Trabzon'da dünyaya geldi. Babası tüccar Salih Zihni Efendi, annesi Güller Hanım'dır. Hafız olan annesinin nezaretinde küçük yaşta hıfzını tamamladı. Çok geçmeden yetim ve öksüz kalınca babaannesi tarafından büyütüldü. Hem rüştiyeyi hem idâdîyi birincilikle bitirdi. Öğrencilik yıllarında Trabzon Çarşı Camii'nde imamlık yaptı. Yüksek tahsil için 1899 yılında İstanbul'a geldi. 1907'de Dârülmuallimîn-i Âliye'den, 1911'de Dârülfünun Edebiyat Şubesi'nden mezun oldu. Burada Mehmet Akif, Hoca Şevket Bey, Babanzâde Ahmed Naim, İzmirli İsmail Hakkı gibi hocalardan ders aldı. Dârülfünun yıllarında Fatih Camii dersiâmlarından eski Âyan Meclisi Reisi Mustafa Âsım Efendi'den ilm-i kelam, yine Fatih dersiâmlarından eski fetva emini Muğlalı Ali Rızâ Efendi'den fıkıh ve fıkıh usulü, Ali Fehmi Câbiç Efendi'den Arap edebiyatı okudu; Kenan Rifâî'den Fransızca dersleri aldı.

Cerrâhî şeyhi Fahreddin Efendi, Abdülhakim Arvâsî, Kenan Rifâî, Mehmet Zahit Kotku gibi döneminin manevi önderleriyle yakın münasebetler kurdu. Kendisini resmî görevleri ile sınırlamadı.

İlk görevi İstanbul Sultânîsi'nde Arapça muallimliğidir (1912). Mütareke döneminde Vasat Ali Paşa Camii'nde imamlığa başladı ve bu vazifesini on yıl sürdürdü. 1925'te İstanbul İmam ve Hatip Mektebi'nde Arapça muallimliğine tayin edildi. Bir süre sonra İstanbul Sultânîsi'ne geçtiyse de harf inkılabı sonrası Arapça dersleri kaldırılınca İmam ve Hatip Mektebi'nde Türkçe derslerine girdi. Aynı dönemde Darüşşafaka'da Arapça dersleri de verdi. 1 Eylül 1930'da Üsküdar Orta Mektebi'ne Türkçe muallimi oldu. Ekim 1934'ten itibaren beş yıl Kabataş Erkek Lisesi'nde yurt bilgisi dersleri verdi. Ardından Gelenbevî Ortaokulu'nda üç yıl görev yaptı. 16 Aralık 1942'de Vefa Lisesi'ndeki edebiyat ve felsefe muallimliği ise 1 Ağustos 1947'ye kadar sürdü. O yıl yaş haddinden emekliye ayrıldı.

Bundan sonra da eğitimciliğe devam etti. 1949'da açılan İmam-Hatip Kursu'na müdür ve öğretmen tayin edildi. 17 Ekim 1951'de açılan İstanbul İmam-Hatip Okulu'nun kurucu müdürü oldu. Son vazifelerinden biri, açılışı için fikrî destekte bulunduğu İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü'nde iki yıl devam eden kelam ve ilm-i tevhit dersleriydi.

Resmî muallimliğinin yanında özel dersler de vermiş, İmam-Hatip Okulu'ndan talebeleri Bekir Topaloğlu, Yahya Kutluoğlu, Selahattin Kaya ve İsmail Karaçam'a Îsâgûcî okutmuştur. Hafız Cevdet Soydanses'e Arapça, Fransızca ve matematik; Kâzım Büyükaksoy ve İlhan Ayverdi'ye de iki yıl Arapça dersleri vermiştir. Ayrıca Adnan Menderes'in oğulları İstanbul'a geldikçe Fatin Rüştü Zorlu'nun evinde onlara Kur'an öğretmiş ve din dersleri vermiştir (Kurucu, 2014: 212). Hayatı boyunca ilme, öğrenmeye ve öğretmeye verdiği öneme binaen kendisine "Celal Hoca" diye hitap edilmiştir.

İmam-Hatip Yetiştirme Kursu'nda muallimlik yaptığı dönemde bu kursların bir daha geniş müfredatlı bir okula dönüştürülmeleri gerektiği kanaati hasıl oldu. Bunun için bir İmam-Hatip Okulu programı hazırladı. Mustafa Sabri Sözeri ile birlikte Maarif Vekili Tevfik İleri ile görüşmek üzere Ankara'ya gitti, Onunla yaptığı üç ayrı görüşme sonrası konu ve program Talim ve Terbiye Kurulu'na havale edilmiş, ancak bir türlü gündeme alınamaması üzerine bunalan Ökten, Başbakan Menderes'in yazılı direktifiyle kurul mevzuyu gündemine almıştır. Kurul kararı müspet çıktı, ancak Kur'an derslerinin Latin harfleriyle işlenmesi şartı konulmuştu. Celal Hoca'nın girişimleriyle üç saatlik Kur'an-ı Kerim dersinin iki saatinin Arapça, bir saatinin Latin harfli olması uygun görüldü.

Açılacak İmam-Hatip Okulu'nun ilk binası, eski Zeyrek Ortaokulu'nun terkettiği ahşap ve bakımsız binasıydı. İmam-Hatip okullarının yaşaması ve halka mal olması için kurucuları arasında yer alan İlim Yayma Cemiyeti'nin orayı satın alıp tamir etmesiyle birkaç ay içinde okul eğitime hazır hale getirildi ve 1951-1952 öğretim yılına yetiştirildi. Mektep açıldıktan sonra da bilhassa İstanbul dışından gelen öğrencilerin beslenme, barınma ve burslarıyla da Celal Hoca ilgilenmiştir (bk. İlim Yayma Cemiyeti).

Celalettin Ökten'in, imam ve müezzinlerin fizik ve kimya okumaları, köylerde görev yaparken hastalara ilk yardım yapacak kadar sağlık bilgisi dersi görmelerine dair tavsiyeleri zaman içerisinde İmam-Hatip Okulu müfredatlarında yerini aldı (bk. İmam-Hatip Lisesi Programları). Celal Hoca yazı veya hatırat konusunda gösterdiği hassasiyet sebebiyle arkasında birkaç makalesi dışında bir neşriyat bırakmamıştır. Ancak İslam felsefesi, sarf, nahiv, edebiyat, felsefe ve ahlak konularında tuttuğu notlarını ve tercümelerini ihtiva eden 100'e yakın defter ile Nurettin Topçu, Hasan Basri Çantay gibi isimlerle ve resmî kurumlarla çeşitli yazışmaları bulunmaktadır. 1000 cildi aşan kitaplığını Süleymaniye Kütüphanesi'ne bağışlamıştır. İstanbul'da vefat eden (1961) Celalettin Ökten'in kabri Edirnekapı'daki Sakızağacı Kabristanı'ndadır.

Kuruluşunda öncü ve emektar olduğu İstanbul İmam-Hatip Okulu başta olmak üzere birçok eğitim kurumunda görev yapan, kişiliği ve ilmî birikimiyle her kesimden insanın saygısını kazanan M. Celalettin Ökten'in öğrencileri ve meslektaşları tarafından yayımlanan hatıratlarda, onun hakkında ve eğitim tarihimizin bilinmeyenleri ile ilgili çok önemli şahitlikler ortaya konulmuştur. Hatice Öztürk hayatını ve meslek geçmişini konu edinen bir yüksek lisans tezi hazırlamıştır. Ayrıca Trabzon, Konya ve Malatya'daki Anadolu İmam-Hatip liselerine ismi verilmiştir.