Osmanlı Devleti sınırları dahilinde XVI. yüzyıldan itibaren faaliyetlerine başlayan Katolik misyonerliğinin öncüleri, ilk olarak 1223 yılında Vatikan tarafından resmen tanınan Fransisken ve Dominiken tarikatlarının Anadolu ve Filistin'e gönderdikleri misyonerlerdir. Bunların amacı vaaz ve âyinler yoluyla Filistin ve Suriye bölgesindeki Bizans kalıntısı Keldânî, Mârûnî, Süryânî ve Gregoryen Ermeni kiliselerinin mensuplarını Roma-Katolik mezhebine dahil ederek papanın liderliğinde birleştirmekti.
İstanbul'un fethinden sonra Fâtih Sultan Mehmed'in Latinler'e ve Galata Cenevizlileri'ne verdiği ahitname onlara mal ve can emniyeti, din ve ticaret serbestisi ile işlerine bakacak bir teşkilat hakkı tanımıştı. İstanbul'da bulunan Fransiskenler'in faaliyetleri arasında mevcut Latinler'in dinlerine sadık kalmalarını sağlamak, çocuklarına kiliselerinin içindeki ufak mekteplerde ilmihal ve ilahi öğretmek de bulunuyordu. Ancak İstanbul'daki Latin kiliselerinin idaresi, Papalık Propaganda Dairesi tarafından 1682 yılında yerel cemaatin elinden alındı. İlk defa XIII. yüzyılda İstanbul'a gelen Dominiken misyonerleri ise St. Paul, St. Pierre, St. Marie ve St. Nicholas manastırlarını merkez edinmişlerdi.
Cizvit misyonerlerinin Osmanlı'ya ilk gelişleri 1583 yılında on yedi aileden ibaret olan Galata ve Beyoğlu Katolikleri'nin papadan misyoner talep etmeleri üzerine gelen beş rahiple olmuştur. Galata'da bulunan ve Kral II. Henry'nin Kanûnî Sultan Süleyman'dan talebi üzerine Fransa'ya bırakılmış olan St. Benoit ve Notre Dome manastırlarına yerleşen bu kişiler manastırların içinde bir hastane ve okul açtılar. Ayrıca vaaz ve dinî âyinlerle de meşgul oluyorlardı. İkinci Cizvit heyeti 1609 yılında gelen dört rahipti. Müfredatında gramer, dil, serbest sanatlar ve matematik olan ve Fransa kralının ödeneği ile işleyen okulun 1610 yılındaki elli mevcudu arasında birkaç Latin, Rum ve yahudi çocuğu da bulunuyordu.
Katolik misyonerliğinin seyri Roma'da 1623'te Propaganda Fide adlı teşkilatın kurulması ve gönderilecek misyonerleri yetiştirecek bir kolej açılmasıyla değişti. Faaliyetler daha sistemli hale getirildi. Bu andan sonra Katolik misyonerlerinin faaliyetleri ile Osmanlı tebaası olan Rum, Ermeni cemaatinden bazı kişiler Katolik olmaya başladılar.
Osmanlı Devleti o vakte kadar kendi tebaası olan kiliselerin şikâyetleri doğrultusunda Katolikliği kabul edenlere karşı bir tavır sergilerken bu olaydan sonra Cizvitler'in de faaliyetlerini de engellemeye başladı. Cizvit tarikatı 1773'te papa tarafından lağvedildi. 1814'te yeniden teşkilatlanınca İtalyan Cizvitleri İstanbul'a gelerek 1864'te Collegio di Sta Pulcheria adlı gündüzlü bir okul açtılar. 1891'de Beyoğlu'ndaki binasına taşınan okul birkaç yıl sonra Lazarist rahiplerine devredildi.
Fransa'dan gönderilen misyonerlerin ikinci grubunu Kapusen rahipleri oluşturmaktadır. Diğerlerine kıyasla daha sistemli bir yayılmacılık gösteren Kapusenler İzmir, Atina, Kuşadası, Sakız, Lefkoşe, Halep, Kahire, Diyarbakır, Şam, Beyrut, Lübnan gibi şehirlere dağıldılar. 1626 yılında İstanbul'daki St. George Manastırı'na yerleşerek Beyoğlu'nda bir okul açtılar. 1673'te St. Louis adını verdikleri bir manastır ve kilise inşa ettiler. Papanın takdis ettiği bu kilise fetihten sonra Latinler'in inşa ettiği ilk kilisedir. Fransa bunların eğitim faaliyetlerinden yararlanma gayesiyle Fransız elçiliğine ve konsolosluklarına tercüman yetiştirilmek üzere İstanbul ve İzmir'deki okullarına her yıl altışar dil oğlanı gönderme kararı aldı (1699). 1718'de İstanbul'da bu sayı on ikiye çıktı. Dil Oğlanları Koleji'nde üç yıllık eğitimle Türkçe, Latince, Fransızca, İtalyanca, Rumca ve Ermenice öğrenerek yetişenlerin sayısı 1710-1726 arasında kırk üçe ulaştı. Buna karşılık Paris'teki Cizvitler'in Louis le Grand Koleji Levantenler'den öğrenci kabul etmeye başladı. Mezunları Doğu iskelelerindeki konsolosluklarında tercüman olarak istihdam edildiler. Kapusenler 1783'te Dil Oğlanları Koleji'ni Papalık Propaganda Dairesi'nin İstanbul vekiline sattılar. Öte yandan Bizans ve Roma kiliselerinin birleştirilmesi ülküsü için yerli çocuklarını okutup misyoner olarak yetiştirmek gerektiğini düşünerek papalığın izniyle 1882'de Beyoğlu'nda St. Louis Manastırı'nda bir ruhban koleji açtılar. Ödenekleri ve öğretmenleri papalık, öğrencileri ise Doğu'da çalışan meslektaşları gönderiyordu. 1886'da Kadıköy'de St. Joseph Ruhban Koleji'ni kurmaya giriştiler. Bu kolejler yalnızca yerlileri değil, aynı zamanda dünyanın dört bir yanında çalışacak olan Fransız genç rahip adaylarını da yetiştiriyordu. Kapusenler 1914'te ülkelerine dönerken burayı kapattılar ancak I. Dünya Savaşı sonunda tekrar faaliyete geçirdiler.
Lazarist tarikatı misyonerleri de 1802'de St. Benoit Manastırı'na yerleştiler ve orada Cizvitler'den kalan koleji ihya ettiler. Kolejin yanına bir ilahiyat okulu (seminer) açarak Doğu kiliselerinden yerli gençleri getirip rahip ve papaz olarak yetiştirmeye başladılar. Daha sonra 1838'de kız okulları açmak için Filles de Charite adlı rahibeler topluluğunu, erkek çocuklara ilkokullar açmaları için de 1842'de Frerler tarikat mensuplarını davet ettiler. Alman Lazaristler de 1882'de Galata'daki St. George Manastırı'na yerleştiler.
İstanbul'da 1854'te sayıları 150'ye ulaşan Charite rahibeleri Notre Dome Manastırı arsasında inşa edilen binada bir ilkokul ile öksüzler yurdu açtılar. Daha sonra buraya yatılı kısım, eczane ve dispanser, Katolikliğe yeni girenlere din dersleri kısmı ve fakirlere iş atölyesi ilave ettiler. 1856'da Gülhane'de bir ilkokul, Pangaltı'daki St. Esprit Kilisesi'nin yanında yatılı ve ücretli bir kız okulu açtılar. Ancak bu okulu, 1857'de İstanbul'a gelen Notre Dome de Sion rahibelerine devrettiler. Onlar da burasını fakir çocuklara tahsis ettiler. Günümüzde aynı adı taşıyan Fransız Kız Lisesi buranın devamıdır.
Diğerlerine kıyasla okullaşmaya daha fazla önem veren Frerler ilk defa sırf Ermeni çocuklarına mahsus bir okul açtılarsa da yürütemediler. Kadıköy'de St. Joseph Koleji'nden başka birkaç ilkokul ve ilahiyat okulu açtılar. 1886'da Beyoğlu'nda gündüzlü ve ücretli olarak açtıkları St. Michel Koleji günümüze kadar gelmiştir. 1895'te Kumkapı'daki St. Jean Chrysostome (ileride St-Jeanne d'Arc) Okulu, Haydarpaşa'daki St. Louis Koleji de onlar tarafından açılmıştır. 1903'te St. Joseph Koleji bünyesine yüksek ticaret mektebi eklediler.
Gürcü Katolik rahip ve rahibelerinden ufak bir grup da İstanbul'da Fransız Sefarethanesi'nin himayesinde bazı okullar açmışlardır. Bomonti'de kurdukları manastırdaki kız ve erkek ruhban okullarında Gürcistan'dan getirdikleri gençleri yetiştirmiş, başarılı olanları Avrupa'ya öğrenime göndermişlerdir. Kızlar ise Fransa'daki Montauban Manastırı'nda ileri eğitim almışlardır.
XIX. yüzyıla gelindiğinde Katolikler'e ait okullarda müslüman öğrenciler de görülmeye başlanmıştır. St-Jeanne d'Arc okulunda 1892'deki doksan beş öğrenciden biri müslümanken 1912'de 225 öğrenciden yetmiş beşi müslümandı. Kumkapı'daki Assomption Koleji'nin 1912'deki 132 olan mevcudu arasında doksan üç müslüman öğrenci okumaktaydı. Bunların fakir ailelere değil bilakis Osmanlı toplumunun üst düzey ailelerine mensup olmaları dikkat çekicidir. Müslüman kesimden öğrenci alabilmelerinin en önemli sebebi, Fransız Katolik okullarının metot ve ideallerinde gittikçe esnek bir çizgiye kayması ve bilhassa okulları Fransa'daki modern liselere benzetmeleridir. Bu konuda başı çeken kurum Bebek Fransız Koleji'dir. 1837'de İstanbul'a gelerek St. Benoit Manastırı ve Koleji'nde ıslahat yapan rahip Eugene Boré ve halefleri öncelikle koleji çok dilli, çok dinli ve çok kültürlü bir yapıya kavuşturmuşlardır.
1843 yılında Fransa Kralı Louis Philippe'in koleje "Collége Royal" (Kraliyet Koleji) unvanı vermesi, diplomasına Fransa Millî Eğitim Bakanlığı'nın edebiyat dalında bakalorya denkliği getirmesi, başarılı öğrencilere ileri eğitim için Fransa'ya gönderilme imtiyazı tanınması, eğitimin tamamen parasız olup personel maaşları ve kitaplar dahil bütün masrafların Lazaristler tarafından karşılanması, kuruma ait matbaanın olması okulu cazip hale getirmekteydi. 1841 müfredatında Fransız dili ve edebiyatı, güzel konuşma, felsefe, Latince, antik Yunanca, İngilizce, Türkçe, modern ve antik tarih, coğrafya, aritmetik, geometri, cebir, kozmografya, fizik, kimya, doğa tarihi, din ve ahlak bilgisi, kaligrafi, kitap tamiri, Avrupa'da endüstriyel gelişim, ticaret hukuku şeklindeydi ve son derece laik ve meslek ağırlıklıydı. 1844'te ilk defa başarılı öğrencilere törenle ödüller verilmesi, başarılı ödevlerin öğrenci velilerinin de katıldığı aylık toplantılarda takdir edilmesi, sınavların ailelerin huzurunda yapılması, başarılı kompozisyonların yıllıkta yayımlanması, okulu gözde hale getiriyordu. Okulun 1854'te ilk defa öğrencilere Fransa liselerindeki modelde üniforma giyme zorunluluğu getirmesi, asker kıyafeti giydirerek askerî tatbikatlar yaptırması, gönüllülerden bir itfaiye teşkilatı kurması, beden eğitimi derslerine jimnastik topu egzersizlerini dahil etmesi döneminde sıra dışı uygulamalardı. Bütün bunlar Osmanlı devlet ricalinin, seyyahların ve yabancıların orayı ziyaretlerine yol açmaktaydı. Okuldaki rahibelerin Kırım Savaşı'nda gösterdikleri yararlılıkların da etkisiyle ilk defa iki müslüman öğrenci buraya kaydoldu. Bu açılımlar doğrudan dini telkin metodunun yerini kültür misyonerliğine bıraktığını göstermektedir. Ahmed Cevdet Paşa'nın iki torununu da Notre Dame de Sion Kız Koleji'ne kaydolmuştu.
Fransız okullarının Osmanlı tebaalarıyla müstakil olarak ilgilenmeleri ve onlara maddi manevi destek olmaları da başarılarında etkendi.
Benzer şekilde Bebek Fransız Koleji Müdür Boré, okuluna Bulgarlar'ı çekmek için bizzat Bulgarca öğrenmiştir. İlk defa 1854'te kaydolan Bulgar öğrencilere Bulgarca pazar âyini başlattı ve bu yıllarca devam etti. 1859'da Makedonya'nın Kilkis bölgesine giderek orada Katolikliğe geçmek isteyen 10.000 kişinin kurduğu Bulgar Birliği Komitesi'ne üye oldu. 1861'de Fransa'daki merkeze İstanbul'da müstakil bir Bulgar ilahiyat okulu açılması teklifinde bulundu. Boré ayrıca Bulgar isyancılardan olan ve Rusya'nın politikalarını tenkit ederek Fransa'nın ve papalığın desteğini almak isteyen Dragan Tsankov'u koleje öğretmen olarak aldı. Propaganda metinlerini basması için kolejde Bulgarca matbaa kurmasına imkân tanıdı. 1859'da çıkardığı Bılgaria adlı gazetesinin masraflarını karşıladı. Bütün bunlar Bulgarlar'ın, Rusya ve Fransa'nın desteği ile isyan ederek Osmanlı'dan ayrılışlarına önemli katkılardı ve Fransa'nın politikalarıyla paraleldi. Nitekim Boré'ye göre "Bulgar hareketi" Bebek'te hazırlanmıştı.
Fransız okulları ile Osmanlı Devleti arasındaki büyük krizlerden biri Beyrut'taki St. Joseph Dârülulûm-ı Tıbbiyesi çerçevesinde yaşandı. İzinsiz ve ruhsatsız olarak 1883'te açılan bu müessese üç yıllık eğitim veriyor, mezunlarına verilen diplomalar ancak Fransız kolonilerindeki bir sağlık memuruna denk sayılıyordu. 1886'da tedrisatını dört yıla çıkarsa da Fransa'da doktorluk yapacak seviyede sayılmıyorlardı. Osmanlı Devleti ise verilen diplomayı tanımıyordu. Zira görünüşte ciddi bir tıp hizmeti gibi duran bu kuruluşun misyonerlik misyonu da vardı. Öte yandan devlet tıp alanını kendisine hasretmek, kendi kurumlarından yetişen hekimlere imkân vermek istiyordu. Fransa ise ruhsat almak adına mütemadiyen baskı ve girişimlerde bulundu. Ancak buna on beş yıl direnen Osmanlı 1897'deki Girit isyanı sürecinde devletlerin baskılarıyla yapılan antlaşmada durumu kabullenmek zorunda kaldı. Antlaşma maddelerinden biri de maarif memurlarının Katolik okullarını Fransız elçisiyle beraber denetlemeleri ve St. Joseph Tıbbiyesi mezunlarının diplomalarının Mekteb-i Tıbbiye ile denk tutulmalarına yönelikti.
Diğer misyoner okullar gibi Katolik okullarının önemli misyonlarından biri de Batı'nın bilgisini aktaran, Fransız dilini ve kültürünü yaymak idi. Mesela Nevşehir'deki Assomption rahibelerinin ibtidâî mektebinde sadece Fransızca ve yerel diller okutulurken, Trabzon'da Louis Fornie'nin açtığı sıbyan mektebinde lisan, elişi ve müzik öğretilmekteydi. Dedeağaç'taki Mineurs Conventuel Mektebi'nde ise kıraat, hüsnühat, İncil, hesap, tarih ve coğrafyadan oluşan bir müfredat vardı. İstanbul'daki okullarda ise kolej programları uygulanmaktaydı.
1901 yılında ortaya çıkan Midilli hadisesi sırasında Fransa Parlamentosu'nun, Sultan II. Abdülhamid'in 1887'de "ecnebi mekteplerine ruhsat alma zorunluluğu getirmesinden" rahatsızlığını dile getirmesi doğrultusunda Fransa hükümeti Osmanlı coğrafyasındaki bütün kilise, manastır, hastane, yetimhane ve okullarının mevcudiyetinin resmen tasdikini, yeni okul açmalarına karışılmamasını istemiş, bunun için diplomatik baskı kurmuştur. Hatta 7 Kasım 1901'de Midilli adasına asker çıkartarak gümrük gelirlerine el koydular. Bu vaziyet karşısında Osmanlı Devleti Fransa'nın isteklerini kabul etmek zorunda kaldı. Fransız Konsolosluğu'nun o sıralarda hazırladığı listede Kudüs sancağı ile İstanbul, Erzurum, Kastamonu, Edirne, Selanik, Manastır, Hudâvendigâr, Konya, Cezâyir-i Bahr-ı Sefîd, Adana, Ankara, Sivas, Trabzon, Van, Diyarbakır, Ma'mûretülazîz, Halep, Suriye, Beyrut, Musul, Bağdat, Basra, Trablusgarp ve Yemen vilayetlerinde toplam 265 okul, 354 de diğer kurumlar yer almaktadır.
1913 tarihli Osmanlı-Fransız Antlaşması'nda bu listeyi güncelleyen Fransa, 1901'dekileri iki katına çıkartarak ve on bir laik okul, sekiz sanayi ve ziraat okulunu da eklediği toplam 504 mektebini tasdik ettirdi. Ancak 8 Ocak 1914 tarihinde kapitülasyonların ilgası için Sultan Reşad'ın iradesi çıkınca bu antlaşma hükümsüz kalmış oldu. I. Dünya Savaşı'nın başlamasından sonra Fransa ile ilişkiler kesilmiş, Katolik mirasını papalık tevarüs etmek istemiştir. Lakin papa vekilinin Osmanlı'da resmî bir karşılığının olmaması dolayısıyla talebi reddedilerek bütün Fransız müesseseleri devlet tarafından müsadere edilmiştir. Cumhuriyet'ten sonra eski imtiyazlarına devam etmek isteseler de buna izin verilmemiş, hükümetin belirlediği kanunlara uymak şartını yerine getirenler açılmıştır. Ancak bu durum Fransız okullarının 1914 öncesindeki gücünü kaybettirmiştir (bk. Yabancı Okullar).
Günümüzde "özel" statüde faaliyette bulunan Fransız okulları şunlardır: İzmir St. Joseph Fransız Lisesi, İstanbul St. Joseph Fransız Lisesi, St. Benoit Fransız Lisesi, St. Pulcherie Fransız Lisesi, St. Michel Fransız Lisesi, Notre Dome de Sion Fransız Lisesi.
İtalyan ve Avusturya Katolik mektepleri; Katolik İtalyan cemiyetleri, papalık ve konsoloslukların iş birliği ile İstanbul, Aydın, Kudüs, Trablusgarp, Bingazi, Derne, Preveze, Trabzon'da yoğunlaşmıştır. Öğrenci kitlesi olarak yerli hıristiyan ve yahudi çocuklarını seçmişlerdir. Ayrıca Prizren, İpek, İşkodra ve Görice'de çok sayıda Arnavut okulları açarak mezhep ve dillerini yaymışlardır. 1902'de Osmanlı coğrafyasındaki İtalyan okulu sayısı yirmi beştir ve daha sonra ilaveler olacaktır. 1893'te İtalyan konsolosluğunun Bingazi'de ruhsatsız üç okul açma teşebbüsüne mutasarrıfın itirazıyla gelişen olay üzerine İtalyan hükümeti bölgeye bir zırhlı göndererek gözdağı vermiş, böylece İtalyanlar'ın da diğer devletler gibi tehditlerle okullarını koruma yoluna gittiklerini göstermiştir. I. Dünya Savaşı ve Millî Mücadele döneminde diğer Katolik kurumlarına getirilen yaptırım ve kısıtlamalar bunlar için de uygulanmıştır. Günümüzde Galileo Galilei İtalyan Lisesi ile Özel İtalyan Lisesi faaliyettedir.
Avusturya-Macaristan İmparatorluğu'nun da İstanbul, İşkodra ve Edirne'de açtığı yaklaşık elli okul 1904 yılında resmen kabul edilmiştir. Günümüzde bunlardan sadece Özel Sankt Georg Avusturya Lisesi ve Ticaret Okulu faaliyettedir.
