Selanik'te dünyaya geldi, ilk ve orta eğitimini Vardar'ın Yenice kasabasında tamamladıktan sonra İstanbul'a giderek Dârülmuallimîn'e kaydoldu. 1918'de buradan mezun olunca pedagoji eğitimi için bakanlık tarafından yirmi arkadaşıyla Almanya'nın Etlingen kentindeki öğretmen okuluna gönderildi. Savaş şartları sebebiyle eğitimini tamamlayamadı ve arkadaşlarıyla birlikte Türkiye'ye dönmek zorunda kaldı. Bir süre sonra Bursa Sanat Okulu ve Askerî Rüştiyesi'nde tarih öğretmenliği yaptı. Eskişehir Dârülmuallimîni Tatbikat Mektebi idareciliği ile okulun pedagoji tarihi ve tarih-coğrafya muallimliğine getirildi. Temmuz 1920 tarihinde Eskişehir'in Yunanlılar tarafından işgali üzerine Bartın İdâdîsi Türkçe muallimliği ve okul müdürlüğü vazifesine tayin edildi. Daha sonra Kayseri, Sivas, Trabzon ve Adana dârülmuallimînlerinde kısa süreli meslek dersleri öğretmenliği yaptı. Bu görevlerden sonra Balıkesir'e atandı, burada on bir yıl meslek dersleri ve yurttaşlık bilgisi öğretmenliği ile ortaokul müdürlüğü görevlerinde bulundu.

1936'da Edirne Erkek İlköğretmen Okulu'na, 1947-1948 eğitim öğretim yılı başında da Ankara Hasanoğlan Yüksek Köy Enstitüsü meslek dersleri öğretmenliğine atandı. Buranın aynı sene kapanmasının ardından Gazi Eğitim Enstitüsü meslek dersleri öğretmenliğine getirildi. 1964'te emekli oldu. 1984'te Türk Eğitim Derneği tarafından "Eğitime Hizmet ödülü" verildi. 1986'da vefat etti.

Gündüzalp'in ilk eseri Talim ve Terbiye Teşkilatımızda Buhran başlığıyla Sivas'ta görev yaptığı yıllarda (1924) kaleme aldığı doksan sekiz sayfalık bir çalışmadır. Kitap daha çok Birlik Dergisi'ndeki makaleleri ve kongrelerde savunduğu bildirilerden oluşmaktadır. Bu eserin 1922'de bakanlığa yazılan bir rapor olduğu belirtilmiş, içinde yer alan düşüncelerle J. Dewey'in 1924'te hazırladığı Türkiye Maarifi Hakkında Rapor'u arasındaki benzerliklere dikkat çekilmiştir. Eserde Anadolu'daki temel eğitim sorunları, öğretmen meseleleri, kırsal kesimdeki okul, öğrenci, ders araçları ve öğretmen yetiştirilmesi gibi konulara değinilmiştir.

Türk eğitim tarihine asıl katkısı altı cilt halinde yayımlanan Öğretmen Meslek Kitapları Kılavuzu'dur. Kitapta 1928-1963 yılları arasında yazılmış eğitimle ilgili eserlerin bibliyografik listesi verilmekte, kısa tanıtım ve tahlilleri yapılmaktadır. UNESCO Türkiye Millî Komisyonu Yönetim Kurulu, Gündüzalp'e 1928 öncesinde basılmış olan eğitim ve öğretim kitaplarını tanıtan bir kitap yazmasını önermiş, o da 1840-1928 yılları arasında yayımlanan 257 eserin tanıtımını kapsayan son bir cilt daha hazırlamıştır. Kitabın ilk dört cildi Millî Eğitim Bakanlığı, son iki cildi ise Tekışık Eğitim Araştırma ve Geliştirme Vakfı tarafından yayınlamıştır.

Muvaffak Uyanık ile hazırladıkları seksen yedi sayfalık Teşkilat ve İdare adlı çalışma 1953'te yayımlanmış, 1953-1967 yılları arasında öğretmen okullarında ders kitabı olarak okutulmuştur. Kitap, ilköğretime ilişkin kanun ve yönetmelikler yanında okul kooperatifleri, okul yönetimiyle ilgili işlemler, stajyerlik yönetmeliği, izin ve yer değiştirmelerle ilgili usul ve esaslar, okul idare ve teşkilatına ait kaynaklar gibi konulara yer vermektedir.

Gündüzalp, Hans Bruckl'den İlk Toplu Tedrisin Temeli Olarak Hayat Bilgisi adlı eseri 1932'de çevirmiştir. Kitabın ilk on dokuz sayfası toplu öğretim ve iş konusuyla ilgilidir. 1947'de çevirdiği İş Okulu Kavramı adlı kitap Çalışma Bakanlığı tarafından basılmıştır. İsmail Hakkı Tonguç ve M. Rauf İnan ile Alfred Rufer'den Pestalozzi ve Devrim adlı eseri çevirmişlerdir (1962).

Gündüzalp yazılarını Öğretmen, Gayret, Çocuk ve Yuva, Köy ve Eğitim, İlköğretim, Yeni Okul, Tedrisat Mecmuası, Eğitim Hareketleri ve Meslekî ve Teknik Öğretim gibi dergilerde yayımlamıştır. Bu yazılarında genellikle; eğitim bilimi, öğretmenlik mesleği, eğitim ve öğretim süreci, okul hayatı ve köy eğitimi gibi konularda düşüncelerini ortaya koymuştur. Ona göre eğitim ve öğretim kavramları, eğitim biliminin anlamı ve mahiyeti hakkında konuşan kişiler zaman zaman hata yapmaktadır. O, öğretimle daha çok bilgi kazandırmayı, eğitim ile insanın potansiyel kabiliyetlerini geliştirmeyi ve bireye bazı iyi alışkanlıkların kazandırılmasını anlamaktadır. Fakat kabiliyetleri geliştirme ve iyi alışkanlıklar kazandırmada mutlaka bilgi kazandırılmasının bir gereklilik olduğunun unutulmamasını istemiştir. Örneğin yüzme davranışı eğitim süreci sonunda kazanılsa da öncelikle kol ve bacakların nasıl kullanılması gerektiği öğrenilmiş olmalıdır. Eğitim biliminin mahiyetinin yanlış anlaşıldığını da dile getirmiştir. Ona göre eğitimi psikolojinin bir dalı olarak görmek yanlıştır. Amerika'da öğretmen yetiştiren kurumlarda eğitim psikolojisi yanında eğitim sosyolojisine de yer verilmesi, eğitimin sadece psikolojiye indirgenmemesi gerektiğini göstermesi buna bir örnektir. Ayrıca eğitim bilimi denildiğinde sadece bir pedagoji kitabına saplanıp kalınmaması gerekir, eğitim biliminin sürekli olarak gelişmeye devam ettiği dikkate alınmalıdır.

Öğretmenlik mesleğine hususi yer ayıran yazar, köye uygun öğretmen yetiştirme, öğretmenliğin meslekleşmesi, bu mesleğin sorunları, Türkiye'de öğretmen yetiştiren kurumlar gibi konulara değinmiştir. Ona göre nüfusunun büyük kesimi köylerde oturan bir ülkenin şehirlerden farklı olarak köy hayatına uygun öğretmen yetiştirmesi gerekmektedir. Öğretmenliğin meslekleşmesi sorununa da değinmiş, tıpkı doktorluk, mühendislik gibi öğretmenlik mesleğinin de kendine özgü nitelikleri olduğunu belirtmiştir. Öğretmen yetiştiren kurumlar dışından yapılan öğretmen atamalarını eleştiren Gündüzalp'e göre bu yanlışlığın temeli bir başkasına bir şey öğretmek için sadece bilmenin yeterli görülmesi ve eğitmek ile öğretmenin aynı şey olduğuna inanılmasına dayanmaktadır. Birinin başkasına öğreteceği bilgi yanında onun öğretilme yöntemine dair becerisinin de olması gerekir. Gerekliliğine değindiği meslekî formasyonun verildiği yerler ise öğretmen okullarıdır. Keza öğretmenlerin üniversite okuyamaması, nitelikli öğretmen yetiştirememe, öğretmen okullarının programları ile ilkokul ve ortaokulların programları arasında gerekli uyumun olmaması gibi bazı sorunlar üzerinde de durmuştur. Bunlara okulda verilen eğitim ve öğretimin nitelikten yoksun olması, okul eğitiminin verimsizliği, okullarda öğrenci başarısının tam olarak değerlendirilememesi, eğitim öğretim sürecinde öğrenci özelliklerinin dikkate alınmaması, öğrencilerin öz disiplini ve demokratik eğitim gibi konuları da eklemek gerekir.

Ona göre Türkiye'de okullarda eğitimden ziyade öğretime ağırlık verilmektedir. Eğitimden ziyade öğretime önem veren öğretmenler eğitimden bilişsel özelliklerin geliştirilmesini anlamaktadır. Okullarda verilen eğitimi insan hayatına olan yansıması açısından değerlendiren Gündüzalp, buradan hareketle okulların istenen verimi sağlamadığını belirtmiş, bu konuda Ankara ilini örnek olarak göstermiştir. Burada yaşayanların eğitim düzeyleri yüksek olmasına rağmen sağlığı olumsuz etkileyen sigara ve alkol tüketimi düşük değildir. Ayrıca bu şehir temizliğe dikkat edilmemesi gibi istenmeyen olumsuz davranış örneklerinin de daha çok görüldüğü kent olması bakımından dikkat çekicidir. Eğitim bir amaç iken öğretim bu amacı gerçekleştirmek için bir araç rolü görmelidir. İnsan davranışlarına yansımayan, çocuklara iyi bir insanın sahip olması gereken özellikleri kazandırmayan bilgiler insan zihninde sadece yüktür.

Gündüzalp, okullarda verilen eğitimi verimsizliği sebebiyle eleştirmiştir. Öğrenci başarısının değerlendirilmesinde de sorunlar vardır. 1950'li yıllarda öğretmen yetiştiren kurumların programlarında eğitimde ölçme ve değerlendirme ile ilgili derslere yer verilmeye başlansa da öğretmenler öğrenmiş oldukları ölçme ve değerlendirme tekniklerini okullarda tam olarak uygulamamaktadırlar. Okulların öğrenci potansiyelini ortaya çıkaramaması da önemli sorunlardan birisidir. Hukuk, tıp gibi alanlarda yükseköğretimde okuma şansı elde etmesine rağmen iyi bir hukukçu ya da doktor olamayan kişiler vardır. Kabiliyetlere göre eğitim alamamanın tabii sonuçlarından biri böyle tezahür etmektedir.

Mehmet Fuat Gündüzalp'in eğitim yayınlarına, eğitim öğretim yöntem ve tekniklerine dair meslekî yayınları üzerine toplu bir araştırmanın yapılmadığı, buna karşın makale düzeyinde çalışmaların olduğunu söylemek mümkündür.