Dağıstan'da doğdu. Rus istilasından sonra Dağıstan'ın istiklali için Şeyh Şâmil ve Hacı Murad'ın yanında mücadele eden babası, adını Hacı Murad'a ithafen Murad koydu. Mizancı lakabını alması Mîzan adlı bir gazeteyi çıkarmasından sonradır. İlköğretim (rüştiye), ortaöğretim (gimnazyum) ve üniversite eğitimini tamamlamış olarak yirmi yaşlarında İstanbul'a geldi (1873).
İstanbul'da ilk olarak Rusça gazeteler sayesinde gıyaben tanıdığı Sadrazam Midhat Paşa ile görüştü. Rusça-Fransızca tercümanı olarak devlet memurluğuna başladı. Üç yıl içinde gazetelerde yazmaya başladı. Bir süre sonra rüşvet, liyakatsizlik ve görev ihmali gibi hususlarda şikâyet ederek memurluğu bırakıp yeni açılan Mekteb-i Mülkiye'ye hoca oldu (1877). Mekteb-i Hukuk'ta tarih dersleri verdi ve Dârülmuallimîn-i Âliye'de hocalık ile müdürlük görevinde bulundu.
1886 yılında bütün görevlerinden istifa ederek Mîzan gazetesini çıkarmaya başladı. Gazetesinde hükümeti eleştiren yazılar da yazdı. Ancak eleştirilerinin dozunu artırınca Sultan II. Abdülhamid, onu 1891'de Düyûn-ı Umûmiye komiseri olarak atadı. Böylece dolaylı olarak Mizancı Murad'ın gazeteyi kapatmasını sağlamış oldu. Bu süreçte padişahın, ıslahat yapmaya yanaşmadığını ve yanaşmayacağını anlayınca 1895'te bu görevinden istifa etti. Gaspıralı İsmâil Bey ile de haberleşerek Kırım üzerinden Avrupa'ya gitti.
Paris'te çoğu Mekteb-i Mülkiye'deki öğrencilerinden oluşan Jön Türkler, kendisine İttihat ve Terakkî liderliğini teklif etti, ancak o teklifi kabul etmedi. Buna rağmen İttihat ve Terakkî lideri Ahmed Rızâ, hükümetin ajanı olarak gördüğü için kendisine soğuk davrandı. Paris'te rahat edemedi ve Mısır'a giderek Mîzan gazetesini Kahire'de çıkarmaya başladı (1896).
Yazılarında muhalefetini şiddetlendirdi ve "İkiden Biri" başlıklı yazılarıyla II. Abdülhamid'e ya meşrutiyeti ilan etmesini ya da tahtı bırakmasını ihtar etti. Bunun üzerine gıyabında idama mahkûm edildi. İstanbul'un baskılarıyla Mısır'ı terkederek yeniden Fransa'ya dönmek zorunda kaldı. Bu defa İttihat ve Terakkî'nin başına geçti ve hareketin merkezini Paris'ten Cenevre'ye taşıdı ve Mîzan gazetesini de hareketin resmî yayın organı yaptı. Bu sırada aracılar vasıtasıyla İstanbul'a dönmesi halinde padişahın genel af ile beraber bakanlık gibi yüksek dereceli memuriyetler teklif edeceği haberlerini alıyordu. Osmanlı Devleti'nin Yunanlılar'a karşı zafer kazanması, ailesine özlem gibi sebeplerle cemiyetin liderliğini bırakarak İstanbul'a döndü (1897). İstanbul'a döner dönmez göz hapsine alındı, istemediği bir memuriyet görevi verildi. 1908'de II. Meşrutiyet'in ilanına kadar on bir yıllık sessiz bir dönem geçirdi. Mîzan gazetesini yeniden çıkardı. İttihat ve Terakkî fırkasına şiddetli eleştiriler yöneltti. Bunun üzerine 31 Mart Olayı (1909) bahane gösterilerek Rodos'a, bir süre sonra da Midilli'ye sürüldü. 1913'te affedilerek İstanbul'a döndü, 1917'de vefat etti.
Mizancı Murad, toplumdaki sorunların çözümü için öncelikle eğitimin geliştirilmesinin gerekliliğine inandı. Bunun için devlet memurluğunu bırakarak Mekteb-i Mülkiye'de başlayan ve on yedi yıl süren hocalık hayatı kayda değerdir. Bu süre zarfında vermiş olduğu dersleriyle öğrencileri etkilemiş, II. Meşrutiyet'e giden yolda katkısı olmuştur.
Eğitimle ilgili görüşlerini daha çok Mîzan gazetesindeki yazılarında ve Turfanda mı Yoksa Turfa mı adlı otobiyografik romanında dile getirdi. Ona göre memleketin kurtuluşuna tek çare maariftir. Türk milletinde sadakat, sevgi, sükûnet, yetenek, iman kuvveti, sorumluluk bilinci, kanaat, kahramanlık, vatanseverlik gibi duygular en yüksek derecededir. Eksik olan ise sadece eğitimdir. Bu yüzden belki bozgunculuk amacıyla geldiklerini düşündüğü için esasen karşı çıktığı misyoner okullarının Osmanlı ülkesinde açılmasında bile eğitimin gelişmesi açısından yararlı olabileceği düşüncesiyle pek sakınca görmediğini beyan etmiştir.
Osmanlılar'ın fethettikleri yerlerde istihkâm ve kışla gibi mekânlardan önce cami ve medreseler inşa ettiklerini belirtmiştir. Kendi döneminde yapılması gerekenin de bundan farklı olmadığını, değişik yerlerde millî okullar açılmasının lüzumlu olduğunu ifade etmiştir. Eğitimin amacının "tehzîb-i ahlâk" (ahlakı güzelleştirmek) ve "iktisâb-ı fezâil" (erdem kazandırma) olduğuna inanmıştır. Çünkü güzel ahlak ve olumlu davranış değişikliğinin akademik gelişimden daha önemli olduğunu düşünmektedir.
Mizancı Murad'a göre eğitimin öncelikli meselesi öğretmen yetiştirmedir. Bu yüzden öğretmen okullarına önem verilmelidir. Taşradan gelenlere de yatılı imkân sağlanmalıdır. Ayrıca ilk eğitimin (ibtidâî) mecburi olmasını, rüştiye (ortaokul) ve idâdî (lise) eğitiminin de planlı bir şekilde yürütülmesini önermiştir. Dârülmuallimîn ve Mekteb-i Mülkiye gibi okullara hususi önem gösterilerek buraların ıslah edilmesini istemiştir. Eğitimin millî menfaatlere uygun olmasını şart görmüştür. Bunun için Robert Kolej gibi Avrupa veya Amerikan misyoner mekteplerinde eğitim görmek durumunda kalan öğrencilerin eğitim ihtiyaçlarının öncelikle karşılanmasını istemiştir. Ona göre millette mündemiç olan yüksek kabiliyete rağmen gerilemeyi ortadan kaldırmanın ve müslümanlar arasındaki birlik, beraberliği sağlamanın tek yolu eğitimdir.
Mizancı Murad, Mîzan gazetesindeki fikir yazılarından başka tarih, piyes, eleştiri, hatıra, bibliyografya ve roman gibi değişik türlerde telif ve tercüme çok sayıda kitap kaleme almıştır. Tarih-i Umumi, Muhtasar Tarih-i İslam başlıklı eserleri Türkiye'de modern tarih yazımının öncü eserlerindendir. Turfanda mı Yoksa Turfa mı romanında köy eğitimine değinmiştir. Birol Emil tarafından hayatı ve eserleri hakkında kapsamlı bir çalışma hazırlanmıştır. Ayrıca eserlerinden bazıları Abdullah Uçman, Ertuğrul Düzdağ, Sabahattin Çağın, Faruk Gezgin, Ali Kahraman ve Celile Eren Ökten gibi araştırmacılar tarafından yayına hazırlanmıştır.
