Yüksek İslam enstitüleri, 1951 yılında açılan İmam-Hatip okullarından mezun olanların dinî yüksek öğrenim görmelerine yönelik olarak kurulan kurumlardır. İmam-Hatip Okulu mezunlarının, 1949'da açılan Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi dahil herhangi bir yükseköğretim kurumuna girme imkânları bulunmuyordu. Halbuki Diyanet İşleri Başkanlığı'nın hizmet alanları, yüksek din eğitimi almış din görevlilerinin; sayıları giderek artan İmam-Hatip okulları, meslek dersleri öğretmenlerinin ve diğer okulların programlarında yeniden yer verilen din bilgisi dersleri din dersi öğretmenlerinin yetiştirilmesini gerektirmekteydi (bk. Öğretmen Yetiştirme). İmam-Hatip okullarının mezunlarının gidebileceği bir dinî yükseköğretim kurumunun açılması doğrultusunda dönemin başbakanı Adnan Menderes'in talimatıyla Millî Eğitim Bakanı Celal Yardımcı'nın görevlendirdiği Millî Eğitim Bakanlığı Müdürler Komisyonu 29 Ağustos 1958'de, eğitim enstitüleri seviyesinde bir din eğitimi okulun açılmasına karar verdi.

Açılacak yükseköğretim kurumunun hukukî dayanağı Türkiye Büyük Millet Meclisi tarafından kabul edilen 16 Haziran 1959 tarih ve 7344 sayılı Yüksek İslam Enstitüsü Kadro Kanunu ile oluşturuldu. Bu doğrultuda 24 Eylül 1959'da Millî Eğitim Bakanlığı Talim ve Terbiye Dairesi, "orta ve muadili okullarımızla öğretmen okullarımıza din dersleri öğretmeni yetiştirmek üzere" Yüksek İslam Enstitüsü ismiyle bir okulun açılmasına yönelik karar aldı. Bunun yanında II. Müdürler Komisyonu Kararı 17 Kasım 1959'da kabul edildi. Her iki karar Millî Eğitim Bakanlığı'na vekâlet eden Tevfik İleri tarafından onaylandı. Müdürler komisyonunun son kararı, uygulamaya konulmayan ilk kararla birlikte 1085 sayılı Millî Eğitim Bakanlığı Tebliğler Dergisi'nde yayımlandı. Bu kararla, "bugünkü yedi yıllık İmam-Hatip Okulu mezunlarını kabul etmek suretiyle dört yıllık bir Yüksek İslam Enstitüsü'nün 1959-1960 eğitim öğretim yılı başında İstanbul'da açılıp faaliyete geçirilmesi" hükme bağlandı.

İlk Yüksek İslam Enstitüsü öğretime 19 Kasım 1959'da İstanbul'da İmam-Hatip Okulu binasında başlamış, daha sonra Fındıklı'daki Namık Kemal İlkokulu'na ve 1966'da ise Üsküdar Bağlarbaşı'ndaki yeni binasına taşınmıştır.

İlk zamanlar resmî işlemleri Öğretmen Okulları Genel Müdürlüğü'nce yürütülen enstitü, 1961'de Din Eğitimi Müdürlüğü'ne bağlandı. Müdürlük 1964'te Din Eğitimi Genel Müdürlüğü haline getirildi. İstanbul'dan sonra Konya (1962), Kayseri (1965), İzmir (1966), Erzurum (1969), Bursa (1975), Samsun (1976) ve Yozgat'ta (1980), vatandaşlar tarafından kurulan derneklerin de katkılarıyla, Yüksek İslam enstitüleri açıldı.

Yüksek İslam Enstitüsü'nün 1961'de hazırlanan ilk yönetmeliğinde okulun tanımı ve görevi şu şekilde belirlenmiştir: "Yüksek İslam Enstitüsü, İslam dininin esaslarına sadık kalarak, müspet ilmin ışığı altında İslam ilimlerini ve bunlara yardımcı bilgileri öğreterek, İmam-Hatip okulları ile ilk öğretmen okullarına ve diğer ortaöğretim müesseselerine öğretmen yetiştirmek ve aynı okullardaki din dersleri öğretmenlerinin meslekî gelişmelerine yardım etmek amacıyla Millî Eğitim Bakanlığı'nca kurulmuş bir yüksek okuldur. Bu müessese Millî Eğitim Bakanlığı'nın ihtiyaçları dışında Diyanet İşleri Teşkilatı'na müftü, vaiz gibi din elemanlarını yetiştirmekle de vazifelidir. Enstitü ayrıca Türkiye'de İslam ilimleri alanında araştırmalarda bulunmak ve araştırma neticelerini yurt ve dünya ilim âlemine sunmak amacıyla da görevlidir."

İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü'ne öğrenci kayıt işlemleri ve diğer uygulamalar, 24 Eylül 1959 tarih ve 240 sayılı Talim ve Terbiye Dairesi kararının hükümleri gereğince Eğitim enstitüleri yönetmeliğine göre yapıldı. Karar çerçevesinde deneme niteliği taşıdığı belirtilen dersler birinci sınıfta on bir, ikinci sınıfta on dört, üçüncü sınıfta yirmi, dördüncü sınıfta yirmi ders olmak üzere haftada yirmi sekiz saatten meydana geliyordu. Oldukça yoğun olan enstitü programında yer alan dersler şunlardır: Kur'an-ı Kerim, vücuh ilmi, tefsir, belâgat-ı Kur'âniye, hadis, siyer, ilm-i tevhit, kelam, İslam hukuku, fıkıh ve usûl-i fıkıh, İslam dini ve mezhepleri tarihi, mukayeseli dinler tarihi, İslamî Türk edebiyatı tarihi, tasavvuf tarihi, ahlak, İslam felsefesi tarihi, mantık, İslam tarihi, muasır İslam ülkeleri tarih ve coğrafyası, Arap dili ve edebiyatı, dinî psikoloji, dinî pedagoji, İslam sanatları tarihi, hitabet ve irşat, dinî musiki, yabancı dil (Almanca, Fransızca, İngilizce), inkılap tarihi.

1971 yılına kadar uygulanan programda bu sene itibariyle önemli ölçüde değişiklikler yapıldı (MEB Tebliğler Dergisi, 1971: 255). Buna göre dersler haftada otuz iki saate çıkarılarak öğrencilere öğretmenlik ve din görevliliği uygulamasıyla seminer çalışması yapma zorunluluğu getirildi. Belâgat-ı Kur'âniye, vücuh ilmi, muasır İslam ülkeleri tarih ve coğrafyası gibi dersler çıkarılarak teşkilat ve idare, din sosyolojisi, halk eğitimi ve toplum kalkınması isimleriyle yeni derslere yer verildi. Dinî pedagoji yerine beş ayrı dersten oluşan öğretmenlik bilgisi dersleri eklendi. 1973'te üçüncü ve dördüncü sınıfların programlarına eklenen medenî hukuk dersi 1978'de programdan çıkarıldı. Kuruluşundan itibaren derslerin öğretim yılı esasına göre okutulduğu Yüksek İslam enstitüleri için 1978'de yürürlüğe giren yeni ders dağılım çizelgesi ve yönetmelikle on dörder haftalık yarıyıllara göre ders yapma esası getirildi. Öğrencilerin ilk iki yıl ortak dersler alması, üçüncü ve dördüncü sınıflarda Tefsir-Hadis, Fıkıh-Kelam, İslam Dini ve Esasları bölümlerine ayrılmasına yönelik uygulamaya geçildi. Ders grupları, seçmeli dersler ve pedagojik formasyon dersleriyle ilgili yeni düzenlemelerle mezuniyet tezi uygulaması getirildi.

Açıldığı yıllarda İmam-Hatip okullarına kız öğrenci alınmadığı için, Yüksek İslam enstitülerine de sadece erkek öğrenciler girebiliyordu. Ancak 1976'daki Danıştay kararı uyarınca kız öğrencilerin İmam-Hatip okulları ve Yüksek İslam enstitülerine girebilmelerinin önü açılmıştır.

12 Eylül 1980 askerî darbesinden sonra çıkarılan Yükseköğretim Kanunu'nun 2. maddesi gereğince yayımlanan 20 Temmuz 1982'de 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname, 1983 yılının ilk aylarında Danışma Meclisi'nde görüşülüp 2809 sayılı kanun haline getirildi. Bu kanun uyarınca sekiz yeni üniversite kurulmuş, İktisadî ve Ticarî İlimler akademileriyle Devlet Mimarlık ve Mühendislik akademileri ve Millî Eğitim Bakanlığı'na bağlı bazı yüksek okullarla birlikte, 1981'de bakanlıkça kapatılan Yozgat Yüksek İslam Enstitüsü hariç, Yüksek İslam enstitüleri de fakülte haline getirilerek üniversitelere bağlanmıştır. Bu çerçevede, Erzurum'daki Atatürk Üniversitesi İslamî İlimler Fakültesi ile Erzurum Yüksek İslam Enstitüsü birleştirilerek İlahiyat Fakültesi adıyla Atatürk Üniversitesi'ne, İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü Marmara Üniversitesi'ne, Konya Yüksek İslam Enstitüsü Selçuk Üniversitesi'ne, Kayseri Yüksek İslam Enstitüsü Erciyes Üniversitesi'ne, İzmir Yüksek İslam Enstitüsü Dokuz Eylül Üniversitesi'ne, Bursa Yüksek İslam Enstitüsü Uludağ Üniversitesi'ne, Samsun Yüksek İslam Enstitüsü Ondokuz Mayıs Üniversitesi'ne bağlanarak 1982-1983 eğitim öğretim yılından itibaren İlahiyat Fakültesi adıyla faaliyetlerine devam etti.