"Yüksek şehir" anlamında olan Eberşehr (Ebreşehr), Arapça'da Neyşâbûr Farsça'da ise Nîşâbûr (Nişapûr, Nisâbûr) şeklinde kullanılmaktadır. Emevî ve Abbâsî sikkelerinde yer alan Nîşâbur adı daha çok Pehlevî dilinde "yeni ve güzel Şâpur" anlamındaki nev-Şâpûr kelimesiyle ilişkilendirilmekte, kuruluşu da I. Şâpûr (241-272) ya da II. Şâpûr (309-379) zamanlarına kadar götürülmektedir.
Nîşâbur, Türkistan ve Hindistan'ı İran vasıtasıyla batıya ve İran körfezini Hârizm üzerinden Volga taraflarına bağlayan kadim güney-kuzey ve doğu-batı ticaret yolları üzerinde yer almaktadır. Yapılan kazılarda bulunan Sâsânî dönemine ait sikkeler ve eserler şehrin o dönemde ayrı bir prestije sahip olduğunu, yakınlarındaki Azar Burzin-mihr isimli âteşkede ise önemli bir dinî merkez olduğunu göstermektedir.
Nîşâbur'un İslam hakimiyetine girişi Hz. Osman zamanında (644-656) gerçekleşti. Basra Valisi Abdullah b. Âmir Nîşâbur'u barış yoluyla fethetti ve burada Horasan bölgesinin ilk mescidini yaptırdı (652).
Hz. Ali zamanında (656-661) çıkan iç karışıklıklardan dolayı merkezî otoritenin etkisinin azalması Horasan halkının ayaklanmasını beraberinde getirdi. Şehrin tekrar İslam hakimiyetine girmesi ancak 662'de gerçekleşti.
Nîşâbur, Horasan ve Mâverâünnehir'de hüküm süren Tâhirîler hanedanının üçüncü emîri Abdullah'ın (830-844) idare merkezini buraya taşımasıyla yeniden gelişmeye başladı. Ağustos 873 tarihinde Saffârîler'in eline geçen şehir bu dönemde de gelişimini sürdürdü. Ardından Sâmânîler'in eline geçti ve payitaht konumunu devam ettirdi; Merv'in yerine idarî-askerî merkez haline getirilirken Horasan'ın en büyük ilim, sanat, kültür ve ticaret merkezi oldu. Bu özelliği Gazneliler zamanında da sürdü.
1037 yılında Horasan'ı kontrol etmeye başlayan Selçuklu Sultanı Tuğrul Bey, Dandanakan Savaşı'ndan (1040) sonra ilk Selçuklu sikkesinin basıldığı Nîşâbur'u payitaht yaptı; kendisinden önce başlayan eğitim ve kültür alanındaki yatırımları arttırarak sürdürdü. Nîşâbur özellikle Melikşah (1072-1092) döneminde, Vezir Nizâmülmülk'ün çabalarıyla İslam-Türk medeniyetinin kültür ve ilim merkezi şöhretini kazandı. IX. yüzyılın başından XII. yüzyılın ilk çeyreğine kadar ilim ve kültür bakımından en ihtişamlı dönemini yaşadı ve "Doğu'nun hazinesi" olarak anıldı. Ancak Sultan Sencer'in Sâve Savaşı'ndan (1119) sonra idare merkezini Merv'e taşımasıyla ehemmiyetini kaybetmeye başladı. 1136 yılındaki depremde yıkılıp harabeye dönen şehir 1141'de Hârizmşahlar'ın eline geçti. 1143'te Gurlular'ın saldırısı sırasında çıkan yangında büyük zarar gördü. Şehir 1221 yılında uğradığı Moğol istilası sonucunda ise yağmalanıp harabeye döndü.
Nîşâbur İlhanlılar zamanında yeniden bir toparlanma sürecine girdi. İbn Battûta 1342 yazında ziyaret ettiği Horasan'ın mamur iki şehrinden biri olarak nitelendirdiği Nîşâbur'u "Küçük Dımaşk" diye vasıflandırmaktadır. Ayrıca şehirdeki iktisadî hayatın yanında eğitim öğretimin canlılığının da altını çizmektedir. 23 Kasım 1405 tarihinde meydana gelen depremde 30.000 kişi hayatını kaybetti, şehir âdeta yerle bir oldu. Timurlu Hükümdarı Şâhruh'un (1405-1447) emriyle günümüzdeki yerinde yeniden kuruldu. Safevîler zamanında İsfahan, Avşarlılar ve Kaçarlar dönemlerinde ise Meşhed'in önemi artınca Nîşâbur eski önemini tamamen kaybetti.
İslam hakimiyetinden itibaren eğitim öğretimin merkezi olarak temayüz eden Nîşâbur, "dârülilim" unvanıyla meşhur oldu ve özelde bölgenin genelde de İslam dünyasının âlimlerinin toplanma merkezi haline geldi. Moğol istilasına kadar Horasan'ın en önemli bilimsel ve kültürel merkezi olma durumunu korudu.
Nîşâbur'da eğitim öğretimin merkezi de olan camilerde ulema ve müderrisler, ders halkaları ve meclisler oluşturarak özellikle dinî ilimler alanında etkin rol aldılar. Zamanla ders halkaları, ilim meclisleri ve onlara katılan öğrencilerin çoğalması sebebiyle camiler dışında yeni eğitim kurumlarına ihtiyaç duyuldu. Bu çerçevede Nîşâbur, İslam dünyasında ilk medrese ve zaviyelerin kurulduğu şehirlerden biri oldu. Bağdat'taki Nizamiye Medresesi kurulmadan önce Doğu İslam dünyasında kurulan otuz civarındaki medreseden ekseriyeti Nîşâbur'da bulunuyordu. Kaynaklarda medrese olarak zikredilen ilk kurumlardan olan dârüssünne hadis bilgini ve fakih Ebû Bekir Ahmed Sıbgî (ö. 954) tarafından burada kuruldu. Dârüssünnenin X. yüzyılın ilk yarısında kurulduğu, geniş ve teşkilatlı bir yapı olduğu anlaşılmaktadır.
Ebû İshak İsferâyînî ve İbn Fûrek adına kurulan medreseler, Gazneli Mahmud'un kardeşi Emîr Nasr'ın yaptırdığı Sa'diye (Sâidiye) ve Ahmed Beyhakî'nin yaptırdığı Beyhakıye şehirdeki diğer medreselerdir. Selçuklu Veziri Nizâmülmülk Nîşâbur Nizamiyesi'ni İmâmü'l-Haremeyn Cüveynî adına Sultan Alparslan'ın saltanatının ilk yıllarında kurdu. Kurulan bu medrese Nizamiye medreseleri arasında önemli bir yere sahiptir. Bazı seneler 400 öğrencinin devam ettiği Nîşâbur Medresesi'nde yirmi yıldan fazla ders veren Cüveynî'den sonra Gazzâlî, Abdülkerim Kuşeyrî'nin oğlu Abdürrahim ve Muhammed Mervezî, Ebü'l-Kasım Cürcânî gibi meşhur müderrisler görev yaptı. Nizamiye Medresesi'nin kurulduğu esnada şehirde eğitim öğretimin tamamlayıcı unsuru on üç kütüphanenin varlığı eğitim hayatının ulaştığı seviyeyi göstermektedir. İlk Selçuklu hastanesi ve tıp medresesinin de Nizâmülmülk tarafından Nîşâbur'da kurulduğu yaygın kanaattir. Kurulan medreseler müderris, talebe ve medrese çalışanlarına ödenenler başta olmak üzere verilen bütün hizmetlerin giderlerini karşılayan vakıflara sahipti.
Nizamiye medreselerinin açılmasıyla İslam âleminde eğitim öğretim hayatı yeni bir döneme girdi. Aynı şekilde bu dönemde kurulmaya başlayan hankahlar da bu açıdan önemlidir. İslam dünyasında VIII. yüzyılın sonlarına doğru hankahlar kendine özgü dinî rol yanında sosyal, kültürel ve ekonomik işlevler üstlenmiştir. Sufiliğin kılık kıyafet ve şekle önem vermeyen melamet anlayışı Nîşâbur'da Hamdûn Kassâr (ö. 884) tarafından kurulmuştur. Nîşâbur'da kurulan hankahlar arasında melamet ve fütüvvet hareketinin öncüsü Ebû Osman Hîrî'ye (ö. 910) ve tekke adabını tespit eden ve Nîşâbur'da ünlü sufi Ebû Abdurrahman Sülemî'den hırka giyen Ebû Saîd-i Ebü'l-Hayr'a (ö. 1049) nispet edilenler özellikle sayılmalıdır. Hadis ve fıkıh bilgini olmasının yanında tıp ve ilm-i nücûm konusunda bilgi sahibi olan Ebû Hâtim Muhammed Büstî'nin (ö. 965) adına medresenin bitişiğinde dışarıdan gelenlerin kalacağı bir yurtla içinde kütüphanenin bulunduğu bir hankah yaptırılmıştır. Ebü'l-Hasan Eş'arî'nin görüşlerini sistemleştiren âlimlerden İbn Fûrek'in (ö. 1015) medresesinin Nîşâbur'un tanınmış sufilerinden Ebü'l-Hasan Bûşencî'nin hankahı yanında kurulmuş olması iki eğitim kurumunun bir araya geldikleri örneklerinden biridir.
Tarih boyunca yetiştirdiklerinin yanında İslam dünyasının dört bir yanından ilim ve kültür adamları Nîşâbur'a gelip yerleşerek eğitim öğretim hayatına katkıda bulunmuşlardır. Gazneliler ve Selçuklular zamanında Sâidî, Eyyûbîler zamanında Benî Hameviye gibi Nîşâbur'da bürokratik görevler üstlendikleri gibi şehrin ilim ve kültür hayatında rol oynayan, eğitim hayatında belirleyici olan aileler vardır. Nîşâbur'da yaşamış veya bu şehir ile tanınmış fakih, müfessir, muhaddis ve mutasavvıflardan bazıları şunlardır: Câmiu's-Sahîh adlı eseriyle tanınan İmam Müslim (ö. 875); görüşleri etrafında Münziriye adıyla bir mezhep oluşan Ebû Bekir Muhammed (ö. 930 [?]); dinî bilgiye dayanmayan manevi durumun zararının daha çok oluğunu savunan sufi İbn Nüceyd (ö. 976); kırâat-i aşereye dair ilk eseri yazan İbn Mihrân (ö. 992); Fârâbî ile İbn Sînâ arasında yetişen Horasan ve Mâverâünnehir'de meşhur olan İslam filozofu Ebü'l-Hasan Muhammed Âmirî (ö. 992); müfessir ve Hanefî fakihi Ebü'l-Kasım Mahmûd (ö. 1158'den sonra); Müstedrek adlı eseriyle tanınan hadis hafızı Hâkim Nîsâbûrî (ö. 1014); Arap dili âlimi ve müfessiri Ebû İshak Ahmed Sa'lebî (ö. 1035); Eş'arî kelamcısı ve Şâfiî fakihi İmâmü'l-Haremeyn Cüveynî (ö. 1085) ile babası Rüknülislâm (ö. 1047); Arap dili ve edebiyatı âlimi, şair Ebû Mansûr Abdülmelik Seâlibî (ö. 1038); mutasavvıf, kelam, tefsir ve hadis âlimi Abdülkerim Kuşeyrî (ö. 1072); muhaddis, Şâfiî fakihi ve tarihçi Abdülgafir Fârisî (ö. 1134-35); İslam hukuku alanındaki münazaralarda kullanılan terminolojiye dair kitabın müellifi Ebû Saîd Muhammed (ö. 1153); Eş'arî kelamcısı Ebü'l-Kasım Selmân Ensârî (ö. 1118); müfessir ve astronomi âlimi Nizâmeddin A'rec (ö. 1329 [?]).
Şehre nispet edilen şair, edip ve hattatlar arasında da Selçuklu dönemi saray şairlerinden Muizzî (ö. 1124-1127 arası); meşhur şair ve mutasavvıf Ferîdüddin Attâr (ö. 1221); âlim, şair ve filozof Ömer Hayyâm (ö. 1132 [?]); Selçuknâme adlı eseriyle tanınan Selçuklu dönemi tarihçisi Zahîrüddîn-i Nîsâbûrî (ö. 1186 [?]); Safevî dönemi nesta'lik hattatı Şah Mahmud (ö. 1564); divan sahibi Nazîrî (ö. 1612 veya 1614) sayılabilir.
1985 yılında Nîşâbur şehrinde Meşhed Firdevsî Üniversitesi, gıda endüstrisi mühendisliği ve sosyal bilimler alanlarında araştırma odaklı lisans öğrencilerini kabul eden bir eğitim kurumu olarak kuruldu. 1999 yılında buna bağlı olarak Nîşâbur Sanat Fakültesi açıldı. Nîşâbur Üniversitesi 2008 yılında bağımsız bir üniversiteye dönüştürülmesi kabul edildi. Daha sonra üniversiteye Edebiyat ve Beşeri Bilimler Fakültesi ile Temel Bilimler Fakültesi olmak üzere iki fakülte daha kuruldu. Üniversite yerleşkesinin açılmasıyla birlikte Nîşâbur Üniversitesi'nde Temel Bilimler ve Mühendislik, Sanat, Edebiyat ve Beşeri Bilimler ve Disiplinlerarası Yeni Teknolojiler olmak üzere dört fakültede eğitim vermektedir.
Nîşâbur Tıbbî Bilimleri Üniversitesi'nin temeli 1963 yılında sağlık merkezi olarak faaliyete başlamış ve 1976 yılında sağlık ve tedavi ağı oluşturulmuş, ancak sağlık ve tedavi alanlarında başarı elde ettikten sonra 2009 yılında sağlık ve tedavi ağından Tıp Bilimleri Fakültesi'ne terfi edebilmiştir. 2022'de ise Tıp Fakültesi, Hemşirelik ve Ebelik Fakültesi, Sağlık ve Paramedikal Fakültesi ve Sanat ve Sağlık Fakültesi ile Tıbbî Bilimleri Üniversitesi'ne dönüştürülmüştür.
