III. Selim devrinde yenilenme ve yeniden yapılanmanın (Nizâm-ı Cedit) en önemli kurumlarından biri olarak 1795 yılında Hasköy'de açılmıştır. Örneklerini, Fransa'da Mouradgea D'ohsson ve özellikle Viyana'da Ebûbekir Râtib Efendi'nin gözlemlediği (1792) askerlik ve mühendislik akademilerinden almıştır. Kuruluş sebebi Nizâm-ı Cedit ordusunun teşkil edilmesiyle bağlantılıdır. İlk dönemiyle ilgili belgelerde Fünûn-ı Harbiye Talimhanesi, Mekteb-i Fünûn-ı Harbiye veya Mühendishâne-yi Sultânî gibi isimlerle, ardından da Mühendishâne-yi Berrî (-yi Hümâyun) olarak anılmıştır. Muhit olarak Hasköy'ün seçilmesinde, oranın "sapa ve ücra" olması, yeni okulun ve yanındaki Humbaracı ve Lağımcı Ocağı mensuplarının şehirdeki yeniçerilerle bağ kurmalarının önlenmek istenmesi etkili olmuştur. Binasının inşasına 14 Temmuz 1793 tarihinde başlanmış, Eylül 1795'te tamamlanmıştır. Yabancı hocaların istihdam edilmediği bu mektepte riyaziye ve hendese ağırlıklı dersler, okulun idareciliğini ve başhocalığını uzun yıllar üstlenen geometri ve cebir hocası Abdurrahman Efendi başkanlığında Türk hocaları Hüseyin Rıfkı Tamânî, İbrâhim Kâmi, Hafız Seyyid İbrâhim Edhem ve Elhac Hafız Abdullah tarafından yürütülmüştür. Ayrıca dört mühendis hocanın yer aldığı kadroya 1801'de İngiliz mühtedisi Mühendis Selim de eklenmiştir.
Ders kitapları çeşitli çizelgeler (logaritma cetvelleri) ve geometrik şekiller içerdiğinden bunların hatasız çoğaltılması ve kaliteli basımı, diğer telif ve tercüme eserlerin maliyetinin makul tutulması düşüncesinden hareketle mühendishane binasının zemin katında bir matbaa açılmıştır (Şubat 1797). Bu durum, o sırada başka bir Türk matbaasının olmaması sebebiyle matbaacılık açısından da önemli bir gelişmedir.
İlk nizamnamesi, humbaracı ve lağımcı (topçu ve istihkam) ocaklarına ait kanunnamelerdi. Buna göre hocalar humbaracı ve lağımcı neferlerine humbara atmak ve lağım bağlamak, fenn-i hendese üzere metris kazmak, tabya inşa etmek, kale tabyası yapmak, ordu mahallini tesbit etmek, top kundağı, gülle ve humbara kundağı, tombaz köprü yapmak, lağımcılara hendese dersleri vermek ve bu konularla ilgili telif ve tercüme risaleler hazırlamak gibi vazifelerle yükümlüydüler. Birinci sınıf talebelerine öncelikle hat, imla, hesap ve hendese, teknik resim dersleri verilmekteydi. Birinci ve ikinci sınıflarda ayrıca Arapça ve Fransızca dersleri yer almaktaydı. İkinci, üçüncü ve dördüncü sınıf talebeleri coğrafya, arazi ölçümü, harita çıkarma, lağımcılık ve müstahkem binalar inşası, çağdaş askerlik tertibi, isabetli ve seri top atıcılığı (sürat topçuluğu), yüksek matematik bilgisine dayanan koni kesitleri, diferansiyel hesap, integral hesap, mekanik ve astronomi gibi derslerde öğretim görmekteydi. Mühendishane'de ayrıca bir kütüphane oluşturulmuştu. İlk kitaplar ve gerekli aletler Enderûn-ı Hümâyun Hazinesi'nden tahsis edilmiş, bir kısmı diğer kütüphanelerden sağlanmış, terekelerden satın alınmış veya hediye olarak verilmişti. Kütüphane özellikle Ebûbekir Râtib Efendi'nin terekesinden alınan çok sayıdaki kitap, harita, teknik alet ve edevatla zenginleştirilmişti. Mühendishâne-yi Berrî Kütüphanesi'nde, 1751 yılında Paris'te neşredilmeye başlanarak 1780'de tamamlanan otuz beş ciltlik meşhur Fransız ansiklopedisine (Encyclopédie ou dictionnaire raissoné des sciences, des arts et des métiers) yer verilmesi dikkat çekicidir.
Mühendishâne-yi Berrî için ikinci nizamname, 1806'da daha iyi bir işleve kavuşturulmak amacıyla humbaracı ve lağımcı ocakları bünyesinden ayrılarak müstakil bir kurum haline getirilmek amacıyla Eyüp'te Hançerli Sultan Yalısı'na taşındığı dönemde hazırlandı. Ne var ki III. Selim'in tahttan indirilmesi bina inşaatının ertelenmesine yol açtı ve Mühendishane 1808 yılı başlarında eski binasına geri döndü. Matbaa ise geçici bir süre için Sultan Ahmed civarındaki bir mahalle nakledildiyse de (1802), işletmeye geçmeden Selimiye Kışlası yakınında yapılan müstakil bir binaya taşındı (Aralık 1802). Bu tarihten itibaren Üsküdar Matbaası adıyla Haziran 1824'e kadar faaliyetini sürdürdü.
Mühendishane ve matbaasındaki faaliyetler III. Selim'in son dönemlerinde önemli derecede zaafa uğradı, onun tahttan indirilmesi ve Nizâm-ı Cedit faaliyetlerine son verilmesiyle de daha ağır bir darbeye maruz kaldı. 1808'de IV. Mustafa'nın kısa süren saltanatında yeni bir kanunname hazırlandı. Ancak dönemin kargaşası içinde hocaların işlerine son verilmesi ve îrâd-ı cedit hazinesinden sağlanan maaşların bu hazinenin ilgasından dolayı ödenememesi gibi aksaklıklar uzun yıllar çözülemeyen problemlere dönüştü.
Mühendishâne-yi Berrî binası 1809'da tamir edildi. Ancak Yeniçeri Ocağı'nın ilgasına kadar (1826) geçen zaman içinde mühendislik eğitimi ağır bir ihmale uğradı. Yeniçeri Ocağı'nın kaldırılmasının ardından kurulan yeni ordunun ihtiyaçlarını karşılamak amacıyla mühendislik eğitimi tekrar önem kazandı. Serasker Koca Hüsrev Paşa, Sadrazam Selim Sırrı Paşa ve Hekimbaşı Abdülhak Molla'nın Sultan II. Mahmud'a arzettikleri takrirlerde Nizâm-ı Cedit'in sona ermesiyle başlayan dönemde mühendislik ilminin ihmal edildiği, nizamnamelerine uyulmamasından ötürü okulu cehalet sardığı, gelişme kaydedemediği ve sarfedilen büyük meblağların heba olduğu hususları dile getirildi (bk. II. Mahmud).
Bu durumda kurum, 1826'dan sonra başlayan II. Mahmud devri reformları çerçevesinde ciddi bir şekilde yeniden ele alındı. Yeni orduda "mansûre mühendisi" ismiyle binbaşı rütbesinde sermühendis, kolağası ve yüzbaşı rütbelerinde mühendis halifesi istihdamı ve her tabura iki mühendis tahsisi kararlaştırıldı ve bunlara "ayyıldızlı pergel" işaretli apolet takıldı. 1841'de Damad Mehmed Ali Paşa'nın Tophane ferikliği döneminde humbaracı ve lağımcı askerleri "alaylar" halinde tertip edilerek bunlara "mühendis alayı" adı verildi. Siyasî istikrarsızlıklarda yeni ve eski düzen taraftarları arasındaki mücadelelerden etkilenerek sarsıntılar geçiren kurum, yine de ilk mühendislerin yetişmesini ve ilerideki dönemlerde mühendislik hizmetlerinin yabancı mühendislere ihtiyaç kalmaksızın karşılanmasını büyük ölçüde sağladı. Böylece ordunun mühendis ihtiyacının karşılanması, serhat kalelerinin çağdaş savaş bilimi doğrultusunda inşa ve tahkimleri, çeşitli yerlerin haritalarının çıkarılması, yeni yerleşim bölgeleri oluşturularak genişleyen payitahtın kadastrosunun hazırlanması, su yollarının ve yeni açılan caddelerin yapımı, çeşitli bina ve mabetlerin inşa ve tamiri, sınırların tespiti, Sakarya-Sapanca gölü-İzmit körfezi kanalı projesi gibi sahalarda önemli hizmetlerde bulunan mühendisler yetiştirilmiş oldu.
Mühendishâne-yi Berrî Nazırı Bekir Paşa'nın girişimleriyle 1845'te okul genişletildi, tamir edildi ve yeniden düzenlendi. Mühendislik eğitimi 1864 yılına kadar eski binasında sürdürüldü; aynı yıl topçu kısmı idâdî talebeleri Galatasaray'a nakledildi. Burada Harbiye, Bahriye ve Tıbbiye mekteplerinin idâdî kısımlarıyla Mekâtib-i İdâdî-yi Umûmî adı altında birleştirildi. 1867'de Galatasaray'daki mektep kapatılarak talebeleri eski binalarına iade edildi ve mühendislik eğitimi tekrar Hasköy'deki eski yerine alındı. 1871'de Mühendishâne-yi Berrî talebelerinin harbiye sınıfları Mekteb-i Harbiye'ye, topçu idâdîsi sınıfları Maçka'daki kışlaya nakledildi. Böylece Mühendishâne-yi Berrî topçu ve istihkâm subayı yetiştirecek hazırlık okulu haline getirildi. Hasköy'de boşalan bina 1877-1878 Osmanlı-Rus Savaşı'nda hastane olarak kullanıldı. Savaş sonunda bina tamir edilip genişletildi ve nazırlığına Vidinli Hüseyin Tevfik Paşa getirildi. Harbiye Mektebi'ndeki topçu ve istihkâm kısımları idâdî sınıfı talebeleri getirilerek eğitime burada devam edildi. Mühendishâne-yi Berrî'ye bağlı olarak 1883'te Hendese-yi Mülkiye Mektebi açıldı. 1908'de ise sivil bir kurum olmak üzere Mühendis Mektebi açıldı.
Cumhuriyet'ten sonra 1928'de Nâfia Bakanlığı'na bağlı olarak Yüksek Mühendislik Mektebi kurulması kararlaştırıldı. 1933 yılında İstanbul Dârülfünunu'nun lağvedilmesi üzerine yeni oluşturulan İstanbul Üniversitesi'ne Yüksek Mühendis Mektebi bir fakülte şeklinde ilave edildi ve 1941'de Millî Eğitim Bakanlığı'na bağlanarak adı Yüksek Mühendis Okulu oldu. Nihayet 1944'te de İstanbul Teknik Üniversitesi kuruldu. Mühendishâne-yi Berrî, İstanbul Teknik Üniversitesi'nin ilk nüvesini oluşturdu. Ayrıca humbaracı ve lağımcı ocaklarının eğitim kurumu olduğundan Harbiye Mektebi'nin de ilk nüvesini teşkil etti (bk. Mekteb-i Harbiye).
