Mondros Mütarekesi'nden (30 Ekim 1918) sonra başlayan fiilî işgaller karşısında Türk milleti topyekün mücadeleye girişmiştir. Bu mücadele sırasındaki savaş şartlarında rağmen hem eğitim hayatı kesintisiz sürdürülmeye çalışılmış hem de eğitimcilerin Millî Mücadele'ye ciddi katkıları olmuştur. 23 Nisan 1920 tarihinde Ankara'da toplanan Büyük Millet Meclisi mebuslarından en az otuz kadarı öğretmendir. Ciddi bir toplumsal örgütlenme neticesinde başlayan ve sürdürülen Millî Mücadele'nin Anadolu'daki zemini ve temel beşerî kaynağı da İttihat ve Terakkî Cemiyeti'nin çoğunluğu muallimlerden teşekkül eden taşra teşkilat yapısına dayanıyordu.
İşgaller başlayınca İngiltere, Fransa, İtalya, Amerika ve Yunanistan, Trakya'da ve Anadolu'da çok çeşitli kurum, kuruluş ve özel konut gibi binaların yanı sıra okullar başta olmak üzere, maarif idarelerinin binaları gibi eğitim kurumlarını da ivedilikle işgal ettiler. İstanbul'da Harbiye Mektebi binası, Askerî Mektepler Müfettişliği binası ve Beşiktaş'ta bulunan erkek lisesi binası İtilaf güçlerinin varlık gösterdikleri ilk eğitim kurumları arasında yer aldı. Mütareke döneminde işgal kuvvetleri İstanbul'da okullara yıldırma politikası uyguladı. Anadolu ve Trakya'da da durum farklı değildi.
Adana'da Fransızlar pek çok okulu kapatmıştı. Yunanlılar da işgalleri altındaki bölgelerde Yunan maarif mıntıkası oluşturmuş, pek çok okulu kapatmış, öğretime devam eden okulların müfredatlarında ise değişikliklere gitmişlerdi. Mesela tarih ve mâlûmât-ı vataniye derslerini kaldırıp yerine zorunlu Yunanca dersini getirmişlerdir. Ayrıca Yunanlılar, Anadolu'yu terkedinceye kadar, Avrupa gazetelerine verdikleri abartılı istatistiklerle Avrupa kamuoyunda eğitim öğretimi de bir propaganda malzemesi olarak kullanmışlardır.
Fiilî işgallerin devam ettiği süreçte 1 Kasım 1922 tarihinde saltanatın kaldırılmasına kadar sırasıyla Ali Kemal Bey (Mart-Mayıs 1919), Sait Bey, Abdurrahman Şeref Bey, Rumbeyoğlu Fahreddin Bey, Hâdi Paşa ve Said Bey maarif nazırlığı yaptı. Ekim 1918-Mart 1920 tarihleri arasında Osmanlı Maarif Nezareti önemli tedbirler alarak Dârülmuallimîn ve Dârülmuallimât mezunlarına mecburi hizmet yükümlülüğü getirdi. Bu dönemde okulların açık kalması için Maarif nazırlarının önemli girişimleri olduysa da sıcak çatışmanın yaşandığı bölgelerde okullar kapatılmak zorunda kaldı. Bireysel çabalarla okul, öğretmen ve eğitimle ilgili işleri kontrol altında tutmak isteyenler vardı, ancak Maarif Nezareti cezalandırma ya da vergi toplama yöntemi dışında denetimi sağlayamadı. Bu süreçte bazı öğretmenler İttihat ve Terakkî Fırkası'na mensup olmakla suçlandı ve görevlerinden alındı. İşgal sırasında bu tür kararlar büyük ölçüde işgal kuvvetlerinin baskısıyla alınıyordu. Mesela İstanbul'da Dârülmuallimîn mezunlarının Millî Mücadele'ye katılma ihtimalleri dikkate alınarak Anadolu'ya atamaları yapılamadı. 1920 Nisan ve Temmuz ayları arasında Maarif nazırlığı yapan Rumbeyoğlu Fahreddin Bey okul kitaplarından "Türk" sözcüğünün çıkartılıp yerine "Osmanlı" sözcüğünün konulmasını talep etti. Bu süreçte öğretmen ve öğrencilerin millî harekete katılmalarını engelleme faaliyetleri söz konusu olmuşsa da öğretmenlerin hemen hepsi Kuvâyımilliye hareketini desteklemişlerdir. İzmir'in işgali sonrası başta İstanbul olmak üzere başlayan protesto mitinglerinin düzenlenmesinde öğretmenler aktif rol almıştır. Dârülfünun mitinglerinin düzenlenmesinde Halide Edip, Nakiye (Elgün), Müfide Ferit (Tek), Münevver Saime Hanım, Naciye Hanım, Hayriye Melek, Meliha Hanım, Sabahat Hanım, Zeliha Hanım, Şükûfe Nihal (Başar) Hanım, Hüseyin Ragıp ve Selim Sırrı en ön planda yer almışlardır. Dârülfünun'da ders veren müderrisler, Dârülmuallimîn ve Dârülmuallimât mezunu öğretmen ve öğrencilerin kitleleri yönlendirmede etkin görev aldıkları bilinmektedir. Anadolu'daki mitinglerde de din âlimleri, imamlar ve diğer toplumsal kanaat önderleri öğretmenlerle birlikte halkın bilinçlenmesi yolunda mücadele etmişlerdir.
Mustafa Kemal Paşa'nın 19 Mayıs 1919 tarihinde Samsun'a çıkışının ardından Erzurum Kongresi'ne (23 Temmuz-7 Ağustos 1919) katılan delegelerin beşi öğretmendir. Her açıdan ulusal nitelikte olan Sivas Kongresi (4-11 Eylül 1919) azaları arasında da öğretmenler yer almıştır. Anadolu Kadınları Müdâfaa-yı Vatan Cemiyeti, Sivas'taki numune kız mektebinde kurulmuş, kısa sürede çeşitli şehirlerde şubeler açılmıştır. Bu cemiyetin kurucusu Melek Hanım ile üyelerin önemli bir bölümü öğretmen ve idarecilerden oluşmuştur.
23 Nisan 1920 tarihinde açılan Büyük Millet Meclisi mebusları arasında otuz civarında öğretmen ve eğitimci yer almıştır. Meclis konuşmalarını öğretmenler yazıya geçirmiş Millî Mücadele'ye zabıt kâtibi olarak da hizmet vermişlerdir. Meclisin açılmasında kısa bir süre sonra teşekkül eden İcra Vekilleri Heyeti (Bakanlar Kurulu) arasında Maarif Vekâleti de yer almıştır. İlk Maarif vekili olarak oy birliği ile Rıza Nur seçilmiştir (bk. Rıza Nur). Mebusların toplandığı binadaki sıralar ve diğer bazı araç gereçler Ankara'daki okullardan sağlanmıştır. Türkiye Büyük Millet Meclisi hükümetinin maarif teşkilatı, ilk tedrisat (ilköğretim), tâli tedrisat (ortaöğretim), hars (kültür), muhasebe, sicil ve istatistik müdürlükleri biçiminde oluşturulmuştur.
Türkiye Büyük Millet Meclisi Maarif vekilleri Dr. Rıza Nur Bey, Hamdullah Suphi Bey, Mehmet Fevzi Bey ve İsmail Safa Bey (Özler) dönemlerinde Maarif Vekâleti, İstanbul haricinde Anadolu'nun hemen her yerindeki il özel idareleriyle doğrudan temasa geçerek kısa zamanda il, kasaba ve nahiyelere kadar olan maarif idarelerinin yönetim ve denetimini ele almış; öğretmen, öğrenci ve okul sayılarını tespit etmiştir. İl özel idareleri ve maarif müdürlükleri ile eğitim öğretime dair eldeki mevcudu tespite yönelik faaliyetlere derhal başlanmıştır. İstanbul ve çevresi ile Yunanlar'ın işgal ettikleri bölgelerdeki okullar Türkiye Büyük Millet Meclisi yönetimine bağlanmıştır. Bunların yanında Ankara'da Aralık 1920 tarihinden itibaren halkın ve memurların bilgilendirilmesi adına serbest âli dersler adı altında herkese açık ders ve konferanslar verilmeye başlanmıştır. Öğretmen ve eğitimciler Millî Mücadele sürecinde halkın eğitimine, mitingler, kongreler, yazı ve konuşmalarıyla çok önemli katkılar sunmuşlardır. Savaş döneminde dahi okulların açık tutulması öğretime devam edilmesi konuya verilen önemi göstermektedir. Ayrıca 19 Eylül 1921 tarihinde şehit çocuklarının yatılı mekteplere öncelikle parasız kabulü hakkında Büyük Millet Meclisi bir karar almıştır.
Düzenli ordu kuruluncaya kadar Kuvâyımilliye hareketi içinde silahlı direnişe katılan öğretmenlerin sayısı da fazladır. Türkiye Büyük Millet Meclisi'nin Konya nasihatçisi muallim Mümtaz Bahri Bey, Mehmet Muhlis Bey, Çankırılı Ahmet Talat Bey, Maraşlı matematik muallimi Hayrullah Bey, doğunun eğitim gönüllüleri Cevat Dursunoğlu ve Süleyman Necati beyler bunlardan bazılarıdır. Çeşitli bölgelerde öğretmenler gece asayişi korumak için nöbet tutup gündüz de okulda öğrencileriyle buluşmaya devam etmişlerdir. Maraş Lisesi matematik öğretmeni Hayrullah Bey, Fransız işgaline karşı dağa çıkmış ve Fransızlar'la savaşırken şehit düşmüştür. Düzenli ordunun kurulması sonrası 7 Mart 1921 tarihli bir kanunla öğretmen, öğrenci ve medrese mensuplarının askerlik görevleri tecil edilmiş olsa da öğretmenlerden gönüllü olarak cepheye gidenler olmuştur.
Eskişehir, Kütahya muharebeleri devam ederken Maarif Vekili Hamdullah Suphi'nin başkanlığında 15 Temmuz 1921 tarihinde bir maarif kongresi toplanmıştır. Bu kongrede muallim birliklerine üye 250'ye yakın kadın ve erkek öğretmen bir araya gelmiştir. Kongrede millî eğitim ve kültür politikasının esasları belirlenmiş; öğretmen, öğrenci, ders kitapları, ders müfredatları ve eğitimi ilgilendiren hemen her konu dile getirilmiştir (bk. Maarif Kongresi [1921]).
Millî Mücadele devam ederken örgün ve yaygın öğretimde önemli adımlar atılmış, meslek eğitimine ayrı bir önem verilmiş ve öğretmen okullarının planlaması ülke genelinde yeniden yapılandırılmıştır. 17 Şubat-4 Mart 1923 tarihleri arasında yapılan İzmir İktisat Kongresi'nin açılış konuşmasında gerek ilköğretim gerek ortaöğretimde öğrencilerin ticaret, zanaat, sanat dünyası ve bunların faaliyet alanlarında verimli ve etkili olacak şekilde yetiştirilmesine vurgu yapılmıştır.
Millî Mücadele döneminde azınlık ve yabancı okullarının bir kısmı işgalci devletlerin Osmanlı topraklarındaki işgalcilerin amaçları doğrultusunda kullanılmıştır. Bu okullar ülkedeki gayrimüslimleri ayrılıkçı politikalar yönünde etkilemiştir. Mütareke döneminde de bu okullar büyük ölçüde işgal kuvvetlerinin konaklama ve yeme içme, iaşe ve ibate merkezleri haline geldi. Okullar istihbarat faaliyetlerinde hizmet verdiği gibi binalar da mühimmat saklama alanı olarak kullanılmıştır. Merzifon Amerikan Koleji öğretmenlerinden Zeki Bey okulun bu tür eylemlerini Ankara hükümetine bildirdiği için 15 Temmuz 1923 tarihinde toplanan Hey'et-i İlmiye ile zorunlu eğitim yaşında bulunan çocukların yabancı okullara devamları yasaklanmıştır. Yabancı okullar ve azınlık okulları 24 Temmuz 1923 tarihli Lozan Antlaşması'nın 40 ve 41. maddelerinde ele alınmıştır. Bu maddeler gereğince Rum, Ermeni ve yahudilere ve yabancılara ait okullar, Türkiye'deki faaliyetlerini sürdürebilecekler; fakat Türkiye Cumhuriyeti Devleti Maarif Vekâleti'nin teftiş ve denetimi altında yönetileceklerdir.
Millî Mücadele döneminde eğitim faaliyetleri devam ederken öğretmenler ve aileleri ciddi ekonomik sıkıntılar yaşamış, sağlık ve özlük hakları sorunlarıyla da karşılaşmışlardır. Öğretmen atamaları ve görev yerlerine ulaşım ve güvenlik de bu dönemin sorunları arasındadır. Ayrıca öğretim materyali sağlama, ders araç gereçleri, ders kitaplarına erişim gibi problemler eğitimi etkileyen unsurlar olmuştur. Öğretmenler bu dönemde başta İstanbul, Bursa, Konya, Ankara, Trabzon, Erzurum gibi büyük şehirler olmak üzere hemen her yerde örgütlenme faaliyetine önem vermiştir.
