Herat'ta doğdu. Babası Gıyâseddin Mansûr, annesi Fîrûze Begüm Hatun'dur. Timur Sultanı Şâhruh Mirza'nın 1447'de ölümüyle yaşanan taht kavgaları sonunda ülke Mâverâünnehir ve Horasan olmak üzere ikiye ayrıldı. Mâverâünnehir'in merkezi Semerkant, Horasan'ın merkezi Herat'tı. Hüseyin Baykara da yoğun biçimde mücadelenin içinde oldu.

Semerkant Hâkimi Ebû Said, Baykara'nın da içinde olduğu pek çok şehzadeyi hapsetti ancak Şâhruh'un torunu ve Horasan Hâkimi Ebülkasım Bâbür, Baykara'nın annesinin ricasıyla onu kurtarıp korumasına aldı ve eğitimiyle yakından ilgilendi. Ali Şîr Nevâyî'nin ailesini de aynı yıllarda korumasına alan Ebülkasım Bâbür, daha sonra Türk kültür tarihi için son derece önemli sonuçlar doğuracak olan dostluğa da zemin hazırlamış oldu. Baykara ile Nevâyî birlikte eğitim gördüler, bu yıllarda başlayan dostlukları hayatları boyunca sürdü. 1457 yılında Ebülkasım Bâbür ölünce Baykara kısa bir süre Merv'de tahta çıktı ancak uzun sürmeden tahtı kaybetti ve sıkıntılı zamanlar yaşadıktan sonra 1469 yılında Ebû Said'in ölmesi üzerine yeniden harekete geçti ve Herat'ı ele geçirip Horasan'ın sultanı oldu.

Herat, Horasan'ın önde gelen kültür ve eğitim merkezlerinden biriydi. Özellikle Şâhruh Mirza'nın burayı başşehir seçmesinden sonra daha da gelişti ve İslam dünyasından insanlar eğitim görmek üzere bu şehre geldiler. Şâhruh ve saray erkânı medreseler kurdular.

Türk tarihinin divan sahibi şair sultanlarından biri olan Hüseyin Baykara da Herat'taki kültür ve eğitim hayatına büyük katkılarda bulunmuştur. Baykara çağı Herat'ının büyük talihi, klasik Fars edebiyatının son büyük ismi olarak kabul edilen Abdurrahman Câmî ile Türk edebiyatının en büyük ismi olan Nevâyî'nin bu devirde yaşamış olması ve yalnızca edebiyatla sınırlı kalmayıp hemen bütün kültür, sanat, eğitim faaliyetlerinin içinde olmalarıdır. Herat't ilim, kültür, sanat, eğitim geleneğinin sürmesi için uygun ortamı sağlayan önemli kişilerden biri, kendisi de kalem ehli olan Sultan Hüseyin Baykara'dır.

Baykara bilginleri, şairleri, sanatçıları koruyup kollamanın yanında çağın en önde gelen düşünür ve sanatçılarını, şairleri, musikişinasları, hanende ve sazendeleri sık sık meclisinde topluyordu. "Baykara Meclisi" adıyla ünlenen bu toplantılarda, ilim ve sanat sohbetleri yapılıyor, yeni yazılan şiirler, destanlar, hikâyeler okunuyor, üzerinde tartışılıyor ve bu meclisler âdeta bir sanat ve eğitim toplantıları biçiminde geçiyordu. Nevâyî, bir bölümünü Baykara'nın şiirlerine ayırdığı Mecâlisü'n-Nefâis adlı tezkiresinde bu meclislerle ilgili bilgi vermiştir.

Baykara'nın sarayında oldukça zengin bir kütüphanenin olduğu, bunun için çeşitli kişilere kitap sipariş ettiği, bazan herhangi bir konuda kitap yazılmasını istediği, bazan bir kitabın yeni nüshasının hazırlanmasını arzu ettiği bilinmektedir. Nevâyî'nin Münşeât'ındaki bir mektupta Baykara'nın kendisinden şiirlerini devrin büyük hattatlarından olan Sultan Ali Meşhedî'ye yazdırarak saray kütüphanesine göndermesini istediği, başka bazı mektuplarda pek çok kitap isteği olduğu, temin edilenlerin gönderildiği, kalanların ise bulunup gönderileceği belirtilir. Münşeât'ta yer alan ve Baykara'ya yazıldığı anlaşılan bir mektupta ise doğrudan çocuk eğitimiyle ilgili olarak her mahalle mescidinin imamına o mahallenin çocukları için birer mektep hazırlamasının ve imamın onları okutmasının buyurulması istenmektedir. Bu isteğin yerine getirilip getirilmediği bilinmemekte ancak Baykara'nın hüküm sürdüğü zamanda çocuk eğitimiyle ilgili yaygın eğitim sistemine yabancı olunmadığı anlaşılmaktadır. Onun bilime, sanata ve kitaba düşkünlüğü pek çok kaynakta belirtilmektedir.

Hüseyin Baykara yazdığı bir risalede Herat'taki eğitim ve bilim hayatıyla ilgili durumu anlatır. Buna göre vakıflarda görevlendirdiği kişiler harap duruma gelmiş olan yerleri imar edip vakfedenleri memnun etmişlerdir. Eskiden vakıfların bozulması dolayısıyla sıkıntı içerisine düşen öğrenci ve müderrislerin durumu da kendi zamanında düzeltilmiştir. Herat'ta tahminen yüz ders havzası faaliyet göstermekte, din bilimlerinde ve başka alanlarda eğitim yapılmaktadır. Ders verilen bu yerlere Rum'dan (Anadolu) Çin sınırlarına kadar bütün İslam ülkelerinden bilim isteklisi kimseler gurbet sıkıntılarını göze alıp gelmektedir. Vakıflardan elde edilen gelir, bütün bu öğrencilerin ve müderrislerin masraflarını karşılayacak düzeydedir. Dolayısıyla hiçbir sıkıntıları olmadan zamanları verimli bir biçimde geçer. Bütün müderrislerin kalacakları yerler mevcuttur, bu mekânların her biri, ihtiyaç sahipleri için gereken her şeyi hazır edecek gelire de sahiptir, dolayısıyla buralarda kalanlar da hayatlarından son derece memnundur. Eskiden yolcuların, tüccarların ya da şehirde yaşayan diğer insanların yaşadığı sıkıntılar, emniyetsizlikler, hırsız ya da soyguncu korkusu, alınan tedbirler sayesinde ortadan kalkmış ve şehirde tam bir güven ortamı sağlandığı için eğitim için şehre gelenler de korkusuz olarak yaşamaktadırlar.

Baykara'nın sözünü ettiği bu dönem, Şâhruh Mirza'nın ölümünden sonra Herat'ta ortaya çıkan kargaşa ve huzursuzluk dönemidir. Bu dönemde şehzadeler arasındaki mücadelenin yol açtığı sıkıntılar, Baykara'nın hâkim olmasıyla sona ermiş ve sağlanan sükûnet ortamı her şeyi olduğu gibi eğitim hayatını da etkilemiş, Herat yeniden eski görkemli günlerine kısa sürede kavuşmuştur.

Tarihte eğitim, kültür ve sanat, devlet adamlarının desteğiyle hayat bulmuş ve gelişmiştir. Klasik Çağatay edebiyatının temsilcilerinden olan Hüseyin Baykara, eğitim ve kültür tarihinde âlimleri, edipleri, sanatkârları koruyucu, muhafaza edici, destekleyici faaliyetleriyle ön plana çıkmış, Türkçe'nin gelişmesine önemli katkılarda bulunmuştur. Kendisi de "Hüseynî" mahlasıyla şiirler yazıp divan sahibi olan Baykara ilmin ve sanatın kudretli müdafilerinden sayılmıştır.