Yanya vilayeti Ergiri (günümüzde Arnavutluk'ta) kasabasında doğmuştur. Babasının adı Mehmed Mehdi'dir. Temel eğitimini buradaki sıbyan ve rüştiye mekteplerinde aldı. Bir müddet medreseye devam etti. Daha sonra İstanbul'a gelerek Mekteb-i Sultânî'ye kayıt yaptırdı. 18 Temmuz 1887 tarihinde mezun oldu. Türkçe ve Fransızca konuşup yazabilen Mûsâ Kâzım Arnavutça ve Rumca da konuşabilmektedir. Ayrıca Arapça, Farsça ve Latince dillerine da aşinadır.
Haziran 1888'de Adana Maarif müdürlüğüne tayin edildi. Ekim 1888'de, Fransızca hikmet-i tabîiye dersi ve târîh-i tabîî muallimlikleri de uhdesinde olmak üzere, Kastamonu İdâdî Mektebi müdürlüğüne nakil olundu. Kasım 1889'da Bolu İdâdî Mektebi müdürlüğüne nakledildi. Mayıs 1891'de bu defa Ankara İdâdî Mektebi müdürlüğüne tayin edildi.
Diğer yerlere nazaran Ankara İdâdîsi'nde daha uzun süre çalışan Mûsâ Kâzım, burada usûl-i defterî, kimya, Fransızca muallimlikleri, müsellesat ve kozmografya muallimliklerinde bulundu. Ayrıca 1894/1895 yıllarında Ankara Dârülmuallimîni'nde de bazı derslerin muallimliğini üstlendi.
Daha önce bulunduğu görevlerde göstermiş olduğu başarılardan dolayı terfi ettirilen Mûsâ Kâzım Aralık 1895 tarihinde ikinci defa Adana Maarif müdürlüğüne atandı. Beş ay sonra Mayıs 1896'da Ankara Maarif müdürlüğüne tayin olundu.
Mûsâ Kâzım, 1896 yılı sonlarından itibaren ise Dahiliye Nezareti'nin taşra teşkilatında görevlendirildi. Bir yandan buradaki görevlerini yürütürken, diğer yandan da eğitimini tamamladı. Bu yıllarda Batumlu Mehmed Ferid Efendi'den ulûm-ı âliye-yi Arabiye (tefsir ve hadis ilimleri) tahsil ederek 21 Temmuz 1899 tarihinde icazetname aldı. Şubat 1901'de Kosova ve Manastır vilayetleri maarif müfettişliğine tayin edildiyse de Temmuz 1902'de müfettişlik vazifesinden ayrıldı. Bundan sonra başta Kozan olmak üzere farklı sancaklarda mutasarrıf olarak görev yapan Mûsâ Kâzım 22 Ağustos 1908'de memuriyetten azledildi.
Yapılan yargılamalar sonucunda, kendisine isnat edilen ve memuriyetten azledilmesine sebep olan bazı suçlamalardan aklandı ve yeniden çalışmasına izin verildi (15 Ağustos 1909). Yeni oluşturulan bazı eğitim ve kültür komisyonlarının üyeliğine getirildi. İlk olarak İstanbul'da bulunan ibtidâî mekteplerinin ıslahı ve çocukların maarif nimetinden yararlanması maksadıyla İkinci Dâire-yi Belediye'de Dersaadet Mebusu Hüseyin Cahit Bey'in başkanlığında oluşturulan "Meclis-i Tedris"in altı üyesi arasında "Kozan Mutasarrıf-ı Sâbıkı Mûsâ Kâzım Bey" unvanıyla yer aldı (30 Ağustos 1909). Ayrıca Osmanlı tarihi araştırmaları yapmak amacıyla 27 Kasım 1909'da teşekkül eden "Târîh-i Osmânî Encümeni"nin yardımcı üyeleri arasında bulundu.
Mûsâ Kâzım'ın memuriyet hayatında asaleten yaptığı son görevi ise İçel mutasarrıflığıdır (10 Haziran 1911). Fakat hakkındaki şikâyetlerin artmasından dolayı 12 Ocak 1913'te görevinden azledildi. Daha sonra da Adana valiliği vekâletine tayin edilerek buradan emekliye sevkedildi. Emekli olduktan sonra İstanbul'a yerleşti. Hangi tarihte vefat ettiği tam olarak bilinmemektedir. Ancak 1916 yılı ortalarına kadar hayatta olduğu anlaşılmaktadır.
Henüz Mekteb-i Sultânî talebesi iken kitap yazmaya başlayan Mûsâ Kâzım'ın bilinen ilk eseri, arkadaşı Mehmed Zeki ile birlikte hazırladığı Tarifeli Rehber-i Mükâleme-yi Fransevî olup 13 Eylül 1886'da İstanbul'da basılmıştır. Memuriyete başlamadan yine Mehmed Zeki ile beraber Fransızca'dan tercüme ettikleri Muhtasar Coğrafya-yı Osmânî ise 19 Ocak 1888'de İstanbul'da basılmıştır.
Memuriyet hayatında dört buçuk yıldan fazla bir süreyle kesintisiz olarak en çok Ankara İdâdî Mektebi müdürlüğünde kalmıştır. Burada bir taraftan da farklı dersleri uhdesine alarak hem eğitim öğretime aktif bir şekilde katılmış hem de bazı ilmî çalışmalarda bulunmuştur. Bu esnada yazdığı Muhtasar Talim ve Terbiye Tarihi adlı kitabının basımına müsaade edilmesi için Ankara Maarif Müdürlüğü'ne 27 Şubat 1894 tarihli yazısıyla talepte bulunmuştur. Bu yazı, 6 Mart 1894'te Encümen-i Teftiş ve Muayene'ye (Maarif Nezareti Telif ve Tercüme Eserleri İnceleme Komisyonu) havale edilmiş ve gerekli incelemeler yapıldıktan sonra söz konusu kitabın basımına izin verilmiştir. Fakat eser ancak 1911'de Hükemâ-yı Cihân ve Tâlim ve Terbiye Tarihi adıyla İstanbul'da basılabilmiştir.
Kitapta önde gelen ve çok beğenilen filozofların eserleri zikredildikten sonra asırlara göre incelenmeye tâbi tutulmuştur. Kitabın ilk bölümünde, İlkçağ ve Ortaçağ'da eğitim öğretim konuları yer almıştır. İnsanlığın ilk zamanlarına, vahşi kavimlerin özelliklerine, Hindistan, İran, Yunanistan, Roma ve Ortaçağ'da Hıristiyan Ruhanî Cemiyeti'nin eğitim öğretim özelliklerine, bu dönemde yetişen meşhur şahsiyetlere ve fikirlerine yer verilmiştir. İlk bölümden sonra Osmanlı Devleti'nin kuruluşu sonrasındaki eğitim faaliyetlerine ve sultanların eğitime olan ilgisine yer vermiştir.
"Yeniçağın Eğitim ve Öğretimi" başlığını taşıyan ikinci bölümde XVI. yüzyıl eğitim anlayışına yön veren felsefeciler ve hıristiyan dinî grupları ve eğitim öğretim amaçlı örgütlenmeler yer almıştır. Yine ilk bölümde olduğu gibi müslüman dünyanın ilim adamları ve ilim fedakârlıklarına yer verilerek mukayeseler yapılmıştır.
Yeniçağ'dan sonraki bölümde, dönemin on bir filozofunun eğitim öğretim hakkındaki görüşlerine yer verilmiş Mûsâ Kâzım bu felsefecilerin görüşlerini naklederken arada kendisi de bazı değerlendirmelerde bulunmuştur.
Eserin dördüncü bölümünde XVIII. yüzyıl felsefeci ve pedagoglarından on ikisinin hayat hikâyeleri anlatılmış, eğitim hakkındaki fikirleri irdelenmiştir.
Kitabın son bölümü "Medenî Memleketler Eğitimi" başlığını taşımaktadır. Başlığın yazar tarafından atıldığı kuvvetle muhtemeldir. Burada Fransa, İngiltere, İtalya, Rusya'daki eğitim öğretim anlayışlarından ve faaliyetlerinden bahsedilmiştir.
Gerek içeriği gerekse tercüme tekniği bakımından alanının önemli olmasa da özgün sayılabilecek kitaplarından biri olan Hükemâ-yı Cihan ve Talim ve Terbiye Tarihi günümüz alfabesine de aktarılmıştır (İstanbul 1911).
Mûsâ Kâzım'ın eserlerinin önemli bir kısmı basıldığı halde, basımı için ruhsat alınan bazı eserlerinin âkıbeti tam olarak bilinmemektedir. Mesela Ankara İdâdî Mektebi müdürü iken hazırladığı Kadınlara Mahsus Talim ve Terbiye Rehberi adı kitabın müsveddesi 19 Temmuz 1894 tarihli yazıyla Maarif Nezareti'ne takdim edilmiş ve eserin basımında bir sakınca görülmeyerek ruhsat verilmesi onaylanmıştır. Ancak söz konusu eserin basılıp basılmadığı bilinmemektedir.
Yine Ankara İdâdîsi müdürü iken Talim ve Terbiye-yi İslâmiyeye Dair Türkçe bir risale hazırlamış ve Maarif Nezareti'ne takdim etmiştir (30 Mart 1895). Yapılan inceleme sonucunda, işaret olunan hadîs-i şerifler tashih olunmak ve çizilen yerler çıkarılmak şartıyla kitabın basımında bir sakınca olmadığı kararlaştırılmıştır (25 Nisan 1895). Fakat mevcut haliyle basıma uygun olmadığından o tarihte ruhsat verilmemiştir. Daha sonraki yıllarda ise kitabın âkıbetinin ne olduğu bilinmemektedir.
Mûsâ Kâzım'ın Ankara İdâdî Mektebi müdürü iken telif ettiği eserlerden biri de Almanya ve Amerika Talim ve Terbiyesine Dair olup kitabın incelenmesinden sonra basım ve neşrine ruhsat verilmiştir (12 Ağustos 1896). Fakat bu eserin de basılıp basılmadığı hakkında herhangi bir bilgi yoktur.
Kozan mutasarrıflığından ayrıldığı 1908'e kadar kaleme aldığı eserlerinde müellif olarak genellikle "Mûsâ Kâzım", bu tarihten sonra memuriyetten azil sürecini yaşadığı üç yılda ise "Kozan Mutasarrıf-ı Esbakı Mûsâ Kâzım" ismine yer vermiştir. Bu unvanla yazdığı eserleri şunlardır: Muhît-i İdâre ve Siyâsiyât (1909), Muhtıra-yi Ricâl ve Siyâsiyûn (1911), İcmâl-i Tevârîh-i Cihân (1911), Hükemâ-yı Cihân ve Tâlim ve Terbiye Tarihi (1911). Bu eserlerin tamamı günümüze ulaşmıştır.
Söz konusu kitapların yanı sıra, yine 1911/1912 yılında basılan ve günümüze ulaşan Devr-i İstibdâd Ahvâli ve Müsebbibleri isimli eserin de Mûsâ Kâzım'a ait olduğu bazı araştırmalarda ifade edilmiştir. Ancak aynı tarihlerde basılan diğer eserlerde "Kozan Mutasarrıf-ı Esbakı" unvanı kullanıldığı halde bu kitapta sadece isme yer verilmiş olması yazarın aynı kişi olduğu hakkında bazı tereddütler uyandırmaktadır.
II. Meşrutiyet döneminde yukarıda sözü edilen siyasî tarih içerikli bazı eserler de kaleme almıştır. Fakat önceki yıllarda yaptığı çalışmalar daha çok pedagoji alanındadır. Nitekim kendi ilmî tecrübe ve tespitlerinden yola çıkarak hazırladığı ve bilhassa Ankara Dârülmuallimîni'nde öğretmen adaylarına okuttuğu pedagoji dersleri notlarını, Taşra Maarif Memurlarına Mahsus Rehber-i Tedris ve Terbiye adıyla bir araya getirmiş ve iki müstakil kitapçık şeklinde bastırmıştır. Birinci kitapçıkta (1895), öğretmen adaylarının eğitim ve okul yaşantılarında dikkate almaları gereken pedagojik esaslara değinilmiştir. İkinci kitapçıkta (1898) ise bazı önemli pedagojik kavramların ve terimlerin açıklanmasının yanı sıra "kavâid-i tedrîsiye" adıyla öğretmenler için gerekli olan modern öğretim yöntemlerine yer verilmiştir.
Mûsâ Kâzım Efendi'nin Taşra Maarif Memurlarına Mahsus Rehber-i Tedris ve Terbiye adlı kitabı eğitim tarihinde modern eğitim bilimlerinin ilk örneklerindendir. Pedagoji biliminin ana ilkelerine Batılı psikologların tasniflerinden hareketle yaklaşan bu eser, sonradan yazılacak fenn-i terbiye türü eserlerin öncüsüdür. Hükemâ-yı Cihân ve Tâlim ve Terbiye Tarihi adlı eser ise dünya eğitim tarihi hakkında Türkçe yazılmış ilk eserdir. Mûsâ Kâzım kitabında Antik Yunan, Roma ve Bizans medeniyetlerinden modern döneme kadar terbiyeci, ahlakçı ve filozofları dünyanın önde gelen eğitimcileri sıfatıyla kısaca tanıtmıştır. Bu kitap Cumhuriyet dönemi pedagoji tarihi kitaplarının öncüsü olarak görülebilir. Her iki kitap günümüz alfabesine çevrilmiştir.
