Süleymaniye Külliyesi içerisindeki medrese eğitimiyle doğrudan ilgili olan birimler; evvel, sânî, sâlis ve râbi' medreseler, Süleymaniye Tıp Medresesi (Dârüttıp) ve Dârüşşifası ile Süleymaniye Dârülhadisi idi.

Evvel, sânî, sâlis ve râbi' olmak üzere dört bölümden oluşan medreseler, Osmanlı toprakları içerisindeki medrese sisteminin en gelişmiş halini yansıtıyordu. Plan, program ve hiyerarşik yapılanmasıyla Fâtih Sultan Mehmed döneminde inşa edilen Sahn-ı Seman (Semâniye) medreselerini hem tamamlıyor hem de onu aşan üst düzey bir eğitim kurumunu temsil ediyordu. Süleymaniye medreseleriyle beraber, medrese eğitiminin kademelendirilmesi konusunda yeni bir sistem oluştu. Buna göre, medrese eğitimi ibtidâ-yı hâriç, yani Sahn-ı Seman'ın dördüncü seviyesinden başlayıp dârülhadis ile biten on iki seviyeye ayrılıyordu: 1. İbtidâ-yı hâriç, 2. Hareket-i hâriç, 3. İbtidâ-yı dâhil, 4. Hareket-i dâhil, 5. Mûsıla-yı Sahn, 6. Sahn-ı Seman (Fâtih medreseleri), 7. İbtidâ-yı altmışlı, 8. Hareket-i altmışlı, 9. Mûsıla-yı Süleymâniye, 10. Hâmise-yi Süleymâniye, 11. Süleymaniye (evvel, sânî, sâlis, râbi'), 12. Dârülhadis.

Süleymaniye medreseleri olarak zikredilen evvel, sânî, sâlis ve râbi' medreseleri, İslamî ilimlerin ve bilhassa İslam hukukunun okutulduğu, bugünkü lisans seviyesine benzer eğitim kurumlarıydı. Bu medreselerin her birinde on beşer talebe bulunmaktaydı. Talebelere, icazet alma seviyesine gelmiş ve kendisine medrese odası tahsis edilmiş anlamına gelen dânişment ismi verilirdi. Dânişmentler sınıf geçme sistemiyle değil, ders ya da kitap geçme sistemiyle bir üst aşamaya terfi ederlerdi. Her aşamanın seviyesini belirleyen kitaplar mevcuttu. Talebeler bu kitapları hocaları ve yardımcıları gözetiminde okuyup, anlayıp, özümseyip, başkalarına anlatacak seviyeye geldiğinde bir üst seviye kitaba ya da derse geçebiliyorlardı. İmtihanlarını başarıyla verdiklerinde mülazım seviyesine ulaşırlardı.

Adı geçen dört medreseye giriş için kesin olarak belirlenmiş bir yaş sınırı bulunmamaktaydı. Talebeler belirli bir sınavla alınmaktaydı ve talebelerin bilgi birikimleri yanı sıra ahlak, disiplin, azim ve kararlılık gibi özellikleri de belirleyici oluyordu. Alınacak adaylar, ilgili medrese hocalarından oluşan ve liyakatleriyle ön plana çıkan kişilerce seçiliyordu. Seçilen talebelerin tefsir, hadis, fıkıh, fıkıh usulü, kelam gibi İslamî ilimlerle yardımcı ilimlerden gramer üzerine odaklanan kitapları en alt seviyeden başlayarak en üst seviyeye kadar tekmil ederek ilerlemeleri bekleniyordu. Haftada en az dört dersi, günde en az dört saat olacak şekilde okumaları gerekiyordu. Bu şartları yerine getirmeyen talebeler bir üst seviyeye çıkamıyorlardı ve başarısız sayılıyorlardı. Diğer taraftan talebelerin başardığı seviyeler ve tamamladığı kitaplar medrese hocaları tarafından tasdik edilip belgelenmekteydi. Genellikle salı, perşembe ve cuma günleri ile bayram günlerinde ders yapılmaz, haftanın diğer dört gününde eğitime devam edilirdi.

Bu dört medresenin müderrisleri de dikkatlice seçiliyordu. Düşük seviyeli medreselerden başlayarak üst seviyeli medreselere doğru ilerleyen sağlam bir eğitim tecrübesine sahip olmaları şarttı. Bu hizmet süreci yirmi beş-otuz yılı bulabiliyordu. Müderrisler sadece ilmî birikimleriyle ve yetkinlikleriyle değil ahlaklı, faziletli ve dindar olmalarına da dikkat edilirdi. Buradaki müderrisler terfi ettiklerinde yine aynı külliye içerisindeki Süleymaniye Dârülhadisi'ne tayin edilirlerdi. Ayrıca bu dört medresenin her birinde bevvap, ferraş, kennas ve sirâcî gibi isimlerle anılan hizmetli personel bulunurdu ve medreselerdeki temizlik, bakım, fiziksel ortamın düzenlenmesi gibi yardımcı işlerle meşgul olurlardı.

Külliye içerisindeki en üst düzey eğitim kurumu Süleymaniye Dârülhadisi'ydi. Dolayısıyla medreseler içerisinde en yüksek kadrolu ve itibarlı olanıydı. Süleymaniye öncesinde bu alanın en üst seviyesini II. Murad döneminde ihdas edilen Edirne Dârülhadisi temsil ediyordu. Süleymaniye Dârülhadisi, yukarıda bahsedilen dört medreseden farklı olarak bir ihtisas/uzmanlık medresesi konumundaydı. Diğer medreselerde öğretilen ilimleri daha ileri seviyede tahsil etmek isteyenler ve özellikle de hadis ilminde ilerlemek ve uzmanlaşmak isteyenler burada eğitim görürdü. Burada da dânişment olarak isimlendirilen on beş talebe bulunurdu. Talebelere harçlık olarak günlük 2'şer akçe, kalacak yer ve külliyenin yeme içme, hamam, dârüşşifa gibi birimlerinden faydalanma imkânı verilirdi. Bir müderris ve onun yardımcısı konumundaki muid eğitimci kadrosunu oluştururdu. Ayrıca dört kişiden oluşan bir de hizmetli kadrosu mevcuttu. Müderris, buranın vakfiye şartları çerçevesinde yönetiminden sorumlu olup, öğrencilerin, yardımcı eğitim kadrosunun (muid), hizmetlilerin seçiminde ve derslerin işleniş şeklinin belirlenmesinde yegâne yetki sahibi konumundaydı.

Eğitim günleri ve talebe sayıları diğer medreselerle benzerlikler göstermekle beraber dârülhadiste haftanın dört gününde beşer ders okutuluyordu. Dersler genellikle sabah ve ikindi vakitlerinde iki oturum şeklinde yapılmakla beraber, icazetlerin verilmesi sabah dersleri çerçevesinde gerçekleşirdi. İkinci oturumdaki dersler, daha çok sabah derslerinin pekiştirilmesine yönelik tekrarlar ve daha ileri okumalar şeklinde yürütülürdü. Talebelerin hocanın huzuruna çıkıp dersi başarıyla verebilmesi için uzun bir hazırlık yaparak gelmesi beklenirdi.

Eğitim müfredatına bakıldığında, Süleymaniye Dârülhadisi'nde Sahîh-i Buhârî, Sahîh-i Müslim, Meşâriku'l-Envâr ve Mesâbîhu's-Sünne gibi temel hadis kitaplarının yaygın olarak okutulduğu görülmektedir. Ancak kitapların bu eserlerle sınırlı kalmadığı, bu eserlere ait muhtelif şerhlerle birlikte Sünen-i Ebî Dâvûd, Tecrîdü Esmâi's-Sahâbe ve eş-Şifâ bi (fî) Ta'rîfi Hukûki'l-Mustafâ gibi birçok hadis kitabı yanında zaman zaman fıkıh, tefsir ve kelam ilimleriyle ilgili muhtelif kitapların da hadis ilmini tamamlayıcı eserler olarak okutulduğu düşünülmektedir.

Dârülhadiste müderris olabilmek de imtiyazlı ve itibarlı bir işti. Buranın müderrisleri ilmiye protokolü içerisinde ön sıralarda yer alırdı. Ayrıca en yüksek yevmiye buranın müderrisine verilirdi. Yüksek makamlardaki devlet adamlarıyla görüşmelerde ve özellikle de şeyhülislam ile yapılacak toplantılarda diğer medrese müderrislerine dârülhadis müderrisi başkanlık ederdi. Bu makama tayin edilenler, üst düzey medrese müderrisleri ve mütekait kazaskerler arasından seçilir veya yüksek kadılıklardan gelirlerdi. Bunların içerisinde Anadolu ve Rumeli kazaskerliğinden mütekait olanlar da vardı. Aynı şekilde bu görevi icra eden dârülhadis müderrisleri de zaman zaman kadılık ve kazaskerlik makamlarına tayin edilebilirlerdi.

Süleymaniye vakfiyesinin müderrisleri konu alan kısmında, dârülhadis müderrislerinin taşıması gereken özellikler net şekilde ifade edilmiştir. Buna göre müderrisler aklî ve naklî ilimleri bilen, alanında uzman, ilmiyle âmil, faziletli, Kur'an tefsirinin gerektirdiği ilimlere sahip, Hz. Muhammed'in sahih hadislerine vakıf, Sahîh-i Müslim ve Sahîh-i Buhârî'yi talebelere güzel bir şekilde anlatabilme becerisi olan kişiler arasından seçiliyorlardı.

Genel olarak Süleymaniye müderrisleri, taşıdıkları vasıflar sayesinde halk, ilmiye bürokrasisi, saray ve devlet erkânından büyük saygı görürlerdi. Bu itibarla gerektiğinde padişahlara hocalık, imamlık ve nedimlik yaparlar, onlardan da destek görürlerdi. Özellikle dârülhadis müderrisleri, şeyhülislamlar, kazaskerler, padişah ve şehzade hocalarıyla irtibatlı bir şekilde hareket ederler, gerektiğinde bu makamlara tayin edilirlerdi. Bütün bu özellikleri ve bağlantıları sayesinde devletin hukukî, idarî ve dinî alanlarının yönetilmesinde de etkili olurlardı. Kuruluşundan XVII. yüzyıla kadar geçen süre içerisinde doksan üç müderrisin Süleymaniye Dârülhadisi'nde görev yaptığı görülmüştür.

Süleymaniye Külliyesi içerisinde yer alan diğer bir eğitim birimi de Süleymaniye Tıp Medresesi idi. Burası Osmanlı medrese geleneğinde önemli bir yeniliğe ve gelişmeye işaret eder. Zira ilk defa "tıp medresesi" ya da "dârüttıp" ismiyle tıp eğitimine has yeni bir ihtisas medresesi kurulmuştur. Önceki dönemlerde, muhtelif külliyeler içerisinde sağlık hizmetlerini sunan dârüşşifa, bîmaristan ve bîmarhane gibi sağlık birimleri, yani hastaneler yok değildi. Ancak Süleymaniye'de yeni olan şey, dârüşşifaya ek olarak bir de tıp medresesinin kurulmasıydı. Bu da devletin, belirli bir plan-program dahilinde ve akademik anlamda eğitimden geçmiş, donanımlı hekim yetiştirme amacını ortaya koymaktadır.

On iki odalı olarak inşa edilen tıp medresesinin müderrisliğine hassa tabiplerinden (saray hekimleri) İzmitli hekim Îsâ oğlu Ahmed Çelebi getirilmiş ve buranın müderrisinin hassa (saray) hekimbaşılığından bir derece aşağı olması ön görülmüştü. Üst düzey hekim ve hekimbaşı adaylarını yetiştirmeyi amaçlayan bu medresedeki talebe (dânişment) sayısı da muhtemelen bu titizlik doğrultusunda sekiz ile sınırlı tutulmuştu. Farklı bir uygulama olarak burada, aslî personel yanında hocası eşliğinde dışarıdan gelip sonraları dânişmentliğe geçen çıraklar, stajyer tabip ya da pratisyen hekim mahiyetindeki şâkirtler de bulunmaktaydı. Buradaki öğrenciler, İslamî ilimlere hasredilen diğer medreselerin öğrencilerinden ayrı olarak, farklı bir eğitim geçmişine sahip olabiliyorlardı. Mesela daha önceden bir tabipten usta-çırak yöntemiyle eğitim almış bir öğrenci, mevcut bilgisini arttırmak için Tıp Medresesi'ni tercih edebiliyordu. Bu tercihi daha sonraki meslekî terfiler için referans olabilecek bir eğitim kurumunda tahsil görme hedefi şeklinde açıklamak da gayet makuldür. Ayrıca dışarıdan gelip ders gören ya da dinleyici olarak katılan müslüman-gayrimüslim meraklılar ve gönüllüler de mevcuttu.

Tıp Medresesi'ndeki eğitimin bütün aşamaları ve müfredatı tam olarak ortaya konulmamışsa da Süleymaniye vakfiyesinden tıp eğitiminin geçmişte yaşamış meşhur hekimlerin kitaplarının okutulması ve onların tıbbî uygulamalarının sistematik olarak takip edilmesi şeklinde yürütüldüğü anlaşılmaktadır. Bu çerçevede dönemin hekimbaşıları arasında dolaştırılan altmış altı ciltlik kitap listesinin de müfredatın şekillenmesinde etkili olduğu düşünülebilir. Bu listeden bakıldığında İbn Sînâ'nın Kanûn adlı eseri ve ona yapılan şerhler, İbnü'n-Nefîs'in Mûcezü'l-Kanûn, İbnü'l-Baytâr'ın Müfredât'ı, Ebû Bekir Râzî'nin Mansûrî ve Kitâbü'l Hâvî, Hipokrat'ın Fusûl'üne yapılan şerhler, Hacı Paşa'nın Şifâü'l-Aksâm ve Zehrâvî'nin Kitâbü't-Tasrîf isimli kitapların kaynak eserler olduğu anlaşılmaktadır.

Tıp Medresesi'ne müderris olacakların yüksek anlayış, feraset ve sezgi sahibi olmaları isteniyordu. Görevlerini yapmalarını engelleyecek fiziksel bir engellerinin olmaması da şarttı. Tıp ilminin bütün inceliklerine, bu ilmi anlatma/öğretme becerilerine ve mantık ilmine de vakıf olmaları zaruri idi. Tıp ve cerrahlık eğitimi müderrislerin gözetiminde haftada iki gün teorik ve uygulamalı olarak yürütülüyordu. Nazarî dersler, kitapların okunması ve ilgili müzakereler genelde Tıp Medresesi bünyesinde, bu derslerin uygulamaları ise hemen yolun karşısındaki dârüşşifada yapılmaktaydı. Tıp Medresesi'nde anatomi/teşrih dersleri, iskelet modelleri üzerinden anlatılıyordu. Ayrıca hasta başındaki klinik gözlemler, hastalıkların tedkiki ve ilaçların hazırlanması da önemli tıbbî uygulamalardandı.

Medresedeki teorik tıp eğitiminin uygulaması da dârüşşifada icra ediliyordu. Otuz odası, iki avlusu, kırk-elli yataklı tam teşekküllü bir hastane görünümündeki bu yapıda yaklaşık otuz kişi çalışmaktaydı. Dârüşşifanın belki de en dikkat çekici kısmı bir asabiye servisi/sinir hastalıkları bölümünü barındırmasıydı. Diğer hastaların bulunduğu mekândan ayrılan bu bölümde akıl hastaları tedavi görürdü. Hekimlerin akıl hastalarına karşı sabırlı, merhametli, anlayışlı davranmaları, onların temizliklerine, yemeklerine özen göstermeleri bilhassa isteniyordu. Bu doğrultuda, daha önceki bazı dârüşşifalarda olduğu gibi müzikle tedavi de uygulanmaktaydı. Burada istihdam edilen hekimlerin tıp ilminin hem teorisine hem de uygulamasına hâkim olmaları; ilaç yapımı, kullanımı, etkileri hususunda bilgili ve tecrübeli olmaları; hastalıklar konusunda malumat sahibi, zeki, tecrübeli, insan psikolojisini ve karakter özelliklerini bilen merhametli ve anlayışlı kişiler olmaları şarttı.

Tıp Medresesi uygulama yeri olan dârüşşifa, Osmanlı coğrafyasındaki bütün müslüman-gayrimüslim halka ücretsiz sağlık hizmeti veriyordu. Bu yönüyle gerçek tıp bilgisinin öğretilmesi, uygulanması, yaygınlaştırılması ve paylaşılması konusunda bir otorite teşkil ediyordu. Tıp Medresesi eğittiği öğrenciler ve hekim namzetleri ile tıp alanının bürokrasisini belirlemekle kalmıyor, ülkenin hemen her tür sivil/askerî tıp kurumuna her seviyeden hekim ve cerrah sağlıyordu. İmparatorluk dahilindeki en önemli tıp otoritesi olan hekimbaşı namzetlerinin ve saray hekimlerinin yetiştirilmesinde de önemli bir görev gördüğü bilinmekteydi. Süleymaniye Tıp Medresesi, medreselerin büyük oranda etkinliğini yitirdiği XIX. yüzyılda kendi alternatifini kendi yetiştirdiği talebelerle oluşturacaktır. Zira modern tıbbiyeyi kuranlar arasında Süleymaniye Tıp Medresesi'nde okumuş Osman Sâib Efendi, Abdülhak Molla ve Mustafa Behçet Efendi gibi isimler yer alacaktır.

Külliye içerisinde, Tıp Medresesi'nin teorik, dârüşşifanın ise uygulamalı tıp eğitimini tamamlayan iki külliye birleşeni daha vardı. Tıp Medresesi'nin hemen altında hastaların ilaç ihtiyaçlarını karşılayan dârül'akakir isimli bir eczane yer alıyordu. Yine külliye içerisinde hastaların nekahet dönemlerini geçirebilecekleri, tedavi sonrası güç-kuvvet toplayabilecekleri bir tabhane de mevcuttu. Ayrıca Süleymaniye Külliyesi bünyesindeki dârüzziyâfe, hamam, cami, medreseler, dârülkurra ve dârülhadis gibi birimlerle de etkileşim içerisinde çalışılmaktaydı.

Süleymaniye Külliyesi bünyesindeki bütün medreseler kendi kuruldukları dönem itibariyle devletin en yüksek ilmî kurumları olarak hizmet gördüler. Vakıf sistemi ile tesis edilmiş sağlam bir iktisadi alt yapıya ve fizikî ortama sahip olmanın da yardımıyla, yeni bir vizyonla, eğitim planlamasıyla ve hiyerarşik yapılanmayla dinî ilimler, hukuk ve tıp alanında teorik ve uygulamalı eğitim vererek imparatorluktaki ilim hayatına uzun süre yön verdiler. Bu medreselerden mezun olanlar, kadı, kazasker, padişah hocası, saray hekimi ve hekimbaşı gibi çok çeşitli görevlere geldiler ve bu sayede diğer eğitim kurumlarından bürokrasiye ve saraya uzanan her kademede belirleyici oldular.

Medrese sistemi, XIX. yüzyıldan itibaren Osmanlı Devleti'nin içinden geçmekte olduğu siyasî, ekonomik ve kültürel şartların da etkisiyle eski önemini yitirmeye başladı. Medreseler bir süre yeni açılan eğitim kurumlarıyla birlikte varlıklarını sürdürdülerse de daha sonraları yerlerini tamamen onlara bıraktılar.