Türkistan'a yönelik İslam fetihlerinden sonra, Arapça'da evvela Ceyhun (Amuderya) nehrine izafeten "nehrin öte tarafında bulunan" bölge anlamına gelen kelime, sonraları daha çok Ceyhun ile Seyhun nehirleri arasında kalan yaklaşık 660.000 km²'lik coğrafî alanı ifade etmek için kullanılmıştır. Arapça metinlerde zaman zaman Mâverâülceyhun ya da Haytal, Batı kaynaklarında ise Transoxiana-Transoxania da denilen bölgenin sınırları muhtelif dönemlerde değişmiştir. X. yüzyılda İbnü'l-Fakîh ve Nerşahî gibi müellifler Mâverâünnehir'i Horasan'a dahil ederken, XIV. yüzyıl müellifi Hamdullah Müstevfî, Mâverâünnehir'i, "Ceyhun ile Seyhun arasında kalan bölge" şeklinde tanımlamıştır. X. yüzyılda kaleme alınan Hudûdü'l-Âlem'de doğu sınırı Tibet olarak zikredilirken, XIV. yüzyıl müellifi Ebü'l-Fidâ, güney sınırını Ceyhun, batı sınırını Hârizm olarak verdiği Mâverâünnehir'in doğu ve kuzey sınırlarının müşahhas olmadığını kaydetmiştir. Pek çok klasik İslam kaynağında, Hârizm'i de içine aldığı kaydedilen Mâverâünnehir beş ana bölgeye ayrılır. Bunlar, merkezde Soğd (Buhara ve Semerkant), kuzeybatıda Hârizm (sonraları Hîve), güneyde Çaganiyân (Saganiyân)-Huttal(ân), Amuderyâ'nın yukarısında Bedahşan ve kuzeydoğuda Fergana-Şâş (Taşkent) bölgeleridir.
Ceyhun nehri çok eski devirlerden beri "İran" ile "Turan" arasında nihaî sınır kabul edilmiş, bazan batıda bulunan yerleşik kültürlerin bazan da doğuda bulunan bozkırlı göçebelerin nüfuz alanına girmiştir. Verimli bir arazide yer alan Mâverâünnehir bölgesinde çok eski tarihlerden itibaren gelişmiş bir ziraî hayatın izlerine rastlanmaktadır. Eskiçağ ve Ortaçağ'da ticaret yolları vasıtasıyla Çin, İran, Hindistan, Rus stepleri ve Baltık ülkelerine bağlanmıştır. Mâverâünnehir'in havası, suyu, topraklarının bereketi, mamurluğu; halkının gaziliği, cömertliği, konuk severliği Ortaçağ İslam coğrafyacılarının yanı sıra, Doğulu ve Batılı seyyahlar tarafından da zikredilmiştir.
Orta Asya steplerindeki göçebeler ile Horasan ve İran'daki yerleşik unsurlar arasında bir sınır noktası durumunda olan Mâverâünnehir'in siyasî tarihi, bölgeye dışarıdan vuku bulan müdahale ve istilalara bağlı olarak gelişmiştir. Milattan önce II. binyılda Aryaî kavimlerin göçüne ve iskânına uğramış, VI. yüzyılda ise Pers İmparatorluğu'na bağlanmıştır. IV. yüzyılda Büyük İskender'in kısa süreli hakimiyetinin ardından Baktriya Krallığı toprakları içerisinde yer almış, II. yüzyıl başlarında doğudan gelen göçebelerin istilasına uğrayarak önce Yüeçiler (Yüeh-chih), ardından da Kuşan Devleti'nin hakimiyetine girmiştir. Milattan sonra V. asrın ortalarından VI. asrın ortalarına kadar Eftalit Devleti'ne, bu devletin yıkılmasının ardından da 565 yılında Batı Göktürk Devleti'ne bağlanmıştır.
Mâverâünnehir İslam ordularının bölgeye gelişinden hemen önce Türk asıllı olduğu anlaşılan mahallî emîrlerin idaresinde bulunmaktaydı. Müslümanlar tarafından keşif ve ganimet maksatlı seferlerin ardından ilk ciddi askerî harekât Ubeydullah b. Ziyâd tarafından yapılmıştır. Ubeydullah, 674 yılında önemli merkezlerden Beykend'i (Paykand) ele geçirmiş, bununla birlikte müslümanlar bölgede kalıcı olamamıştır. Mahallî hâkimlerin yardım talepleri 701 yılında Göktürkler'in bölgeye hâkim olmasını beraberinde getirmiştir.
Mâverâünnehir'de kalıcı başarılar ancak Haccâc b. Yusûf'un umumi valiliği sırasında Kuteybe b. Müslim'in (705-715) Horasan valisi tayin edilmesiyle gerçekleştirildi. Böylece İslam orduları İsbîcâb'a kadar ilerledi ve -Üşrûsene hariç- Mâverâünnehir'in önemli bir kısmı Araplar'ın kontrolüne girdi.
Kuteybe b. Müslim zamanında Mâverâünnehir şehirlerinde birer askerî garnizon kurulmuş, Araplar var olan sosyoekonomik yapıyı devam ettirmişler, mevcut para sistemini de Buhara örneğinde (Buhar-huda paraları) olduğu gibi aynen korumuşlardır. Soğdca, Mâverâünnehir'in resmî dili olarak bir müddet daha yerini muhafaza ederken Mâverâünnehir'in İslamlaşması da bu süreçte yavaş ve düzensiz olsa da devam etmiştir.
Göktürk Devleti'nin yıkılması ve Türgişler'in dahilî sebeplerden dolayı bölgeden çekilmesi kısa bir süre için Çinliler'e Mâverâünnehir'e kadar müdahale imkânı verdiyse de 751 yılındaki Talas Savaşı'nın ardından bölge kesin olarak Araplar'a bağlanmıştır. Bununla birlikte Mâverâünnehir'deki isyanların ardı arkası kesilmemiştir. Mâverâünnehir IX. yüzyılın başlarında isyanların bastırılmasındaki başarılarından dolayı Sâmân'ın oğullarının idaresine bırakılmış, 873 yılında Yâkub b. Leys'in Tâhirîler'e son vermesiyle bir müddet Saffârîler ardından da Sâmânîler'in hakimiyetine girmiştir.
Sâmânîler devri (819-1005), Mâverâünnehir'in tarihteki en parlak dönemlerinden biri olurken bu dönemde başta Buhara ve Semerkant şehirleri olmak üzere, bölgede önemli bir iktisadî gelişme yaşanmıştır. Rusya, Polonya ve İskandinavya'da bulunan çok sayıdaki gümüş Sâmânî definesi, Mâverâünnehir'in bu dönemdeki canlı ticaret ilişkilerine ışık tutmaktadır. İlmî ve kültürel faaliyetler de bu iktisadî gelişmeden nasibini almıştır. Buhara'daki Sâmânî sarayında oldukça zengin bir kütüphane bulunmaktaydı. Meşhur âlim İbn Sînâ bu kütüphanede çalışmalarını sürdürüyordu. Önceki dönemlerde eğitim öğretim faaliyetleri umumiyetle küttap, cami, hankah ve ribat gibi mekânlarda sürdürülmekteydi. Bu kurumların yanı sıra Sâmânîler döneminden itibaren medreseler inşa edilmeye başlandı. Aynı zamanda âlimler tarafından ilk defa ihtisas medreseleri kuruldu. Bütün bu faaliyetler neticesinde, Mâverâünnehir'de yetişen pek çok âlim ve sanatkâr, İslam dünyasının dört bir yanında ilim, kültür, felsefe ve sanatın gelişmesine ciddi katkılarda bulunmuştur.
Türkler'in Mâverâünnehir'e nüfuzu oldukça eskilere dayanmakla birlikte bölgenin nihaî Türkleşme süreci ancak IX. asrın son çeyreğindeki yoğun Oğuz göçleri ile başladı. Nüfus yapısının Türkler lehine değişmesi, Karluk ve Halaçlar gibi diğer Türk boylarının bölgeye muhaceretiyle daha da güçlenirken Karahanlı hakimiyeti, Mâverâünnehir'in Türkleşme sürecindeki nihaî safhanın başlangıcı oldu. Kılıç Buğra Han Hârun Sâmânîler'e karşı verdiği başarılı savaşlardan sonra evvela İsfîcâb (990) ve Semerkant'ı (992), ardından Sâmânî başşehri Buhara'yı (992) ele geçirdi. Halefi İlig Han Gazneliler idaresindeki Horasan'a hâkim olma isteği başarısızlığa uğramakla birlikte, Karahanlı hakimiyeti Mâverâünnehir'e sağlam bir şekilde yerleşti. Karahanlılar devrinde, bölgede yerleşik şehir kültürü ile yarı göçebe Türk boyları arasında bir denge kurulmaya çalışıldı.
Büyük Selçuklu Devleti ile Karahıtaylar arasında 1141 yılında vuku bulan Katavân savaşı, Karahıtaylar'ın Mâverâünnehir'i ele geçirmelerine sebep olurken mahallî geleneklere karışmayan Karahıtaylar'ın ardından bölge XIII. yüzyıl başlarında Hârizmşahlar'ın idaresine girdi (1210). Ancak kısa süre sonra Mâverâünnehir'e giren Moğollar, buradaki şehirleri tahrip edip halkını da katlettiler (1220-1221). Bununla birlikte, bölge Mahmud Yalvaç ve oğlu Mesud Beg'in idaresinde kısa süre içerisinde yeniden toparlandı.
Mâverâünnehir, Çağataylılar zamanında (1227-1370), İlhanlılar tarafından birkaç defa yağmalandı (1273, 1316). Timurlular zamanında Mâverâünnehir şehirleri ekonomik ve kültürel gelişiminin zirvesine ulaştı, bu dönemde pek çok mimari âbide ile süslenen Semerkant şehri ön plana çıktı.
Şeybânîler (1500-1599), uzun ve istikrarlı bir hakimiyet kurmayı başaramazken Timurlu hakimiyeti sonrası kabileler arasındaki mücadelelerin ön plana çıktığı dönemlerde, şehir kültürü çöküşe geçti. XVII ve XVIII. yüzyıllara gelindiğinde Mâverâünnehir artık eski ekonomik ve kültürel önemini kaybetmişti, eğitim hayatı da bundan nasibini aldı. Bu dönemde Canoğulları ve Astarhan'ın (1599-1785) hakimiyetine giren bölge zaman zaman kuzey ve doğu steplerindeki göçebe kabilelerin saldırılarına maruz kaldı. Mangıt hakimiyetinin ardından 1868 yılında Çarlık Rusyası'nın idaresine girdi.
Mâverâünnehir'de Soğdlar döneminde mevcut olan gelişmiş bir ticarî hayatın varlığı bilinmekle birlikte bu durum İslamî dönemde büyüyerek devam etmiştir. Kaynaklarda Semerkant ve Buhara şehirleri Doğulu ve Batılı tâcirlerin buluştuğu yer olarak zikredilirken İbn Havkal'in kayıtlarında Mâverâünnehir'de 10.000'den fazla ribatın bulunduğunun tespiti sosyal ve ticarî hayatın yanında eğitim öğretimin geliştiğinin de bir işaretidir.
Mâverâünnehir Ortaçağ'da İslam medeniyetinin doğuşunda ve gelişmesinde mühim bir rol oynamıştır. Burada kurulan çok sayıdaki medrese, İslam dünyasında ilmî faaliyetlerin inkişafına önemli katkılarda bulunmuştur. Buhara'da inşa ettirilen medreseler arasında Farcek Medresesi, Mengü (Möngke) Han'ın annesi Sorkokteni Bige Hatun'un Haniye Medresesi, Mahmud Yalvaç'ın oğlu Mesud Beg'in Rîgistan bölgesindeki Mes'ûdiye Medresesi, Timurlular döneminde inşa ettirilen Uluğ Bey Medresesi, Şeybânîler dönemine ait Mîr Arap Medresesi; Semerkant'ta inşa ettirilen medreseler arasında ise Sâmânî hanedanından Muzaffer b. Ahmed b. Nasr b. Ahmed'in İbn Hibbân için inşa ettirdiği medrese, Re'sü Sikketi Hayyân Medresesi, Karahanlı Tamgaç Han'a ait medrese, Timurlular döneminde Uluğ Bey Medresesi ve Özbek hanları döneminde inşa ettirilen Şîrdâr ve Tillâkârî medreselerini saymak mümkündür.
Timurlular döneminde Uluğ Bey (1447-1449) tarafından Semerkant'ta kurulan Semerkant Rasathanesi (Uluğ Bey Rasathanesi), Ortaçağ İslam dünyasının en önemli rasathaneleri arasında yer almıştır. Burada oluşturulan astronomi tabloları, ilim dünyasında teleskobun icadına kadar kullanılmıştır.
Buhara Ortaçağ boyunca İslam dünyasının önemli sufi merkezlerinden biri durumundaydı ve Moğol istilasından sonraki dönemlerde de dinî ve kültürel önemini korumuştur. Semerkant ise Ortaçağ'da İslam dünyasının en önemli ilim ve kültür merkezlerinden biriydi.
Mâverâünnehir'de yetişen pek çok âlim, edip, şair ve sanatçı İslam dünyasında ilim, kültür, edebiyat, felsefe ve sanatın gelişmesine önemli katkılarda bulundu. Bölgede yetişen âlim, edip, şair ve sanatçılar arasından, dinî ilimler alanında Buhârî, Mâtürîdî, Dârimî (ö. 869), Dahhâk b. Müzâhim, Kaffâl (ö. 976), Ebü'l-Leys Semerkandî, Ebü'l-Usr Pezdevî, Ebü'l-Yüsr Pezdevî, Ebü'l-Muîn Nesefî, Necmeddin Nesefî, Alâeddin Semerkandî, Nûreddin Sâbûnî, Ebû İshak Saffâr, Sadrüşşehîd, Mecdüddin Üsrûşenî; aklî ilimlerde Fârâbî, Hârizmî, İbn Sînâ, Bîrûnî, Uluğ Bey, Ali Kuşçu; tarihçiler arasında Nerşahî, İdrîsî, Şehâbeddin İbn Arabşah, Abdürrezzâk Semerkandî; mutasavvıflardan Hakîm Tirmizî, Ebü'l-Abbas Dîneverî; şair ve edipler arasında ise Am'ak-ı Buhârî, Nizâmî-yi Arûzî, Muhammed Avfî, Ebû Bekir Hârizmî, Ebü'l-Hasan Lahhâm, Ebû Nasr Zarîfî, Ebû İshak Fârisî, Ebü'l-Kasım Dîneverî, Ebû Ali Zevzenî, İsmet-i Buhârî, Sekkâkî ve Devletşah'ı saymak mümkündür.
Mâverâünnehir'de yürütülen ilmî ve kültürel faaliyetler, İslam dünyasının diğer pek çok bölgesi gibi, Anadolu'yu da derinden etkilemiştir. Bölgede yetişen çok sayıda âlim, edip ve sanatçı, Selçuklular devrinden itibaren Anadolu'ya gelerek buradaki ilmî ve kültürel faaliyetlerin gelişmesinde önemli rol oynamışlardır. Aslen Hârizm kökenli bir tabip olan Hekîm Bereket, muhtemelen XIV. yüzyılda Anadolu'ya gelerek Melikülümerâ Terkenşah'ın hizmetine girmiştir. Hekîm Bereket tarafından kaleme alınan Lübâbü'n-Nühâb isimli Arapça tıp kitabı, Terkenşah'ın isteği ile müellif tarafından Tuhfe-i Mübârizî adıyla evvela Farsça'ya, ardından da Türkçe'ye tercüme edilmiştir. Söz konusu eser, Anadolu'da kaleme alınan en eski Türkçe tıp kitabı durumundadır. Mâverâünnehir'de yetişen âlimlerden Necmeddîn-i Dâye Râzî de Anadolu'ya gelerek Kayseri'de Sultan I. Alâeddin Keykubad'ın (1220-1237) himayesine girmiştir. Yine Hârizm coğrafyasında yetişen Mecdüddin Muhammed-i Tercümân, ilm-i nücûm alanında tanınmış bir müneccim olan hanımı Bîbî Müneccime ile birlikte, Anadolu'ya gelerek I. Alâeddin Keykubad'ın hizmetinde görev almıştır. Selçuklular zamanında Anadolu'da faaliyet gösteren Mâverâünnehirli mutasavvıflar arasında Saîdüddîn-i Ferganî ve Muhakkık-ı Tirmizî gibi isimleri saymak mümkündür. Anadolu'da Nakşibendiye'nin yayılmasında Mâverâünnehirli mutasavvıflar önemli rol oynamışlardır. Buharalı Hâce Rükneddin Mahmud ve Ubeydullah Ahrâr'ın halifelerinden Abdullah-ı İlâhî, Anadolu'da faaliyet göstermiştir. Yine Alâeddin Ali Semerkandî'ye isnat edilen Semerkandiye tarikatı da XV-XVII. yüzyıllar arasında Anadolu'da görülmüştür.
Tıpkı Selçuklular zamanında olduğu gibi Osmanlılar döneminde de Mâverâünnehir'den gelen pek çok âlim, edip, şair ve sanatçı, Anadolu'da ilmî ve kültürel faaliyetlerin gelişmesine katkıda bulunmuştur. Osmanlı coğrafyasına göç eden Nizâmeddin Bircendî, Fethullah Şirvânî ve Ali Kuşçu gibi âlimlerin ilmî gelişmelere katkı sağladığı görülmektedir.
Bu dönemde bazı Osmanlı âlimlerinin de Mâverâünnehir bölgesine giderek burada eğitim aldıkları ve sonrasında geri döndükleri bilinmektedir. Nitekim Alâeddîn-i Fenârî, Semerkant ve Buhara'da ders alıp bir süre müderrislik yaptıktan sonra Bursa'ya dönmüştür. Osmanlı coğrafyasından Mâverâünnehir'e giden matematikçi ve astronom Kadızâde-yi Rûmî ise Semerkant'taki Uluğ Bey Medresesi'nde başmüderrislik yapmış ve Cemşîd Kâşî'den sonra Semerkant Rasathanesi'nin başına geçmiş, Ali Kuşçu ve Fethullah Şirvânî gibi âlimlerin Osmanlı coğrafyasına gelmesinde etkili olmuştur.
Mâverâünnehirli âlimler tarafından kaleme alınan pek çok eser Selçuklu ve Osmanlı medreselerinde uzun süre okutulmuş; bu eserlere Osmanlı âlimleri tarafından şerhler ve haşiyeler yazılmıştır. Özellikle Hanefî fakihler tarafından kaleme alınan eserler, Anadolu'da ilmî hayatın gelişmesinin yanında Sünnî-Hanefî düşüncenin şekillenmesinde de önemli rol oynamıştır. Bu eserler arasında Burhâneddin Mergînânî tarafından Muhammed Şeybânî'nin Bidâyetü'l-Mübtedî isimli eserinin şerhi olarak hazırlanan ve Hanefî mezhebinin en önemli eserlerinden biri olarak kabul edilen el-Hidâye'yi zikretmek mümkündür.
Bütün bunların yanında, Mâverâünnehir'de yetişen âlim ve edipler tarafından kaleme alınan pek çok eserin Selçuklular, Anadolu Beylikleri ve Osmanlılar zamanında Türkçe'ye tercüme edilerek Türkçe literatürün zenginleşmesine katkıda bulunduğu görülmektedir. Sayıları binleri bulan tercümeler arasında özellikle, Sâmânîler döneminde yaşayan Ebü'l-Leys Semerkandî'nin Kur'an tefsirinin (Tefsîrü'l-Kur'âni'l-Kerîm) Mûsâ-yı İznikî ve Ahmed-i Dâî; Hârizmşahlar zamanında yaşayan Ebû İbrâhim Cürcânî'nin Zâhire-i Hârizmşâhî adlı tıp eserinin Şerefeddin Sabuncuoğlu ve yine aynı müellifin el-Ağrâzü't-Tıbbiyye ve'l-Mebâhisü'l-Alâiyye isimli eserinin Defterdar Ebü'l-Fazl Mehmed b. İdrîs tarafından yapılan Türkçe'ye çevirilerini saymak mümkündür.
Tarihî İpek yolunun önemini kaybetmesi ve Doğu-Batı ticaretinin güneydeki denizlere kayması, XVII. yüzyıldan itibaren Mâverâünnehir bölgesinin evvela iktisadî ardından da ilmî ve kültürel açıdan gerilemesinde etkili olmuştur. Geçmişte pek çok defa tek bir devletin sınırları içerisinde birleşen tarihî Mâverâünnehir toprakları, günümüzde Özbekistan, Tacikistan, Kırgızistan ve Kazakistan cumhuriyetlerinin hudutları içerisinde yer almaktadır.
