İstanbul Dârülfünunu bünyesinde bir Türklük araştırmaları merkezi kurulması fikri ilk defa 1911 yılında İstanbul'da yapılan bir konferansta gündeme gelmiştir. Sonraki yıllarda İstanbul'da kurulan Türk Derneği, Türk Yurdu Derneği, Türk Bilgi Derneği ve Türk Ocağı gibi kuruluşlar aynı amaca yönelik olarak kurulmuşsa da Türk Ocağı dışındakiler uzun ömürlü olmamışlardır. Yukarıdaki derneklerin hemen hemen tamamında üye ya da hars heyeti azası olarak vazife yapan M. Fuat Köprülü, 1924'te İstanbul Dârülfünunu Edebiyat Fakültesi dekanlığına atanmış ve akabinde altı ay sürecek Millî Eğitim Bakanlığı müsteşarlık vazifesi için Ankara'ya gitmiştir. Ankara'da İstanbul Dârülfünunu'na bağlı bir enstitü kurulması fikrini bu sırada bakanlık vazifesini yürütmekte olan İzmir Türk Ocağı'nın kurucularından Vasıf Çınar'a aksettirmiş, onun da bu fikre olumlu bakması üzerine mesele Bakanlar Kurulu'nda görüşülmüş, 12 Kasım 1924'te 1111 sayılı karar ve sekiz maddelik bir talimatname ile karara bağlanmıştır. Enstitünün "elinde meşale tutan bozkurt" simgeli ambleminin bizzat Atatürk tarafından tespit edildiği zikredilse de bu konuda mehaz yoktur.

Enstitünün kurucusu ve ilk müdürü M. Fuat Köprülü bir makalesinde enstitünün kurulmasında en önemli katkıyı dönemin Maarif Vekili Vasıf Çınar'ın yaptığını belirtmektedir. Sekiz maddelik talimatnamesinin birinci maddesinde enstitünün kuruluş gayesi şöyle açıklanmıştır: "Türklüğe ait bilumum ve ma'rifet şubeleri hakkında tedkikat ve neşriyatta bulunmak ve Türkiye haricindeki müessesât-ı mümâsile ile te'sîs-i revâbıt ederek beynelmilel bir merkez-i ilmî vazifesini ifa etmek." Diğer yedi madde enstitünün işleyişiyle ilgilidir ve enstitünün masraflarının Edebiyat Fakültesi'nin bütçesinden karşılanması da bu maddeler arasında yer almaktadır. Müdür vazifesinde bulunacak şahsa bu vazifesinden dolayı herhangi bir maaş verilmeyeceği talimatnamede zikredilmiştir.

Enstitünün kurulmasının ardından bir yıl geçmesine rağmen ödenek ayrılmadığı için M. Fuat Köprülü herhangi bir faaliyette bulunamamış, dönemin Maarif Vekâleti müsteşarı Nâfi Atuf'a (Kansu) enstitü ile alakalı olarak gönderdiği bütün mektuplar cevapsız bırakılmıştır. Hamdullah Suphi Tanrıöver'in 1925'te Maarif vekili olması üzerine kendisine bir mektup yazarak yardım istemiştir. Pek çok kaynakta enstitünün Atatürk'ün isteği üzerine kurulduğu ifade edilse de Köprülü'nün Hamdullah Suphi'ye gönderdiği mektuptan bu bilginin doğru olmadığı anlaşılmaktadır. Köprülü enstitünün faaliyete başlayabilmesi için yeni Maarif vekilinden kadro ve bütçe talep ederek ayrıca müdür muavinliği namıyla Zeki Velidi'yi de Berlin'den İstanbul'a getirmek istemiştir. Enstitüye tahsis edilecek paranın büyük kısmı neşriyata sarfedilecektir ve böylece devlete diğer taraftan varidat da temin edecektir. Enstitünün yayın organı olacak Türkiyat Mecmuası'nı çıkarma gayesini Köprülü şöyle açıklamaktadır: "Üç ayda bir 80-200 sahifeden mürekkep olarak intişar edecektir. Mecmuada bibliyografya ve bibliyografyanın tenkitlere ait makaleleri neşredilecek ve böylece bütün dünyada ve Türkiye'de Türkiyat'a ait yapılan bilumum tetkikattan, makale ve kitaplardan, yeni cereyanlardan bahis bulunacaktır. Ayrıca Şark ve Garp kütüphanelerinde Türklüğe müteallik yazma eserler hakkında da malumat verilecektir. Tenkide en salahiyettar âlimler tarafından yapılacağı cihetle, mecmuanın beynelmilel ilim âleminde bir mevki-i mümtaz kazanması mucip olacaktır. Fransız, Alman, Macar, Rus Türkologları'nın da iştiraki temin edilecektir." Tahsisatı temin eden Köprülü 1925'te Türkiyat Mecmuası'nın ilk sayısını neşretmiş ve Türkoloji dünyasında büyük bir etki meydana getirmiştir. İlk iki sayısı dışında dergi 1928'den itibaren Latin harfleriyle neşredilmiştir. Dergi Köprülü'nün enstitüden ayrılmasından sonra çıkmaya devam etse de eski ehemmiyetini kaybetmiştir. Dergi günümüzde de yayımlanmaktadır.

M. Fuat Köprülü'nün çabalarıyla Türkiyat Enstitüsü'nün himayesi altında neşredilen ikinci önemli dergi 1931'de çıkarılmaya başlanan Türk Hukuk ve İktisat Mecmuası'dır. Yazarları arasında M. Fuat Köprülü, Zeki Velidi Togan, Abdülkadir İnan, Ömer Lütfi Barkan, Ahmet Caferoğlu gibi ilim adamları bulunan bu dergi vasıtasıyla hukuk ve iktisat sahasındaki millî meselelerin incelenmesi arzu edilmiştir. İlk sayıda Köprülü tarafından kaleme alınan "Bizans Müesseselerinin Osmanlı Müesseselerine Tesiri" isimli makalesi ilim dünyasında çok yankı yapmıştır. Bu makale daha sonraki yıllarda kitap olarak da neşredilmiştir. Yurt içinden daha çok yurt dışından ilgi gören derginin ikinci sayısı 1939'da neşredilmiş, Köprülü'nün siyasî hayata atılması ve ardından gelen yöneticilerin de neşriyatı devam ettirmemesi sonucunda yayın hayatı sonlanmıştır.

Türkiyat Enstitüsü 1924-1963 yılları arasında İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi'ne bağlı olarak faaliyetlerini yürütmüş, 8 Ağustos 1963'te Türkiye Büyük Millet Meclisi'nde kabul edilen 11475 sayılı kanunla yeni bir yönetmelik hazırlanmış ve 1981'e kadar bu yönetmelikle faaliyetlerini yürütmüştür. 1981'de yürürlüğe giren 2547 sayılı Yükseköğretim Kurumu kanunu ile enstitünün statüsü değiştirilerek kadrosu ve bütçesi olmayan bir merkez haline getirilmiştir. Bu durum Türkoloji dünyasında şaşkınlık yaratmış ve yapılan itirazlar üzerine İstanbul Üniversitesi Senatosu 22 Aralık 1988 tarih ve 14 sayılı toplantısında enstitünün eski statüsüne kavuşturulması isteğiyle Yükseköğretim Kurulu'na (YÖK) müracaat etmiştir. Yükseköğretim Kurulu yeni bir kanun taslağı hazırlayarak başbakana takdim etmiş ve bu sırada Sovyet Sosyalist Cumhuriyetleri Birliği'nin dağılmasının da etkisiyle hükümet Türkiye Büyük Millet Meclisi'ne bir kanun teklifi sunmuştur. Sunulan teklif 1991'de mecliste kabul edilmiş ve 3699 sayılı kanunla İstanbul Üniversitesi'ne bağlı Türkiyat Araştırmaları Enstitüsü kurulmuş ve yeni kadrolar verilerek rektörlüğe bağlanmıştır. Aynı kanun ve isimle Marmara Üniversitesi'nde de bir enstitü kurulmuş ve kadro verilmiştir.

Türkiyat Enstitüsü'nün kuruluşundan günümüze kadar müdürlüğünü yapan bilim insanları şunlardır: Mehmet Fuat Köprülü, Reşit Rahmeti Arat, İsmail Hikmet Ertaylan, Cavit Baysun, Fahir İz, Ahmet Caferoğlu, Mehmet Kaplan, Sadettin Buluç, Ali Alparslan, Mertol Tulum, Kemal Eraslan, Osman Fikri Sertkaya, Musa Duman, Kemal Yavuz, Hayati Develi, Azmi Bilgin, Fikret Turan, Mustafa Balcı'dır. 1961'de Cavit Baysun'un müdürlük yaptığı dönemde yönetmeliğe, "Türkiyat Enstitüsü müdürleri Edebiyat Fakültesi dekanının Türk dili ve edebiyatı öğretim üyeleri arasından teklifi ve rektörlüğün onayı ile atanır" maddesi ilave edilmiştir.

Enstitünün çalışma sahası 1991 yılına kadar genellikle Türk dili ve edebiyatı sahasına münhasır iken 1991'de çıkarılan 3699 sayılı kanunla bu sahaya Türk tarihi ve sanatı, son yıllarda da Avrasya siyasî, sosyal ve kültür araştırmaları anabilim dalları ilave edilmiş, enstitünün çalışma kadrosu çeşitlendirilmiştir.

Enstitü ilk faaliyetlerine Edebiyat Fakültesi'ndeki bir odada başlamış ve daha sonra İstanbul Üniversitesi Merkez Binası girişinde halen "Profesörler Evi" olarak kullanılan binaya taşınmıştır. Ancak zamanla burasının dar gelmeye başlamasıyla 1948'de Beyazıt Hamamı arkasındaki Seyyid Hasan Paşa Medresesi'ne ve 1989'da Saraçhane'de Fatih Parkı karşısındaki binaya, buranın da depreme dayanıksız olduğu tespit edilince 2020'de önce Fen Fakültesi'nin girişindeki Kuyucu Hasan Paşa Medresesi'ne, aynı yıl içinde de tekrar Seyyid Hasan Paşa Medresesi'ne taşınmıştır. Günümüzde faaliyetlerini burada sürdürmektedir.

Enstitünün yaklaşık 60.000 ciltlik zengin ihtisas kütüphanesinin temelini Sovyet Türkolog Nikolay A. Katanov'dan I. Dünya Savaşı öncesi Zeki Velidi Togan ve Yusuf Akçura'nın gayretleriyle 3000 altın liraya satın alınan kütüphane teşkil etmektedir. Kazan matbuatında Katanov'un kitaplarını satacağı haberi çıkması üzerine Zeki Velidi Togan Yusuf Akçura'ya bir mektup yazarak bu koleksiyonun dağılmaması ve devlet tarafından satın alınmasının Türkoloji ve Türklük araştırmaları için ehemmiyetinden bahsetmiş, Yusuf Akçura da durumu Dahiliye Nazırı Talat Paşa'ya intikal ettirerek kendisinden yardım istemiştir. Bunun üzerine kütüphanenin Osmanlı Devleti tarafından satın alınmasına karar verilmiştir. Sovyet Sosyalist Cumhuriyetleri Birliği'nin dağılmasına kadar Rusya müslümanları hakkında dünyadaki en önemli merkezlerden biri olan bu kütüphane, İstanbul'dan Kazan'a giden Reşid Nail Bey ve Ömer Efendi tarafından teslim alınmış ve I. Dünya Savaşı'ndan kısa bir süre önce Türkiye'ye getirilmiştir. Kütüphanedeki eksik koleksiyonlar ve sayılar için de o sırada Kazan'da yaşamakta olan Zeki Velidi Togan'a ayrı bir bütçe verilmiştir. Zeki Velidi Togan Petersburg'a giderek eksik sayı ve koleksiyonları tamamlamış ve İstanbul'a göndermiştir. Savaş sırasında İstanbul'da bir depoda muhafaza edilen kitaplar daha sonra Süleymaniye Kütüphanesi'nin ilk müdürü olan ve Mekteb-i Harbiye'de uzun yıllar Rusça muallimliği yapan iktisatçı Musa Akyiğitzade tarafından tasnif edilmiş, 1924'te enstitünün kurulmasıyla da 7325 ciltlik nadir eserler buraya devredilmiştir. Daha sonraki yıllarda satın alma, bağış ve mübadele ile kütüphane hayli zenginleşmiştir. Kütüphaneye kitap ya da arşivini bağışlayan ilim, fikir ve sanat adamları şunlardır: Musikişinas Hüseyin Sadettin Arel, tarihçi Hamit Ongunsu, yazar Halit Ziya Uşaklıgil, Azerbaycanlı Sultan Beg, Ahmet Hamdi Tanpınar, Mehmet Behçet Yazar, Muharrem Ergin, Osman Nedim Tuna, sanat tarihçisi Oktay Aslanapa. En son 2015'te Ömer Kul'un çabalarıyla Edirnekapı İlçe Halk Kütüphanesi depolarında saklanmakta olan meşhur siyasetçi ve düşünür Ahmet Ağaoğlu'na ait 4500 kitap enstitü kütüphanesine kazandırılmıştır. Enstitü kütüphanesinde kitaplara ilaveten Türk dili ve edebiyatı, Türk tarihi ve sanatı konularında da 3000'e yakın lisans, yüksek lisans ve doktora tezi de bulunmaktadır.

Enstitünün 1973-1988 yılları arasında düzenli aralıklarla yürüttüğü on dört millî ve milletlerarası kongrelerde Türk tarihi, edebiyatı, dili, sanatı, folkloru gibi çeşitli konularda 3500 civarında tebliğ sunulmuş ve bunların hemen hemen tamamı neşredilmiştir. Bu millî ve milletlerarası kongreler günümüzde seyrek olarak yapılabilmektedir. Enstitü günümüzde daha çok Türk dili, edebiyatı, tarihi ve sanatı konularında yüksek lisans ve doktora yapılan bir merkez haline gelmiştir.