Büyük Selçuklu dönemi âlimlerinden Fahreddin Râzî'nin (ö. 1210) soyundan gelen Beylikler dönemi ulemasından Cemâleddin Aksarâyî'nin (ö. 1388-89) neslindendir. Bunun için diğer akrabaları gibi "Cemâlî" nisbesini almıştır. Babası Ahmed Cemâlî, Veziriazam Pîrî Mehmed Paşa'nın (ö.1532) babası Şeyh Mehmed Cemâlî /Çelebi Halife'nin (ö. 1497-98) amcasıdır. Pîrî Mehmed Paşa'nın babası Çelebi Halife'nin amcasının oğludur. Taşköprizâde Ahmed Efendi'ye göre adı tam olarak "Alâeddin Ali b. Ahmed b. Mehmed el-Cemâlî"dir. Halk arasında ise fetva isteyenleri bekletmemek için evinin üst katındaki çalışma odasının penceresinden aşağı sarkıttığı zenbil ile soruları alıp cevapları geri gönderdiği için Zenbilli Ali Efendi diye de meşhur olmuştur.
Doğum yeri ve tarihi hakkında dönemin kaynaklarında bilgi bulunmamaktadır. Muhtemelen Aksaray'da doğdu, ilk eğitimini Karaman'da Mevlânâ Hamza'dan aldı. Hocası onu bilgisini arttırması için İstanbul'a gönderdi. Orada Molla Hüsrev'in (1480)'in derslerine devam etti. Ardından Bursa'ya giderek Sultâniye Medresesi müderrisi Mevlânâ Hüsamzâde Müslihuddin Efendi'den ders aldı.
Anadolu'da XII. yüzyıldan sonra ortaya çıkan ilim kurumları, Zenbilli Ali Cemâlî'nin dedelerinden "şeyhü'l-ulemâ" diye de bilinen Fahreddin Râzî'nin eğitim metoduna göre yapılandırılmıştır. Aynı soydan gelen Cemâleddin Aksarâyî, XIV. yüzyılda Osmanlı ülkesinde eğitim öğreimde Fahreddin Râzî ekolünün en büyük temsilcisidir. Yetiştirdiği öğrencileri Anadolu'ya dağılarak onun eğitim metodunu devam ettirmişlerdir. Öğrencileri sultanlara hocalık yapmış, danışman olarak yanlarında bulunmuşlar, aynı zamanda Osmanlı Devleti'nin serpilip gelişmesinde mühim rol oynamışlardır. Bunlardan Fâtih Sultan Mehmed'in hocası ve Osmanlı Devleti'nin ilk şeyhülislamı Molla Fenârî (1431), Cemâleddin Aksarâyî'nin rahle-yi tedrisinde yetişmiş âlimlerdendir. Zenbilli Ali Cemâlî Efendi de bu ekolün önemli temsilcilerinden biridir. Medrese eğitimini tamamlayınca çok geçmeden Fâtih Sultan Mehmed'in dikkatini çekmiş ve ona Edirne'de müderrislik vermiştir.
Karamânî Mehmed Paşa veziriazamlığa getirilince Ali Cemâlî Efendi'ye siyasî rakibi Sinan Paşa (1487) ile arasındaki yakınlıktan dolayı hoş bakmamış; önce İstanbul'daki Beylerbeyi, sonra Sirâciye medreselerine sürmüş ve ücretini düşürmüştü. Bunun yerine veziriazamın baskılarına dayanamayıp görevinden ayrılmış; Konyalı İbn Vefâ'nın (1491)'nın tekkesine devam etmeye başlamıştır. Ancak daha sonra Sultan II. Bayezid Ali Cemâlî Efendi'yi Bursa'daki Kaplıca Medresesi'ne müderris olarak başka bir kaynağa göre ise Amasya müftülüğüne tayin etmiştir.
Her halde bir müddet Amasya'da müftülük yapan Ali Cemâlî Efendi , eğitim öğretim işlerinden kopmak istememiş; sırasıyla Bursa'da Kaplıca , İznik'te Orhâniye, Bursa'da Sultâniye medreselerinde müderrislik yapmıştı. Ardından da İstanbul'da Sultan Medresesi müderrisliğine tayin edildi. İstanbul'da bunca köklü ve ilmî düzeyi yüksek medrese varken ilmî seviyesine uygun olmayan bir medreseye atanmasına gücendi, padişah bu durumu haber alınca Semâniye medreselerinden birini ona verdi (1494-95). Bu görevi sırasında amcasının oğlu Çelebi Halife ile birlikte hacca gitti (1498). O hacda iken Şeyhülislam Efdalüddinzâde Hamîdüddin Efendi vefat etti (1503). Hac dönüşünde yerine Ali Çelebi Cemâlî tayin edildi. Öğrenci de yetiştirmesini isteyen II. Bayezid , İstanbul'da yaptırdığı medresenin müderrisliğini şeyhülislamlığa ek olarak ona verdi. Bundan sonra Sultan Bayezid Medresesi müderrisliğinin şeyhülislamlara verilmesi gelenek haline geldi. Yavuz Sultan Selim (1512-1520) ve Kanûnî Sultan Süleyman dönemlerinden vefatına kadar yirmi dört yıla yakın şeyhülislamlık görevinde kaldı. Naaşı Zeyrek'te daha sağlığında iken yaptırdığı mescit ve mektebin haziresine defnedilmiştir.
Şeyhülislamlık gibi önemli bir görevi yürütmesine rağmen eğitim öğretim işlerinden hiçbir zaman kopmayan Ali Cemâlî Efendi, ömrü boyunca ilmî gelişmeleri takip etmiş ve kendini sürekli yenilemiş bir ilim adamı idi. Bunun için İstanbul'da yazılan eserleri hemen alırdı. İstanbul dışında yazılmış kitapları ise getirtirdi. Dönemin kaynaklarına göre hadis, tefsir, fıkıh, usul, edebiyat, lügat ve nahiv sahasında Osmanlı Devleti'nin önde gelen ilim adamlarından biri idi. Ayrıca tasavvufî yönü de vard. Bundan dolayı bazı eserlerde "sûfî" nispesiyle ve "erbâb-ı hâl, sâhib-i keramet" diye gösterilmiştir. Akrabaları arasında Çelebi Halife ile İshak Karamânî gibi ünlü Halvetiye şeyhleri bulunduğu halde Zeyniye tarikatı şeyhi Muslihuddin Mustafa'ya (ö. 1491)'ya intisap etmiştir. Gerek hayatında gerekse eserlerinde güzel ahlak üzerine vurgu yapmış insanın güzel ahlak ile kâmil olacağını ve Allah'a yakınlık kazanacağını, esas olanın imanda ve ibadette samimiyetle teslimiyet olduğunu ifade etmiştir. Ona göre düşmanlık hissi insanı Allah'tan uzaklaştırır. Kötülüğe buğzetmeli fakat düşmanlık ve kinden uzak durmalıdır. Bu da ilmî tedris, irfan ve irşat ile mümkün olur.
Zenbilli Ali Cemâlî Efendi, yetiştirdiği ilim adamlarıyla da şöhret bulmuş bir âlimdi. Bunların arasında üç oğlu da bulunmaktadır. Büyük oğlu Muhyiddin Mehmed Şah Efendi Târîh-i Âl-i Osmân'ın, diğer oğlu Rûhî Çelebi Tevârîh-i Âl-i Osmân'ın müellifidir. Üçüncü oğlu Fudayl Çelebi'nin ise çeşitli mensur ve manzum eserleri vardı. Dördüncü oğlu Cemâleddin Mehmed de kadılık ve valilikler yapmış bir âlimdi. Ali Efendi'nin yetiştirdiği diğer ilim adamları, Yahyâ b. Nûreddin Hamza Emîn/Emin Köse, Hacı Hasanzâde, Muhaşşî Sinan, Kıratovalı Zaîfî, Abdurrahman b. Ali/Baldırzâde, Yahyâ b. Ömer/Beşiktaşlı Yahyâ'dır.
Eserleri. II. Bayezid adına ahlakla ilgili bir kitap kaleme alan Ali Cemâlî Efendi'nin başlıca eserleri şunlardır: 1. Hanefî fıkhına dair Muhtârât mine'l-Fetâvâ (Fetâvâ-yı Ali Efendi). 2. Fıkha dair Muhtasarü'l-Hidâye. 3. Risâle fî-hakkı'd-deverân (Risâletü'd-Deverân). Bu eserde sufi raksının zikir maksadıyla yapılması durumunda haram olmadığı belirtilir. 4. Risâle fî-cevâzi deverâni's-Sûfiyye. Sufilerin raksına dair bu eser Arapça'dır. Âdâbü'l-evsiyâ adlı ahlaka dair eser, Ali Efendi'ye nispet edilirse de bunun oğlu Fudayl Çelebi tarafından kaleme alındığı tespit edilmiştir.
Hayırseverliği ile de tanınan Zenbilli Ali Cemâlî Efendi, İstanbul'un değişik yerlerinde cami, mescit ve mektepinşa ettirmiştr. Bunlr Galata'da Alaca Mescit, Küçük Mustafa Paşa semtinde Müftü Ali Efendi Camii, Zeyrek Yokuşu'nda Ali Cemâlî Efendi Mescit ve Mektebi, Fatih Kadı Çeşmesi'nde Müftü Ali Camii yakınında Müftü Hamamı'dır.
