Osmanlı Devleti'nde ilk defa II. Mahmud zamanında padişahın iktidarını/yetkisini paylaştığı Batı tarzında meclisler ve bakanlıklar kurulmaya başlandı. Haziran 1838 tarihinde ülkenin tarım, ticaret, imalat ve sanatının geliştirilmesi, halkın refah seviyesinin yükseltilmesi ve memleketin daha bayındır olması için ilgili konuları müzakere ederek önerilerde bulunması için Meclis-i Ziraat ve Sanayi adıyla bir meclis oluşturuldu. Bâbıâli'de kurulan ve beş üyeden oluşan Meclis-i Ziraat ve Sanayi'nin başkanlığına Hariciye Müsteşarı Nûri Efendi atandı. Hariciye Nezareti bünyesinde kurulan Meclis-i Ziraat ve Sanayi'ye yurt içinden ve yurt dışından yüksek maaşla üye olarak atanan uzmanların hazırladığı raporların Hariciye Nazırı Mustafa Reşid Paşa aracılığı ile padişaha arzedilmesi kararlaştırıldı. Meclis-i Ziraat ve Sanayi'ye, görüşülen konuların şer'î yönü için bir müftü ile tercüme işleri için bir tercüman ve bir de kâtip atandı. Bu meclisin kurulmasında Mustafa Reşid Paşa'nın etkisi açıktı. Meclis-i Ziraat ve Sanayi'nin görüştüğü konular çok farklı alanlara dairdir ve meclisin mevcut ismi yaptığı işi tam olarak yansıtmamaktaydı. Bu yüzden Meclis-i Ziraat ve Sanayi ismi daha sonra Meclis-i Umûr-ı Nâfia olarak değiştirildi.
Meclis-i Umûr-ı Nâfia, kuruluşundan yaklaşık bir yıl sonra 20 Temmuz 1839 tarihinde gördüğü işlerin niteliği göz önüne alınarak Ticaret Nezareti'ne bağlandı. Ticaretle ilgili konular görüşüldüğü sırada beratlı Avrupa ve hayriye tüccarı temsilcileri de hazır bulunuyordu. Pazartesi, salı ve çarşamba olmak üzere haftada üç gün toplanan mecliste alınan kararlar Türkçe ve Fransızca olarak kaydediliyordu. 18 Ağustos 1841 tarihinde Meclis-i Umûr-ı Nâfia'nın üyesi bulunan müftü ile diğer kâtip ve üyelerinin bir kısmının görevine son verildi. Ardından üye atamaları yenilenmeyerek Ticaret Nezareti ile ticaret mahkemesi İstanbul Gümrük Emaneti'ne ilhak edildi. Bunun üzerine 13 Aralık 1841 tarihinde Meclis-i Umûr-ı Nâfia ilga edildi. Dolayısıyla Meclis-i Umûr-ı Nâfia'nın yetki ve görevleri de İstanbul Gümrük Emaneti'ne aktarılmış oldu.
Umûr-ı Nâfia Nezareti'nin Ekim 1848 tarihinde kurulması üzerine gördüğü işler dikkate alınarak ihtisaslaşmanın bir gereği olarak Meclis-i Ziraat yeni kurulan bu nezarete bağlandı. Esaslı bir değişikliğe uğrayan Meclis-i Ziraat'ın ismi de 8 Mart 1849 tarihinde Nâfia Meclisi olarak değiştirildi. Nâfia Meclisi'nin görevi de kamu binaları, köprüler ve yolların yapımı ile tamiri gibi alanlar olarak belirlendi. Ebniye Müdürlüğü de Ebniye Muavinliği'ne dönüştürülerek, Ebniye Meclisi de Umûr-ı Nâfia Nezareti'ne bağlandı. Böylece imar ve inşa konusunda Bâbıâli'ye gelen taleplerin Nâfia Nezareti'ne, Nâfia Nezareti'nin de Ebniye Meclisi ile Nâfia Meclisi'ne havale etmesi kararlaştırıldı. Yapılacak imar faaliyetleri için gerekli kerestenin temini, ormanların tahribinin önlenmesi, sahil bölgelerinde orman yetiştirilmesi, İstanbul'da kaldırımların yapımı ve tamiri gibi konular da bu meclislerin faaliyet alanlarına dahil edildi.
Bu düzenlemeden yaklaşık bir hafta sonra 14 Mart 1849 tarihinde Ticaret Nezareti ile Nâfia Nezareti birleştirildi. Bu düzenlemeyle birlikte Nâfia Meclisi de tekrar Ticaret Nezareti bünyesine dahil edildi. Meclis-i Nâfia önce on altı üyeli iken daha sonra yirmi üyeye çıkarıldı. Nâfia Meclisi, ülkenin kara ve demir yolları ile bayındırlığı konusunda önemli çalışmalar yapmıştır. Ancak zaman zaman ehliyet ve liyakat esaslı olmayan atamalar yüzünden Nâfia Meclisi'nin kuruluş amacına tam olarak hizmet edemediği dile getirilmiştir. Bu hususlar da dikkate alınarak 31 Ekim 1857 tarihinde uzmanlaşmanın bir gereği olarak Nâfia Meclisi'nin bir alt şubesi olarak Meclis-i Maâbir kuruldu. Meclis-i Maâbir de yol, köprü, kanal ve bina gibi bayındırlık işlerini üstlenerek yerli-yabancı mühendis ve uzmanlar atandı. Meclis-i Nâfia ise tarım ve sanayi konularına bakmak üzere eski halinde vazifesine devam etti. 29 Eylül 1858 tarihinde ise Meclis-i Nâfia'nın yetkileri Meclis-i Maâbir'e aktarılarak lağvedildi.
Meclis-i Umûr-ı Nâfia, 1838 yılında tesisinin ardından İstanbul dahilinde zorunlu hale getirilen ilk mekteplerin (sıbyan mektepleri) üzerinde ve yükseköğretime hazırlık olmak üzere "selâtîn-i izâm mektepleri" adıyla ikinci kademe mekteplerinin de açılmasını teklif etti. Meclis-i Umûr-ı Nâfia'nın bu teklifini uygulamak amacıyla aynı yıl Mekâtib-i Rüşdiye Nezareti adında müdürlük düzeyinde bir idare heyeti teşkil edildiyse de bu nezaretin çalışmaları ile mekteplerin bir derece üstünde yaygın orta mekteplerin açılması mümkün olamadı. Bunun yerine devletin memur ihtiyacını hızla karşılamak amacıyla orta mekteplerin nüvesini teşkil edecek olan iki mektep İstanbul'da açıldı.
Geleneksel Osmanlı düzeninde sivil bürokraside her daire usta-çırak ilişkisi ile bir mektep gibi kendi kâtiplerini yetiştirirdi. Ancak bu bürolara genellikle devlet adamları ve üst düzey kâtiplerin kefaletiyle istihdam sağlanırdı. 1838'de liyakat ve ehliyet sahiplerinin terfilerini temin için ilk defa imtihan usulüne geçildi. II. Mahmud, kamuda istihdam edilecek memurların yetiştirilmesi için Sultan Ahmed Camii mahfilinde Mekteb-i Maârif-i Adliye (Mekteb-i İrfan), Süleymaniye Camii civarında da Mekteb-i Ulûm-ı Edebiye adıyla iki mektep açtı. Mektep mezunlarından imtihanla kamuya memur (özellikle maliye ve dış işlerine) alımı planlandı. Derslere daha önce kamuda istihdam edilenlerin de katılabilmesi sağlandı. 11 Şubat 1839 tarihinden bir müddet sonra eğitime başlandı. İlk imtihan üst düzey devlet ricalinin ve halkın da katılımıyla 1 Mayıs 1841 tarihinde yapıldı. 1842 yılında mektebin fiilî talebe sayısı bürolardan gelen memurlarla birlikte 386 kişi idi.
Süleymaniye'deki mektebe daha çok sıradan halkın çocukları kaydolurken Sultan Ahmed Camii bitişiğindeki mektebin devlet ricali çocuklarından (paşazade ve beyzade) oluştuğu için daha prestijli olduğu belirtilmektedir. Buradaki talebelerin bursu olmamasına karşın Süleymaniye'deki talebelere bir miktar burs verilmiştir. Sultanahmet'teki mektebin sınıfları yeşil, sarı ve kırmızı olmak üzere üç odadan müteşekkildi. İmtihanda başarılı olanlar bu renkli odalara terfi ettiriliyordu. Süleymaniye'deki talebeler kubbeli taş mektepte tahsil görmüştür. Mektebin dört tarafında bulunan rahlelerin her biri bir sınıf olarak kabul edilmiş ve birinci, ikinci, üçüncü ve dördüncü sınıf olarak isimlendirilmiştir.
Bu iki mektepte medrese geleneğine çok benzeyen derslerin verildiği dikkat çekmektedir. Kâfiye ve Molla Câmî'ye kadar ders işlenmiş, her yıl yapılan imtihanda başarılı olanlar devlet dairelerine alınmıştır. 1862'de Mekteb-i Maârif-i Adliye ilga edilerek yerine Mekteb-i Aklâm (Mahrec-i Aklâm/Mekteb-i Maârif-i Aklâm) kuruldu. Meclis-i Vâlâ'nın 2 Eylül 1847 tarihli kararıyla daha önce sınavsız olarak kalemlerde istihdam edilen üst düzey kâtip çocuklarının da sınavla istihdamı kararlaştırıldı.
Memleketin daha bayındır olması için gerekli konuları müzakere eden ve karara bağlayan reform meclislerinden biri olan Meclis-i Umûr-ı Nâfia tarihî seyir içinde farklı nezaretlere bağlandı. Geleneksel kurumların yerine ikame edilen yeni nezaretler ve meclislerin ihtisaslaşma sürecinin de zaman aldığı dikkate alındığında bu yapısal zorluklar anlaşılabilir. Bu bağlamda Meclis-i Umûr-ı Nâfia kuruluşunun hemen akabinde eğitim alanında yaptığı teklifle maarif tarihimize önemli bir katkı yapmıştır. Öyle ki Meclis-i Nâfia'nın teklifinin ardından ilk iki örneği İstanbul'da kurulan rüştiye (ortaokul) düzeyindeki mektepler süreç içinde ülkenin tamamını içine alacak şekilde yaygınlaştırılmıştır.
