Molla, Arapça mevlâ kelimesinden gelmekte olup imlası zamanla dönüşüme uğramıştır. Çoğulu mevâlî olan mevlâ kelimesinin kamusta pek çok anlamı bulunmakla birlikte "efendi, malik, sahip" ilk ve köklü anlamlarıdır. Köle azat etmiş kimseyi ifade etmenin yanı sıra amca ya da dayı çocukları gibi "akraba, yeğen, hısım" ve "komşu" anlamlarını da içermektedir. Diğer anlamları arasında "bir kimseyi terbiye eden, öğretmen, yakın arkadaş, dost ve muhip" bulunmaktadır.

Mevlâ, İslam tarihinin ilk dönemlerinde Arap olmayan toplulukları tanımlamak için kullanılmıştır. Kelimenin imlası zaman içerisinde mevlânâ, molla, monla moulai, mele ve mulla… şekillerini almıştır. Zamanla Arapça özgün mânasından uzaklaşarak "hoca, okumuş kimse, efendi abi" anlamları da kullanılmıştır. Safevîler'den itibaren İran geleneğinde ulemanın başına mollabaşı denmiştir. Mevlânâ Celâleddin Rûmî hazret-i molla, molla hünkâr veya molla-yı Rûm şeklinde anılmış, Mevlevî mutfağına "matbah-ı molla" adı verilmiştir. Türkiye Türkçesi'nde ise kelime günlük dilde varlığını "mollazade, nane molla, molla ağası, molla bey" gibi tamlama ve lakaplarda, "Ağır ol da molla desinler" ve "Ağır otur ki molla desinler" gibi deyimlerde devam ettirmiştir.

Osmanlı Devleti'nde mevlâ ve monla şeklinde yazıldığı görülmüşse de mevlânâ ve molla imlası tercih edilmiş, ilmiye tarikinde bulunanları kapsayacak ölçüde ulemaya mahsus bir isim olarak yerleşmiştir. Türk eğitim tarihinin çerçevesinden bakıldığında molla ilmiye sınıfındaki yüksek rütbeli kimselere ve son yüzyıllarda da medreseye devam eden öğrencilere denmiştir. Mollaların çocuklarına ise mollazade olmalarından ötürü molla bey adı verilmiştir.

Molla ile aynı kökten olan mevlânâ XVI ve XVII. yüzyıllarda hem kadılar hem de müderrisler için yoğun bir biçimde tercih edilmiştir. Tanımlamak için kullanıldıkları konumları farklı işlevlere sahip olsa da bu müteradiflik kadıların, müderrislerin, mülazımların ve talebelerin ilmiye mensubu olmalarından kaynaklanmış, dolayısıyla sözü edilen sınıflar medrese kurumu ile ilişkilendirilmiştir. Arapça'daki "-na" zamiri ile birleşerek saygı içeren bir anlama kavuşan mevlânâ, kadılıktan başka, müderrislik, mülazımlık veya muidlik ayırımı olmaksızın bütün ilmiye mensuplarını kapsayacak şekilde genişletilmiş, müderrisler ile müderrislerin yardımcıları olan muidlere de mevlânâ denmiştir. Keza "ulûm-ı dîniye ve âliye talibi" ile "talebe-yi ulûmdan olan"ı ifade edebilmek amacıyla öğrencilere de molla dendiği olmuştur.

Arşiv vesikalarından anlaşıldığı üzere molla ismi asıl yüksek rütbeli konumlar olan mevleviyet payelerini haiz büyük kadıları ifade etmek için kullanılmıştır. Öyle ki Osmanlı Devleti'nde mevleviyet yüksek kadılık demek olup kaza ve büyükşehir kadıları bakımından ikiye, uygulamada ise Haremeyn, bilâd-ı hamse, mahreç ve büyükşehir kadılıkları olmak üzere dörde ayrılmıştır. İstanbul mollası ve Edirne mollası kullanımlarında olduğu gibi kaza kadılarıyla büyükşehir kadılıklarında bulunanlara doğrudan doğruya molla denmiştir. İlmiye mensupları olan müderrislerin müderrislikten kadılık tarikine geçtikleri ilk kariyer konumları mahreç kadılıkları olarak adlandırılmıştır. Müderrislerin mollalık olarak adlandırılan yüksek gelirli bu kadılıklara geçmesinde ulemaya arpalık sağlanması amaçlanmış olması muhtemeldir. Medrese sisteminin en üst basamağını oluşturan Süleymaniye Dârülhadisi müderrislerinin istemeleri halinde kaza görevine çıktıkları Kudüs, Halep, Eyüp, Selanik, Yenişehr-i Fener, Galata, İzmir, Sofya, Trabzon ve Girit mahreç kadılıkları kabul edilmiştir. Dârülhadisten talip olmaması durumunda Sahn-ı Seman'da görevli müderrislerden de kadılıklara atama yapıldığı olmuş, böylelikle dârülhadis ve Sahn müderrisleri molla kabul edilmiştir.

Bilâd-ı selâse ile bilâd-ı hamse kadılıkları mollalık olarak tabir edilmiştir. Bu bakımdan 300 akçeden yukarı olan kadılıklardaki görevli kadılara molla denmiş hatta İstanbul, Mekke, Medine, Edirne, Bursa, Mısır, Şam, Diyarbekir, Bağdat ve Budin gibi 500 akçeden yukarı mollalıklara yapılacak kadı atamalarında arz yetkisi şeyhülislama bırakılmıştır. XVI. yüzyılda yapılan çeşitli atamalarda görüleceği üzere müderrislikten mollalığa geçişler olmuş, bazı Sahn müderrisleri münhal kadılıklara tayin edilerek molla olmuşlardır.

Yüksek dereceli kadılıkların başında bulunan molla veya kadıların ilmiye ile olan ilişkileri devam ettirilerek kanunla yazılı hale getirilmiş, mollalık seviyesindeki kadıların önceki görevleri olan müderrislik ile olan bağları mülazemet sistemi üzerinden korunmuştur.

Osmanlı ulema sınıfının en önemli biyografi kaynaklarından biri olan eş-Şekaiku'n-Nu'mâniyye isimli eserinde Taşköprizâde Ahmed Efendi ile Meşâirü'ş-Şuarâ isimli biyografi kitabında Âşık Çelebi açıklamalarında medreseli bilginleri tanımlamak için molla ve mevlânâ ismini kullanmışlar, tasnifleri de bu şekilde tasarlamışlardır. Molla ismi Osmanlı eğitim tarihinde sıklıkla kullanılmış unvanlardan olup Molla Hüsrev, Molla Yegân, Molla Fenârî, Molla Lutfi, Molla Gürânî, Şemseddin Molla ve Keçecizâde İzzet Molla bu yaygın kullanıma örnek verilebilir.