Asıl adı Eflatun Reşid Güney'dir. Cem mahlasını eserlerinde kullanmıştır. Ahmed Hurşid Bey'le (1876-1902) Sivaslı ev hanımı Hayriye Hanım'ın (ö. 1903 [?]) küçük oğludur. Babasının tayin edildiği Ma'mûretülazîz'e bağlı Hekimhan'da doğdu. Aslen Sivaslı'dır. Kendisine Reşid adı, Sivas Valisi Reşid Mehmed Paşa'ya hürmeten verilmiştir. Altı yaşında babasını, yedi yaşında annesini kaybetti. Amcası Hekimhan Posta ve Telgraf Müdürü Mehmed Şevket Bey (1871-[?]) tarafından yetiştirildi.

Eğitimini Sivas'ta tamamladı. I. Dünya Savaşı bittiğinde Sivas Sultânîsi'nin (lise) edebiyat bölümünden mezun olup öğretmenliği hak eden tek öğrencisiydi. 12 Eylül 1918-1920 yılları arasında Konya Öksüzler Yurdu'nda Türkçe öğretmeni ve müdür yardımcısı olarak çalıştı. Millî Mücadele yıllarında Konya Müdâfaa-yı Hukuk Cemiyeti'ndeki çalışmalarıyla Millî Mücadele'ye destek oldu. Kuvâ-yı Milliye'nin yayını Öğüt gazetesinde yazarlık yaparken "Kuvâ-yı Milliye Marşı"nı yazdı. Bu dönemde ilk dergisi İrşad'ı çıkardı, kendi şiirlerini Matem Sesleri adıyla bastırdı. 1920'de Ankara'da Türkiye Büyük Millet Meclisi'nin zabıt kâtipliği teşkilatını kurmakla görevlendirildi. Lise edebiyat öğretmeni olarak atandığı Eskişehir işgal altında iken İstiklal dergisini çıkardı (1921). Bu arada Ankara'da ilk Maarif Kongresi'ne (15-21 Temmuz 1921) katıldı. 1921-1923 yılları arasında Kayseri Lisesi'ne Türkçe öğretmeni olarak atandı, Nâfi Atuf Kansu ile Mîsâk-ı Millî gazetesini çıkardı. 1923-1928 yılları arasında mezun olduğu Sivas Sultânîsi'nde Türkçe ve edebiyat öğretmeni olarak görev yaptı. Bu dönemde Sivas'ta iştirak ettiği milliyetçi çizgideki Muallimler Birliği (Cem'iyet-i Muallimîn) ve Türk Ocakları'nda yöneticilik yaptı; Sivas Muallimler Birliği'nin idare heyetine seçildi (5 Mart 1926), sonra başkanı oldu. Bu derneğin çıkardığı Dilek mecmuasının son sayısında (Haziran 1923), "Dünkü ve Bugünkü Seciye", "Sonbahar ve Kış" adlı şiirleri ve yazılarıyla yer aldı.

1923-1924 yılları arasında çıkan Sivas Türk Ocağı yayını olan Birlik dergisinde yazılar yazdı. 1925'te Maarif Vekâleti Mütehassıslar Komisyonu'na seçildi ve ders kitaplarının tespitinde Reşat Nuri Güntekin, Hasan Âli Yücel, Ali Canip Yöntem'le beraber çalıştı. 1927'de Sivas İdâdîsi'ne bu defa öğretmen olarak atandı. 1928'de Türk Halk Bilgisi Derneği'nin Sivas muhabiri oldu; bu derneğin yayını Halk Bilgisi Mecmuası'nda Âşık Ruhsatî'nin hayatı ve eserleriyle ilgili makale yazdı. Muzaffer Sarısözen'e türkü derlemelerinde destek oldu. Hazırladığı Erzurumlu Emrah başlıklı eser 1928'de Sivas Türk Ocakları Şubesi tarafından bastırıldı. Sivaslı öğretmenlerle Muallimler Birliği'nin neşri Duygu ve Düşünce dergisini çıkardı; ayrıca yerel Kızılırmak gazetesinin çıkmasına katkıda bulundu.

1928 yılında yeni açılan Samsun Lisesi'ne müdür yardımcısı olarak görevlendirildi. 1929'da Samsun'da çıkan Dilek ve Duygu dergisini yönetti. Daha sonra Afyon Lisesi'ne müdür başyardımcısı olarak atandı. Afyon Halkevi tarafından 19 Kasım 1932 tarihinde yayımlanmaya başlayan ve 19 Mayıs'ın önemine binaen her ayın 19'unda çıkarılan Taşpınar dergisini imtiyaz sahibi olarak yönetti. 1933-1944 yılları arasında Kütahya Lisesi'nde öğretmenlik yaparken bir yandan da yerel gazetelerde yazarlık ve yazı işleri müdürlüğü yaptı. Kendisi son olarak 1944-1950 yılları arasında İstanbul Haydarpaşa Lisesi öğretmenliğinde bulundu.

1950'lerde Topkapı Sarayı Müzesi müdür yardımcılığına getirilen Eflatun Cem Güney, burada nadir eserleri, eski Maarif Nezareti Arşivi'ni inceledi. 1956'da ise İstanbul İl Millî Eğitim müdür yardımcısı oldu. Ayda iki defa İstanbul Radyosu'nda ve TRT'de yaptığı "Bir Varmış Bir Yokmuş" programlarında edebî üslupla okuduğu Türk masallarıyla büyük ilgi gördü, "Masalcı Baba" diye meşhur oldu. Radyo programlarına eski köy odaları ve kahvehanelerdeki sözlü edebiyatı yansıtmakta çok yetenekliydi. 1952'de Nasreddin Hoca'nın 252 fıkrasını derleyerek neşretti. 1956'da Açıl Sofram Açıl ve 1960'ta Dede Korkut Masalları ile Danimarka Andersen Payesi Şeref Diploması ve Dünya Çocuk Yazını Sertifikası'nı kazandı. 1961'de emekliye ayrıldıysa da 1970'e kadar Halk Eğitimi Başkanlığı ve halk eserleri hazırlamak gibi resmî vazifelerle ilgilendi. İstanbul İl Millî Eğitim Müdürlüğü'nün 29 Mayıs 1972'de adına düzenlediği törende kendisine "Devlet Kültür Armağanı" ödülü verildi.

Eflatun Cem Güney'in Sivaslı Naciye Hanım'la 1922'de yaptığı evlilikten dört çocuğu oldu. 1974'te gözlerinde oluşan ileri katarakt yüzünden evine kapandı, ömrünün son yıllarında görme yetisini kaybetti. 2 Ocak 1981 tarihinde İstanbul Ataköy'de vefat etti ve Karacaahmet Kabristanı'na defnedildi. Ailesi kütüphanesini Topkapı Sarayı Müzesi Kütüphanesi'ne bağışladı.

Aldığı terbiye ve eğitimle Osmanlı bakiyesi bir aydın olan Eflatun Cem Güney, yeni kurulan Türkiye Cumhuriyeti'nin millî kimliğinin teşekkülünde folklordan yararlanmanın önemine dikkat çeken ilk eğitimcilerdendir. Türk eğitim sisteminin teşekkülüne katkısı yanında sözlü kültürü derleme, akademik araştırma ve eğitimde kullanma üzerine birçok çalışmaya imza atmıştır. Farklı illerde çıkardığı dergiler ve yetiştirdiği insanlarla Anadolu'da dergicilik faaliyetlerinin gelişmesine katkısı büyüktür. İrşad, Birlik, Duygu ve Düşünce, Dilek ve Duygu, Taşpınar, Ege ve Çukurova, Kadro, Türk Folklor Araştırmaları gibi dergilerde ayrıca Öğüt, İstiklal, Mîsâk-ı Millî, Kızılırmak, Kütahya, Vakit gibi yerel gazetelerde folklor ve edebiyat konulu yazılarında öğretmen adaylarına Anadolu insanını sevdirmiştir. Türk köylüsünün anlayacağı dilde yazdığı kılavuz eserleriyle halkın bilgilenmesine, Cumhuriyet'in ve Atatürkçü düşüncenin benimsenmesine vesile olmuştur.

Eflatun Cem Güney, Cumhuriyet devri çocuk edebiyatının ilk temsilcilerindendir. Derlediği ve yeniden ürettiği Türk masalları Avrupa'da birçok dile çevrilmiştir. 1945'te yayımlanmaya başlayan çocuk dergisi Doğan Kardeş'te uzun süre Türk masallarını, efsanelerini, halk hikâyelerini ve deyimleri çocukların anlayacağı üslupla tanıtmıştır. Öte yandan gittiği illerde kurdurduğu "gezici köy kitaplıkları" da halkı ve çocukları okumaya teşvik etmiştir.

Halk edebiyatından aktardığı manzum ve mensur edebî türlerle Türkçe'nin zenginliğini ortaya koyarken masal ve hikâyeleri yeniden üreterek geçmiş ve gelecek arasında köprü kurmuştur. Sözlü gelenekten derleyerek el yazması mecmuaları ve cönkleri tarayarak özgün bir üslupla kaleme aktardığı Türk masalları, destanları, halk hikâyeleri, deyimleri, atasözleri, tekerlemeleri, koşmaları onun sayesinde yok olmaktan kurtulmuştur. Mesela Zindandan Gelen Mektup'u anonim Tahir ile Zühre'den; Onlar Ermiş Muradına ve Aliş'le Maviş'i Dertli Kaval'dan etkilenerek yazmıştır.

Eflatun Cem Güney sözlü edebiyatın canlı tanıklarının anlattıklarını bizzat kayıt altına almıştır. Gittiği illerde yerel halktan derleme yaptığı kişilerden biri, eşinin anneannesi olan Sivas'ın Hafik ilçesi Celalli bucağından 100 yaşını aşkın Emine Aba'dır. Sivas'ta tanıştığı Kangallı Bekir adlı Âşık Meslekî'nin koşmalarını dergi ve gazetelerde yayımlamış; 1953'te yayımladığı Âşık Meslekî kitabında bu âşığı edebiyat camiasına tanıtmış ve âşıklık mesleğine dair önemli bilgiler aktarmıştır. Erzurumlu Emrah hakkındaki en eski ve o devrin en geniş monografisini de Eflatun Cem Güney hazırlamıştır.

Eflatun Cem Güney'in Matem Sesleri, İnsan Çocuğa Ağıtlar başlıklı şiir kitapları yanında çok sayıda masal derlemesi vardır. Bunlardan bazıları şöyledir: Nar Tanesi, Kara Yılan ve Kara Gülmez; Sabır Taşı, Akıl Kutusu; Zümrüt Anka, Altın Heybe; En Güzel Türk Masalları; Açıl Sofram Açıl, Congoloz Baba; Evvel Zaman İçinde; Dede Korkut Masalları; Gökten Üç Elma Düştü; Az Gittim Uz Gittim; Ağlayan Nar ile Gülen Ayva, Al Elma Yeşil Elma, Altın Gergef, Düşmez Kalkmaz Bir Allah, Gözü Yollarda Kalan Ana, Saraydan Uçan Kuş, Yedi Köyün Yüz Karası, Sihirli Köpük, Onlar Ermiş Muradına, Masallar-Sırmalı Pabuç, İncili Yorgan, Sedef Bacı, Hamur Bebek, Perili Ev, Külkedisi, Ak Gün ile Kara Gün, Elmas Beşik...

Güney'in efsane derlemeleri arasında, Bir Varmış Bir Yokmuş -Kara Koyun, Boş Beşik, Yaralı Geyik, Sarı Kız, Salkım Söğüt, Cennet Bursa, Kız Kuyusu, Şahitler Kayası, Pir Dolusu, Gelincik Günü, Üç Elma, Köse Dağı; Halk hikâyesi türünde: Dertli Kaval; Âşık Garip, Kerem ile Aslı, Tahir ile Zühre, Tanrı Vergisi ile Nasreddin Hoca Fıkraları vardır. Bunların yanında inceleme ve antoloji türünde de şu eserleri vermiştir: Erzurumlu Emrah; Âşık Meslekî; Âşık Kâmilî, Âşık Ruhsatî. Halk Şiiri Antolojisi, Halk Türküleri I-II. Folklor ve Eğitim, Folklor ve Halk Edebiyatı. Kulağımıza Küpe Olsun, Köy Odası, Köyün Orta Direği, Çiftçubuk Üzerine, Dağarcık, Hoşbeş, Gözümüz Üstünde Olsun. Dumlupınar'a Doğru; Atatürk Hayatı ve Eserleri; Milli Kurtuluş ve Yeniden Doğuş.