Tokat'ta doğan ve Molla Lutfi namıyla meşhur olan Lutfullah-ı Tokadî, Sarı Lutfi, Deli Lutfi ve Mevlânâ Lutfi gibi ad ve lakaplarla bilinir. Siyaseten katli sebebiyle maktul ve şehit sıfatlarıyla da anılır.
İlk tahsilini babası Kutbüddin Hasan'dan aldı. Daha sonra İstanbul'a giderek Sinan Paşa lakabıyla meşhur olan Sinâneddin Yûsuf'un talebesi oldu. Ondan mantık, felsefe ve kelam öğrendi. Hocasının icazetiyle bu sırada İstanbul'a gelen Türkistanlı âlim Ali Kuşçu'dan ulûm-ı riyâziye (matematik ilimleri) okudu. Ali Kuşçu'dan öğrendiklerini hocası Sinan Paşa'ya aktararak onun da bu ilim dalında bilgi sahibi olmasına vesile oldu.
Molla Lutfi ile Sinan Paşa'nın arasında hoca-talebe ilişkisinin yanı sıra bir akrabalık bağı da vardı. Hocasının vezirlik mevkiine yükseltilmesinin ardından (1470), saray kütüphanesi hâfızıkütüplüğüne getirildi. Bu vazifesi sayesinde muhtelif ilimlere dair çok sayıda kıymetli kitaba ulaşma ve ilmini arttırma fırsatı buldu. Hatta burada iken Fâtih Sultan Mehmed ile şakalaşacak kadar yakın dostluk kurdu. Ne var ki, bu vazifede uzun süre kalamadı. Bazı nadir kitapları çalıp sattığı töhmetiyle kütüphanedeki görevine son verilip müderris olarak atandı (bk. Hafızıkütüp, Mehmed II, kütüphane, müderris).
Sinan Paşa'nın Fâtih'in gözünden düşüp Seferihisar'a sürülmesi üzerine Molla Lutfi de bir vefa örneği olarak hocasıyla birlikte sürgün mahalline gitti. Fâtih'in vefatından sonra İstanbul'a döndü. Günlük 40 akçe ücretle önce Bursa Yıldırım Bayezid, sonra da sırasıyla Filibe Şehâbeddin Paşa ve Edirne Dârülhadisi medreselerine, İstanbul'da günlük 50 akçeli Sahn medreselerinden birine ve Bursa'da günlük 60 akçe ile I. Murad Medresesi'ne müderris olarak atandı. Yargılanıp öldürüldüğü sırada İstanbul'da olmasına bakarak tekrar Sahn müderrisliğine atanmış olduğu söylenebilir (bk. Sahn-ı Seman).
Taşköprizâde'nin ifadesiyle Molla Lutfi hem kendi dönemindeki hem de geçmiş devirlerdeki ulemayı ve eserlerindeki hataları göstererek onları en üst perdeden eleştirmiştir. Dolayısıyla bu çevrelerde Molla Lutfi'ye karşı bir kıskançlık ve düşmanlık oluşmuş ve bu muhalif çevre kendisinden kurtulmak için fırsat kollamaya başlamıştır. Nitekim Hoca Sâdeddin Efendi'nin merhumu ortadan kaldırmak için benzeri olmayan bir hile ve iftira atıldığı yönündeki ifadesi de buna işaret etmektedir. Tarihî kaynakların çoğu, Molla Lutfi'nin başını derde sokan şeyin, kullandığı keskin eleştiri dili olduğu noktasında birleşirler.
Taşköprizâde'nin, Molla Lutfi'nin talebelerinden olan amcası Kıvâmüddin Kasım'dan rivayet ettiği bilgiye göre, Molla Lutfi, her gün dersine başlamadan önce Buhârî'den bir hadis nakledip açıklar ve ardından da dersine geçerdi. Bir gün yine hadis naklettikten sonra, bir savaşta Hz. Ali'nin ayağına ok isabet ettiğini, çok acı veren okun vücutta kalan ucunun çıkarılmasına dayanamadığını, nihayet namaza durup huşû içinde dünya ile ilişkisini kesince çıkarabildiklerini, bu sırada Hz. Ali'nin hiçbir acı hissetmediğini anlatır ve ağlayarak, devrin Türkçe'siyle, "Hakîkat-i hâl salât budur; yohsa bizüm kılduğumuz amel kurı kıyâm ve inhinâdur, anda fâide yokdur" der. Namazda ihlas ve huşuyu vurgulayan bu cümleyi, hasımları çarpıtarak, "Namaz dedikleri kuru bir eğilip doğrulmadır; onun da faydası yoktur" dediği dedikodusunu yaydılar. Bu hususu Hoca Sâdeddin Efendi de aynen nakleder.
Sultan II. Bayezid'e kadar ulaşan bu dedikodu üzerine padişah, doğru olma ihtimalinin uzak olduğunu düşündüğü bu konunun araştırılmasını emreder. Bu ferman üzerine tanınmış âlimlerden Mevlânâ Hatibzâde, Mevlânâ İzârî, Mevlânâ Efdalzâde, Mevlânâ Ahaveyn ve diğer ileri gelenlerden oluşan bir mahkeme heyeti oluşturulur. Mahkeme heyeti, Molla Lutfi'yi huzura getirtip suçlamayı kendisine sorar sorar. Molla Lutfi, bütün bu suçlamaları kesin bir dille reddedip bunun doğru olmadığını söyler; ancak heyeti ikna edemez.
Taşköprizâde, yaklaşık 200 kişinin Molla Lutfi'nin aleyhine şahitlik ettiğini belirtir. Molla Lutfi, aleyhinde söylenenlerin hepsinin yalan olduğunu söylemesine rağmen, mahkeme heyeti, "Şahitlerin şehadetleri şer'an makbuldür" diyerek kendisinin siyaseten katline karar verir. Padişah da kararı ulemanın fikir birliği olarak görüp öldürülmesini onaylar. Kararın infazından önce bir süre mahpus tutulmuştur. Bu sırada padişah da dahil, tanıdığı ileri gelenlere birer manzume yazıp yardım istemişse de bir netice alamamıştır.
Allah'ın varlığı ve birliği gibi imanî konuları inkâr ederek dinden çıktığı (zındık ve mülhit) suçlamasıyla yargılanan Molla Lutfi, 23 Ocak 1495 tarihinde İstanbul'da, Atmeydanı'nda öldürüldü. Eyüp'te Defterdar Mahmud Çelebi Mescidi yakınlarında defnedildi. Ondan söz eden kaynakların çoğu, isnat edilen zındıklık ve dinden dönme suçlamasının bühtandan ibaret olduğu noktasında birleşirler. Nitekim Hoca Sâdeddin Efendi'nin nakline göre Molla Lutfi'nin talebelerinden İbn Kemal, Yavuz Sultan Selim ile konuşurken, sultanın kendisine, "Merhum Molla Lutfi sizün üstâdınız imiş; ilm ü fazlı ma'rûf iken katline bâis ne oldı?" diye sorunca İbn Kemal de, "Hased-i akrân belâsına uğradı" karşılığını verir.
Taşköprizâde'nin verdiği bilgiye göre, Molla Lutfi, katledileceği yere götürülürken, yol boyunca toplanan müslümanların duyacakları şekilde, kendisinin Allah'ın birliğine inandığını, onun emir ve nehiylerine uyduğunu, kalbinin zendeka ve ilhat lekesinden pak olduğunu tekrarlayarak kelime-yi şehadet getirmiştir. Onu yakından tanıyanlardan Şeyh Muhyiddin Kocevî'nin de Molla Lutfi'nin "ilhad ve zendekadan berî ve ârî" olduğuna dair şehadeti nakledilir.
Bütün bu bilgiler ve nakiller, Molla Lutfi'nin katlinde bir hukuksuzluğun olduğunu, kendisine isnat edilen zendeka ve ilhat suçlamasının yerinde olmadığını göstermektedir. Muhaliflerinin kurgusu ve yargı kararıyla siyaseten katledilen Molla Lutfi'nin talebelerinden başta Kemalpaşazâde olmak üzere birçok ünlü isim Osmanlı ilim ve eğitim öğretim hayatında mühim rol oynamışlardır.
Molla Lutfi'nin Sarı Lutfi Mescidi adıyla bir camisinin, kıymetli kitaplardan oluşan bir kitaplığının bulunduğu ve İstanbul'da onun adıyla anılan bir mahallenin olduğu bilinmektedir. O, şiir dahil, zamanın anlayışına uygun olarak dinî, edebî, felsefî ve fennî ilimlerle ilgili eserler kaleme almış çok yönlü bir Osmanlı âlimidir. Molla Lutfi'nin tespit edilen on üç eseri ile kendisine nispet edilen beş eseri bulunmaktadır.
Eserleri: Hâşiye alâ Hâşiyeti'ş-Şerhi'l-Metâli': Mantıkla ilgilidir. Hâşiye alâ Evâili Şerhi'l-Mevâkıf: Kelamla ilgilidir. Es-Seb'u'ş-Şidâd: Mantıkla ilgilidir. Risâle fî Tahkîki Vücûdi'l-Vâcib (Vücûdi'l-Mebde'i'l-Evvel): Varlık felsefesine dair risaledir. Risâle (Kelimât) üteallik abi-Âyeti'l-Hac: Bakara sûresinin 196-199. âyetleriyle ilgili bir risaledir. Zübdetü'l-Belâğa: Telhîsü't-Telhîs adıyla da anılır; belagat ilmiyle ilgilidir. Hâşiye alâ Şerhi'l-Miftâh: Belagatla ilgilidir. Taz'îfü'l-Mezbah: Matematikle ilgilidir. Risâle fi'l-Ulûmi'ş-Şer'iyye ve'l-Arabiyye (Risâle fî Mevzûâti'l-Ulûm): Yirmi dokuzu Arap dili, kırk dördü İslam diniyle ilgili yetmiş üç konunun anlatıldığı bir eserdir. Harnâme: Uslu Şücâ' Münâzarası olarak da bilinen mizahî bir eserdir. Risâle fîmâ Yeteallaku bi-Hurûfi't-Teheccî eserde de Türkçe'nin belagatına dair bir eserdir.
Molla Lutfi'ye nispet edilmiş eserler ise, el-Ferec Ba'de'ş-Şidde Tercümesi: Arapça'dan hikâyeler; Hâşiye ale'l-Mukaddemâti'l-Erba', Risâle fî Tahkîki'l-Îmân, Ta'lîkat alâ Evâili Sahîhi'l-Buhârî, Şerhu Telhîsi'l-Miftâh, Risâle fî İlmi'l-Âdâb ve Risâle fî Hakîkati'n-Nefsi'n-Nâtıka şeklinde sıralanabilir.
