İspanya'nın Endülüs bölgesinde yer alan Mürsiye'de (Murcia) doğdu. Babası Ali b. Muhammed feylesof ve kadı İbn Rüşd'ün yakın arkadaşı olan itibarlı bir kişi idi. İbnü'l-Arabî'nin görüşlerini takdir edenler kendisine; "en büyük üstat" anlamında Şeyhü'l-Ekber ve "dinî ilimlerde müceddit" anlamında Muhyiddin lakaplarını verdiler. İbnü'l-Arabî henüz gençlik çağlarında iken çekildiği inziva ve halvetlerin neticesinde marifet kapılarının kendisine açılmaya başladığını söyler. Halvetlerinden birinde gerçekleştiğini ifade ettiği manevi görüşmesinde Hz. Peygamber'in kendisine yönelttiği, "Bana sımsıkı tutun, kurtulursun" şeklindeki emrini önceleri hadis ilmini tahsil etme mânasında yorumlayarak uzun bir süre hadis ilmiyle meşgul oldu. Hadis ilminin yanı sıra diğer zâhirî ilimlerde de yeterli derecede eğitim aldıktan sonra bu ilimlerde derinleşmek üzere tekrar halvet ve murakabeye yöneldi. Henüz seyrüsülûkünün başlarındayken bazı bâtınî makamlara ulaştığını söyleyerek kendilerinden feyiz aldığını belirttiği 300'ü aşkın arifin manevi hallerine ve hikmetli sözlerine eserlerinde yer verdi. Yirmi altı yaşında iken Kuzey Afrika'da bazı şehirlere uğradıktan sonra Tunus'a gitti. Burada iki yıl kadar kaldıktan sonra hacca gitmek üzere Mısır ve Kudüs'e geçip orada bir müddet ikametin ardından yaya olarak Medine ve Mekke'ye ulaştı (Eylül 1202). Mekke'de zamanını Kâbe'yi tavafla ve murakabe ile geçirdi ve bazı ders halkalarına devam etti. Bu arada Kâbe'yi bir canlı varlık olarak görüp ona mektuplar yazar ve daha sonra bu mektupları Tâcü'r-Resâil adlı kitabında toplar. Yirmi üç yılda tamamlayacağı el-Fütûhâtü'l-Mekkiyye isimli eserinin ilk defa burada kendisine ilham olmaya başladığını söylemiştir. Mekke'de yaklaşık iki buçuk yıl kaldıktan sonra Bağdat üzerinden bir yıl kadar kaldığı Musul'a geçer. Bu sırada Muklâ denilen bir yerde Hz. Hızır'ın hırka giydirdiğini söyler. Anadolu'ya gelir (Haziran 1202) ve Urfa, Diyarbekir, Sivas, Malatya üzerinden Konya'ya ulaşır. Burada Evhadüddîn-i Kirmânî ile görüşür. Daha sonra Halep, Kudüs, Mısır yoluyla tekrar Mekke'ye gider. Buradan Bağdat üzerinden yeniden Konya'ya gelir. 1218'de Malatya'ya yerleşir. Selçuklu Sultanı I. İzzeddin Keykâvus'a bir mektup yazarak savaşla onları zimmî hükmü altına almasını tavsiye eder ve "kâfirlerin en şiddetlisi" dediği Haçlılar'ın ele geçirdiği beldelerden hicret edilmesi gerektiğini söyler (İbnü'l-Arabî, 1297: IV, 460). Onun devlet">devlet">devlet">devlet">devlet">devlet">devlet adamlarıyla yakın ilişkileri sadece Selçuklu sultanlarıyla sınırlı kalmamış, Eyyûbîler'in Halep emîri el-Melikü'z-Zâhir ve Dımaşk emîri Melikü'l-Âdil ile de münasebetlerini sürdürmüştür. Hayatının son yıllarında Şam'a (Dımaşk) yerleşir ve münzevi bir hayat sürer. Şam'da iken Hz. Peygamber'den aldığı işaretle "hikmetlerin yuvaları" anlamına gelen Fusûsü'l-Hikem adlı eserini telif ettiğini söyler (1230). Kasım 1240 tarihinde vefat eden İbnü'l-Arabî, burada defnedilir.

Zaman içerisinde unutulmaya yüz tutan bu kabir, Mısır seferi dönüşünde bir müddet Şam'da ikamet eden Sultan I. Selim'in isteği üzerine bulunarak üzerine bir türbe, yanına bir cami ile bir tekke yapılır. Çok sonraları II. Abdülhamid tarafından da tamir ettirilen bu türbe zamanla ziyaretgâh olur. Abdülvehhâb Şa'rânî'nin naklettiği menkıbeye göre İbnü'l-Arabî, kabrinin Sultan Selim tarafından ihya edileceğini, "Sîn (Selim) Şın'a (Şam) girince Muhyiddin'in kabri ortaya çıkar" şeklindeki rumuzlu ifadesiyle önceden ima etmiştir (Şa'rânî, 1368: I, 188).

İbnü'l-Arabî eserlerini herhangi bir müellif gibi düşünüp taşınarak yazmadığını, bu eserlerde yer alan bilgilerin zihinsel ürünler olmaktan ziyade birer "ilahî imla" olduğunu kitaplarının sadece Hakk'ın kendisine keşif yoluyla verdiği şeyleri içerdiğini ve ancak kendisine verilen izin kadar konuştuğunu belirtmiştir.

Yazmış olduğu yüzlerce eserinde marifetullahı ilimler dairesinin merkezine yerleştirmiş hakikate dair ilimlerin çeşitli konularına izahlar getirmiştir. İbnü'l-Arabî, "hakîm" olduğu iddiasında bulunanların "hikmet" öğrettiklerini zannettiklerini, fakat aslında bunun onlarda bulunmadığını ve onların "hakîm" değil belki sadece birer "düşünür" olduklarını söyler (İbnü'l-Arabî, 1297: III, 508). Ancak bazı müslümanların da felsefe kelimesinin anlamını bilmeden mutlak olarak ona karşı bir tavır almalarını eleştirir. Filozof kelimesinin asıl anlamı ise "hikmeti seven" demektir. İbnü'l-Arabî, bu anlamından dolayı esas itibariyle felsefe kelimesini kötülemenin bir faydasının olmayacağını belirtir. Filozoflar, insanın nihaî gayesinin Allah'a benzemek (teşebbüh-billâh) olduğunu söylerlerken sufilerin anlayışında bu gaye "Allah'ın isimleriyle ahlaklanmak" (tahalluk bi'l-esmâillâh) diye ifade edilir. Görüleceği üzere tabirlerde ihtilaf olsa da mâna aynıdır (İbnü'l-Arabî, 1297: II, 139). "Hikmet müminin malıdır, onu gördüğü yerde alır" hükmünce bunları kabul etmenin bir mahzurunun olmadığına, "bir kimsenin dininin olmamasının onun her söylediğinin yanlış olmasını gerektirmediğini" söyler (İbnü'l-Arabî, 1297: I, 145-146). Ona göre sırf fikir yolundan gidenlerin ilahiyat meselelerinde yanlışları doğrularından fazladır ve gerçek hikmet tasavvuftur. Gerçek hakîmler "ehlullah" yani nebîler ve velilerdir. Muhakkik sufiler nebevî yolu takip eder, filozoflar ise kendi nazarlarına dayanırlar. Sufiler görüşlerini ifade ederken münakaşa ve cedel yolunu kullanmazlarken felsefeci ve kelamcıların işi bunlardan ibarettir. Kendisine Kur'an verilen kimseye ilm-i kâmil de verilmiş olduğundan mahlukat içerisinde Muhammed ümmetinden daha mükemmel bir ümmet yoktur.

İbnü'l-Arabî'ye göre vücut, Hakk'ın zatını yine kendi zatıyla bulması demek olduğundan O'nun zatından, O'nun sıfatlarından ve O'nun fiillerinden başka bir şey değildir. Mevcudat ise onun tecellilerinden ibarettir. Muvahhit ise zâhirdeki çeşitliliğe ve çokluğa rağmen hakikatte birlik bulunduğunu keşfeden kimse demektir. İbnü'l-Arabî'nin bu görüşleri bazı şarkiyatçılar tarafından "panteizm" olarak nitelenmiş olsa da onun görüşleriyle felsefede tartışılan monizm veya panteizm çok farklıdır. Vücut mektebi mevcudatı Hakk'a tâbi kılmaya çalışırken panteizm Hakk'ı mevcudata tâbi kılmak olarak ifade edilir. Panteizm, görünür âlemi ilahlaştırarak inkâr ve ilhada götüren bir felsefedir; İbnü'l-Arabî'nin görüşleri ise Hakk'ı her mertebede tanıyıp tasdik edebilme yolu olarak değerlendirilir.

İbnü'l-Arabî'nin varlık görüşünün felsefecilerden en büyük farkı, onun, hakikatlerin salt akıl yürütme ve nazarî gayretlerle gerçekleşemeyeceğini ifade etmesidir. Vücut bilgisi ancak seyrüsülûk ile elde edilebilir. O'na doğru yolculukta muhtelif merhaleler vardır. Her merhalede ayrı haller yaşanır. Bu artık bir daha geri dönüşü olmayan bir makamdır.

Enbiya ve evliyanın Allah hakkındaki bilgileri düşüncelerine dayanmaz. Allah onları bundan temizlemiştir. Onların bu konudaki bilgisi doğrudan Hakk'ın mükâşefesine dayanan fetihlerin sonucudur. İbnü'l-Arabî'ye göre vücudun bilgisi neticede bir sırdır; o sadece bu makama eren kişiye malum olur. Sırf aklî malumatla vücut hakkında konuşanlar ise bu konuda daha önce fikir yürütenlerin görüşlerini nakletmekten başka bir şey yapmazlar. Mevcudat bir mekteptir. Hak Teâlâ bu mektebin sahibidir. Bu mektepte ders verenler ise resuller ve velilerdir. Bunların bu mektepte öğrencilerine ulaştıracakları ilimler dört derste toplanabilir. Birincisi lafızlar, mânalar ve kelimeler konusundaki derslerdir. Öğrenciler bu ilimler sayesinde doğruyu yanlıştan ayırabilirler. İkincisi zihinlerin tashih edilmesi, fikirlerin arındırılması ve akılların cilalanmasına dair derslerdir. Mektebin sahibi bu derslerle onlara kendisini tanıtmak istemektedir. Üçüncüsü bu mevcudatın var oluş sebeplerine dair derslerdir. Dördüncü olarak da marifetullaha doğru giden kimsenin neler yapması gerektiğini bildiren derslerdir.

Kur'an, Hz. Peygamber'in kalbine inzal olunmuştur, kıyamete kadar da onun ümmetinden olan müminlerin kalplerine inzal olunmaya devam edecektir. Kur'an'ın bu şekilde müminlerin kalplerine inişi vahyi her dem taze ve canlı tutmaktadır (el-Fütûhât, III, 372).

Şer'î ve fıkhî ilimlerin ihtiyacı görecek kadar öğrenilmesi gerektiğini belirten İbnü'l-Arabî yetiştiği ortam gereği birçok Mâlikî ve Zâhirî hocadan fıkıh dersleri almıştır. Ancak kendisi herhangi bir fıkhî mezhebe bağlı olmadığını söyler (İbnü'l-Arabî, 1271: 47). Ona göre şeriat, müçtehidin kendisi ve ona uyanlar için gerekli olan müsamahalı hükmü ortaya koymuştur. Fakihler, dinin hafife alınmasına yol açacağı zannına kapılarak buna engel olmaya çalışırlar. Fakat bu tutumları doğru değildir (İbnü'l-Arabî, 1297: I, 392).

İbnü'l-Arabî'nin ifade ettiği başta metafizik olmak üzere din ve düşünceyi ilgilendiren pek çok meseleye dair görüşleri zaman içinde çeşitli eleştiri ve değerlendirilmelere tâbi tutulmuştur. Bu tür tenkitlerin bir değerlendirmesini yapan Abdürrezzâk Kâşânî, Molla Sadrâ ve Şah Veliyyullah Dihlevî gibi düşünürler özellikle mutasavvıfların eleştirisinin yanlış okumalardan kaynaklandığı kanaatini paylaşmışlardır. Kelam ve fıkıh gibi ilimler alanındaki eleştiriler ise daha çok usule dairdir denilebilir. Ancak İbn Kemal ve İbn Âbidîn gibi bazı fakihler, İbnü'l-Arabî'nin lafızlarının fukaha arasında bilinen mânalardan farklı olduğunu belirtmişlerdir. İbnü'l-Arabî Fusûsü'l-Hikem'deki görüşlerinden dolayı tenkit edilmiştir. Bu tenkitlerin dili gayet serttir ve bazılarında hakarete varan ifadeler yanında onun kâfir olduğuna dair görüşler de serdedilmiştir. İbn Teymiyye, İbnü'l-Ehdel, Alâeddîn-i Buhârî, İbrâhim Halebî gibi isimler onun küfrüne hükmederken Devvânî, Süyûtî, Fîrûzâbâdî gibi âlimler de onu destekleyen bir tutum takınmışlardır.

İbnü'l-Arabî'nin görüşleri ilk önce talebeleri İbn Sevdekîn, Sadreddin Konevî ve Afîfüddîn-i Tilimsânî gibi muhakkikler vasıtasıyla talim edilmiş; Fahreddîn-i Irâkî, Saîdüddîn-i Ferganî, Müeyyidüddîn-i Cendî, Abdürrezzâk-ı Kâsânî ve Dâvûd-ı Kayserî gibi sufiler tarafından sistematik hale getirilmeye çalışılmıştır. Özellikle ilk şârih olması açısından Sadreddin Konevî'nin önemi büyüktür. Genellikle Ekberîler diye tanınan bu âlimler çizgisi Abdullah-ı Bosnevî, Niyâzî-yi Mısrî, Abdülganî-yi Nablusî, İsmâil Hakkı Bursevî, Abdullah Salâhî Uşşâkî ve Muhammed Nûrü'l-Arabî gibi isimlerle Osmanlı topraklarında uzun yıllar yaygın bir düşünce silsilesini oluşturur. Selçuklular döneminde, İbnü'l-Arabî'nin Osmanlı Devleti'nin doğuşunu ve âkıbetini haber verdiğine dair rivayet büyük dikkat çekmiş, konuyla ilgili olarak Şeceretü'n-Nu'mâniyye adlı bir eser izafe edilerek onunla manevi bir bağ tesis edilmiştir. Hatta Şeyh Edebâlî'nin Şam'da öğrenim görürken İbnü'l-Arabî'nin müridi olduğu da rivayet edilerek bu bağ tahkim edilmiştir. Fakat Fusûsü'l-Hikem şârihi Dâvûd-ı Kayserî'nin Osmanlı Devleti'nin ilk resmî başmüderrisi ve talebesi Molla Fenârî'nin de ilk şeyhülislam olması bu gelenekle Osmanlılar arasındaki ilişkinin çok açık tezahürüdür. Öyle ki Fusûsü'l-Hikem bizzat Sultan III. Murad tarafından tercüme ettirilmiştir. Klasik dönemde Osmanlı devlet ricali ve ulema arasında muteber bir konumu bulunan İbnü'l-Arabî'nin fikirleri zamanla Kadızâdeliler ve Çivizâdeliler gibi medreseliler tarafından açıkça reddedilmeye başlanmıştır. Şeyhülislam İbn Kemal'in İbnü'l-Arabî'nin eserlerindeki meselelerin bir kısmı ilahî buyruğa ve şer'-i nebevîye uygundur, bir kısmı da ancak keşif ve bâtın ehlinin anlayışına açıktır. Buradaki maksadı anlamayana ise susmak lazımdır mahiyetindeki fetvası Osmanlı geleneğindeki ağırlıklı tavrı yansıtmaktadır. Birçok Osmanlı şairi kendisine methiyeler yazmıştır.

Osmanlı arşivi kayıtlarına göre devlet Muhyiddin İbnü'l-Arabî'nin Şam'daki türbesi ve camisinin bakımını üstlenmiş ve buraya görevli kimseler tayin edip onlara maaş bağlamıştır (BOA, Cevdet-Evkaf, nr. 11368, 13683).

İbnü'l-Arabî çok sayıda eser vermiş bir müelliftir. Fihrist'te 248 kitabının adını zikretmiştir. Vefatından yaklaşık altı yıl kadar önce İcâze'deki ikinci listede bu sayı 289'a ulaşmaktadır. Bunlardan ancak doksan sekizi günümüze ulaşabilmiştir. İbnü'l-Arabî'nin en hacimli ve temel eseri el-Fütûhâtü'l-Mekkiyye'dir. Diğer eserlerinin bu kitabın ilgili bölümlerinin birer zeyli olduğu söylenebilir. İkinci defa gözden geçirerek bizzat kendi eliyle yeniden yazdığı otuz yedi ciltlik nüsha İstanbul'da Türk ve İslam Eserleri Müzesi'ndedir (nr. 1845-1881). Tahkikli bir neşri en son Abdülazîz Mansûb tarafından yapılmıştır. Türkçe'ye tam tercümesi Ekrem Demirli tarafından yapılmıştır. Sadreddin Konevî'nin eliyle yazılan ve müellifi tarafından görülen diğer önemli eseri Fusûsü'l-Hikem nüshası yine İstanbul Türk ve İslam Eserleri Müzesi'ndedir (nr. 1933). Bu esas metne dayalı neşri ise Mahmut Erol Kılıç ve A. Alkış tarafından yapılmıştır. Bunların yanı sıra et-Tedbîrâtü'l-İlâhiyye, Tercümânü'l-Eşvâk, Kitâbü'l-Fenâ' fi'l-Müşâhede, Kitâbü'l-İsfâr an Netâici'l-Esfâr, İnşâü'd-Devâir, Mevâkıu'n-Nücûm diğer mühim eserlerinden bazılarıdır.