Sultan II. Mahmud saltanatının son yıllarındaki bürokratik yenilikler memuriyet anlayışını değiştirmiş, devlet dairelerine dönemin ruhuna uygun memur yetiştirmek üzere 1839 yılında Mekteb-i Maârif-i Adliye ve Mekteb-i Ulûm-ı Edebiye adı altında iki okul açılmıştı. Memur yetiştirme usulünün sistematik bir hale getirilmesinde önemli bir başlangıç teşkil eden bu okullar zamanla yetersiz kaldıkları için kapatılmıştı. Merkezîleşme siyasetinin sürekli yeni kurumlar doğurması sonucu dışişlerinde oluşan hareketlilik, belge üretimini ve daireler arasındaki belge akışını arttırmıştı. Büyüyen iş hacmi artık edebî ve sanatsal değer taşıyan belgelere değil çabuk iş çıkaracak bir kalem gücüne ihtiyaç duymaktaydı. İş yükünün artması, kadroların genişlemesi ve kadroların usta-çırak ilişkisiyle değil modern okullarda yetişen memurlardan olması yeni bir yazışma usulü ortaya çıkardı. Evraklar dil, üslup, şekil ve içerik açısından yeni bir anlayışla üretilmekteydi. Bu anlayış dil kurallarının iyi bilinmesini ve meramın daha yalın sözcüklerle ifade edilmesini yeterli bulmuyor, söz ve cümlenin birbiriyle bağlantılarını gerektiren resmî tarzın yani "kalem usulü"nün öğrenilmesini de gerektiriyordu. Kapanan memur okullarının yarattığı boşluğun doldurulması ve modern yazışma usullerini bilen memur yetiştirilmesi için 21 Temmuz 1862 tarihli kararla Mekteb-i Maârif-i Adliye, rüştiye mekteplerinden kalemlere çıkacak son sınıf öğrencilerine mahreç olmak üzere Mekteb-i Maârif-i Aklâm'a dönüştürüldü. Öncekiler gibi yine orta dereceli okul seviyesinde olan okulun müdürlüğüne Cemal Bey getirildi.

Mektep 1863 yılı başından itibaren Mahrec-i Aklâm adını aldı (BOA, İ.DH, 506/34432, lef. 7) ve bu kullanım daha fazla tercih edildi. Aklâm "büro", "devlet dairelerinde yazı işlerinin görüldüğü yer" ya da "daire" anlamında da kullanılan kalem kelimesinin çoğuludur. Sözlükteki karşılığı "çıkış yeri", "çıkılan yer" olan mahreç ise, birçok amacının dışında, XIX. yüzyılda bazı mesleklere öğrenci yetiştiren ortaöğretim düzeyindeki okullar için kullanılan bir kavram olmuştur. Bu açıdan Mekteb-i Aklâm'ı "bürokrasi okulu"; Mahrec-i Aklâm'ı da "kaleme hazırlayan yer" şeklinde tanımlamak mümkündür. Önceliğini açıkça ortaya koyan bu kavramlar kuruma sivil bir kimlik kazandırmakla birlikte bürokratik eğitime yöneldiği için aynı zamanda bir meslek okuluydu. Eğitim süresi bir yıl ile sınırlandırılan okula memur olmak isteyen rüştiye mezunları kayıt yaptırabilecek, derslerin bitiminde sınava sokulacak ve başarılı olmaları halinde istedikleri kalemlerde istihdam edileceklerdi.

Kırk beş öğrenci ile eğitime başlayan Mahrec-i Aklâm'ın temel amacı hat ve kitabeti yani yazı sanatını öğretmek olduğu için titizlikle yapılan bir araştırma neticesinde Sadaret Mektûbî Kalemi memurlarından Ahmed Bey rik'a hocası olarak atandı. Başlangıçta mektepte usûl-i kıraat (Türkçe okuma), Farsça, Arapça, inşa (kompozisyon) ve hesap (aritmetik) dersleri de vardı. Maarif jurnal kâtibi Vâcid Efendi kıraat muallimliğine getirilmişti. Üç yıl sonra mezunların yeterli donanıma sahip olmadıkları görülünce 1865'te eğitim süresi üç yıla çıkarıldı. Sınıf derecelendirme sistemi bugünkü anlayışının tam tersiydi. İlk kayıt yaptıranlar sınıf-ı sâlis yani üçüncü sınıf kabul edilmekte; dönem sonu sınavında başarılı olan öğrenciler sınıf atlayarak sınıf-ı sânîye (ikinci sınıf); bunların başarılı olanları da sınıf-ı evvele yani son sınıfa yükselmekteydi. Okulun eğitim süresi uzatılınca müfredata Fransızca, tarih, coğrafya, kimya, hikmet (fizik) ve resim dersleri eklendi. Dönemin gözde hocalarından Râfet Efendi Farsça, Müderris Mustafa Efendi Arapça, Nüzhet Efendi inşa, Binbaşı Ahmed Efendi hesap dersini okuttu. Ayrıca Osmanlı Devleti'nin son vakanüvisi Abdurrahman Şeref, 1873 yılında Mekteb-i Sultânî'yi bitirir bitirmez meslek hayatına târîh-i umûmî hocası olarak Mahrec-i Aklâm'da başladı (BOA, MF.MKT, 12/129). Okul için 1866 yılında Paris'te harita, atlas ve küre gibi ders materyalleri bastırıldı. Fransızca eğitimine büyük önem verilmekteydi. Bunda aşağıda değinilecek olan Lisan Mektebi'nin rolü büyüktü. Burası kapanınca hocaları Mahrec-i Aklâm'da görevlendirilmişti ve 1871 yılında mektebin on iki hocasından altısı Fransızca hocasıydı. Nitekim o yılın mezunlarından Emin Bey'in diplomasında aldığı altı dersten üçünün Fransızca gramer, Türkçe'den Fransızca'ya Fransızca'dan Türkçe'ye çeviri ve Fransızca inşa olduğu görülmektedi. Okul 1875 yılında Muallimin Jurnali adlı Fransızca bir gazeteye aboneydi.

Meclis-i Maârif'te yapılan mektep sınavlarında öğrencilere istiktap usulüyle yani ezberden yazı yazdırılır ve cevap kâğıtları adı geçen meclisin üyeleri tarafından değerlendirilirdi. Yazısı beğenilenler mezun edilir; başarısız sayılanlar kendilerini geliştirmeleri için birkaç ay daha eğitilirlerdi. Öğrenim süresi üç yıla çıkarılınca sınav sisteminde değişikliğe gidilerek yeni ders içeriklerinden sorular soruldu ve özellikle Fransızca-Türkçe, Türkçe-Fransızca metinlerin çevirileri istendi. Mezunlara diploma verilir, atanacağı kuruma "istihdama elverişli" olduğunu belirten bir yazı gönderilirdi. Şehâmeddin Bey'in 1873 tarihli diplomasında Türkçe inşa ve imlanın dışında Arapça, Farsça, Fransızca, genel tarih, rik'a, hendese ve mesâha ve cebir olmak üzere sekiz dersten geçer not aldığı görülmektedir. Diplomada Maârif-i Umûmiye Nezareti ile Meclis-i Maârif-i Kebîr'in tasdik ifadeleri yer almaktaydı. Mahrec-i Aklâm mezunları istedikleri kalemlere girme hakkına sahip olup 500 kuruş maaş alma imtiyazları vardı. İlerleyen yıllarda bu uygulamadan vazgeçilerek mülazemet sistemi getirildi. Muhtemelen kadroların dolu olması sebebiyle alınan karara göre adaylar staj döneminden geçecek ve atanma sırasını bekleyecekti.

Okul, Mekteb-i Maârif-i Adliye'nin yerinde, Bâbıâli yakınlarındaki Ticarethane binasında eğitime başlamıştı. Burası Ticaret Nezareti'nin yanı sıra Maarif Nezareti'ni, Nâfia Nezareti'ni, Mülkiye Mektebi'ni ve Dârülmuallimîn Mektebi'ni bünyesinde barındırmaktaydı. Odaları eğitime elverişli olmadığından üç okul 1864 yılında Çemberlitaş'taki Nûri Efendi Konağı'na taşındı. Konak bir yıl sonra büyük Hocapaşa yangınında (1865) yanınca öğrenciler Beyazıt İmareti'ndeki vakıf odasına yerleştirildiler. Burası da kentsel düzenlemeler sebebiyle yıkılınca okullar Mehmed Ali Paşa'nın annesinin Vefa'daki konağına nakledildi. Mahrec-i Aklâm, konağın arka kısmındaki kâgir daireye yerleşti. Ancak 1869 yılında konak el değiştirdiği için mektep Ayasofya civarında kiralanan Muhtar Bey Konağı'na taşındı. Böylelikle en az dört kere yer değiştirmiş oldu.

Okulun Vefa'daki konağa taşınmasıyla ilgili 1868 tarihli belgede öğrenci mevcudu altmış altı olarak belirtilmişti (BOA, A.MKT.MHM, 412/48). Devletin resmî yıllıkları öğrenci sayısını 1870 ve 1871'de 50, 1872'de 121, 1873'te 100, 1874'te 83, 1875 ve 1876'da 59, 1877'de 48 olarak kaydetmişti. Gerçekte, 1873 tarihli bir yazıda da belirtildiği üzere devam edenlerin sayısı bunların yarısından daha düşüktü (BOA, MF.MKT, 11/70). 1874 yılında sınava giren elli dokuz adaydan ancak sekizinin diplomayı hak etmiş olması başarı seviyesinin ne ölçüde gerilediğini göstermekteydi.

Mahrec-i Aklâm'ın gözden düşmesinin başlıca sebebi kalemlerin memur kapasitesinin dolmasıydı. Okul kurulduğunda buradan mezun olanlar ve dışarıdan başvurup liyakatleri Maarif Nezareti'nce tasdik edilenler dışında açıktan hiçbir kimsenin memuriyete alınmaması kuralı getirilmişti. Fakat kural daha başlangıçta bizzat Mahrec-i Aklâm talebesi tarafından bozuldu. Çünkü bazı öğrenciler eğitimlerini tamamlamadan bir yolunu bularak memur olmuştu. Öte yandan rüştiye öğrencileri de nizama aykırı biçimde kalemlere girmekteydi. 1864 yılında disiplin soruşturması geçirerek okuldan uzaklaştırılmış seksen kadar rüştiye öğrencisinin atandığı tespit edilmişti. Mahrec-i Aklâm'a ilginin azalmasının başka bir sebebi, gözde bir kurum haline gelen Mekteb-i Mülkiye'nin gölgesinde kalmasıydı. Uzak bir sebep olarak da mektebin sabit bir binasının bulunmaması söylenebilir. Bununla beraber mektebi geliştirmeye dönük çalışmalar sürmüş, dersler çeşitlendirilip içerikleri zenginleştirilmiş; mezunların donanımlı ve nitelikli birer memur olarak boşta kalmamaları için âzami çaba sarfedilmiştir. Nitekim mezunların istihdam edildiği kadroların çeşitliliği çabaların meyvesini verdiğinin kanıtıydı.

Memur alımında kurala uyulmaması, bu yüzden derslerden soğuyan yahut öğrencilik etmeden memuriyete geçmek isteyenlerin devamsızlığı ve diğer etkenler, okulun düzenini sarstı. 1872 yılında yeni öğrenci alınmadı. Bunların yanında, bazı derslerinin Dârülmuallimîn ve Mekteb-i Mülkiye ile ortak olması, Mahrec-i Aklâm'ın hoca ve personel sayısının fazla olduğu kanaatini doğurdu. Maarif Meclisi, okulun Arapça, riyaziye ve Fransızca hocaları ile diğer görevlilerin Mekteb-i Sultânî, Mekteb-i Mülkiye ve Dârülmuallimîn'e nakledilmesine karar verdi. Ayrıca rüştiyelerden öğrenci alımı durdurulduğu için boşta kalan inşa, rik'a ve Farsça hocalarının ve bu arada okul müdürünün başka alanlarda değerlendirilmeleri uygun görüldü.

Mahrec-i Aklâm 1876 yılına kadar faaliyetini sürdürdü. Bu yıl içinde Mekteb-i Mülkiye'nin genişletilerek yeniden örgütlenmesiyle ilgili nizamnamede, buraya alınacak öğrenciler arasında Mahrec-i Aklâm mezunları da zikredilmişti. Fakat sonraki bir kararla Mahrec-i Aklâm, Mülkiye Mektebi'nin idâdî sınıfı kabul edildi. Son mezunlarını 1877 yılında veren okulun alt sınıflardaki öğrencileri Mülkiye'nin idâdî sınıflarına nakledilmek suretiyle Mahrec-i Aklâm tarihe karışmış oldu.

Mahrec-i Aklâm memur yetiştirmeye yönelik meslekî bir okul olmakla beraber, burayı bitirenlerin Mekteb-i Sultânî, Orman Mektebi ve Mekteb-i Tıbbiye gibi yüksek ihtisas okullarına devam etme hakları vardı. Mahrec-i Aklâm mezunu olup devletin çeşitli kademelerinde görev almış dört paşa tespit edilmiştir. II. Meşrutiyet devrinin entelektüel sadrazamı, aynı zamanda hoca, hukukçu ve diplomat yönleri de bulunan İbrâhim Hakkı Paşa (1862-1918) Mülkiye Mektebi'ne girmeden önce bu okulda tahsil görmüştü. Okul gayrimüslimlere de açıktı. Avram Farzi Efendi Kuzguncuk'taki Mûsevî cemaati mektebinden sonra Mahrec-i Aklâm'a devam etmiş, buradan aldığı diplomayla 1874 yılında Bâbıâli Tercüme Odası'na girmiş ve Boston başkonsolosluğuna kadar yükselmişti.

Bu dönemde rüştiyelerde Arapça ve Farsça'nın dışında dil dersi yoktu. Fransızca öğrenmek isteyenler Galata ve Beyoğlu'ndaki yabancı okullara gitmekte idiler. Fransızca tahsiline hevesli gençlere kolaylık sağlamak ve Hariciye Nezareti'nin kalemlerine yabancı dil bilen elemanlar yetiştirmek amacıyla Abdülaziz'in 26 Mart 1866 tarihli iradesiyle Mahrec-i Aklâm bünyesinde geçici bir lisan mektebi açıldı. Meclis-i Aklâm ve Dârülmaârif mezunu yirmi öğrenci ile ve "usûl-i cedîde" üzere lisan mektebinde hemen eğitime başlandı. Talebeler bir yılın sonunda Sadrazam Âli Paşa'nın huzurunda yapılan sınavda başarılı bulundular. Verilen eğitimin kalitesi takdir toplayınca ikinci bir sınıf daha açılması kararlaştırıldı. Bunun yanında, derslerini aksatmayan ve devamsızlık yapmayan öğrencilere, istedikleri kalemlere memur olabilme hakkı tanındı. Bir yıl sonra Bulgarca ve Rumca sınıfları açıldı. Başarılı bir eğitim süreci geçirdiği halde bu yabancı dil okulu 1869 yılında kapandı. O sırada altmış altı öğrenciye sahipti. Okulun hocaları Mahrec-i Aklâm'da ders vermeye devam ettiler. Bu okul 24 Eylül 1879'da Ahmed Ârif Paşa'nın girişimiyle Elsine Mektebi adıyla ikinci defa açıldı (bk. Lisan Mektebi).

Memur yetiştiren diğer okullardan farklı olarak Mahrec-i Aklâm'ın taşra şubeleri de kurulmuştu. Bunun ilk örneklerinden biri Bosna'da idi. Sabah Mektebi adıyla 1866 yılında açılan kurum, vilayetteki devlet dairelerine Boşnakça okuyup yazabilen, yeni yazışma usullerini kavramış, ayrıca matematik, tarih, coğrafya gibi popüler bilimlerden haberdar memurlar yetiştirecekti (bk. Saraybosna). Sivas Mekteb-i Aklâmı ise 1868 yılının başında, Hacı İzzet Paşa'nın valiliği sırasında açıldı. Hükümet konağı bünyesindeki birkaç oda mektebe tahsis edildi, bunların en büyüğü derslik şeklinde düzenlenerek içerisine sıralar yerleştirildi. Okul 100 öğrenciyle eğitime başladı. Hoca kadrosu mutasarrıf, defterdar ve mektupçu gibi valilik erkânından oluşmaktaydı. Bir yıl sonra yapılan sınavda yeteneği, bilgisi ve birikimiyle başarılı bulunan yirmi öğrenci çeşitli memuriyetlere atandı.