i İslam, tarih-i umumî, usul-i tedris. 1912'de adı Ulum-ı Şer'iye olarak değiştirilen şubede tarih-i umumî ve usul-i tedris dersleri müfredattan çıkarılmış, yerlerine ahlak-tasavvuf, siyer, edebiyat ve felsefe gibi dersler konulmuştur. Kısa bir süre sonra yapılan medrese ıslahatında (1914), Darü'l-Hilafeti'l-Aliyye Medresesi ismiyle mekteplere benzeyen ve fakat şeyhülislamlığa bağlı yeni bir medrese kurularak lise, lisans ve lisansüstü düzeylerindeki din eğitimi yeniden yapılandırılan bu medreseye bırakılmıştır. Darülfünun Ulum-ı Şer'iye Şubesi ise artık gerek kalmadığı düşünülerek kapatılmıştır.

Amaç orta ve yüksek dereceli mekteplere din dersleri muallimleri yetiştirmek ve yüksek din eğitimini mektep çizgisine de taşımaktı. Öğretim kadrosunu medrese hocalarının oluşturduğu dört senelik bu ilk tecrübede şu derslere yer verildi: Tefsir, hadis ve usûl-i hadis, ilm-i fıkıh, usûl-i fıkıh, ilm-i kelam, târîh-i dîn-i İslam, târîh-i umûmî, usûl-i tedris. 1912'de adı ulûm-ı şer'iye olarak değiştirilen şubede târîh-i umûmî ve usûl-i tedris dersleri müfredattan çıkarılmış, yerlerine ahlak-tasavvuf, siyer, edebiyat ve felsefe gibi dersler konulmuştur. Kısa bir süre sonra yapılan medrese ıslahatında (1914), Dârülhilafeti'l-Aliyye Medresesi ismiyle mekteplere benzeyen ve fakat şeyhülislamlığa bağlı yeni bir medrese kurularak lise, lisans ve lisansüstü düzeylerindeki din eğitimi yeniden yapılandırılan bu medreseye bırakılmıştır. Dârülfünun Ulûm-ı Şer'iye Şubesi ise artık gerek kalmadığı düşünülerek kapatılmıştır.

Cumhuriyet döneminde, 3 Mart 1924 tarih ve 430 sayılı Tevhîd-i Tedrisat Kanunu ile medreseler Maarif Vekâleti'ne devredilmiş, vekâlet de medreseleri kapatmıştır. Aynı kanunda "yüksek diniyat mütehassısları yetiştirilmek üzere Dârülfünun'da bir ilahiyat fakültesi tesis" edileceği belirtilmişti. Üç senelik fakültenin programında tefsir ve tefsir tarihi, hadis ve hadis tarihi, fıkıh tarihi, içtimaiyat, ahlak, dîn-i İslam tarihi, felsefe-yi din, kelam tarihi, felsefe-yi İslamiye, tasavvuf tarihi, târîh-i felsefe, İslam bedîiyatı, halihazırda İslam mezhepleri, akvâm-ı İslamiye etnografyası, Türk târîh-i dînîsi, târîh-i edyân dersleri vardı. Ancak Dârülfünun'un 31 Mayıs 1933 tarihinde kapatılmasıyla yerine kurulan İstanbul Üniversitesi bünyesinde İlahiyat Fakültesi'ne yer verilmedi. Bunun yerine Edebiyat Fakültesi içinde, öğrenci almayan İslam Tetkikleri Enstitüsü kuruldu. İmam-Hatip mektepleri de 1931'de kapatıldığı için artık ilk, orta ve yüksek dereceli eğitim kurumlarında din eğitimi verilmeyen bir sürece girildi.

II. Dünya Savaşı sonrası şartlarda, halkın artan talepleri de dikkate alınarak din eğitimi meselesi tekrar gündeme geldi. Bu çerçevede 1949 yılında Ankara Üniversitesi'ne bağlı İlahiyat Fakültesi açıldı. Dört yıl süreli fakültenin ilk müfredatı Arapça, Farsça, yabancı dil, sosyoloji, mantık ve ilimler felsefesi, İslam dini ve mezhepler tarihi, İslam sanat tarihi, mukayeseli dinler tarihi derslerinden oluşmuş, 1953'ten sonra tefsir, hadis, kelam, İslam hukuku, tasavvuf gibi dersler müfredata konulmuştur. Bu fakülte İmam-Hatip okulları mezunlarını kabul etmiyor, ayrıca oluşan din ve meslek dersleri muallimleri ihtiyacını da karşılayamıyordu. Hem İmam-Hatip Okulu mezunlarının gidebileceği hem de din ve meslek dersleri muallimi yetiştirecek yeni bir yüksek din eğitimi kurumu olarak 1959'da, Millî Eğitim Bakanlığı'na bağlı İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü açıldı. Dört yıl süreli bu enstitüden sonra Konya (1962), Kayseri (1965), İzmir (1966), Erzurum (1969), Bursa (1975), Samsun (1976) ve Yozgat'ta da (1980, bir yıl sonra kapatıldı) birer Yüksek İslam Enstitüsü açıldı. 1971'de ise Atatürk Üniversitesi'ne bağlı beş yıllık İslami İlimler Fakültesi kuruldu.

1980 askerî darbesinden sonra kurulan Yükseköğretim Kurulu ile birlikte 1982'de Yüksek İslam enstitüleri İlahiyat fakültelerine dönüştürüldü. Bu karar statü farklılıklarını ve eşitsizlikleri ortadan kaldırması açısından müspet ve fakat yüksek din eğitimi kurumlarının tektipleştirilmesi, çeşitliliğin ve farklı düşüncelerin ortaya çıkmasının yolunun kapanması itibariyle menfi olarak değerlendirilebilir. 1987-1995 yılları arasında ise Anadolu'daki birçok şehre İlahiyat Fakültesi kuruldu: Şanlıurfa (1987), İstanbul (1992), Sivas (1992), Darende (1992), Antalya (1992, fiilen 2010), Van (1993), Rize (1993), Çorum (1993), Diyarbakır (1993), Adana (1993), Isparta (1993), Adapazarı (1993), Elazığ (1994), Çanakkale (1995), Eskişehir (1995), Kahramanmaraş (1996). Öte yandan Diyanet İşleri Başkanlığı personeline yönelik 1988'den itibaren Ankara (hiç öğrenci almadı), Marmara, Dokuz Eylül, Uludağ, Atatürk (Erzincan), Karadeniz Teknik ve Yüzüncü Yıl üniversiteleri bünyesinde iki yıllık, ön lisans düzeyinde İlahiyat Meslek Yüksekokulu (İMYO) kuruldu. 1998-1999 eğitim öğretim yılından sonra bu okullara bir daha öğrenci alınmamış, bunun yerine Anadolu Üniversitesi Açıköğretim Fakültesi'ne bağlı aynı nitelikte bir yüksekokul açılmıştır. 2005 yılında Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'nde iki yıllık, "İlahiyat Lisans Tamamlama Programı" (İLİTAM) açılmış, İlahiyat ön lisans mezunlarına tahsillerini uzaktan eğitim metoduyla tamamlama fırsatı sunulmuştur. 2020-2021 eğitim öğretim döneminde bünyesinde "İlahiyat Lisans Tamamlama Programı" bulunan üniversiteler şunlardır: İstanbul, Ankara, Sütçü İmam, Kocaeli, Bolu Abant İzzet Baysal, Sakarya, Atatürk, Dokuz Eylül, Amasya, Ondokuz Mayıs, Kastamonu, Cumhuriyet, İnönü, Fırat, Bayburt, Dicle, Kafkas üniversiteleri.

İlahiyat fakültelerindeki akademik teşkilatlanma, bölümler ve anabilim dalları 1991-1992 eğitim öğretim yılında -hâlâ büyük ölçüde devam ettiği üzere- şu şekilde tasnif edilmişti: 1. Temel İslam Bilimleri Bölümü: Tefsir, hadis, İslam hukuku, kelam, İslam mezhepleri tarihi, tasavvuf, Arap dili ve belagatı anabilim dalları. 2. Felsefe ve Din Bilimleri Bölümü: Felsefe tarihi, İslam felsefesi, din felsefesi, mantık, dinler tarihi, din sosyolojisi, din psikolojisi, din eğitimi anabilim dalları. 3. İslam Tarihi ve Sanatları Bölümü: İslam tarihi, Türk-İslam sanatları tarihi, Türk-İslam edebiyatı, Türk din musikisi anabilim dalları. 2012 yılından itibaren yaygınlaşmaya başlayan bazı İslami İlimler fakültelerinde bu yapı büyük ölçüde korunmakla birlikte bazı değişikliklere de gidilmiştir. Mesela kelam ve mezhepler tarihi anabilim dalları birleştirilmiş, Kur'an-ı Kerim okuma ve kıraat ilmi ismiyle yeni bir anabilim dalı açılmıştır. Felsefe ve Din Bilimleri Bölümü "din bilimleri" ve "İslam felsefesi"; İslam Tarihi ve Sanatları Bölümü ise "İslam tarihi" ve "İslam sanatları" olmak üzere iki anabilim dalı olarak yapılandırılmıştır. İlahiyat fakültelerinden farklı olarak bazı İslami İlimler fakültelerinde Felsefe Din Bilimleri Bölümü içerisinde yer alan din eğitimi gibi bazı derslere yer verilmediği de görülmektedir.

28 Şubat (1997) sürecinde İlahiyat Fakültesi mezunlarının istihdam alanları kısıtlanmış, fakülte kontenjanları azaltılmış, ders programları yeniden düzenlenmişti. 1998-1999 eğitim öğretim yılından itibaren üniversitelerinde Eğitim fakülteleri bulunan İlahiyat fakültelerinde İlköğretim Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi Öğretmenliği Programı ile İlahiyat Lisans Programı uygulanmaya başlandı. Birinci program 2006-2007 eğitim öğretim yılından itibaren Eğitim fakültelerine devredilmiş, 2012'de tekrar İlahiyat fakültelerine bağlanmış, 2017'de ise tamamen kapatılmış, bütün İlahiyat ve İslami İlimler fakültelerine pedagojik formasyon dersleri verme imkânı sağlanmıştır. İlk defa 1992'de açılması kararlaştırılan ikinci öğretim programlarına 1998-1999 eğitim öğretim yılından itibaren öğrenci kabul edilmemiş, hazırlık sınıfları da kaldırılmıştır. 2009'da hazırlık sınıfları açma kararı üniversitelere bırakılarak yeniden getirilmiş, ikinci öğretim tekrar açılmıştır. Hazırlık sınıfı olan İlahiyat ve İslami İlimler fakültelerinde lisans dönemindeki derslerin %30'u Arapça verilmektedir. Bununla beraber %100 Arapça ve İngilizce eğitim veren İlahiyat programları da vardır.

2008 yılı itibariyle her ile bir üniversite kurma teşebbüsleri çerçevesinde İlahiyat fakültelerinin sayıları hızla artmış, 2011'den itibaren fakülte adı olarak "İslami İlimler" ismi de yaygınlaşmaya başlamıştır. Ayrıca 2009 yılında vakıf (özel) üniversitelerine de ilk defa İlahiyat Fakültesi açma izni verilmiştir. 2008 öncesinde yirmi dört İlahiyat Fakültesi varken, 2020-2021 eğitim yılı verilerine göre öğrenci tercihine açık yurt içi İlahiyat ve İslami İlimler fakülteleri sayısı doksan üç olup bunlardan seksen dokuzu devlet, dördü vakıf üniversiteleri bünyesinde hizmet vermektedir. Örgün İlahiyat ve İslami İlimler fakültelerinde yaklaşık 92.000, ön lisans programlarında 265.000, "İlahiyat Lisans Tamamlama Programı"nda 62.000 öğrenci eğitim öğretime devam etmektedir. Esas itibariyle Diyanet personelinin eğitim seviyesini yükseltmek amacıyla açılan ön lisans ve İLİTAM programlarının ölçüsüz artışı ve Diyanet personeli olmayanları da kabul etmesi, İlahiyat-İslami İlimler fakültelerinin sayıları ve öğrenci kontenjanlarındaki genişleme kalite, uygulama ve istihdam gibi alanlardaki problemleri arttırmıştır.