Hayatı Bursa ile özdeşleşmiştir. Osman Gazi'den sonraki beş Osmanlı padişahı döneminde ömür sürmüş, özellikle Yıldırım Bayezid (1389-1402), Çelebi Sultan Mehmed (1413-1421) ve II. Murad'ın (1421-1451) hükümdarlık yıllarında varlığını fazlaca hissettirmiştir.
Asıl adı Şemseddin Muhammed b. Hamza b. Muhammed İbn el-Fenârî er-Rûmî'dir. Molla Fenârî lakabıyla anılagelmiş olup büyük bir ihtimalle bu lakap Fenar köyüne nispet edilmesinden dolayı kendisine verilmiştir. Oğlundan nakledilen kuvvetli bir bilgiye göre Fenar, Horasan civarında bir köyün adıdır. Ayrıca Fenar'ın Bursa'ya bağlı Yenişehir ile İnegöl taraflarında bir kasaba olduğu da söylenmektedir.
İlk eğitimini küçük yaşlarda babası Nûreddin Hamza'dan almaya başladı. Daha sonra Anadolu'ya gelerek önce Kemâleddin Mehmed b. Mehmed'den, sonra İznik'e gidip Orhaniye Medresesi müderrisi Alâeddin Esved'den ilim tahsil etti. Bir süre sonra da Amasya'da Cemâleddin Aksarâyî'nin öğrencisi oldu. 1376 yılında bu hocasından icazetini alarak Seyyid Şerîf Cürcânî ile birlikte Mısır'a gitti. Burada Ekmeleddin Bâbertî ve İbn Mübârekşah gibi ilim adamlarından dersler aldı.
Mısır dönüşü Yıldırım Bayezid tarafından Manastır Medresesi müderrisliğine ve ardından yılında Bursa kadılığına getirildi (1393). On yıl kadar sürdürdüğü bu görevini Ankara Savaşı'ndan (1402) sonraki sıkıntılı Fetret devrinde bırakarak muhtemelen Mısır seferi dönüşünde tanıştığı Mehmed Bey'le Karaman'a geçti. Orada da on yılı aşkın bir süre müderrislik yaptı.
1414'te Bursa'ya döndü, Çelebi Mehmed devrinde ikinci defa Bursa kadılığına getirdi. 1419'da yaklaşık yetmiş yaşında iken çıktığı ilk hac seyahatinden dönüşte Kahire'ye uğramış ve bir süre kaldığı bu şehirde dönemin önemli âlimleriyle ilmî müzakerelerde bulunarak dersler okutmuştur.
Mısır'dan sonra Kudüs üzerinden (1420) Bursa'ya dönerek eski görevini devam ettirdi. II. Murad tarafından 1425'te müftülük/şeyhülislamlık vazifesine tayin edildi. 15 Mart 1431 tarihinde seksen bir yaşında Bursa'da vefat etmiştir.
Bursa'da kadılık yaptığı sıralarda "Somuncu Baba" diye tanınan Şeyh Hamîdüddin Aksarâyî ile tanışmış onun ilim ve irfandaki üstünlüğüne yakînen tanık olmuş ve kendisinden istifade etmiştir. Toplam yirmi bir yıl boyunca Bursa kadısı olarak hizmet vermiştir.
İlim yolculuğuna babasıyla başlayan, İslam coğrafyasının en etkili ilim adamlarından edindiği bilgi ve tecrübe ile devam eden Fenârî, elli yılı aşan müderrisliği sırasında yaptığı çok sayıdaki bilimsel çalışma ile Osmanlı'nın kuruluş dönemine damga vurmuştur. Devletin kurumsallaşma yıllarında yaşamış bir ilim adamı olarak ilmiye teşkilatının kurulması, düşünce ve medrese sisteminin şekillendirilmesinde etkili olmuş, Anadolu'nun bir ilim merkezine dönüşmesine öncülük etmiştir. Felsefî ilimlerin medrese müfredatında yer alması, ilmî geleneğin beyan-burhan-irfan üçlüsü üzerine kurulması, ilmî-tasavvufî bir düşünce zemininin oluşması onun dönemindedir. Müftülük ve kadılık gibi idarî görevleri sırasında müderrislik görevini de ihmal etmemiştir.
İlmî birikiminin Osmanlı ilim ve kültür hayatına yansımaları esas olarak üç ana başlık altında değerlendirilebilir. Birincisi, Osmanlı ilim geleneğinde iz bırakacak her biri birbirinden değerli öğrenciler yetiştirmesidir. İkinci sırada hazırladığı eserler bulunmaktadır. Osmanlı medreselerinde de okutulan bu eserlere ilim adamlarının ilgisi sürekli olmuştur. Son olarak da üst düzey eğitim öğretimin verildiği medreseler inşa etmesi belirtilmelidir.
Eğitim öğretim hayatı ve ilmî çalışmalarında görülen bereketin temelinde ilk dönemin muktedir İslam âlimlerinden aldığı tahsil bulunmaktadır. Buna ilaveten ilim elde etme konusundaki heyecanı, yeteneği ve ısrarlı çalışmalarının hatırlanması gerekir. Birçok kitap kaleme almasının yanında Osmanlı ilim geleneğine katkıda bulunacak kişilerin yetişmesinde de ciddi gayretleri olmuştur. Değerli eserler ortaya koyan öğrencileri arasındaki İbn Hacer Askalânî, Muhyiddin Kâfiyeci Kadızâde Rûmî ile Molla Yegân gibi âlimler bulunmaktadır. Ayrıca devrinin tanınmış simalarından Emîr Sultan'a Miftâhu'l-Gayb'ı okutmuştur.
İki oğlu Mehmed Şah ve Yûsuf Bâlî'nin, iyi birer ilim adamı olmaları için gayret göstermiştir. Büyük oğlu Mehmed Şah on sekiz yaşındayken Osmanlı coğrafyasının o dönemdeki en ünlü yükseköğretim kurumlarından biri olan Bursa Sultaniye Medresesi'ne müderris olmuş, vefatına (1435-36) kadar da buradaki görevine devam etmiştir. Diğer oğlu Yûsuf Bâlî ise ağabeyinin ölümünden hemen sonra boşalan Sultaniye Medresesi müderrisliğine getirilmiş, daha sonra atandığı Bursa kadılığı sırasında 1442-43 yılında vefat etmiştir. Her iki kardeşin kabri babasıyla birlikte Molla Camii haziresindedir.
Yüze yakın eser kaleme almış, babasından okuduğu Sadreddin Konevî'nin Miftâhu'l-Gayb adlı eserine bir şerh yazmıştır. Arapça'yı çok iyi bildiği, bedî', meânî gibi edebî ilimlere de ileri derecede vâkıf olduğu anlaşılmaktadır. Türk olmasına rağmen eserlerini Arap dilinde kaleme alması o dönem İslam dünyasına hâkim ilim dilinin Arapça olmasıyla açıklanmaktadır.
Tahran'da tahkik edilerek basılan Misbâhu'l-Üns ile tahkiksiz olarak İstanbul'da basılan Fusûlü'l-Bedâyi', Aynü'l-A'yân ve Şerh-i Îsâgûcî dışındaki bütün eserleri yazma halindedir. Çoğu müsvedde halinde kalan çok sayıda eser yazdığı bilinmekle birlikte ulaşılabilen eserlerinin sayısı otuz civarındadır. Bunların sekizi tasavvuf, altısı fıkıh/İslam hukuku, dördü Arap dili ve edebiyatı, üçü tefsir, üçü mantık, ikisi fıkıh metodolojisi, ikisi kelam/akait, birkaçı da diğer ilim dallarına tahsis edilmiştir.
Îsâgûcî Şerhi yüzyıllarca medreselerde okutulmuştur. Yazdığı bazı eserler dolayısıyla Aristo'yu Anadolu'ya ilk tanıtan kişi olarak kabul edilir. Osmanlı Devleti'nde yetişen en meşhur mantıkçılardandır. Sadece dinî değil, aklî ve felsefî ilimler alanında eserler telif etmiş ilmî kariyeriyle İslam âleminde haklı bir şöhrete ulaşmıştır.
Medfun bulunduğu pınarbaşı semtindeki medresesi ve camisinin bulunduğu bölge, günümüzde kendi adıyla Molla Fenârî mahallesi olarak bilinmektedir. Ayrıca Kudüs'te Mescid-i Aksâ'nın yanında da bir medrese yaptırmıştır. 1430 tarihli vakfiyesi eğitim öğretim ve ilim hayatı ile ilgili ipuçları barındırmaktadır.
Çoğunluğunu ilmî seyahatleri sırasında temin ettiği sanılan on bin ciltlik bir kütüphanesi olduğu aktarılmaktadır. Medreselerdeki tatil günlerini ikiden üçe çıkardığı da bilinmektedir.
