Gönen'de doğdu. Ömer Şevki Bey'le Fatma Hanım'ın oğludur. Asker olan babasının görevi dolayısıyla Gönen'i takiben kısa sürelerle İnebolu ve Ayancık'ta yaşayan ailesi 1892'de İstanbul'a yerleşir. Gönen'de mahalle mektebinde başlayan eğitimini İstanbul'da sürdürür. Önce Mekteb-i Sultânî'ye başlasa da babasının isteği üzerine girdiği Askerî Baytar Rüştiyesi'nin ardından Edirne Askerî İdâdîsi'ni bitirir (1900). İstanbul'da Mekteb-i Harbiye-yi Şâhâne'de okur. Makedonya'da başlayan karışıklıklar üzerine buradan sınavsız mezun edilerek (1903) piyade asteğmeni rütbesiyle merkezi Selanik'te olan Üçüncü Ordu'nun İzmir Redif Tümeni'ne bağlı Kuşadası Taburu'na tayin olunur. Burada kalmayarak Manastır'a bağlı bir sancak olan Pirlepe'ye gönderilir. Bir yıldan fazla süren bu görevi sırasındaki başarıları dolayısıyla madalya ile ödüllendirilir. Temmuz 1907'de Aydın vilayeti Jandarma Okulu'na "ulûm-ı dîniye" öğretmeni olarak atanır.
Kişiliği bakımından İzmir ve Kuşadası'nda geçirdiği yıllar (1904-1909) oldukça önemlidir. Kendine has bir kültür hayatı olan İzmir'de matbuatı yakından takip eder, Fransızca'sını geliştirir. Baha Tevfik ve Mehmed Necip gibi dille ilgili görüşleri başta olmak üzere düşünce dünyasını biçimlendiren fikir ve sanat adamlarıyla tanışır, İzmir gazete ve dergilerinde yazılarıyla yer almaya başlar. 1909'da Balkanlar'da başlayan hareketlilik üzerine üsteğmen rütbesiyle yeniden Üçüncü Ordu Nizamiye taburlarına ve Bulgaristan sınırındaki Yakorit Bölüğü'ne gönderilir. Osmanlı aleyhinde gelişen milliyetçilik hareketlerinin yarattığı karışıklıklar sebebiyle Balkanlar'ın değişik bölgelerinde görev yapar, fikrî ve edebî faaliyetini biçimlendiren yeni tecrübeler edinir. 31 Mart Olayı sırasında Hareket Ordusu ile İstanbul'a gelmiştir.
Nisan 1911'de Selanik'te kendisine Türk dili ve edebiyatı tarihindeki yerini kazandıracak olan "yeni lisan" hareketini başlatır. Ziya Gökalp ve Ali Canip'le birlikte Genç Kalemler dergisinde Türkçe ve Türk edebiyatı için bir çığır olan bu hareketin öncülüğü kadar savunmasını da yapar. Balkan savaşlarının başlaması üzerine Genç Kalemler dergisi kapansa da "yeni lisan" dil ve edebiyat boyutuna, insanı ve hayatı da dahil edip "yeni hayat" adıyla genişleyerek devam eder.
Hayatını yazar olarak sürdürme kararıyla Temmuz 1911 tarihi başlarında Ziya Gökalp'in de teşvikiyle tazminatını ödeyerek askerlikten istifa eder. Balkan savaşlarının başlaması üzerine Garp Ordusu'nda göreve dönmek durumunda kalır. Yanya savunması sırasında askerleriyle birlikte esir düşer. Yunanlılar'ın elinde on aydan fazla (20 Ocak-28 Kasım 1913) esir kaldıktan sonra İstanbul'a gelir. Bir süre sonra İttihat ve Terakkî'ye yakın gazete ve dergilerde yazılarının yayımlandığı gerekçesiyle ordudan ihraç edilir (22 Şubat 1914).
Esaret dönüşü kendine yeni bir hayat kurmak isteyen yazarın bundan sonraki arayışları, yazmayı istediği büyük eseri için zaman ve zemin oluşturmaya yöneliktir. Hayatını yazarak sürdürme kararına rağmen bunu gerçekleştiremez. Vefatına kadar geçimini, yazıları ve tercümeleri yanında, önce İstanbul Erkek sonra Kabataş liselerindeki edebiyat ve felsefe dersleri öğretmenliği ile temin eder.
11 Temmuz 1915'te Harbiye Nezareti'nin davetiyle Çanakkale cephe gezisine katılır. Bu gezinin intibalarını "Kaç Yerinden", "Çanakkale'den Sonra", "Müjde" ve "Bir Çocuk: Aleko" hikâyelerinde aktarır. "Yeni Kahramanlar" üst başlığını taşıyan bu hikâyeler, "Eski Kahramanlar" başlıklı ve tarih konulu hikâyelerle birlikte Yeni Mecmua'da yayımlanır (1917-1918). Milletin geçmişteki ve haldeki tecrübeleriyle bağlar kurarak birlik şuuruna varması ve mücadele azmi kazanmasını amaçlayan bu hikâyeler, yazara bugüne kadar süren tanınırlığını sağlar.
1915 yılı sonlarında Calibe Hanım'la evlenir. Bu evlilikten tek çocuğu olan Fahire Güner (1916-2007) dünyaya gelir. Ancak evlilik, yazarın büyük beklentilerine rağmen Eylül 1918'de sonlanır, hayatının sonuna kadar yalnız yaşar. Bu yıllar yazı hayatının en verimli zamanları olur. Dönemin gazete ve dergilerinde çok sayıda hikâye ve makalesiyle yer alır.
Şubat 1920 tarihi sonlarında kendisini ölüme götüren hastalığı başlar. 6 Mart 1920'de o zamanlar Tıp Fakültesi olan Haydarpaşa Hastanesi'nde vefat edince Kadıköy Kuşdili Mahmud Baba Mezarlığı'na defnedilir. Mezarı 23 Ağustos 1939'da buradan yol geçeceği gerekçesiyle, yapılan bir törenin ardından Zincirlikuyu Asrî Mezarlığı'na nakledilir.
Genç Kalemler dergisinin 21 Nisan 1911 tarihli yeni serisinin ilk sayısında "?" imzasıyla yayımlanan "Yeni Lisan" yazısı, Türkçe'nin yabancı unsurlardan arındırılması ve konuşma dilinin yazı dili haline getirilmesi üzerinedir. Böylece herkesin anlayacağı bir dille üretilmiş bilginin ve sanatın geniş çevrelere ulaştırılması, dolayısıyla eğitimin kolaylaşması ve aydınlanmanın yaygınlaşarak milletin kültür ve medeniyet seviyesinin yükseltilmesi hedeflenmektedir. Olabildiği kadar sadeleştirilmiş bir Türkçe'nin bilim ve sanat dili haline getirilmesini isteyen "yeni lisan", tasfiyeci bir yaklaşımı benimsemez, halkın diline yerleşmiş yabancı kuralların ve kelimelerin bir istisna olarak kullanımına izin verir.
"Yeni lisan" hareketi, dilin yanı sıra dil ile yapılan bir sanat olarak edebiyatla ilgili teklifler de getirmiştir. "Yeni Lisan" makalesinde kendi kaynaklarına yönelmiş, taklitten uzaklaşmış, millî ve özgün bir edebiyat önerisi getirir. Bunun için Millî Edebiyat'ın da beyannamesi olarak kabul edilmektedir. Ömer Seyfettin'in Genç Kalemler'de yayımlanan "Bahar ve Kelebekler", "Pamuk İpliği", "İrtica Haberi" gibi hikâyeleri "yeni lisan" ile yazılmış ilk edebî örneklerdir. Açık, sade, canlı bir anlatıma sahiptir.
Yeni lisan hareketi, dil, edebiyat ve sanata olduğu kadar hayata, dünyaya, insana ve meselelere yeni bir bakışı önerir. Ziya Gökalp tarafından "yeni hayat" olarak adlandırılır. Türkler'in kendi millî kimlikleri üzerinde düşünmesini, milliyetlerini tanıyarak uyanmasını ve bu kimlik etrafında bir millî mücadele vererek millî devletlerine ulaşmasını içerir.
Ömer Seyfettin Türk edebiyatındaki yerini, hikâyeciliği ile edinmiştir. O, klasik olay hikâyesinin prensiplerine bağlıdır. Ancak özellikle ironinin kullanıldığı hikâyelerde ortaya çıkardığı karakterler ve şaşırtıcı sonlarla Türk hikâye tekniği zenginleşir ve yeni bir aşamaya geçer. Cumhuriyet dönemi hikâyesine, klasik hikâyenin sınırlarını zorlayan bu denemelerle geçilir.
Konularını günlük hayatın basit olaylarından seçen ilk hikâyelerden sonra sorumlu bir aydının dönemle ilgili duyarlıklarını yansıtan hikâyelerini yazmaya başlar. Bazan açık bazan hikâyenin derinliklerine yerleştirilmiş mesajlarla dönem insanının arayışlarını cevaplar ve milleti kendisi için çaba göstermeye yönlendirir. Fakat uyarıcı nitelikler taşıyan bu hikâyelerde sanatı ihmal etmez. Tezinin baskınlığı sebebiyle güdümlü/ısmarlama yazdığı yönünde eleştirilere uğrayan hikâyeleri, kıvrak bir zekânın, iyi bir gözlemin, muzip bir bakış açısının, sağlam bir fikriyatın ve duyarlı bir aydının ifade biçimlerini taşır.
Hikâyelerinde ferdî meseleler bile sosyal bir gönderme içerir. Aşk ve evlilik, hızlı değişmenin sonuçları ve yozlaşma, kimliksiz bırakılmış insanımızın içi boşaltılmış değerler dünyası ve arayışları ilgi alanını oluşturan konulardandır. Temiz bir dille, bazan güldüren bazan acıtan, teşhir etmeden eleştiren ve yaşadığı dönemin çıkmazlarını üzerinde hisseden insana yol gösteren, örneklikler sunan bu hikâyeler, her devirde kendisine okuyucu bulmuştur. "İlk Namaz", "Falaka", "Kaşağı" gibi hikâyelerle çocukluk intibalarını; "Başını Vermeyen Şehit", "Pembe İncili Kaftan", "Vire", "Topuz", "Ferman" gibi hikâyelerle tarihî bir zamanı ve "Beyaz Lale", "Bomba", "Zeytin Ekmek", "Nakarat" gibi hikâyelerle tarih olacak bir zamanı anlatırken okuyucusunu insanî değerler dünyasıyla tanıştırır. Okuyucusuna sağlam değerler dünyası sunmak ve örneklikler vermekle ilgili bu tutarlı tavrı onun bir "çocuk edebiyatı yazarı" olarak da benimsenmesine, hikâyelerinin ders kitaplarına alınarak eğitimin vazgeçilmez metinleri arasında yer bulmasına yol açmıştır.
Bir fikir adamı ve sanatçı olarak sürdürdüğü çalışmaları, "yeni lisan" hareketindeki öncülüğü ve Türk hikâye sanatındaki yeri yanında öğretmen olması itibariyle Türk maarifine katkılarıyla da değerlendirilebilir. Bu açıdan bakıldığında maarife ilgilisini daha on dokuz yaşındayken (1903) yazdığı "Tedrîs-i İbtidâiye Levâzımâtından Siyah Tahta" yazısına kadar indirmek gerekir. Fransız eğitimcilerinin yazılarından parçalar da aktardığı bu yazısında cetvel, tebeşir yanında bir eğitim aracı olarak siyah tahtanın eğitim hayatındaki yerine dikkat çeker. II. Meşrutiyet ve özellikle de 1911'den sonra dil ve edebiyat yanında hayatın her alanını kapsayan "yeni hayat" programı içinde maarifte millî bir programdan yana tavır koyar. Dönemin yeni eğitim modelleri arayışı içindeki maarifçilerinin fikirlerini bu açıdan eleştiriye tâbi tutar. Bu isimlerden Sâtı Bey'i, Dârülmuallimîn'deki yöneticiliği sırasında, kullandığı çağdaş metotlarda millî duyarlılığı dikkate almamakla eleştirir. "Tûbâ ağacı nazariyesi" ile eğitimde Dârülfünun'dan ilköğretime doğru inecek bir ıslahatı amaçlayan Emrullah Efendi ile eğitimin millî bölümleri olduğu gibi millî unsurlar taşımayan bölümleri bulunduğunu savunduğu, vatan eğitimi dışında bir millî eğitimden söz edilemeyeceğini söylediği için ters düşer. "Çocuklarımız-I" adlı yazısında (1908) modern usullerle çocukların âdeta başıboş bırakıldıklarını, millî kimliklerini edinemedikleri için kendi toplumlarına yabancı nesillerin yetiştiğini dile getirir. Eğitimde Spencerci bir etkinin varlığından yakınarak Ahmed Şuayp, Sâtı Bey ve kardeşi Bedi Nûri ile Rıza Tevfik gibi isimleri eleştirir. Fransız okullarında Türk çocuklarına verilen eğitimi ve yabancı mürebbiyeler elinde yetişen çocuklarda gözlediği Türkçe'ye vukufiyetsizlik ve sevgisizlik, hissi kişiliksizlik ve bozulmaya dikkat çeker. "Anâsır-ı Gayr-i Müslim Mekteplerinde Türkçe" yazısında ise bu okullardan Türkçe bilmeden mezun olan çocukları hayretle karşılar. Kadınların eğitimi konusuna verdiği önemi dile getirdiği yazıları da vardır. "Bir Teklif" yazısında (1911), "Osmanlı Hanımları Tamîm-i Maarif Cemiyeti" adıyla bir dernek kurularak yurdun çeşitli yerlerinden getirilecek kadınların eğitilmesini teklif eder.
Küçük yaşta spora ilgi duyan yazar kendini bir sporcu gibi yetiştirmiştir. Köprülü'de bulunduğu sırada askerî rüştiyede kısa bir dönem beden eğitimi öğretmenliği de yapmış, gençleri spor yapmaya teşvik etmiştir. Spor eğitiminde de millî bir anlayış sahibidir. Batılı eğitim modellerinin düşünülmeden Türk çocukları üzerinde uygulanmasına karşıdır. Selim Sırrı Tarcan tarafından okullarda yaygınlaşan Batı tarzı jimnastiği doğal hayatın dışında görerek eleştirmiştir. Bunun yerine güreş, binicilik, koşu gibi sporları önerir.
Eğitim konusuna bakışlarını hikâyelerinde de bulmak mümkündür. "Ant" ve "Falaka"da falaka ve dayak üzerinden eski tarz eğitim eleştirilir. "Meh-mâ-emken" hikâyesinde kopyacılıkla elde edilen diploma ve rütbeler, "Gurultu" ve "Kurbağa Duası"nda eğitim hayatındaki ikilik ve okullardaki bazı idareci ve eğitimciler eleştirilir. Hikâyelerinde iğneleyici bir dil de kullanan yazarın "Açık Hava Mektebi" hikâyesindeki Müfat Bey adlı kahraman dönemin eğitimcilerinden İsmayıl Hakkı Baltacıoğlu'nu temsil etmekte, Baltacıoğlu'nun kendi kendine eğitim ve açık hava okulu gibi fikirleri bu kahraman üzerinden eleştiriye tâbi tutulmaktadır.
Genç yaşta ölen Ömer Seyfettin'in hikâye, şiir ve diğer nesirleri ölümünden sonra değişik dönemlerde Ali Canip Yöntem (1938), Şerif Hulusi Sayman (1950), Tahir Alangu (1962-64), Fevziye Abdullah Tansel (1972), Muzaffer Uyguner (1970-1997), Hülya Argunşah (1997-2001) ve Nazım Hikmet Polat (2015, 2016) tarafından bir araya getirilerek kitaplaştırılmıştır.
