Timurlu Devleti'nin o dönemki başşehri olan Semerkant ya da çevresinde doğdu. Uluğ Bey'in (ö. 1449) doğancıbaşısı olarak görev yapan babasından dolayı kendisine Kuşçu lakabının takıldığı nakledilir. Timur'un (ö. 1405) torunu ve Şâhruh'un (ö. 1447) oğlu olan Uluğ Bey'in, Semerkant valiliği sırasında Semerkant ilmî ve kültürel anlamda gelişmesini sürdürdü. Ali Kuşçu böyle bir ortamda yetişti. Kaynaklar, hocaları arasında matematik bilimlerinde temayüz etmiş Uluğ Bey ile Kadızâde Rûmî'nin (ö. 1440'tan sonra) bulunduğunu aktarır.
Ali Kuşçu daha sonra Timurlu tahtına geçen Uluğ Bey'in öldürüldüğü 1449 yılına kadar onun himayesinde yaşadı. Buhara gibi başka şehirlerde de bulunan ve ders veren Ali Kuşçu, bu dönemi büyük ölçüde Semerkant'ta geçirdi. Bir dönem Uluğ Bey'in izni olmadan Kirman'a gittiği ve o bölgenin âlimlerinden okuduğu belirtilir. Uluğ Bey'in Semerkant'a geri çağırdığı Kuşçu, Merkür'le ilgili kendi geliştirdiği bir gezegen modelini içeren eserini ona sundu.
Yeniden istikrarı tesis ederek devleti Herat'tan yönetmeye başlayan Ebû Said (ö. 1469) döneminde ise Ali Kuşçu astronomi eğitiminde geniş bir coğrafyada ilgi görüp okunacak olan Farsça eseri Risâle der İlm-i Hey'e'yi (1458) yazdı. Ebû Said'in ölümünün ardından gelen Hüseyin Baykara'nın (ö. 1506) saltanatı sırasında, 1473 yılında İstanbul'a yerleşti. Bu kararında Fâtih Sultan Mehmed'in (ö. 1481) davetinin etkili olduğu kaydedilir. 17 Aralık 1474 tarihinde İstanbul'da vefat etti. Kabri Eyüpsultan Camii haziresindedir.
Ali Kuşçu'nun ilmî ve astronomik bilgilerinin oluşması ve gelişmesi açısından Uluğ Bey tarafından kurulmuş iki kurum önem taşımaktadır. Bunlardan ilki 1420 ya da 1425 yılında yaptırılan dönemin ilimlerinde temayüz etmiş âlimlerin ders verdikleri Semerkant Medresesi'dir. Burada Uluğ Bey de haftanın birkaç günü derslere katılarak sorduğu nitelikli sorularla ilmî tartışmalarda etkili olmuştur.
Ali Kuşçu'nun ilmî hayatını şekillendiren bir diğer mühim kurum, yine Uluğ Bey tarafından kurulan Semerkant Rasathanesi'dir. 1420'li yılların ilk yarısında inşasının başladığı anlaşılan rasathane, modern öncesi dönemde faaliyet göstermiş, türünün en önemli ilk örneklerinden biridir. Ali Kuşçu'nun da katkıda bulunduğu gözlem ve faaliyetler neticesinde 1437 yılında Zîc-i Uluğ Bey adlı eser tamamlandı. Astronomi tablolarından oluşan bu çalışma, İslam astronomi tarihinde zîc denilen yazım türü içerisinde yer alır ve gök cisimlerinin koordinatlarının tespiti için gerekli astronomik ve matematiksel parametreleri içeren tablolarla temel bazı astronomik ve matematiksel bilgileri barındırır. Kuşçu'nun, er-Risâletü'l-Fethiyye başlıklı eserinde "gözlemlerimize" (rasadunâ) dayanıyor diyerek verdiği astronomik değerlerde bu rasathanede yaptığı gözlemlere atıfta bulunduğu belirtilebilir.
Ali Kuşçu'nun Osmanlı dönemi iki seneden az olmakla birlikte Ayasofya ve Semâniye medreselerinde matematik, astronomi, zîc ve kelam olmak üzere çeşitli alanlarda dersler verdi, yeni eserler yazdı ve öğrenciler yetiştirdi. Dil bilimleriyle ilgili olan Unkûdü'z-Zevâhir'i, er-Risâletü'l-Fethiyye başlıklı astronomi eserini ve er-Risâletü'l-Muhammediyye adıyla yazılmış matematik eserini Fâtih'e ithaf etti. Bunun yanı sıra eserlerinden bazıları Osmanlı ilim çevrelerinde yaygın bir biçimde okundu. Semâniye medreselerinin ders müfredatının hazırlanmasında Molla Hüsrev'le birlikte Ali Kuşçu'nun da etkisinin olduğu ifade edilir. Ayrıca ailesinden ve öğrencileri arasından önemli âlimler yetişti. XVI. Yüzyılın önemli astronomlarından Mîrim Çelebi (ö. 1525), Ali Kuşçu'nun torunudur. Diğer bir öğrencisi Molla Lutfi (ö. 1495) bir dönem Sahn-ı Seman'da müderrislik yapmıştır. Astronomiye ait eseri Fethiyye'ye şerh kaleme almış Gulâm Sinan da (ö. 1506-7) İstanbul'daki öğrencilerindendir.
Ali Kuşçu farklı alanlarda ve seviyelerde eserler yazmış biridir. Bunlardan bazıları eğitim amaçlı kaleme alındığından pedagojik yönü de öne çıkmaktadır. Fâtih'e sundukları bu çerçevede değerlendirilebilir. Gulâm Sinan, Ali Kuşçu'nun Fethiyye'sine yazdığı şerhte söz konusu eseri hocasından okuduğuna atıfta bulunur. Risâle der İlm-i Hisâb adlı matematik eseriyle Risâle der İlm-i Hey'e adlı astronomi eserinin nüsha bilgileri, bu eserlerin sadece Farsça'nın başlıca dil olduğu yerlerde değil, Osmanlı topraklarında da hatırı sayılır düzeyde okunduğunu ortaya koyar. Ali Kuşçu'nun çalışmalarının etki alanı tercümelerle İslam coğrafyasının dışına da taşınmıştır. Mesela Risâle der İlm-i Hey'e, Arapça, Yahudi-Farsça, Latince, Sanksritçe ve Türkçe'ye çevrildi. Osmanlı'nın ilk mühendislik mekteplerinden olan Mühendishâne-yi Berrî-yi Hümâyun başhocalarından Seyyid Ali Paşa (ö. 1846), XIX. yüzyılın ilk çeyreğinde Fethiyye'yi Türkçe'ye çevirdi.
Semerkant'tan İstanbul'a uzanan bir ilim yolculuğu bulunan Ali Kuşçu'nun hayatı ve farklı coğrafyalarda oluşturduğu etki, modern öncesi dönemde bilgi aktarımının hangi şekillerde gerçekleştiği ve bunun eğitim tarihi açısından ne anlam ifade ettiğinin tespiti açısından daha fazla çalışmayı hak eder niteliktedir.
