Günümüzde Bulgaristan sınırlarında kalan Vidin şehrinde dünyaya geldi. İlk ve orta okulu burada bitirdi, Bursa Sultânîsi'nde yatılı okudu. Mezun olduktan sonra I. Dünya Savaşı'nın patlak vermesiyle yedek subay okuluna yazıldı. Gönüllü olarak Bağdat cephesinde bulundu. Oradan 1917 yılında İstanbul'a yaralı olarak getirildi. Tedavi sonrası Harbiye Nezareti'nde iki yıl çalışıp 1919 yılında Vidin'de öğretmenliğe başladı. 1922'de girdiği Sofya Üniversitesi Pedagoji Bölümü'nden 1926'da mezun oldu. Şumnu'daki Nüvvâb Medresesi'ne öğretmen tayin edildi. Bir yıl sonra tekrar Vidin'e döndü. Bir yandan oradaki rüştiyede mesleğini yaparken diğer yandan mesleğe başladığı ilk günden itibaren sürdürdüğü Bulgaristan Türk gençlerinin eğitimini ve kültürünü arttırmaya yönelik yazı ve faaliyetlerine devam etti. Faaliyetlerinden dolayı Bulgar hükümetinin dikkatini çekti ve baskılara maruz kaldı. Bunun üzerine 1931 yılında Türkiye'ye göç etti. Aynı yıl Gazi Terbiye Enstitüsü'ne hoca olarak atandı. 1939 yılında Tokat milletvekili olarak Türkiye Büyük Millet Meclisi'ne girdi. 1943 yılında tekrar Gazi Terbiye Enstitüsü hocalığına döndü. Buradaki görevi esnasında aynı zamanda Teknik Öğretmen Okulu'nda ve başka okullarda da dersler veren Aytuna 1969 yılında yaş haddinden emekli oldu. 26 Mayıs 1980 tarihinde Ankara'da vefat etti.
Hasip Ahmet Aytuna uzun yıllar öğretmenlik mesleğini icra etmesinin getirdiği birikimiyle eğitim bilimleri alanında daha ziyade genel ve özel öğretim yöntemleri konularında telif ve tercüme niteliğinde kırk kadar kitap ile çok sayıda makale kaleme almıştır. Ayrıca Cumhuriyet döneminde yetkilileri etkileyerek "yeni okul" adı altında çağdaş anlamda yeniliklerin takipçisi ve uygulayıcısı olmuştur. Bu yönleriyle Türk eğitim tarihinde önemli bir yer edinmiştir.
Eserlerinde daha çok eğitim öğretim süreci, çocuk eğitimi, okulun mevcut ve gelecekteki durumu, kadın eğitimi, kekemelik problemi ve kooperatifle ilgili konuları ele almıştır. Ancak şahsî kaşesinde kendisini "tedris usulü öğretmeni" olarak tanımlayacak kadar öğretim usullerine önem veren Aytuna'nın Türkiye'de ilk basılan eseri Didaktika (1929) genel öğretim yöntemleri konusundadır. 1931'de basılan Metodika (1931) ise özel öğretim yöntemlerini konu edinen ilk çalışmalardan biridir.
Mesleğinin ilk yıllarında daha çok küçük hacimli kitaplar yazmıştır. "Yeni mektep sistemleri" serisi olarak hazırladığı Tedris Yenilikleri (1936), Toplu Tedris ve Kompleks Sistem (1936), Proje Usulü ve Dalton Plân (1937), Winnetka Sistemi (1938), Dalton Plan (1938), Decroly Usulü (1938), Okulda Disiplin (1940) adlı çalışmaları bu gruba girmektedir. Rüştü Şardağ, aslında bu eserlerin bir kitapta toplanabileceğini söyledikten sonra sebebini, yazarın eğitimdeki yenilikleri daha geniş kitlelere yaymak için bu yolu tercih ettiğini kendisine atıf yaparak açıklamıştır. Aytuna da bu kitapları yazmasının başka sebeplerini serinin birinci formasındaki önsözünde şöyle izah etmiştir: "Hedefim, mektebi ve tedris faaliyetlerini yenileştirmek için yabancı memleketlerde yapılan işleri, didaktik ilmin yeni ve gönül alıcı pratik safhalarını mektepçiliğimize toplu bir surette tanıtmaktır."
Mesleğinin olgunluk döneminde yazdığı kitaplardan biri de ilk baskısı 1958'de yapılan Orta Dereceli Okullarda Öğretmenlik ve Problemleri'dir. Bu hacimli eser yirmi altı bölümden oluşmaktadır. Son bölümü olan "Değerlendirme" başlığında "öğrencilerin başarılarının değerlendirilme amacı ve niteliği", "imtihanın amacı", "sözlü ve yazılı yoklama" sınıf içerisinde somut olarak öğretmenin ne tür işlemler yapacağını, bir ölçme değerlendirme kitabı gibi açık bir şekilde izah etmiştir. Bu da onun eğitimde teori kadar pratiği de beraber işlediğini göstermekte, yazmış olduğu kitapların yıllarca niçin öğretmen okullarında ders kitabı olarak okutulduğunu açıklamaktadır. Nitekim 1926'da ilköğretime getirilen toplu tedrisin okullarda nasıl uygulanacağına ilişkin yazdığı Toplu Tedris ve Kompleks Sistem (1936) öğretmenler için kılavuz bir cep kitabı niteliğindedir. Yine Normal Çocuklarda Anormallikler (1946) de öğretmen adayı, öğretmen ve eğitimciler için hem teori hem de pratikte fayda sağlayıcı bir eserdir.
Diğer eserleri şunlardır: Şen Alfabe (Filibe 1929), Şen Kıraat I-II-III (Filibe 1929), Yeni Umumi Pedagoji (1932), Pedagoji Dersleri (1937), İlk ve Ortaokullarda Nazari ve Ameli Didaktika (1937), Özel Öğretim Metodu I-II (1949), Etkin Metoda Göre Hayat Bilgisi Öğretmen Kitabı (1952), Aktif Öğretim Tekniği (1955), Genel Öğretim Bilgisi (1961), Hayat Bilgisi Öğretmen Kılavuzu I-II (1964).
J.A. Comenius'un Didaktika Magna başlıklı eserini Büyük Didaktika (1964) adıyla Türkçe'ye kazandıran Aytuna'nın doğrudan eğitim odaklı çevirileri G. Mihail'den Talim ve Tedriste Kendi Kendine Faaliyet Prensibi (1933), M. Kocabeşeva'dan Okul Kooperatifleri (1936), G. S. Petrov'dan Türk Kooperatifçilik Kurumu Zencilerin Mürşidi Eğitimci Kara Musa (1963), Okul ve Hayat (1963) ve Akzambaklar Ülkesi Finlandiya'da (1976)'dır. Birkaç idealist ve öncü şahsiyetin çabaları ve halkın iradesi sayesinde Finlandiya'nın eğitim, kültür, adalet, insan hakları, karşılıklı sevginin ve saygının var olduğu bir cennete dönüşme hikâyesinin konu edildiği ve Cumhuriyet'in ilk yıllarında öğretmenlere tavsiye edilen Akzambaklar Ülkesi Finlandiya'da çevirisi bir anlamda onun eğitim ülküsünü yansıtmaktadır.
Hasip Ahmet Aytuna Batı'da görülen eğitim yeniliklerinden telif ve çeviriyle Türk eğitim dünyasının haberdar olmasını sağlamıştır. Bunda Türkçe'nin yanı sıra Bulgarca, Rusça, Fransızca, Latince, İtalyanca ve biraz da İngilizce bilmesinin etkisinin olduğu söylenebilir.
Aytuna'nın eğitimdeki temel amacı "eski okul" yerine "yeni okulu" inşa etmektir. Normal Çocuklarda Anormallikler adlı eserinde bunu şöyle ifade etmiştir: "Yeni eğitim cereyanları, öğretim eğitim işini, okulun dört duvarı arasında geçen kuru, basit ve pasif bir öğrenme işi olmaktan çıkarmış, onu daima canlı, yaşanan hayatla teması zaruri kılan bir hale getirmiştir. Bu sebeple eski okulda birinci ve tek araç olan kitabın yeri, yeni okulda çeşitli araçlardan biri olmak durumuna düşmüştür. Yeni okul, geniş miktarda gözleme (müşahede), önümüze çıkan fırsat ve olaylardan faydalanmaya, çocukların uyanmış ilgilerini takibe kıymet vermektedir."
Cavit Binbaşıoğlu Aytuna'nın öğretim yöntemini şöyle anlatmıştır: "Derslerini kendisi anlatırdı. Dersin sonunda kısa bir tartışma yapardı. Ezber bilgiye hiç önem vermezdi. Bir soru sorulduğu zaman cevabı maddeler halinde de olsa, bu tarzda cevap verilmesini istemezdi. Sınavların bile insanı yaratıcılığa götürmesi gerektiğini söylerdi" (Binbaşıoğlu, 1995: 163). Ayrıca çağdaş bir eğitimci olarak öğretimde "edilgenlik" yerine "etkinliği", "bağımlılık" yerine "bağımsızlığı" ve "özgürlüğü", "ölü bilgileri ezberleme" yerine "yaşamsallığı", "anlatma yöntemi" yerine "keşif yöntemini", "taklit" yerine "yaratıcılığı" savunduğunu belirtmiştir.
Hasip Ahmet Aytuna eğitim sistemimizin her yönünü bilmesi hasebiyle o günün eğitim politikalarına da yön vermeye çalışmış bir uzmandır. Hasan Âli Yücel, Millî Eğitim bakanı olduğunda ona bir "Temenni" yazısı yazmış ve eğitimle ilgili neler yapılması gerektiği konusundaki görüşlerini bildirmiştir. Yirmi maddede topladığı bu görüşlerinden bazıları bakanlık tarafından hayata geçirilmiştir. Örneğin bakanlığın yapacağı işlerin bir plana bağlanmasını talep etmiş ve bu talep I. Millî Eğitim Şûrası'nda alınan kararlarla ve onu izleyen yıllarda ilköğretimde yapılan on beş yıllık planlarla uygulamaya konmuştur. Aytuna'nın eğitim işlerinde en çok üzerinde durduğu konulardan biri de niteliktir. Bu çerçevede "kemiyet maarifi yerine keyfiyet maarifi" koymak gerektiğini belirtmiş, "okuyanların çokluğu ile değil, iş hayatına okuyarak hazırlananların; kültürleriyle, temiz ahlaklarıyla, metin karakterleriyle, olgun insanlık vasıflarıyla ve yüksek iş kudretleriyle öğünmek" gerektiğine dikkat çekmiştir.
