İzmir'de doğdu. Babasının adı Halid, annesinin adı Naciye'dir. Aslen Horasan'dan Darende'ye göç eden bir aileye mensuptur. İbtidâî, rüşdî ve idâdî eğitimini İzmir'de okudu. 1913 yılında Dârülfünun Hukuk Mektebi'nden mezun oldu, İzmir'de avukatlığa başladı. I. Dünya Savaşı sürecinde halkı birliğe teşvik eden bazı derneklerin kurulmasına öncülük etti. Gazetelerde coşkulu yazılar kaleme aldı. İzmir'in 15 Mayıs 1919 tarihinde işgali üzerine önce İstanbul'a gitti, oradan Balıkesir'e geçti. İzmir'e Doğru gazetesini çıkardı. Balıkesir Barosu ve Balıkesir İdman Yurdu'nun kurulmasına öncülük etti. 1920'de Manisa mebusu seçildi.
Millî Mücadele sürecinde kurulan İstiklal mahkemelerinde dört buçuk ay kadar Sivas'ta görev yaptı. Sonra Kastamonu İstiklal Mahkemesi başkanlığına atandı. Bir yıl kadar burada kaldı.
Millî Mücadele sona erince Türkiye ile Yunanistan arasında 30 Ocak 1923 tarihinde imzalanan Türk-Rum Mübadelesine İlişkin Sözleşme ve Protokol Anlaşması uyarınca göçmenleri yerleştirmek için kurulan İmar ve İskân Vekâleti'nin (20 Haziran 1923) vekilliğe atandı. 6 Mart 1924'te Adliye vekilliğine getirildi. 9 Kasım 1924'te bu görevinden alındıysa da 20 Aralık 1925'te Maarif vekilliğine atandı. Yaptığı ilk işlerden biri, daha önceden maarif sahasında çalışmış, özellikle Avrupa'da eğitim almış, tecrübeli ve yeni siyasî idarenin görüş, düşünce ve felsefesine uygun çalışma arkadaşları (İhsan Sungu, Mehmet Emin, İsmail Hakkı Tonguç vb.) seçmek oldu. Göreve gelmesinin hemen ardından III. Hey'et-i İlmiye Toplantısı'nı yaptı, hukukî, siyasî ve pedagojik sahada yapılacakların listesi hazırlandı. Burada "devlet ve vilayet bütçelerinden Millî Eğitim Teşkilatı'na ayrılan ödeneklerin daha yararlı bir şekilde kullanılması; okullara kayıt için başvuran çocukların tamamının kabul edilmeleri için okul kapasitelerini arttırıcı önlemlerin alınması; liselerin yeniden düzenlenmesi ve belirli merkezlerde kuvvetli liseler açarak yavaş yavaş çoğaltılması; muallim mektepleriyle diğer meslek mekteplerinin belirli merkezlerde toplanmasının güçlendirilmesi; yatısız ortaokullarda karma öğretim uygulanması; stajyer muallimlere verilecek pedagojik formasyonun esaslarının tespit edilmesi; muallim terfileri için kanunî esaslar hazırlanması; talim ve terbiye işleriyle meşgul olmak üzere bir Talim ve Terbiye Dairesi teşkili" edilmesi kararları alındı. Eğitim sisteminin düzenlenmesi için yabancı uzman daveti Mustafa Necati zamanında da devam etti.
Mustafa Necati Bey'in Maarif vekilliğinde ilk yaptığı önemli katkılarından biri de 1926'da 789 sayılı Maarif Teşkilatına Dair Kanun'u çıkarmasıdır. Bu kanunda "Maarifte aslolan muallimliktir" hükmü getirilerek yöneticilik, müfettişlik vb. görevlerin öğretmenliğin bir devamı olduğuna vurgu yapılmıştır. Ardından Dil Heyeti ve Talim ve Terbiye Heyeti kurulmuş, daha sonra bunlara İnşaat ve Mektep Mimarisi Dairesi, Mektep Müzesi Dairesi ve Sağlık Dairesi eklenmiştir. Bu dönemde taşra maarif işleri büyük ölçüde valilerin tekelinde olduğu için, bu uygulamayı aşan bir plan yaparak, Türkiye on üç eğitim bölgesine ayrılmış ve Maarif eminlikleri sistemini getirmiştir. Maarif eminleri taşra eğitim işlerinde tam yetkili kılınmış geniş yetkilerle donatılmıştır.
1926'da eğitimde fırsat eşitliği adına önemli iki adım daha atılmıştır. Bunlardan ilki, 822 sayılı Lise ve Orta Mektepler Talebesinden Neharî Ücreti Alınmaması Hakkında Kanun'dur (1926). 1926-1927 ders senesinden itibaren lise ve orta mektepler talebesinden gündüzlü ücreti alınmamış, ortaokul ve lise parasız olmuştur. İkinci önemli adım ise 915 sayılı Lise ve Orta Mekteplere Alınacak Leylî Meccani Talebe Hakkında Kanun'un (1926) çıkarılmasıdır. Bu kanunla sınavlar yoluyla fakir çalışkan çocukların okullara parasız yatılı öğrenci olarak kabulü başlamıştır. Kanunda sınavda eşitlik durumunda yetim ve şehit çocuklarına öncelik verileceği de belirtilmiştir. Bu kanunlar Türkiye'de eğitimde toplumsal yukarı hareketliliği, eğitim eşitliğini sağlamada en fazla etkiyi yapan adımlardır.
Mustafa Necati döneminin önemli faaliyetlerinden diğeri de 1926 İlk Mektepler Müfredat Programı'nın hazırlanmasıdır. Bu programda ilkokulun hedefleri "genç nesli muhitine faal bir halde intibak ettirmek suretiyle iyi vatandaşlar yetiştirmek" şeklinde açıklanmıştır. Program ile beş senelik ilkokulun ilk üç senesi birinci, son iki senesi ikinci devre olarak tanımlanmıştır. Bu programın getirdiği başlıca yenilik, toplu tedris ve iş okulu kavramlarıdır. 22 Mart 1926 tarih ve 789 sayılı Maarif Teşkilatına Dair Kanun ilköğretim kurumları şehir-kasaba okulları ve köy okulları olarak ikiye ayrılmıştır. Ayrıca gündüz ve yatı mektepleri şeklinde bir ayırıma gidilmiştir. Gündüz mekteplerinin, illerin özel idare gelirleriyle açılacağı hükme bağlanmıştır. 1925 yılı sonunda yatısız ortaokullarda öğretimin karma olması kabul edilmiştir. Bu arada ilköğretim ve ortaöğretimdeki din dersleri de giderek sınırlanmış, Kur'an-ı Kerim programdan çıkarılmıştır. Her ne kadar 1924'te yirmi dokuz tane İmam ve Hatip Mektebi açılsa da iki sene sonra bunlardan sadece üçü kalmıştır.
Ancak Mustafa Necati döneminde çalışmalar daha ziyade ilkokullar üzerinde yoğunlaşmıştır. Yine de ülke sathında okullaşma çağındaki çocuklardan ancak %20'si eğitime erişebilme imkânına sahip olabilmiştir. 1927'de yapılan nüfus sayımı ile okuma oranı %11 olarak belirlenmiştir. Bu oran kızlarda daha da azdır. Mustafa Necati ilkokul mezunlarının hiç değilse %20'sinin ortaokula gitmesi için karma eğitimi desteklemiştir. Okuma yazmanın hızla arttırılabilmesi için şehirdeki ilkokullarda beş yıl, köylerde üç yıl eğitim verilmesi benimsenmiştir. Kesin rakamlar olmamakla birlikte bu dönemde yaklaşık 40.000 köyden 5000 kadarında okul ve öğretmen olduğu tahmin edilmektedir.
Mustafa Necati'nin verdiği bilgiye göre, ortaokulların durumu ilkokullardan daha düşük düzeydedir. 1925/26 ders yılı itibariyle elli altı erkek, on beş kız toplam yetmiş bir ortaokulda 4761 erkek, 1037 kız olmak üzere toplam 5938 öğrenci eğitim öğretim görmekteydi. 1928'de bu sayı 10.433'e yükselmiştir. Bu dönemde liselerin tamamı il merkezlerinde bulunuyordu ve öğrenci sayıları çok azdı. 1926'da on yedi erkek, dört kız olmak üzere yirmi bir lisede 4447 erkek, 1059 kız olmak üzere toplam 5506 öğrenci öğrenim görüyordu.
1927'de 1052 sayılı Meslek Mektepleri Hakkında Kanun çıkarılmış; okullar Maarif Vekâleti'ne bağlanmış, programları yeniden düzenlenmiştir. Bu konuda yabancı uzmanların fikirlerinden yararlanılmış, meslekî bilgilerini geliştirmek amacıyla öğretmen ve idarecilerden bazı kişiler Avrupa'ya gönderilmiştir.
Mustafa Necati döneminde Osmanlı'dan müdevver yükseköğretim kurumları faaliyetlerini sürdürüyordu. İstanbul'da Dârülfünun ve Ankara'da 1925'te açılan Ankara Adliye Hukuk Mektebi eğitim yapıyordu. Mustafa Necati döneminde öğretmen yetiştirmek için de bir dizi yenilik gerçekleştirilmiştir. Kendisi göreve başladığında 4770 ilkokulda 9062 öğretmen bulunduğunu, bunlardan 3960'ının öğretmen okulu mezunu olduğunu söylemiştir. 1924'te yirmi beş olan ilk öğretmen okulu sayısı ilerleyen senelerde bütçe, personel yetersizliği gibi sebeplerle azalmıştır.
Ortaokulların Türkçe öğretmeni ihtiyacını karşılamak için, 1926 yılında Konya'da Orta Muallim Mektebi açılmıştır. Bu okul, bir yıl sonra 1927'de Ankara'ya taşınmıştır. Bir sene sonra mektebe Pedagoji, Matematik, Fizik ve Tabii Bilimler, Tarih-Coğrafya, Resim, Müzik ve Beden Eğitimi bölümleri eklenerek adı Gazi Terbiye Mektebi ve Enstitüsü olmuştur. Liselerin öğretmen ihtiyacı Dârülfünun ile İstanbul Yüksek Muallim Mektebi'nden karşılanmıştır.
Döneminin en önemli eğitim gelişmelerinden biri kuşkusuz 1928'de hayata geçirilen alfabe değişimi Türkiye'de köklü bir eğitim, kültür ve sosyal değişim sürecini başlatmıştır. Eğitim bu alfabe ile sürdürülmüş, okullarda okutulacak kitapların yazımına büyük önem ve dikkat gösterilmiş, sadece idarenin görüş ve ilkelerine uyum sağlayan kişilere ve çevrelere kitap yazma imtiyazı sağlanmıştır. Okul çağındaki kişilerin dışında geniş halk kitlelerini Latin alfabesiyle okuryazar haline getirebilmek için halk dershaneleri ve Millet mektepleri kurulmuştur. Millet mekteplerinde 1928'de açılan 20.489 kurstan 597.010 kişi belge aldı. Daha sonraki senelerde bu sayılar hızla düştü. Harf reformundan önce %11 olarak tahmin edilen okuryazar oranı, 1936 yılında %25 civarına yükselmiştir.
Mustafa Necati dönemi iki dünya savaşı arası kriz zamanı olduğundan 1925'ten itibaren okullarda askerliğe hazırlık dersleri giderek yoğunlaşan bir şekilde okutulmaya başlanmıştır. Bu amaca hizmet edecek şekilde beden eğitimi derslerinin arttırılması ve içeriğinin askerî unsurlarla beslenmesi, izcilik çalışmalarına önem verilmesi gözlenmiştir. Bu dönemde tatbik edilen gürbüz, yavuz, güçlü, kuvvetli, sağlıklı nesillerin yetiştirilmesi politikası bir tür biyopolitika örneği olarak değerlendirilmiştir.
Mustafa Necati 1 Ocak 1929 tarihinde otuz beş yaşında apandisit patlaması sebebiyle ölmüş, Ankara Cebeci Asrî Mezarlığı'na defnedilmiştir. Eylemleri, söylemleri, eğitimcilerle iletişim becerileri ve merkez teşkilatta yaptığı hukukî düzenlemeleriyle Cumhuriyet döneminde görev yapan Eğitim bakanları içinde, adından en fazla söz ettirenlerden biri olmuştur. Mustafa Necati'nin Maarif vekilliği dönemi üzerine bazı müstakil araştırmalar yapılmasına karşın, onun eğitim görüşlerini ve faaliyetlerini değerlendiren, yeterli ve yetkin çalışmaların henüz yapılmadığını söylemek mümkündür.
