İstanbul Üniversitesi'nin tarihinde üç farklı öğretim kurumu yer almaktadır. Bunların ilki, fethin hemen sonrasında Fâtih Sultan Mehmed tarafından kurulan medreseler, ikincisi 1900'lerden itibaren farklı isimler altında eğitim vermeyi sürdüren Dârülfünun, üçüncüsü ise 1933 yılında Üniversite Reformu ile kurulan İstanbul Üniversitesi'dir. Üniversitenin köklerini 1453'te Fâtih Sultan Mehmed'in İstanbul'u fethetmesinin ardından burada kurduğu medreselere kadar uzatanlar vardır (bk. Medrese). Osmanlı Devleti zamanında yükseköğretim düzeyinde eğitim veren medreselerin yerine Batılı, modern tarzda bir yükseköğretim ilk defa 1845 yılında planlanmış, 1863'te faaliyete geçmiştir (bk. Dârülfünun). Osmanlı Dârülfünunu zaman içinde bir kez daha açılıp kapandıktan sonra bu tecrübe ile 1900 yılında dördüncü defa açılmış ve 1933'e kadar eğitim öğretim ve araştırma hayatına devam etmiştir. Bu tarihte İstanbul Dârülfünunu kapatılmış (bk. Üniversite Reformu [1933]) ve yerine İstanbul Üniversitesi kurulmuştur.

1933 Üniversite Reformu'nda başta Atatürk olmak üzere dönemin önde gelen ilgilileri öncelikli iki hedef belirlemişlerdir. Bunlar, Dârülfünun'u kaldırarak yerine Batılı anlamda bir üniversite kurmak ve reform sonrasında kurulacak bu üniversitede, Cumhuriyet ideolojisinin gelişmesini sağlamaktır. Böylece 1933 yılında 2252 sayılı İstanbul Dârülfünunu'nun İlgasına ve Maarif Vekâleti'nce Yeni Bir Üniversite Kurulmasına Dair Kanun ile 31 Temmuz 1933 tarihinde İstanbul Dârülfünunu kaldırılarak, bir gün sonra 1 Ağustos 1933 tarihinde İstanbul Üniversitesi adıyla bir üniversite kurulmuştur.

Yeni üniversitenin öğretim üyeleri üç gruptan oluşmuştur. İlk grup, kapatılan Dârülfünun'dan alınan öğretim üyelerinden, ikinci grup, yurt dışında lisans ve doktora yapmış olan genç Türk öğretim üyelerinden; üçüncü grup ise, o yıllarda Almanya'daki Nazi baskısından kaçarak Türkiye'ye gelen yabancı bilim adamlarından oluşmuştur.

Yeni açılan İstanbul Üniversitesi Tıp, Hukuk, Fen ve Edebiyat fakültelerinden meydana gelmiştir. İstanbul Dârülfünunu'nun İlahiyat Fakültesi ise İslam Tetkikleri Enstitüsü'ne dönüştürülmüştür. Bunların dışında üniversitede altı enstitü daha yer almıştır. Bunlar, Türk İnkılabı, Millî İktisat ve İçtimaiyat, Coğrafya, Türkiyat, Morfoloji ve Elektro-mekanik enstitüleridir. Ayrıca yabancı dilde yazılmış önemli kitapları Türkçe'ye çevirecek bir de Telif ve Tercüme Kurulu oluşturulmuştur. İstanbul Üniversitesi'nin ilk rektörü Neşet Ömer İrdelp olmuştur. İlk Tıp Fakültesi Dekanı Tevfik Sağlam, ilk Fen Fakültesi Dekanı Kerim Erim, ilk Hukuk Fakültesi Dekanı Tahir Taner, ilk Edebiyat Fakültesi Dekanı M. Fuat Köprülü'dür.

Türkiye'nin en köklü markalarından biri olan İstanbul Üniversitesi'nin tarihi, aynı zamanda Türkiye'deki bilimsel eğitimin ve gelişimin tarihidir. Üniversitenin Beyazıt'taki ana yerleşkesinde yer alan tarihî ana kapı, İstanbul'un önemli silüetlerden biri olan Beyazıt Yangın Kulesi ve eski Harbiye Nezareti olarak kullanılan tarihî rektörlük binası ile Türkiye'de üniversite kavramının sembolüdür.

İstanbul Üniversitesi 2018 yılına gelindiğinde bünyesinde bulunan çok sayıdaki akademik birim yanında 20.000 civarında akademik ve idarî personel ile 170.000'i aşkın öğrenci kapasitesine ulaşmıştı. 2018 yılında 7141 sayılı yükseköğretim ile bazı kanun ve kanun hükmünde kararnamelerde değişiklik yapılmasına dair kanunun ek 182. maddesi ile İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa kuruldu. Bu kanun ile İstanbul Üniversitesi'nin bazı fakülte ve akademik birimleri yeni kurulan üniversiteye dahil edildi. Avrupa'da kurulan ilk on üniversiteden biri olan İstanbul Üniversitesi, on yedi fakülte, fakülteler dışında on üç enstitü, iki yüksekokul, iki meslek yüksekokulu ve 731 programıyla sahip olduğu köklü bilgi birikimi ve tecrübesiyle hem ülkemize hem de insanlığa yararlı bilgi üreten ve yetkin bireyler yetiştiren öncü üniversitedir.