Osmanlı Devleti'nde klasik dönemin memur yetiştirme usullerinin en yaygın olanı, küçük yaşlardan itibaren kalemlerde çırak/şâkirt olarak bulunan ve zamanla devlet işleyişinin temel kurallarına hâkim hale gelen memur adaylarının çeşitli görevlendirmelerle bürokratik sisteme dahil edilmeleriydi. Tanzimat döneminden önce medreseler ve Enderun Mektebi'nde eğitim görmüş ve sayıca az bir kitleyi teşkil eden bürokratlar üst derecedeki memuriyetlerde görevlendirilirken taşra idaresinde ve merkezî kalemlerde görev alan memurların önemli bir kısmı resmî dairelerde yetişerek bürokrasiye intisap etmiş kimselerdi. Memuriyet mesleğinin temel unsurları olan yazışma, teşrifat ve diğer işleri staj yöntemiyle yaparak ve yaşayarak öğrenen bu memur adaylarının sahip oldukları niteliğin düzeyi, Osmanlı Devleti'nin modern bürokratik devlete dönüştüğü XIX. yüzyılda tartışmaya açılmıştır. Bu çerçevede önce devlet yöneticilerinin idarî teşkilatta benimsedikleri kurumsallaşmaya dönük reform programına paralel olarak Mekteb-i Maârif-i Adliye ve Mekteb-i Ulûm-ı Edebiye adıyla iki yeni okul kuruldu. Bu iki okulun 1863 yılında Mahrec-i Aklâm adı altında birleştirilmesi ve daha nitelikli bir eğitim ortamı oluşturulmasıyla donanımlı memur yetiştirme işi kurumsal bir temel kazandı. Esasen Tanzimat dönemine girilirken devlet idaresinde görevlendirilecek olan memurların yetiştirileceği kurumlarda belirgin bir çeşitlilik elde edilebildi. 1821 yılında kurulan Tercüme Odası'nın da bir yönüyle Avrupa'daki konsolosluklarda ve Hariciye teşkilatının diğer birimlerinde görev alacak olan memurların yetiştirildiği bir eğitim ocağı olduğu düşünülürse XIX. yüzyılın ikinci yarısına gelindiğinde memur yetiştirmeye yönelik eğitim alt yapısının temellerinin atılmış olduğu ileri sürülebilir.

Tanzimat reformlarına işlerlik kazandırabilme düşüncesi her şeyden önce resmî hiyerarşi anlayışına sahip nitelikli bürokratlar eliyle hayata geçirilebilecekti. Bu husus Meclis-i Vâlâ tarafından gündeme taşınmıştır. 9 Mayıs 1858 tarihinde çıkarılan iradede yer verilen ifadeler, Mekteb-i Mülkiye'nin kuruluş gerekçesi olarak görülen aksaklıkları gözler önüne sermekteydi. "Vilayetlerde ve kazalarda görev alan mülkî idarecilerin amme idaresine ait temel bilgi ve işleyişten haberdar olmadıkları, yabancı konsolosların tercümanlarıyla bile iletişim kuramadıkları şöyle dursun kendilerine gönderilen emirleri anlamakta bile güçlük çektikleri" gibi ifadeler yer almaktadır. Diğer yandan, 1858 yılına tarihlenen bu belge sözü edilen okulun kuruluş tarihi ile ilgili muğlak bir durum meydana getirmesiyle beraber Meclis-i Âlî-yi Tanzimat, Meclis-i Vâlâ ve sadâret arasında yapılan yazışmalardan sonra Mekteb-i Mülkiye'nin 12 Şubat 1859 tarihinde resmen açıldığı belirtilmelidir.

Mekteb-i Mülkiye'nin açılması için Meclis-i Âlî-yi Tanzimat tarafından hazırlanan dört adet mazbatanın sonuncusu aynı zamanda Mekteb-i Mülkiye'nin on bir maddelik ilk nizamnamesini de içermektedir. Nizamnameye göre Maârif-i Umûmiye Nezareti'ne bağlı bir müessese olarak açılan okul, Mülkiye memuriyetlerinde istihdama ehil memurlar yetiştirilmesi amacına yönelik iki yıl eğitim verecekti. Atik Mekteb-i Mülkiye ya da Mekteb-i Mülkiye-yi Fünûn gibi isimlerle adlandırılan Mülkiye'nin bu ilk döneminde okulun orta dereceli ve memur yetiştirmek için kurulmuş bir meslek okulu olduğu kabul edilmektedir.

Mekteb-i Mülkiye'nin kuruluşu için hazırlanan mazbatada okulun Dârülfünun bünyesinde faaliyete başlayacağı belirtilmişse de daha sonra ticarethane binasında kurulmasına karar verilerek ilk etapta 1800 kuruş bütçe tahsis edilmiştir. İlk ve ikinci seneler için ellişer öğrenci kontenjanı belirlenmiştir. Nizamnamenin sekizinci maddesi okulda verilecek olan ders müfredatına ayrılmıştır. İki yılda okutulacak olan dersler; fenn-i hat ve inşa, hesap ile hendese-yi ameliye, tevârih ve coğrafya, istatistika ve kavânîn-i cedîde-yi saltanat-ı seniye, hukûk-ı milel, muâhedât-ı Devlet-i Aliyye ve ekonomi-politik şeklinde sıralanmıştır. Ancak okul gerçek anlamda bir yüksekokul hüviyetini II. Abdülhamid döneminde, bünyesinde hazırlık düzeyinde üç yıl eğitim verilen bir idâdî kurulmasıyla kazanabilmiştir. O tarihe kadar Mekteb-i Mülkiye'nin ders programında yapılan değişikliklerle nitelikli bir eğitim ortamı yakalamak hedeflenmiştir. 1867 yılında öğretim süresi üç yıla çıkarılarak ders programı yeniden şekillendirilmiş ve 1868 yılından itibaren mektebe yeni kayıt yaptıran öğrencilerin toplamda dört yıl öğrenim görecekleri karara bağlanmıştır. 1866 yılında rik'a, 1871'de umûr-ı Mülkiye ve hendese, 1872'de ilm-i servet-i milel ve Mecelle, 1874'te ise medhal-i hukuk, Arabî ve Fârisî dersleri programa eklenmiştir.

Mekteb-i Mülkiye, müstakil bir binaya kavuşacağı II. Abdülhamid dönemine kadar çok çeşitli bölgelerdeki binalarda faaliyet göstermiştir. İlk kurulduğunda Ticaret Nezareti olarak kullanılan binada eğitim faaliyetleri yürütülürken bir süre sonra aynı binanın başka bir dairesine geçilmiştir. Mekteb-i Mülkiye'nin daha geniş bir mekâna taşınması ihtiyacının hasıl olması üzerine Divanyolu'nda Atik Ali Paşa Camii'nin karşısında bulunan Nûri Efendi Konağı'nın kiralanmasına karar verilmiştir. 1865 yılında büyük İstanbul yangınında bu konağın hasar görmesi üzerine okul, Vefa civarında Sâib Paşa'ya ait olan konağa taşınmıştır.

Mekteb-i Mülkiye'nin kuruluş yıllarında devlet yönetiminde belirgin bir heyecan ve dinamizm meydana getirmiş olmasına karşın yönetim sorunlarına çözüm üretecek yeterlilikte olmadığı da anlaşılmıştır. Cevdet Paşa'nın 1872 yılında hazırlamış olduğu muhtırada liyakat sahibi memurların yetiştirilebilmesi için Mekteb-i Mülkiye'nin ıslah edilmesi gerektiğinin altı çizilmiştir. II. Abdülhamid'in tahta geçmesinin ardından Mekteb-i Mülkiye'nin genişletilmesi, tamiratı ve personel giderleri için gerekli olan bütçenin sağlanacağı ifade edilmiş ve on beş maddelik bir nizamname taslağı oluşturulmuştur. Nizamnamenin ikinci maddesinde yer alan "Mekteb-i Mülkiye, hazret-i pâdişâhînin bilhassa himâye-yi şâhâneleri tahtındadır" ifadesinin yer almasıyla birlikte yeni dönemde okulun adı da Mekteb-i Mülkiye-yi Şâhâne olarak değiştirilmiştir. Yeni nizamnameye göre Mekteb-i Mülkiye'de Fransızca dersleri zorunlu olmuş ve öğrencilerin tek tip kıyafet giymeleri kural haline getirilmiştir. II. Abdülhamid döneminde geniş imkânlara kavuşan Mekteb-i Mülkiye'ye kabul edilme şartları arasında on sekiz-otuz beş yaşları arasında olmak, kötü bir üne sahip olmamak ve devlet hizmetinde bulunmaya mani olacak bir sakatlık taşımamak gibi hususlar dikkat çekmektedir. Bunun yanı sıra, Mekteb-i Sultânî'den mezun olanlar okula sınavsız kabul edilecekken Mahrec-i Aklâm ve kadim Mekteb-i Mülkiye mezunlarının giriş sınavını verebilmeleri şartıyla okula kayıt yaptırabilecekleri belirtilmiş, bu yolla da belirli bir eğitim alt yapısına sahip öğrencilerin okula kayıt yaptırabilmelerine çalışılmıştır. 1877 yılında bir yüksek eğitim kurumu hüviyeti elde eden ve ilk üç senesi idâdî (lise) ve son iki senesi âlî (yüksek) olmak üzere ders programı düzenlenen Mekteb-i Mülkiye'nin derinlikli bir ders müfredatına sahip olduğu görülmektedir. 1878'de "mektep nazırı" unvanı "mektep müdürü"ne çevrilmiş ve bu göreve atanan Abdurrahman Şeref Efendi görevini 1895 yılına kadar sürdürmüştür. 1891 yılında okulda verilen eğitimin süresi yedi yıla yükseltilmiştir. Bu dönemde dikkat çeken bir uygulama da Rumca, Arapça, Ermenice ve Bulgarca gibi derslerin elsine-yi erbaa adıyla ders programına eklenmesidir. 1883 yılına gelindiğinde okulun leylî (yatılı) ve nehârî (gündüzlü) usule göre dönüştürülmesi kararlaştırılmıştır. 1902 yılında ise okulun leylî kısmı kaldırılarak tamamen gündüzlü sisteme geçilmiştir. 1900 yılında Mekteb-i Mülkiye'nin idâdî kısmı okuldan ayrılarak Mercan'a taşınmış ve o tarihten itibaren Mercan İdâdîsi adıyla anılmıştır.

Tanzimat döneminin hâkim ideolojisi olan Osmanlıcılık siyasetinin 1890'lı yıllardan itibaren yerini panislamizme bırakmasının diğer eğitim kurumlarında olduğu gibi Mekteb-i Mülkiye'de de yansımaları olmuştur. 1887 yılında II. Abdülhamid'in isteği üzerine Şeyhülislam Ahmed Esad Efendi başkanlığında oluşturulan bir komisyonda, öğrencilerin dinî inançlarının güçlendirilmesi amacıyla devlet okullarının müfredatlarında değişikliğe gidileceği yönünde karar alınmıştır. Yapılan değişiklikle Mekteb-i Mülkiye'de de muhtelif dini muhtevalı derslerin haftada ikişer saat okutulmasına karar verilmiştir. 1879 yılından itibaren tevzî-yi mükâfat (mezuniyet) törenleri düzenlenmesi, dereceye giren öğrencilerin sarayda görevlendirilmeleri ve başarılı öğrencilere bizzat padişahın gönderdiği altın saat ve benzeri kıymetteki ödüllerin verilmesi II. Abdülhamid'in sosyal kontrol ve denetim çerçevesinde şekillenen siyasal rejiminin yansımalarıdır.

23 Temmuz 1908 tarihinde II. Meşrutiyet'in ilan edilmesinin Mekteb-i Mülkiye'de de önemli etkileri olmuştur. Bu dönemin yükseköğretim hayatına getirdiği önemli yeniliklerden biri olan özerkleşme doğrultusunda Mekteb-i Mülkiye'de Meclis-i Muallimîn tesis edilmiştir. 1908 yılında Meclis-i Maârif-i Kebîr'in kararıyla okula giriş imtihanları kaldırılmış, ancak bu uygulama kısa bir süre sonra sistemin tıkanmasına yol açınca ertesi yıl bu uygulama rafa kaldırılmıştır.

Ders programları açısından II. Abdülhamid döneminin ahlak ve terbiye ağırlıklı derslerinin yerini bu dönemde hukuk, anayasa, maliye ve idare dersleri almıştır. Bu dönemin en dikkat çeken derslerinden biri de Mülkiye'de Sâtı Husrî tarafından okutulan etnografya dersinin olduğu söylenebilir. Böylelikle ilk defa etnografya dersi Osmanlı Devleti'nde bir okulun müfredatına girmiş oluyordu. Yine bu dönemde Ali Reşad'ın Fransa İnkılâb-ı Kebîri ile Diran Kelekyan tarafından yazılan On Dokuzuncu Asırda İçtimaî ve Siyasî Avrupa: Fransa İhtilâl-i Kebîri, Napolyon-Viyana Kongresi adlı eserlerin Mekteb-i Mülkiye'de siyasî tarih derslerinde okutulması okulda kaliteli bir eğitim ortamı oluştuğunu göstermektedir.

1909 yılında Cemiyetler Kanunu'nun yasalaşması üzerine ülke genelinde siyasal partiler ve sivil toplum örgütlerinin kurulmaya başlandığı ortamda Mekteb-i Mülkiye mezunları tarafından Mekteb-i Mülkiye Mezunları İttihat ve Teâvün Cemiyeti kurulmuş, bu dernek daha sonra Me'zûnîn-i Mülkiye Cemiyeti adını almıştır. Bu cemiyetin en önemli faaliyetleri arasında bulunan Mülkiye Mecmuası'nın ilk sayısı 14 Şubat 1909 tarihinde çıkmış, 14 Ağustos 1911'de çıkan 30. sayı ile derginin yayın faaliyeti sona ermiştir. 1911 senesi aynı zamanda Mekteb-i Mülkiye'nin II. Meşrutiyet dönemindeki ilk nizamnamesinin yayımlandığı yıldır. Nizamnameye göre Dahiliye Nezareti'ne bağlanan Mekteb-i Mülkiye'ye kabul edilmek için on altı-yirmi beş yaş aralığında olma şartı aranmıştır.

İttihat ve Terakkî hükümetinin I. Dünya Savaşı yıllarının başında 4 Eylül 1915 tarihinde çıkarmış olduğu bir kararname ile Mekteb-i Mülkiye'ye genel bütçeden ayrılan tahsisatı kesmesi dolayısıyla okulu kapatması Mülkiye tarihinin en vahim gelişmelerinden biridir. 1918 yılında yeni bir nizamname hazırlanarak yeniden açılan Mekteb-i Mülkiye'deki öğretim süresi dört yıl olarak belirlenmiştir. I. Dünya Savaşı yıllarında Yıldız Sarayı Yâveran Dairesi'nde faaliyetlerini sürdüren Mekteb-i Mülkiye, mütareke döneminde söz konusu yapının müttefik devletlerin askerî birlikleri için karargâh olarak kullanılması üzerine Kabataş'ta bulunan Edhem Paşa Konağı'na taşınmıştır.

I. Dünya Savaşı yılları, mütareke ve Kurtuluş Savaşı dönemlerinin ülke genelinde yol açtığı yıkım ve belirsizlik ortamı Mekteb-i Mülkiye'nin de bu yıllarda gelişim göstermesinin önünde bir engel olmuştur. Kurtuluş Savaşı yıllarında millî bir tutum sergileyen Mülkiyeliler, 1920'de açılan Türkiye Büyük Millet Meclisi'nde (TBMM) varlık göstermişlerdir. Birinci meclisteki üyeler arasında kırk üç mebusun Mülkiyeli olması bu okulun Millî Mücadele döneminde etkin bir rol oynadığını göstermektedir. Cumhuriyet'in ilanından sonra Mekteb-i Mülkiye'de görülen en önemli değişiklik 1925 yılından itibaren okulun idarî, malî ve siyasî şubelere ayrılmış olmasıdır. Maarif Vekâleti tarafından hazırlanan ve Hey'et-i Vükelâ'da kabul edilen Mekteb-i Mülkiye Talimatnamesi'ne göre siyasî şubede eğitim süresi dört yıl iken idarî ve malî şubelerde üç yıl olarak belirlenmiştir. Mekteb-i Mülkiye'nin şubelere ayrılmasından sonra ders programında da bir ihtisaslaşmaya gidilmiştir. Bu dönemde Mülkiye müfredatına İngilizce, nakit, itibar, borsa, banka ve usûl-i defter-i umûmî ve malî gibi dersler eklenmiştir. Bunun yanı sıra, hukûk-ı medeniye, hukûk-ı düvel ve hukûk-ı esâsiye gibi derslerin saatleri de arttırılmıştır.

1930 yılında çıkarılan Mekteb-i Mülkiye Talimatnamesi'ne göre okul Maarif Vekâleti'ne bağlanmıştır. 1933 yılındaki Üniversite Reformu'nu takip eden yıllarda Mekteb-i Mülkiye'nin Ankara'ya taşınması için çalışmalar başlatılmış, 5 Haziran 1935 tarihinde resmî gazetede yayımlanan 2750 sayılı kanun ile Ankara'da Mekteb-i Mülkiye için bir bina inşa edilmesi için 400.000 lira tutarında bir bütçe tahsis edilmiştir. 15 Haziran 1935 tarihinde ise 2777 sayılı kanunun Resmî Gazete'de yayımlanmasıyla okulun adı Siyasal Bilgiler Okulu olarak değiştirilmiştir. Mekteb-i Mülkiye'nin Ankara'ya taşınması kararının alınması sebebiyle İstanbul'daki ikametlerinden ayrılmak istemeyen bazı hocalar okuldaki görevlerinden istifa etmişlerdir. Anılan sebeple okul müdürlüğü görevinden ayrılan Şükrü Baban'ın yerine Emin Erişirgil atanmış ve Cebeci'deki binası ağustosta tamamlanan okulun öğrencileri 5 Kasım 1936 tarihinde trenle Ankara'ya taşınmışlardır. 1942'ye kadar okulun müdürlüğünü yapan Emin Erişirgil'in Zonguldak milletvekili olarak Türkiye Büyük Millet Meclisi'ne girmesinin ardından Mekteb-i Mülkiye'nin müdürlüğüne Ali Fuat Başgil atanmıştır.

Mekteb-i Mülkiye, Ankara'ya taşındıktan sonra da Türkiye'nin bilimsel üretim merkezlerinden biri olma vasfını korumuştur. 1943 yılından itibaren yayımlanmaya başlayan Siyasal Bilgiler Okulu Dergisi'nde sosyal bilimler alanında oldukça geniş bir yelpazede bilimsel yazıların yayımlandığı görülmektedir.

1946 yılında Ankara Üniversitesi'nin kurulması ve aynı yıl çıkarılan Üniversiteler Kanunu ile üniversitelerin idarî özerklik elde etmelerinden sonra Mülkiye'nin kendine has yönetim sistemi tartışmaya açılmış ve okulun Ankara Üniversitesi'ne bağlanmasının gelişim imkânı elde etmesi açısından daha elverişli olacağı düşünülmüştür. Bu düşünce doğrultusunda 23 Mart 1950 tarih ve 5627 sayılı kanunla Siyasal Bilgiler Fakültesi'nin Ankara Üniversitesi'ne bağlanmasına karar verilmiştir.

Demokrat Parti döneminde Türkiye'nin NATO'ya üyeliği ile birlikte Batı ülkeleriyle kurulan ittifak ilişkisi dahilinde teknik yardım antlaşmaları imzalanmıştır. Birleşmiş Milletler çatısı altında kurulan Aid For International Development (AID) adlı kuruluş ile imzalanan antlaşma kapsamında Siyasal Bilgiler Fakültesi bünyesinde Türkiye ve Ortadoğu Amme İdaresi Enstitüsü (TODAİE) kurulmuştur. Bu dönemde Türkiye'nin Batılı devletlerle bilimsel alanda kurduğu iş birliği temelindeki ilişkilerde Siyasal Bilgiler Fakültesi merkezî bir rol oynamıştır. 1 Eylül 1954 tarihinde Siyasal Bilgiler Fakültesi ile New York Üniversitesi arasında imzalanan teknik yardım programına göre Mülkiyeli hocalar Amerika'da araştırma yapma imkânı elde ederlerken 1958'e kadar uzatılan bu program çerçevesinde çok sayıda Amerikalı akademisyen de Mülkiye'de dersler vererek özellikle kamu yönetimi, işletme ve maliye gibi disiplinlerde Amerikan sosyal bilim geleneğine uygun bir alt yapının temellerini atmışlardır.