Vakıf üniversiteleri, vakıflar tarafından kurulmuş ve yönetim yapısı bakımından bir mütevelli heyeti aracılığı ile kurucu vâkıfa bağlı ve sorumlu olarak çalışan, bütün kazançlarını, kâr amacı gütmeden, üniversiteyi geliştirmek için kullanması kanunen zorunlu olan yükseköğretim kurumlarıdır. Kuruluş ve işleyişlerinde 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu ve 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanunu esas olmak üzere, Vakıf Yükseköğretim Kurumları Yönetmeliği hükümlerine tâbidir. Bu yönetmelik ilk olarak 2005 yılında yayımlanmış olup, son olarak 2018 yılında güncellenmiştir. Türkiye'de 2023 yılı itibariyle yetmiş beş vakıf üniversitesi ve dört vakıf meslek yüksekokulu bulunmaktadır (YÖK, 2023).
Cumhuriyet'in ilanından sonra Osmanlı döneminden intikal eden vakıf destekli bütün eğitim kurumları lağvedilerek eğitim tamamen devlete bırakılmıştır. Yükseköğretim Kurulu'nun (YÖK) 1981 yılında kurulmasından sonra Ankara'da Bilkent Üniversitesi, 1985 yılında ilk vakıf üniversitesi olarak açılmıştır. 1985 ile 2001 yılları arasında yirmi iki vakıf üniversitesi daha kurulmuştur. 2002 ile 2022 yılları arasında ise elli yedi vakıf üniversitesi ve vakıf meslek yüksekokulu açılmıştır. 2023 yılı itibariyle Türkiye'de bir vakfa bağlı olarak kurulmuş seksen yükseköğretim kurumu bulunmaktadır.
Vakıf üniversiteleri, kurucu vakfın kararı ve Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün izniyle; Yükseköğretim Kurulu tarafından denetlenmek ve düzenlenmek esasıyla kurulmaktadır. Kuruluşu esnasında üniversitenin fizikî imkânlarına ve kabiliyetlerine ilişkin bir plan sunulması, bu plandaki gerekliliklerin yerine getirilmesi için vakfın garantör olarak bulunması zorunludur. Vakıf üniversitesi kurma izni alındıktan sonra en geç üç eğitim yılı sonunda kurum eğitim hayatına başlamak zorundadır. Vakıf üniversiteleri, vakıf yönetim kurulu tarafından atanan mütevelli heyetlerine sahiptir. Bu heyettekilerin sayısı en az yedi olarak kanunla belirlenmiş olup üniversiteyle ilgili kararların alınmasında ve bu kararların yürütülmesinde farklı görevlere sahiptir. Mütevelli heyeti, vakfın vizyonunun ve misyonunun gerektirdiği doğrultuda üniversiteye yön vermekle yükümlüdür. Mütevelli heyetinde rektör, heyetin tabii üyesi olup başkanlığa veya başkan vekilliğine seçilemez. Vakıf üniversitelerinde iç denetim birimi mütevelli heyetine bağlı olarak çalışmaktadır. Dış denetim ise Yükseköğretim Kurulu tarafından belirlenen esaslara uygun olarak bütün devlet üniversiteleri ile aynı biçimde yürütülmektedir. Buna ek olarak vakıf üniversitelerinin alt birimlerindeki yönetim yapısı devlet üniversiteleri ile aynıdır. Vakıf üniversitelerinin devlet üniversitelerinden ayrıldığı nokta; planlama, bütçeleme, istihdam ve diğer idarî faaliyetlerin yükseköğretim kurumlarını ilgilendiren genel mevzuata bağlı kalmak kaydıyla üniversitenin kendi inisiyatifine bırakılmış olmasıdır. Diğer taraftan vakıf üniversitelerindeki eğitim genel olarak ücrete tâbi olup, üniversite yönetim kurullarının belirlemiş olduğu şartlara göre öğrencilere burs, harçlık, kitap desteği vb. sağlanmaktadır (YÖK, 2022).
Günümüzde vakıf üniversitelerinin bir kısmı büyük ticarî kuruluşlar tarafından kurulan vakıflara bağlıdır. Bu vakıfların gelirlerinin bir kısmı kurucusu olan kuruluşların finansmanıyla takviye edilmekte ve faaliyetleri bu şekilde yürütülmektedir. Diğer bazı vakıf üniversitelerinin kurucu vakıfları Vakıflar Genel Müdürlüğü bünyesindeki tarihî vakıflar yahut eğitimi destekleme amacıyla kurulmuş hayır vakıfları şeklindedir. Bu bakımdan vakıf üniversitelerinin kurucu vakıflarının farklı özelliklere sahip olduğu görülür. Vakıf üniversitelerinin yanında birçok devlet üniversitesi de üniversiteyi desteklemek amacıyla kurulmuş geliştirme ve destekleme vakıflarına sahiptir.
Yükseköğretim Kurulu verilerine göre 2022 yılı itibariyle Türkiye'de 680,559 öğrenci vakıf yükseköğretim kurumlarında eğitim görmektedir. Bu sayı toplam 8,296,959 öğrencinin %8,2'sine karşılık gelmektedir. Türkiye'nin vakıf üniversitesi sayısı bakımından en kalabalık bölgesi kırk dokuz üniversite ile Marmara bölgesi olup Doğu Anadolu bölgesi vakıf üniversitesi bulunmayan tek bölgesidir. Vakıf yükseköğretim kurumlarında toplam 29.640 öğretim elemanı istihdam edilmektedir (YÖK, 2023). Öğrenci sayısı en yüksek vakıf üniversitesi 37.392 öğrenci ile İstanbul Aydın Üniversitesi olurken, öğrenci sayısı en düşük olan vakıf üniversitesi ise 378 öğrenci ile Alanya Hamdullah Emin Paşa Üniversitesi'dir.
Vakıf üniversiteleri araştırma-geliştirme (Ar-Ge) çalışmaları bakımından da dikkat çekici bir durumdadır. Türkiye İstatistik Kurumu (TÜİK) verilerine göre 2022 yılında gerçekleşen Ar-Ge harcamalarının %16,4'ü (16 milyar 685 milyon TL) yükseköğretim kurumları tarafından finanse edilmiştir (TÜİK, 2023). Bu dilim içinde vakıf yükseköğretim kurumlarının da payı bulunmaktadır.
Vakıf üniversiteleri hukukî bakımdan özel üniversitelerle karıştırılmamalıdır. Özel üniversiteler, kuruluş ve finansman bakımından tamamen özel sektöre ait olan üniversitelerdir ve Türkiye'de bu anlamıyla herhangi bir özel üniversite yoktur.
