1067 yılında Türk idaresine giren ve önemli bir ticaret merkezi olan Kayseri, Anadolu Selçukluları tarafından inşa edilen birçok cami, medrese, han, hamam ve bimarhane ile ilim ve kültür merkezi olmuştur. Özellikle Gevher Nesibe Şifahanesi, dünyada modern tıp eğitiminin başladığı yerlerden biri kabul edilir. Üniversitenin nüvesini Tıp Fakültesi oluşturduğu için, Gıyâsiye ve Şifâhiye medreselerinden hareketle, üniversitenin kuruluş tarihinin sembolik olarak 1205 kabul edilmesi söz konusu olmuştur.

Kayseri'de 1965 yılında kurulan Kayseri Yüksek İslam Enstitüsü'nden sonra, 1969'da Hacettepe Üniversitesi'ne bağlı Kayseri Gevher Nesibe Tıp Fakültesi açıldı. Okul 1975'te Kayseri'ye taşınarak Devlet Hastanesi Hariciye Kliniği'nde eğitime başladı. Daha sonra 1977 yılında İşletme Fakültesi ile Kayseri Devlet Mimarlık ve Mühendislik Akademisi kurularak Erciyes Üniversitesi'nin temeli oluşturuldu. 1978'de çıkarılan bir kanunla mevcut Gevher Nesibe Tıp Fakültesi ile İşletme Fakültesi yeni kurulan Kayseri Üniversitesi'ne bağlandı.

1982 yılında Kayseri Üniversitesi'nin adı, şehrin sembolü olan Erciyes dağına izafeten Erciyes Üniversitesi olarak değiştirildi. Gevher Nesibe Tıp Fakültesi, İşletme Fakültesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Kayseri Yüksek İslam Enstitüsü İlahiyat Fakültesi, Kayseri Devlet Mimarlık ve Mühendislik Akademisi de Mühendislik Fakültesi adını alarak yeni kurulan Fen-Edebiyat Fakültesi ile birlikte Erciyes Üniversitesi meydana gelmiş oldu.

Erciyes Üniversitesi Kayseri'nin yanında Orta Anadolu için de önemli bir eğitim öğretim merkezi haline gelmiştir. Nevşehir ile Yozgat'ta Erciyes Üniversitesi'ne bağlı birçok yüksekokul ve fakülte açılarak eğitim öğretim oralara da ulaştırılmıştır. Erciyes Üniversitesi'nden ayrılan bir fakülte ve dokuz meslek yüksekokulu, 18 Mayıs 2018 tarihli Resmî Gazete'de yayımlanan kanunla Kayseri Üniversitesi'ne dönüşmüştür. Erciyes Üniversitesi'nin birçok fakülte ve yüksekokul binası Kayserili hayır severler tarafından yaptırılmıştır. 2021 yılı itibariyle hayır severler tarafından bağışlanan binaların sayısı kırk birdir.

Erciyes Üniversitesi'nde sağlık, eğitim, fen, mühendislik, sosyal bilimler, ziraat ve güzel sanatlar alanlarında lisans eğitimi verilmektedir. Halen on dokuz fakülte, bir yüksekokul, iki meslek yüksekokulu, yedi enstitü ve kırk iki araştırma merkezi bulunmaktadır. Diş Hekimliği, Eczacılık, Edebiyat, Eğitim, Fen, Hukuk, Güzel Sanatlar, Havacılık ve Uzay Bilimleri, İktisadi ve İdari Bilimler, İlahiyat, İletişim, Mimarlık, Mühendislik, Sağlık Bilimleri, Ziraat, Spor Bilimleri, Tıp, Turizm ve Veteriner fakültelerinde lisans eğitimi veren üniversitede 2023 yılı itibariyle, toplam 51.180 öğrenci eğitim öğretim görmektedir. Üniversitede 479 profesör, 249 doçent, 386 doktor öğretim üyesi, 289 öğretim görevlisi ve 808 araştırma görevlisi olmak üzere toplam 2211 akademik personel görev yapmaktadır. Bunun yanında, 4811 idarî personel de hizmet etmektedir. Üniversitenin merkez yerleşke alanı 3.921.300 m²'dir.

Erciyes Üniversitesi bünyesindeki Eğitim Bilimleri, Fen Bilimleri, Gevher Nesibe Genom ve Kök Hücre, Güzel Sanatlar, Sağlık ve Sosyal Bilimler enstitülerinde yüksek lisans ve doktora düzeyinde lisansüstü öğretim yapılmaktadır. 2020-2021 öğretim yılında lisansüstü programlarda öğrenim gören öğrenci sayısı, 5537 yüksek lisans ve 1896 doktora düzeyinde olmak üzere toplam 7433'tür. Enstitülerde farklı alanlarda 143 doktora programı mevcuttur.

Erciyes Üniversitesi 2017 yılından itibaren Yükseköğretim Kurulu tarafından belirlenen araştırma üniversitelerinden biridir. Üniversite bünyesindeki Aşı Araştırma Geliştirme Merkezi'nde Aykut Özdarendeli ve ekibi tarafından 2015'te dünyada ilk patent alan "İnaktif Kırım Kongo" aşısı ve 2021'de TURKOVAC Covid-19 inaktif aşıları üretilmiştir. Bu aşı ile Türkiye, dünyada COVİD-19 aşısı üreten dokuz ülkeden biri olmuştur.