Dârülfünun Edebiyat ve Hikmet Şubesi'nin 1915-1918 yılları arasında bir müfredatında pedagoji ve tecrübî psikoloji, 1922-1923 yılı müfredatında ise terbiye, ruhiyat ve tecrübî ruhiyat dersleri yer almaktaydı.
1933 yılında gerçekleştirilen üniversite reformu sonrasında Edebiyat Fakültesi'ne bağlı Pedagoji Enstitüsü kurulması gündeme geldi. Enstitünün en önemli görevi, müstakbel lise hocalarına okul ve terbiyenin nazarî esasları ve pratik vazifeleri hakkında malumat vermek olarak belirlendi. Bu çalışmanın özel kurlarda yapılması o kurlarda psikoloji, pedagojik psikoloji, nazarî ve amelî pedagoji ve maarif tarihi okutulması kararlaştırıldı. Ayrıca pedagoji ve psikoloji alanlarıyla ilgili eserlerden oluşan bir kütüphane kurulması da öngörüldü.
Enstitüdeki Deneysel Psikoloji Kürsüsü'nün başına geçirilmek üzere 1936 yılında Jena Üniversitesi'nden W. Peters davet edildi. Ertesi yıl Pedagoji Enstitüsü müdürlüğüne getirilen Peters'e enstitünün tesisi, öğretmen yetiştirme ve felsefe okuyanlara tecrübî psikoloji öğretme görevleri verildi. 1952'ye kadar Türkiye'de kalan Peters'in faaliyetleri arasında Deneysel Psikoloji Kürsüsü'nü Pedagoji Enstitüsü'nden ayırmak da bulunmaktaydı.
1947-1948 akademik yılında Pedagoji Enstitüsü'nde yeni bir düzenleme yapılarak enstitünün amacı pedagoji ve tecrübî psikoloji öğretmek ve bu sahalarda araştırmalar yapmak olarak değiştirildi. Ayrıca lisans eğitimini bitirip ortaöğretim kurumlarında öğretmen olmak isteyen öğrencilere enstitüden sertifika alma zorunluluğu getirildi. Bu sertifikalar iki kurdan oluşmaktaydı: a) Öğretim lisansına ait pedagoji ve psikoloji kurları, b) Fakültenin pedagoji, psikoloji, çocuk psikolojisi ve terbiyevî psikoloji sertifika kurları. Pedagoji sertifikası için umumi psikoloji (yalnız Edebiyat Fakültesi öğrencilerine), tecrübî psikoloji, umumi pedagoji, umumi didaktik, Türkiye maarif tarihi, pedagoji tarihinin esas noktaları dersleri okutulmaktaydı. Pedagoji Kürsüsü 1949 yılında Edebiyat Fakültesi'ndeki diğer bölümler gibi bağımsız bir kürsü haline getirilerek bir "pedagoji sertifikası" oluşturuldu. Sertifika uygulamaları 1952 yılına kadar devam etmiş, bu dönemde Mustafa Şekip Tunç (1937-1953), Sabri Esat Siyavuşgil (1954-1956), Mümtaz Turhan (1936-1969) ve Refia Uğurel Şemin enstitüde ders veren ve gelişmesine katkıda bulunan isimler olmuştur.
Akademik hayatına Cenevre Üniversitesi Eğitim Bilimleri Enstitüsü'nde başlayan Refia Uğurel Şemin tecrübî psikoloji çalışmalarını Pedagoji Enstitüsü'nde Peters'in asistanlığı sırasında da sürdürdü (bk. Şemin, Refia Uğurel).
Enstitüdeki çalışmalarda psikoloji ve eğitim alanlarının birbirine yakınlaştırılmış, bu disiplinlere dair ortak araştırma ve eserler ortaya konulmuştur. Nitekim 1939'dan itibaren pedagojik psikoloji adıyla bir ders konulması bunun göstergesidir. Bir başka gösterge ise Peters'in danışmanlığında hazırlanan seksen iki, Tunç'un danışmanlığında hazırlanan dört tezde öğrenci, öğrenme ve okula dair boyutlar ve süreçlerin psikolojik bakış ve çerçevesi temelinde ele alınmasıdır.
Sadrettin Celal Antel, 1952 yılında Pedagoji Kürsüsü'nün, tüzel kişiliğe haiz bir araştırma, yayın ve öğrenim müessesesi olarak kurulması için Pedagoji Enstitüsü yönetmeliğini hazırlamış, bu yönetmelik 1954'te yürürlüğe girmiştir (bk. Antel, Sadrettin Celal). O tarihte ayrıca Tecrübî Psikoloji ve Umumi Psikoloji bölümleri de oluşturulmuş, enstitü direktörlüğüne Walter R. Miles getirilmiştir.
1952 yılından sonra çocuk psikolojisi ve terbiyevî psikoloji sertifikaları kaldırılarak bunlar "pedagoji sertifikası" bünyesinde toplanmıştır. Bu dönemde bütün lisans bölümlerinde ortaöğretim öğretmeni adaylarına maarif tarihi, didaktik, pedagoji tarihi, tecrübî psikoloji dersleri okutulur.
Pedagoji Enstitüsü'nde öğretmen adaylarına meslekî formasyon eğitimi verilmesinin yanında pedagoji alanında bilimsel araştırmalar da yapılmıştır. Bu çalışmalardan bir kısmı 1940 ve 1952 yıllarında iki bülten halinde yayımlanır. Öte yandan parasız yatılı sınavları altıncı sınıfa alınacak öğrencilere ait matematik sorularının hazırlanmasında ve 1951 yılında uygulanmaya başlanan üniversite tercih yoklama sınavının kabulü için çeşitli testlerin hazırlanarak bu yoklamanın dört dönemde tatbikinde de Pedagoji Bölümü aktif bir rol oynamıştır. 1951-1954 yılları arasında bu sınavları Sadrettin Celal Antel yönetmiştir (Pedagoji Bülteni, 1954: 3-8). Testlerin hazırlanmasında tecrübeli lise öğretmenlerinden de yararlanılmıştır. Antel'in 1954'te vefatının ardından sınavların hazırlanması ve uygulanması görevi yedi yıl boyunca Refia Uğurel Şemin ve Ferruh Şemin tarafından sürdürülmüştür.
1967-1968'teki değişiklik kapsamında Pedagoji Bölümü için pedagoji sertifikası ve pedagojik çocuk psikolojisi sertifikaları yeniden ihdas edilmiştir.
Kurumda ayrıca Walter Miles (1954-1957), G.H. Hildreth (1959-1960), Bernard Mehl (1961-1962), Richard Meili (1970-1971), Gertrude Meili (1970-1971) gibi yurt dışındaki üniversitelerden gelen uzmanlar da görev yapmıştır.
Kurum 1981 tarihli Yükseköğretim Kurumu Kanunu ile yeniden yapılandırılarak Eğitim Bilimleri Bölümü'ne dönüştürüldü. Bu yeni yapılanma o zamana kadar geniş bir perspektifle disiplinler arası bir şekilde yetiştirilen öğrencilerin daha dar bir alana yoğunlaşmalarını beraberinde getirmiştir. Bir başka değişiklik Edebiyat Fakültesi'nin Pedagoji Kürsüsü vasıtasıyla ortaöğretim öğretmen adaylarına yıllardır verdiği pedagoji sertifikasının yerini öğretmenlik formasyonu dersleri almış, bunlar Eğitim Bilimleri Bölümü vasıtasıyla yürütülmeye çalışılmıştır. Öğretmenlik formasyon dersleri şunlardır: Eğitim bilimine giriş, genel öğretim bilgisi, eğitim (gelişim) psikolojisi, rehberlik ve psikolojik danışma, eğitimde ölçme ve değerlendirme, eğitim yönetimi, özel öğretim yöntemleri. Bu dönemle birlikte staj uygulamaları da hayata geçirilmiştir (bk. Pedagojik Formasyon).
Bu yapılanmadan sonra Edebiyat Fakültesi'ne bağlı olarak Pedagoji Araştırma Merkezi kurulmuş, merkez bünyesinde bir çocuklar evi faaliyete geçirilmiştir.
Kuruluşundan 1994 yılına kadar Pedagoji Kitaplığı'na 6000 kitap, 10 süreli yayın, 150 eski yazı basma kitap kazandırılırmıştır. Pedagoji Enstitüsü tarafından çıkarılan süreli yayınlar ise şunlardır: Pedagoji Bülteni (1.1954), Pedagoji Enstitüsü Psikoloji ve Pedagoji Çalışmaları (1.1940), Pedagoji Dergisi (1.1980), Tecrübi Psikoloji Çalışmaları Dergisi (1.1956-13.1977), Tecrübi Pedagoji ve Çocuk Bülteni (II.1972-III.1976).
