XIX. yüzyılın ikinci yarısında tıp alanında keşifler ve buluşlar birbiri ardına gerçekleşmeye başlamış, Avrupa tıp eğitim ve öğretimi de bu gelişmeler ışığında değişmişti. Sultan II. Abdülhamid tahta çıktığında orduyu modernleştirmek üzere Almanya'dan uzmanlar davet etmişti. Askerî düzenleme yanında ordunun çağdaş bilgilerle donatılmış askerî hekimlere de ihtiyacı vardı. Askerî hekim yetiştiren Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne ile sivil hekim yetiştiren Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye yürütülmekte olan eğitimi ıslah etmek için Almanya'dan ilave uzmanların getirilmesi kararlaştırıldı. Prusya Eğitim Bakanlığı'nın önerisi üzerine; Bonn Üniversitesi'nden R. Rieder ve Hamburg Eppendorf Hastanesi'nden G. Deycke İstanbul'a geldi (Mayıs 1898). Rieder, "Mekâtib-i Tıbbiye-yi Şâhâne müfettişi ve Serîriyât-ı Hariciye ve Dahiliye muallimi" unvanıyla, Deycke de onun yardımcısı olarak göreve başladı (Haziran 1898). İkisine de "mirlivâ" (sivil paşa) rütbesi verildi.

Rieder Paşa, Fransız ekolüne mensup tıp hocalarının kendisine gösterdikleri tepkileri görünce, şimdilik iki tıp okulunda da reform yapmasının mümkün olmadığını düşünüp anlaşmasında bulunan hastane kurma maddesine dayanarak hem hasta bakmak hem de Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne'yi bitirenlere staj okulu olmak üzere bir hastane kurmak istediğini belirtti. Kendisine Sarayburnu'ndaki eski Gülhane Askerî Rüştiyesi binası verildi. Burası aslında, Topkapı Sarayı Bahçesi'ne dahil olan Sarayburnu ve Gülhane'de konuşlanan askerler için yaptırılmış olan Gülhane Asker Hastanesi binasıydı. Sultan Abdülmecid döneminde 1848'de hizmete giren hastanede 14 koğuşta 210 yatak vardı. Kırım Savaşı sırasında Sivastopol'dan gönderilen yaralı Osmanlı askerlerine ayrılmış, 1860 yılında henüz bilmediğimiz bir sebeple lağvedilip, Mekteb-i Harbiye'nin idâdî (lise) kısmına tahsis edilmişti. 1865 yılı başında alınan bir kararla bütün askerî idâdîler birleştirilip Galatasaray Lisesi binasına taşınınca boşalan bina yeniden hastane olarak kullanılmaya başlanmıştı. 1876 yılında Gülhane Askerî Rüştiyesi'ne tahsis edilmiş, 14 Temmuz 1894 depreminde bina zarar gördüğünden boşaltılmıştı.

Rieder Paşa incelemeleri sonunda tıp eğitiminin modernize edilmesi hakkındaki görüşlerini dört raporla ilgililere bildirdi. İlk raporunda Gülhane Askerî Rüştiyesi'nin hastane olarak kullanılabilmesi için neler yapılması gerektiğini anlattı (9 Haziran 1898). Onun görüşleri doğrultusunda tamir ettirilen bina 150 yataklı bir hastaneye dönüştürüldü. Almanya'dan getirtilen araç gereçlerle donatıldı; iki ameliyathane, bakteriyoloji laboratuvarı, preperasyon salonu, sargı salonu, sargı imalathanesi ve ortopedi laboratuvarı kurularak su ve havagazı bağlandı. 30 Aralık 1898 tarihinde Rieder Paşa yönetiminde, "Gülhane Serîriyat Hastanesi ve Tatbikat Mektebi" adıyla açıldı. Aynı yıl Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhane mezunlarına Gülhane'de bir yıl staj yapma mecburiyeti getirildi. İlk öğrencileri 1897 mezunlarıydı. Stajlarını Gülhane'de bitirenler askerî hekim olarak kıtalara tayin ediliyordu. Gülhane'de sıkı bir disiplinle hasta başında klinik eğitime ağırlık verilmekteydi. Öğrenciler sabah 08.00'den akşama kadar kliniklerde uygulamalı eğitim görmekteydi.

O sırada asker hastanelerinde hasta bakımı başka bir iş yapamayacak durumdaki erler tarafından yürütülmekteydi. Bu durumu gören Rieder Paşa 30 Temmuz 1898 tarihli ikinci raporunda; savaş ve barış zamanlarında hizmet verecek hastabakıcılara ihtiyaç olduğunu dile getirip, Almanya'da olduğu gibi bilimsel esaslara dayalı hastabakıcılığın öğretileceği bir okul açılarak askerî hastabakıcılar yetiştirmenin şart olduğuna işaret etmiş ve teskerecilerin (yaralı taşıyan sedyeciler) önemine değinmişti. Rieder Paşa'nın bu raporu üzerine seçilen erlere Gülhane'de hastabakıcılık ve teskerecilik eğitimi verilmeye başlandı (1902). Türkiye'nin bu ilk hastabakıcılık kursunda, yirmi altı saat teorik derslere ilaveten gördükleri uygulamalı eğitim sonunda mezun olmayı başaranlar, hastabakıcı olarak askerî hastanelere tayin ediliyor ve ordu birliklerine gönderiliyordu.

Rieder Paşa, üçüncü raporunda Tıbbiye İdâdîsi ile (Askerî Tıp Lisesi) Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne'nin mevcut programlarının teorik ağırlıklı olduğunu, bu sebeple iyi hekim yetişmesinin mümkün olmadığını dile getirip, pratik derslerin teorik derslerden daha fazla olması gerektiğine dikkat çekmiş, dershanelerin dar ve yetersiz, eğitimde kullanılan araç gerecin ise eski ve az olduğunu ifade etmiştir. Tıp eğitimini; beş yıl tıbbiye idâdîsi, beş yıl da tıp eğitimi olmak üzere on yıl olarak planlamıştı. On yıllık eğitimi tamamlayanlar hekim unvanı alacaklar ayrıca bir yıl da Gülhane'de klinik eğitim göreceklerdi. Bu raporda tıbbiye idadisi ve Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne için Alman modeline göre hazırladığı yeni ders programları da yer almaktaydı (5 Ağustos 1898). Dördüncü raporunda ise Haydarpaşa'da yapımı devam etmekte olan Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne binasında çağdaş tıp eğitimi verilebilmesi için kliniklerin, laboratuvarların ve kütüphanenin nasıl organize edilmesi gerektiğini anlatmıştır (5 Eylül 1898). Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne, 6 Kasım 1903 tarihinde Haydarpaşa'daki anıtsal binasına taşındıktan sonra Rieder Paşa'nın hazırlamış olduğu eğitim programını uyguladı.

Rieder Paşa Gülhane'de müdürlük görevi yanında cerrahî eğitimini de üstlenmişti. Ayrıca erlere hastabakıcılık dersleri veriyordu. Deycke Paşa ise müdür yardımcılığına ek olarak iç hastalıkları, cildiye, kadın ve çocuk klinikleri ile bakteriyolojihane ve röntgen bölümlerini yürütmekteydi. Anatomi, patoloji, histoloji ve otopsi derslerini Rieder Paşa ile Deycke Paşa vermekteydi. Raşit Tahsin (Tuğsavul) sinir kliniğinden, Dr. Hoffman ise masaj (elektrikle tedavi) derslerinden sorumluydu. Hepsinin birer asistanı vardı. Öğrenciler her sabah asistanları nezaretinde bir saat hastalarla meşgul olur, bir saat de hocalarıyla birlikte hasta başında çalışır, ayrıca her gün iki saat klinik derslere girerdi. 1894 yılında ihtisas için Almanya'ya gönderilmiş olan; Kerim Sebati (Görgün/Gürgün/Göker), Âsaf Derviş (Bükey), Süleyman Numan, Eşref Ruşen ve Ziya Nuri  (Birgi) döndüklerinde Gülhane'de muallim olarak göreve başladılar. 1900 yılında Gülhane'de stajlarını tamamlayan ilk öğrenciler, Orhan Abdi (Kurtaran), Hamdi Suat (Aknar), Ziya Hüseyin, Tevfik Recep (Örensoy) ve İhsan Ali'den oluşan ikinci grup Almanya'ya gönderildi. Çağdaş bilgilerle gelen bu kadroların çalışmaları ile modern cerrahî tekniklerle metotlar kullanılmaya, zamanın en ileri klinik ve laboratuvar çalışmaları, deneysel patoloji araştırmaları yapılmaya başlandı.

Rieder Paşa, bir taraftan Gülhane'nin yönetimi ve eğitimi ile ilgileniyor diğer taraftan Haydarpaşa'da yapılmakta olan Mekteb-i Tıbbiye binasının tamamlanması için çaba harcıyordu. Fakat Mekteb-i Tıbbiye binası inşaatını gezerken düştü (1902). Cerrahî kliniğinin sorumluluğunu önce Kerim Sebati (Güngör) sonra da Orhan Abdi (Kurtaran) üstlendi. Uzun bir tedavi sürecinin ardından Rieder Paşa Almanya'ya döndü (1905). Müdür olarak tayin edilen Deycke Paşa da bir süre sonra kendi isteği ile Almanya'ya gidince, 1902'de Rieder Paşa'nın yardımcısı olarak göreve başlamış olan Julius Wieting müdür olarak atandı (1907). Kısa süre sonra II. Meşrutiyet dönemi başladı, Mekteb-i Tıbbiye-yi Şâhâne ile Mekteb-i Tıbbiye-yi Mülkiye birleştirilip, "Tıp Fakültesi" adıyla Dârülfünûn-ı Osmânî'ye bağlandı (1909). Gülhane'nin başarılı hocaları Tıp Fakültesi'nde görevlendirildi. Bunun üzerine Wieting Paşa Harbiye Nezareti'ne verdiği layihalarla Gülhane'nin, Tıp Fakültesi'nden ayrılarak bağımsız bir askerî tıp okulu olmasında ısrar edince, "Gülhane Tabâbet-i Askeriye ve Tatbikat Mektebi" adını aldı. Wieting Paşa ders programına; barışta ve savaşta sıhhî hizmet ve pratik tatbikat, savaşta hekimlerin görevi, savaş cerrahîsi, cerrahî ve tıbbî alet edevat, tıp tarihi ve uluslararası kanunlar, sargı ve acil pansuman malzemesi yapımı, sıhhiye erleri eğitim öğretimi, askerlikte kullanılan ilaçlar, asker hijyeni, bulaşıcı hastalıklar ve zehirlenmeler, topografya, diş hastalıkları, askerî eczacılık gibi askerî hekimlik derslerini ekledi. Ayrıca Gülhane'nin yanındaki Dulhane binasını tamir ettirip üst katını ilaç imalathanesi haline getirdi. Burada harp paketi yanında; ampul, kinin, aspirin, opiata ve dower komprimeleri üretimine başlandı. Balkan Savaşı'ndan sonra organ kaybı yaşayanlar için protez imalathanesi ve diş protez şubesi faaliyete geçirildi.

I. Dünya Savaşı başında kontratı biten Wieting Paşa memleketine döndü, müdürlüğe Dr. Selling, operatörlüğe ise Dr. Brunning tayin edildi (1914). Savaş sona erince Selling ve Brunning Almanya'ya döndü, müdürlük görevine Süleyman Nûman Paşa getirildi (1918). Millî Mücadele sırasında Süleyman Nûman Paşa İngilizler tarafından Malta'ya sürüldü. Ondan sonra Talat Arif Bey ve Tevfik Salim Bey (Sağlam) müdür olarak atandılar. Fransızlar Aralık 1918 tarihinde Gülhane'yi işgal edince Gümüşsuyu Askerî Hastanesi'ne taşınan Gülhane Kurtuluş Savaşı'nın ardından eski yerine döndü ve bir talimatname ile Millî Müdafaa Vekâleti'ne bağlandı (1923).

Orduya askerî hekim yetiştirme yanında tedavi hizmetleri de yürüten Gülhane, II. Dünya Savaşı başladıktan sonra Ankara'ya taşınıp Cebeci Merkez Hastanesi'ne yerleştirildi ve "Askerî Doktor Mektebi ve Kliniği" adıyla gelişmesini sürdürdü (1941). Aynı sene Gülhane'ye bağlı Askerî Hemşire Okulu, ortaokul mezunu kızları kabul ediyor ve askerî hemşire yetiştiriyordu. 1945 yılında kurulan Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Gülhane'nin binasında öğretime başladı. Daha sonra Gülhane Asker Hekimliği Tatbikat Okulu ve Kliniği (1946), Gülhane Askerî Tıp Akademisi (GATA) adını aldı (1947). Bina ve sabit tesislerini Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi'ne bırakarak, Bahçelievler'deki Yedek Subay Okulu ile Mevki Hastanesi'ne taşındı (1953). Ardından Gülhane Askerî Tıp Akademisi Kanunu ile akademi ve tatbikat hastanesi olmak üzere iki kısma ayrıldı (1957). 5 Ocak 1961 tarih ve 230 sayılı kanunla Üniversiteler Kanunu'na bağlandı. Birkaç yıl sonra Etlik'teki yeni binasına taşınan Gülhane Askerî Tıp Akademisi1980'de Askerî Tıp Fakültesi ve Eğitim Hastanesi olarak iki bölüme ayrıldı (1980), Askerî Tıp Fakültesi 6 Ocak 1981 tarihinde eğitime başladı.

31 Temmuz 2016 tarihli Kanun Hükmünde Kararname ile Gülhane Askerî Tıp Akademisi'ne bağlı eğitim hastaneleri Sağlık Bakanlığı'na, yükseköğretim birimleri ise Sağlık Bilimleri Üniversitesi'ne devredilerek askerî kimliklerinden arındırıldı. 2023 itibariyle Gülhane Tıp Fakültesi adıyla faaliyetini sürdürmektedir.