Osmanlı Devleti'nde XV. yüzyıl ortalarından itibaren medrese geleneği dışında Osmanlı merkez ve taşra bürokrasisine gerekli insan kaynağını yetiştirmek için kurulmuştur. Bu özelliği ile Enderun, Osmanlı idarî ve siyasî hedeflerin belirlenmesinde ve devletin ana kurumlarının işleyişinde önemli bir konuma sahip olmuştur. Başka bir deyişle Enderun, Türkler'in kendilerine özgü, yönettikleri coğrafya ve kültüre uygun bir eğitim sistemi kurup başarılı sonuçlar aldıkları ve dünya eğitim tarihinde önemli yeri olan bir mekteptir. Sürekli büyüyen ülkenin farklı din, dil ve kültürlere mensup tebaasını idare edecek sağlam yönetici kadroları temin etme ve kabiliyetli kumandan yetiştirme amacı güden Enderun için kültür ve disiplin temel kurallar olarak benimsenmiştir. Mektebin II. Murad zamanında Edirne Sarayı'nda kurulduğu, ancak gerçek teşkilatına Fâtih Sultan Mehmed döneminde kavuştuğu söylenebilir.

Enderun Mektebi, temelinde devşirme sistemi olan bir uygulamadır. Bu uygulama kapsamında belli zamanlarda ülkenin farklı bölgelerinden ihtiyaç oranında ve usulü dairesinde çocuk devşirilirdi (bk. Devşirme). Bu, oldukça sıkı kuralları olan bir işleyişti. Çocuklar Enderun'a başlamadan önce belli bir eğitimden geçirilirdi. Hıristiyan tebaadan devşirilen çocuklar, öncelikle müslüman Türk ailelerinin yanında Türkçe'yi, İslamî esasları ve adabı öğrenir, daha sonra Edirne, Galatasaray, İbrâhim Paşa (bir ara İskender Çelebi) saraylarında bedenî ve ruhî kabiliyetlerini geliştirecek dersler ve talimler görürlerdi. Bunlara "acemi oğlanları" denirdi.

Acemi oğlanları, buradaki belirli talim ve terbiyeden sonra "çıkma" adıyla ayrılarak çeşitli askerî birlikler içerisine dağıtılır, özel kabiliyetlere sahip olanlar ise daha yüksek seviyede bir eğitime tâbi tutulmak üzere Enderun'a gönderilirdi. Enderun'daki teorik ve uygulamalı eğitim aşamaları Büyük Oda, Küçük Oda, Doğancılar Koğuşu, Seferli Koğuşu, Kiler Odası, Hazine Odası ve Has Oda olmak üzere yedi kademe üzerine kurulmuştu. Buradaki eğitimi sonuna kadar götüremeyen iç oğlanları ara sınıflardan aynı şekilde "çıkma" adıyla ayrılarak çeşitli askerî birliklere katılırdı. Bu, eğitimde eleme usulünün dönemine göre başarılı bir uygulaması idi.

Enderun'un ilk iki kademesinden Küçük Oda, Bâbüssaâde'den içeri girince solda, Büyük Oda ise sağda yer alırdı. Bu odalara Acemi Oğlanları Mektebi'nden üstün başarı ile mezun olanlar alınırdı. Bunlar İslam dinini ve kültürünü öğrenir; Türkçe, Farsça ve Arapça dersleri görür; güreş, atlama, koşu ve ok çekme gibi spor talimleri yapardı. Bu odalarda okuyanlar dolama denilen bir çeşit cübbe giydikleri için bunlara "dolamalı" denirdi. Gençlerin yaş ortalaması on beş civarındaydı. Buralarda disiplini sağlayan ve oda mensuplarına çeşitli konularda yardımcı olan lalalar bulunurdu. XVII. yüzyıldan önce Büyük Oda'nın kadrosu 100, Küçük Oda'nın altmış iken bu yüzyılda toplam kadro 258'e ulaşmıştı. Enderun'un üçüncü derecesi olan Doğancılar Koğuşu'nda ise kırk kadar genç talim ve hizmet ederdi.

1635 yılında IV. Murad tarafından teşkil edilen ve önceleri Enderun halkının çamaşırlarının yıkanıp düzenlenmesi hizmetini gören Seferli Koğuşu mensupları daha sonra musikişinas, hanende, kemankeş, pehlivan, berber ve benzeri meslek dallarında yetiştirildi. Nitekim bu koğuştan birçok ünlü musikişinas ve şair çıkmıştır. Sarayın dilsiz ve cüceleri de aynı koğuşta eğitim görmüştür. Seferli Koğuşu'nda 100 kadar genç eğitim görür, bu koğuşun iç oğlanları çıkmalarda sipahi bölüklerine verilirdi.

Kilerci Koğuşu ise Fâtih Sultan Mehmed döneminde kurulmuştur. Buranın âmiri serkilârî-yi hâssa idi. Padişahın yemek servisi ile ilgili düzenlemeleri yapmak bu koğuşun vazifesiydi. Burada bulunan iç oğlanları hükümdarın ve Harem-i Hümâyun'un ekmek, et, yemiş, tatlı ve şerbet gibi her türlü yiyecek ve içecek ihtiyacını hazırlar ve muhafaza ederdi. Saray odaları ve mescitlerinin mumları da bu koğuş tarafından temin edilirdi. Bunların sayıları otuz civarındaydı. Kilerci Koğuşu'nun iç oğlanları çıkmalarda kapıkulu süvari bölüklerine girerdi.

Fâtih tarafından kurulan Hazine Koğuşu'nun idarecisi hazinedarbaşı ve hazine kethüdası idi. Hazinedarbaşı, sorumluluğun gerektirdiği hassasiyet sebebiyle sarayın en nüfuzlu görevlilerinden biri olarak kabul edilirdi ve sarayda hizmet gören, "ehl-i hiref" denilen saray sanatkârlarının da başı haznedarbaşı barış ve savaş zamanlarında padişahın yanından ayrılmazdı. Hazine Koğuşu'nun mevcudu zaman zaman 150'ye kadar yükselmiştir. Buradan çıkma olduğunda gençler kapıkulu süvari bölüklerine, müteferrikalığa ve çaşnigirliğe girerdi.

Enderun'daki Has Oda ise eğitim aşamalarının zirvesi olup yine Fâtih Sultan Mehmed tarafından kurulmuştur. Padişaha en yakın olunabilen, çıkmalarda en stratejik görevlere gelme fırsatı bulunan ve eğitimden ayrıntı unsurlara bile dikkat edilen Has Oda'nın dört meşhur zâbiti; has odabaşı, silahdar, çuhadar, rikâbdar idi. Bunlardan sadece has odabaşının padişah huzuruna çıkma yetkisi olduğu Fâtih Kanunnamesi'nde belirtilmiştir. Toplam mevcudu kırk kadardı. Hünkâr müezzini, sır kâtibi, sarıkçıbaşı, kahvecibaşı ve başçavuş gibi padişah hizmetinde bulunanlar da bu oda mensupları arasından seçilirdi. Has odalıların Hırka-yı Saâdet Dairesi'ni temizlemek, eşyasının bakımını yapmak, kandil gecelerinde öd ağacı yakmak, gül suyu dökmek ve mukaddes emanetleri korumak gibi vazifeleri de vardı. Hareme bitişik Mâbeyin denilen odada bulunan Has odalılardan çıkma olduğunda bunlar kıdem durumlarına göre devletin hassas makamlarına tayin edilirdi.

Çalışma sistemi, eğitim programı ve işleyişi göz önünde bulundurulduğunda Enderun'un çeşitli hünerlerin, sanatların, idarî ve siyasî bilgilerin teorik ve pratik olarak öğretildiği, kabiliyetlerin tespit edildiği bir tür imparatorluk özel eğitim ve staj yeri olduğu söylenebilir. Enderun'u teşkil eden yedi oda ve koğuşta; çıkmalar, terfiler ve boşalan yerlerin doldurulmasında kesin olarak uyulan, baştan tespit edilmiş kurallar vardı. Fakat padişahların sık olmamakla birlikte terfi ve çıkmalarda usul dışı uygulamaları da olabilirdi. Söz gelimi Kanûnî Sultan Süleyman'ın Has Odabaşı İbrâhim'i veziriazamlık makamına getirmesi bu örneklerden biridir.

Enderun eğitimi, bir bütünlük içerisinde çeşitli kademeleri bulunan bir eğitim sürecidir. Buradaki başarı büyük ölçüde muhtevasındaki tutarlı bütünlükten gelmektedir. Adaylar özel olarak teşkil edilmiş, belirli kurallara göre hareket eden gezici ekipler tarafından fizikî, bedenî ve ruhî özellikleri incelenerek seçilirdi. Bunların yanlarında kalacakları ailelerde de hususi nitelikler aranırdı. Hazırlık sınıflarının bulunduğu saraylarda Türk ve İslam kültürüyle ilgili derslerle bedenî kabiliyetleri geliştirecek spor dersleri esastı. Bu eğitim sisteminde başından sonuna kadar titizlikle riayet edilen ilkelerden biri çıkma idi.

Kanûnî devrinde geliştirilen bu usulle, hazırlık sınıflarından Enderun eğitiminin sonuna kadar geçen süre içinde ilerleme gösteremeyenler bile ordunun önemli ve nitelikli bir ihtiyacına tekabül ederdi. Çıkma usulü sebebiyle de eğitim sisteminin elemeye dayalı olduğunu bilenler daha bir dikkat gösterirlerdi. Çıkma usulüne oda ve koğuşlardaki sabit kontenjana göre belirli aralıklarla sayıyı azaltıp kabiliyetli yeni elemanlara yer açmak için de başvurulabilirdi.

Yabancı gözlemciler, hazırlık ve Enderun eğitimi için seçilmiş gençlerden bahsederken Türkler'in kabiliyetli gördükleri kimseleri eğitmekten keyif aldıklarını ve bu uğurda her türlü fedakârlığa katlandıklarını vurgular. Seçim sırasında siması güzel ve fizikî kusuru olmayanların tercih edilmesini de Türkler'deki "güzel yüzde kötü ruhun barınamayacağı" inancıyla izah ederler. Habsburg elçisi olarak XVI. yüzyıl ortalarında Osmanlı ülkesine gelen Busbeq mektuplarında Batılılar'ın iyi yetiştirilmiş attan ve köpekten, Türkler'in ise iyi eğitilmiş insandan büyük bir mutluluk duyduklarına işaret etmektedir.

Enderun eğitiminin en önemli ve temel prensiplerinden biri de sıkı disiplindi. İleride atanacakları devletteki sevk ve idare görevlerinde başarılı olmaları için her türlü hassasiyet eğitimlerinin içerisinde yer alırdı. Enderun'da akağalar kurallara uyma konusunda çok hassastı. En küçük kusur bile affedilmez; falaka, uykusuz bırakma, yemeği kesme gibi cezalar verilirdi. Yatakhaneleri koğuş şeklindeydi ve her sekiz-on gencin arasında bir akağa yatağı bulunurdu. Pirinç ve et temel gıdalarıydı. Gençlerin beslenmelerinde bir denge hali gözetilir, fazla yemelerine izin verilmediği gibi gıdasız kalmamalarına da özen gösterilirdi. Gençlerin kabiliyetlerine göre her türlü idarî makama ulaşabileceklerini bilmeleri onların kurallara uymalarını sağlar ve çalışma azimlerini arttırırdı.

Topkapı Sarayı asırlarca yoğun idarî, siyasî ve diplomatik faaliyetlere mekân olmuş bir merkezdi. Ülke dahilinden beylerbeyiler, sancak beyleri, kadılar; müslüman ve gayrimüslim devletlerden gelen diplomatik heyetler, elçiler; Dîvân-ı Hümâyun üyeleri olan sadrazamlar, vezirler, kazaskerler hep bu sarayda yoğun faaliyet içerisinde bulunurdu. Bu ortam Enderunlu gençlere engin bir birikim ve deneyim sağlardı. Gerek merkezde gerekse taşrada çeşitli seviyelerde hizmet gören vezirler, beylerbeyiler, sancak beyleri ve diğer idarî görevliler genellikle bu kurumdan yetişmiş kimselerdi. Tayyarzâde Atâ Bey ve Hızır İlyas'ın eserlerinde saray ve Enderun hayatı ve burada oluşan kültür muhiti hakkında ayrıntılı bilgiler bulunur. Özellikle Atâ Bey'in eserinde, Enderun'da yetişen ve değişik alanlarda görev yapan âlim, şair, devlet adamı, asker ve idarecilerin adları ve yer yer biyografileri verilir. Enderun'dan devlete büyük hizmetleri dokunan yetmiş dokuz sadrazam, üç şeyhülislam ve otuz altı kaptan-ı deryâ yetiştiğini Tayyarzâde meşhur tarihinde zikretmektedir.

Hiç kimseye bir ayrıcalığın tanınmadığı bu kurum, ülkenin merkez ve taşra mülkî idaresine idareci yetiştiren en başarılı eğitim müessesesi haline getirilmiştir. Enderun için "tereddütsüz bir eğitim mucizesi" denmesi ve bu noktada hemen herkesin ortak bir kanıya varması tesadüf değildir. Ancak XVII. yüzyılda, mevcut usullere aykırı olarak birtakım himaye ve kayırmalarla Enderun'a şartlara uymayan kimselerin alınmaya başlanması, eğitim sisteminin gelişen yeni ihtiyaçlara ayak uyduramaması, özellikle bu dönemlerde kapıkulu askerinin iktidarı belirleyici büyük nüfuz ve gücü, Enderun'daki disiplinin ve eğitim kalitesinin sarsılmasına yol açmıştır. Genel olarak ülkedeki diğer kurumlar gibi bu müessese de önemini yitirmeye başlamıştır. Buna rağmen Enderun XIX. yüzyıl başlarına kadar etkisini zayıf bir şekilde de olsa devam ettirmiş ve 1908 yılında tarih sahnesinden çekilmiştir. Bir tarihsel eğitim uygulaması olan Enderun, devlet yönetiminin stratejisi açısından tarihî bir tecrübe ve ilham kaynağı olarak görülebilir. Bu tarihî tecrübe kamuda istihdam ve kariyer basamaklarını çıkmada sağlam bir ölçme-değerlendirme sistemine sahipti.

Uzun tarihî sürece bakıldığında Türkler'in eğitim geleneğinin eğitim kurumları ile ilgili oluşan tıkanmaların değişim-dönüşüm yoluyla değil kapatma ve yenisini açma şeklinde devam ettiği görülür. Fakat muhteva ve gayenin devamlılığı konusunda hassasiyet gösterilmiş ve bu önemli ölçüde sağlanmıştır. Söz gelimi ilk olarak 1858 yılında İstanbul'da açılan ve Cumhuriyet döneminde 1936 yılında Ankara'ya taşınan ve burada eğitime devam eden Mekteb-i Mülkiye'nin kuruluş ve eğitim sürecine baktığımızda bu mektep de devlete mülkî âmir yetiştiren bir kurum olarak tasarlanmıştır.

Enderun birikimi böylece bazı fonksiyonlarını Mekteb-i Mülkiye'ye devrederek tarihteki yerini almıştır. Mülkiye Mektebi'nin yanında Tıbbiye, Baytar ve Mühendis mekteplerinin açılması da aslında bu geleneği temsil eden bir devamlılık olarak görülebilir.

Ardından, kamuya nitelikli personel yetiştiren, kamudaki üst düzey yöneticilerin yeterliliğini ve niteliğini arttırmayı hedefleyen Türkiye ve Ortadoğu Amme İdaresi Enstitüsü (TODAİE) 1953 yılında açılmış ve 2018 yılına kadar faaliyetlerini sürdürmüştür. Türkiye ve Ortadoğu Amme İdaresi Enstitüsü kuruluşu, yönetim yapısı, işleyişi, misyonu ve diğer çalışmaları ile Enderun geleneği ile ilişkilendirilmiştir. Mekteb-i Mülkiye ile yeni bir elit yönetici kesim oluşturma çalışmaları, Türkiye ve Ortadoğu Amme İdaresi Enstitüsü'nün teşekkülü ile kapsamını genişleterek başka bir döneme evrilmiştir.

Günümüzde ise devletin ihtiyaç duyduğu bütün kadroların yetiştirilmesi amacıyla oluşturulan akademik eğitim kurumları olan üniversiteler var olmakla birlikte Enderun Mektebi ile kıyaslandığında kısmî ve fonksiyonel bir benzerliğin bulunduğu görülür. Sağlam bir eğitim geleneğine sahip bir müessese olarak Enderun Mektebi, günümüz yüksek eğitim kurumları ile ilişkilendirildiğinde ise devletin ihtiyacı olan yöneticilerin özel olarak yetiştirilmesine odaklanmış özgün bir eğitim müessesinin eksikliği görülür.

Günümüz eğitimi çerçevesinde devlet Enderun Mektebi, yetenek üzerine temellenen, farklı din, dil ve kültürlere mensup Osmanlı tebaasını idare edebilecek Türk-İslam kültürüne bağlı kadroları yetiştirebilmek için tesis edilen ve bu çerçevede uzun bir süre hizmet etmiş, günümüzde de eğitim plan ve programlayıcılarına fikir verebilecek bir kurum olarak değerlendirilebilir.