Osmanlı eğitim sisteminin temel unsuru sayılan medreselerin Cumhuriyet'e intikal eden son halkasıdır. II. Meşrutiyet döneminde gerçekleştirilen kapsamlı ıslahat ve modernizasyon çalışmaları sonucunda tesis edilmiş ve varlığını 3 Mart 1924 tarihli Tevhîd-i Tedrisat Kanunu'na kadar devam ettirmiştir.

II. Meşrutiyet'in ilanıyla birlikte öteden beri medreselerde ihtiyaç duyulan ıslahatın hayata geçirilmesine fırsat bulunmuştur. 12 Şubat 1910 tarihinde Fatih Tabhane Medresesi'nde sadrazam ve diğer bazı devlet ricalinin katılımıyla yapılan merasimde medreselerdeki eğitim usulünün ıslah edilerek fen bilimleri kapsamındaki derslerin de müfredata dahil edileceği ilan edildi.

Medreselerde gerçekleştirilmek istenen düzenlemelerin ilk somut adımı 27 Şubat 1910 tarihinde yayımlanan Medâris-i İlmiye Nizamnamesi'yle atıldı. Kırk sekiz maddeden oluşan nizamname ile medreselerin eğitim öğretim ve yönetimine ilişkin pek çok düzenleme ile birlikte klasik medrese yapısının dışına çıkılarak mekteplerdeki yapılanmaya benzer bir düzenleme getirildi. Özellikle sınav ve sınıf geçme sistemi planlanarak fen bilimleriyle alakalı dersler programa dahil edildi. Bu derslerin okutulacağı yeni dershanelerin açılması hedeflendi, ancak birtakım olumsuzluklardan ötürü bu teşebbüsten bir sonuç elde edilemedi (bk. Medâris-i İlmiye Nizamnamesi).

Osmanlı medreselerinde kapsamlı ve esaslı düzenleme II. Meşrutiyet devri şeyhülislamlarından Mustafa Hayri Efendi döneminde (16 Mart 1914-6 Mayıs 1916) gerçekleşebilmiştir. 15 Mart 1914 tarihli Hatt-ı Hümâyunla şeyhülislâmlık makamına getirilen Mustafa Hayri Efendi'nin, öncelikli görevlerinden biri medreseleri günün ihtiyaçlarına göre yeniden yapılandırmak ve iyi bir şekilde idare etmekti

Bu çerçevede önce İstanbul'daki medreselerin envanteri çıkartılmış, medreselerin öğrenci kayıt defterleri üzerinde güncellemeler yapılmıştır. Ardından İstanbul'daki medreselerin teftiş edilmesi ve sağlık şartları açısından ikamete ve barınmaya elverişli olanlarının belirlenmesine geçilmiştir.

İstanbul'daki medreseleri tek tek dolaşan kurum doktoru tarafından hazırlanan "Ders Vekâleti Medrese ve Müderris Defteri"ne göre İstanbul dahilinde toplam 185 medreseden yetmiş dördünün Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi kapsamına alınmasının uygun olacağı yönünde kanaat belirtilmiş, ancak bazı değerlendirmeler ve beklenmedik durumlar sebebiyle ilerleyen süreçte ıslahat kapsamına alınan medrese sayısında düşüşler olmuştur.

Mustafa Hayri Efendi'nin şeyhülislamlık görevine gelmesinin ardından, yaklaşık yedi aylık süre zarfında gerçekleştirilen yoğun çalışmalar sonunda hazırlanmış olan 1 Ekim 1914 tarihli Islâh-ı Medâris Nizamnamesi'nin "Esbâb-ı Mûcibe Lâyihası"nda medreselerin yeniden düzenlenmesinin ve geliştirilmesinin amaçlandığı bir kez daha ortaya konulmuş, bu kapsamda bir nizamnamenin kaleme alındığı belirtilmiştir.

Layiha, İstanbul'un muhtelif yerlerinde mevcut olan medrese binalarından gerekli şartları taşıyanlara ilaveten tadilat ve küçük tamiratlarla öğrencilerin ikametine müsait hale getirilme mümkün olan medreselerin belirlenerek tek bir medrese sayılmasını, belirlenen medreselerin tek bir merkezden idare edilmesini amaçlamıştır. Bu çerçevede ıslahat programına alınan İstanbul medreselerinin Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi çatısı altında toplanması uygun görülmüştür. Layihada dinî ilimler ve fen ilimleri alanlarına ait derslerin tam mânasıyla on iki senede öğretilebileceği hususunun tecrübeyle sabit olduğu belirtilmiştir. Bu ilimlere ait derslerin çeşitlerine ve ağırlığına göre sınıflara taksim edilmesine karar verilmiştir. On iki yıllık süreyi tamamlamadan medreseden ayrılacak olan öğrenciler için ilmî düzeyleri seviyesinde topluma faydalı olmalarını sağlamak amacıyla, toplam eğitim süresinin tâlî kısm-ı evvel, tâlî kısm-ı sânî ve kısm-ı âlî adı verilen dörder yıllık kısımlara ayrılması yönüne gidilmiştir. Daha düzenli yönetilmesini temin amacıyla her bir kısmın başına bir genel müdür tayin edilmiştir.

Eğitim süresi yanında öğrenci kontenjanının belirlenerek sınırlandırılması yoluna da gidilmiştir. Bu kapsamda orta derecede eğitim verilen kısm-ı tâlî için 2080, yüksek düzeyde eğitim verilen kısm-ı âlî için 800 olmak üzere toplam 2880 öğrenci kontenjanı tahsis edilmiştir. Tâlî kısımda her şubenin kontenjanı azami altmış beş öğrenci ile sınırlandırılmış; her sınıf düzeyinde oluşturulacak dört şubede toplam 260 öğrenci olmak üzere kısm-ı evvel için 1040, kısm-ı sânî için 1040 öğrenci kontenjanı belirlenmiştir. Yüksek kısımda ise her şubenin kontenjanı elli öğrenciyle, dört şubeden oluşan her bir sınıf düzeyindeki kontenjan ise 200 öğrenciyle sınırlandırılmıştır.

Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi'nin on iki yıllık eğitim süresini tamamlayanlardan veya örgün eğitimin dışında ilmî açıdan yeterliliğini sınav sonucunda ortaya koyanlardan şer'î ilimlerde ihtisas yapmak arzusunda olanların, yine Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi'nin bünyesinde oluşturulacak Medresetü'l-mütehassısîn kısmında eğitim görmeleri uygun görülmüştür. İhtisas eğitimi için Sultan Selim Camii avlusundaki I. Abdülhamid Medresesi tahsis edilmiştir. Tefsir ve hadis şubesi, fıkıh şubesi, kelâm-tasavvuf ve felsefe şubesi olmak üzere üç ihtisas bölümü bulunan Medresetü'l-mütehassısîn'in yönetimi de diğer kısımlarda olduğu gibi bir genel müdürün sorumluluğuna verilmiştir.

Yeni düzenlemeyle derslerin dağılımında müderris ve muallimlerin ehliyet ve ihtisasları dikkate alınarak branşlarında maharet ve ihtisas sahibi olanların görevlendirilmesi yönüne gidilmiştir. Gerek doğa bilimlerinin müfredat kapsamına alınması gerekse ders dağılımında branşlaşmaya gidilmesi medreseler için gerçekleştirilen önemli yenilikler olmuştur. Bu kapsamda hendese (geometri), mevâlid-i selâse ve mâ'lûmât-ı zirâiye (tabiat ilmi), hıfzıssıhha, hikmet-i tabîiye (fizik) ve kimya, mihânik (fizik ilminin kuvvet ve hareket bölümü), riyâziyat (matematik), müsellesat (trigonometri), heyet (astronomi), ilm-i iktisat ve mâlî, ilm-i içtima (sosyoloji) gibi dersler programa dahil edilmiştir.

Layihada medreseye kayıtlı öğrencilerin her türlü geçim kaygısından uzak, gönül rahatlığı ile derslerine yoğunlaşmalarının temini açısından yiyecek ve giyeceklerinin karşılanması da güvence altına alınmış, bu konuda bir talimatnamenin hazırlanması karara bağlanmıştır.

Getirilen önemli düzenlemelerden bir diğeri ise medreselerin teftişiyle ilgili olmuş, bu kapsamda Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi'nin teftiş ve denetimini gerçekleştirmek üzere yeniden oluşturulan Hey'et-i Teftîşiye için 3 Nisan 1915 tarihli "Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi Hey'et-i Teftîşiyesine Mahsus Talimatname" yayımlanarak yürürlüğe girmiştir.

Şeyhülislam Mustafa Hayri Efendi döneminde gerçekleştirilen düzenlemeye göre Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi'ne başvuran öğrencilerin giriş sınavında çok az bir farkla başarısız olmaları halinde ihzârî (hazırlık) sınıfında bir yıl eğitime tâbi tutulmasına karar verilmiştir. Üsküdar'da Atik Valide Medresesi ve Tekkesi'nde eğitim ve barınma imkânı sağlanacak olan bu öğrencilere, bir yıl müddetle Kur'an-ı Kerim, ma'lûmât-ı dîniye, Türkçe, hesap, coğrafya, tarih ve hüsnühat derslerinin verilmesi planlanmış, böylece medresenin giriş sınavına hazırlanmaları sağlanmıştır. Bir yıllık eğitim vermek üzere açılmış olan Üsküdar'daki hazırlık sınıfının eğitim süresi 1916-1917 eğitim öğretim yılında iki yıla çıkartılarak yeniden düzenlenen programa lügat-ı Fârisiye ve ilm-i eşyâ dersleri ilave edilmiştir.

1 Ekim 1914 tarihli Islâh-ı Medâris Nizamnamesi'nin ekinde yer alan ilk ders programında, tâlî kısmın her sınıfı için haftada yirmi dört saat olmak üzere toplam 192 saat ders yükü belirlenmiştir. Kırk altı çeşit dersin okutulduğu kısm-ı tâlîde derslerin yaklaşık %33'ü İslamî ilimler alanına ait olup %29'u dil ve edebiyat, %11'i tarih ve coğrafya, %6'sı felsefe, %9'u riyâzî ilimler, %7'si ise tabii ilimler grubuna ait dersler şeklinde belirlenmiştir. Programda %5 oranında genel bilgi derslerine de yer verilmiştir.

1914-1915 eğitim öğretim yılı sonuna gelindiğinde Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi'nde gerçekleştirilen genel sınavların sonuçları dikkate alınmak suretiyle otuz sekiz üyeden müteşekkil bir encümen tarafından gerçekleştirilen müzakereler sonucunda ders programı yeniden düzenlenmiştir. Bu düzenlemede dikkat çeken yenilik, programa terbiye-yi bedeniye ve Fransızca, İngilizce ve Rusça gibi elsine-yi Ecnebiye derslerinin ilavesi olmuştur. Gerçekleştirilen düzenlemeyle İslamî ilimler kapsamındaki derslerin bir kısmının âlî kısma kaydırılmış olması sebebiyle kısm-ı tâlîde İslamî ilimlerin toplam ders yükü içerisindeki payı %23'e gerilemiştir. Kısm-ı âlîde ise %71'i bulan İslamî ilimler ağırlıklı olmak üzere, ayrıca ilm-i felsefe, ilm-i terbiye, hikmet-i teşrî', ilm-i hukuk ve kavânîn ile edebiyât-ı Arabiye derslerinin okutulduğu bir program ortaya çıkmıştır.

8 Mayıs 1916 tarihli hatt-ı hümâyunla şeyhülislamlık görevine tayin edilen Mûsâ Kâzım Efendi döneminde 2 Nisan 1917 tarihli Medâris-i İlmiye Hakkında Kanun yayımlanarak Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi'nde bazı düzenlemelere gidilmiştir. Bu düzenlemeler eğitim süresinin kısaltılması ve devre/kısım adlarının Fâtih Sultan Mehmed'in kurduğu sistemdeki adlara dönüştürülmesiyle sınırlı kalmıştır. Ancak medresenin çatı ismi olan Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi ismine dokunulmamış, tâlî kısm-ı evvelin adı ibtidâ-yı hâriç, tâlî kısm-ı sânînin adı ibtidâ-yı dâhil, kısm-ı âlînin adı ise Sahn olarak değiştirilmiştir. Daha önce dörder yıllık devrelere ayrılan medresenin kısımları ise üçer yıla indirilmiş, böylece medresenin eğitim süresi on iki yıldan dokuz yıla çekilmiştir. İhtisas kısmı olan Medresetü'l-Mütehassısîn'in ismi ise Süleymaniye Medresesi olarak değiştirilmiş, bu kısmın bölümleri tefsir ve hadis şubesi, fıkıh şubesi, kelam ve hikmet şubesi ile edebiyat şubesi şeklinde düzenlenmiştir.

Mûsâ Kâzım Efendi'nin gerçekleştirdiği en önemli düzenleme ise taşra vilayetlerindeki medreselerden uygun görülenlerin peyderpey "Beş Senelik Taşra Medârisi" kapsamına alınarak meşihata bağlanması şeklindeki uygulamanın iptali olmuştur. Medâris-i İlmiye Hakkında Kanun ile taşra medreselerinin tamamı meşihata bağlanmış, böylece daha önce Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi'nin birer şubesi olarak ıslahat kapsamına alınmış olan taşradaki medreseler için kullanılan "Beş Senelik Taşra Medârisi" yerine "Taşra Medârisi" adı kullanılmaya başlanmıştır.

Bu dönemde ibtidâ-yı hâriç ve ibtidâ-yı dâhil kısımlarının ders programında dört defa tadilat gerçekleştirilmiştir. Son düzenlemeyle derslerin yaklaşık %21'i İslamî ilimler grubuna, %42'si dil ve edebiyat grubuna, %10'u tarih ve coğrafya grubuna, %11'i matematik grubuna, %6'sı ise doğa bilimleri grubuna ait dersler şeklinde tasarlanmıştır. Programda ayrıca %7 oranında herhangi bir gruba dahil edilmeyen genel bilgi içerikli dersler vardır. Yine programa mantık dersi ile ders saatleri dışında uygulanmak üzere terbiye-yi bedeniye dersi konulmuştur. İki defa tadilat yapılan Sahn kısmı ders programı ise %49'u İslamî ilimler ağırlıklı olmak üzere %29'u dil ve edebiyat, %18'i felsefe grubu derslerinden oluşmuştur. Ayrıca programa mâ'lûmât-ı hukukiye dersi de ilave edilmiştir.

Türkiye Büyük Millet Meclisi dönemine gelindiğinde (23 Nisan 1920-3 Mart 1924), Şeyhülislam Mustafa Hayri Efendi ile halefi Mûsâ Kâzım Efendi'nin medreselerle ilgili uygulamaya koydukları düzenlemelerin Anadolu'da benimsenmesi ve halkın Ankara'daki Büyük Millet Meclisi'nden kendi beldelerinde de bu medreselerden açılması yönünde yoğun talepte bulunması üzerine 8 Mayıs 1921 tarihli Medâris-i İlmiye Nizamnamesi hazırlanarak yürürlüğe konulmuştur. Yirmi dokuz maddeden oluşan nizamnamede medreselerin eğitim öğretim, yönetim ve disiplin işleriyle müfredatı ayrıntılı bir şekilde tespit edilmiş, Osmanlı Devleti'nin son yıllarındaki medrese ıslahatının tecrübesinden yararlanılmıştır.

Medâris-i İlmiye Nizamnamesi ile medreseler iki gruba ayrılmış, birinci grupla dârülhilâfe medreseleri, ikinci grupla da medâris-i atîka yani geleneksel medresenin ıslahı sonucunda ortaya çıkan ve medâris-i ilmiye adıyla anılan İstanbul dışındaki medreseler ifade edilmiştir. Adı anılan nizamname ile geleneksel usullerle eğitim veren Anadolu'daki medreseler hedeflenmiştir. Nizamnamenin gerekçe kısmında belirtildiği üzere Büyük Millet Meclisi'nin yönetimi altında bulunan yerlerde daha önce açılmış olan on dört Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi de ikinci bir medrese modeli olarak muhafaza edilmiş, adı geçen medrese için müstakil bir talimatname hazırlanarak yürürlüğe konulmuştur.

Büyük Millet Meclisi tarafından 1922 senesinde hazırlanan Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi Talimatnamesi'nde Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi kapsamındaki bütün medreselerin bu talimata tâbi olacağı belirtilmiş, talimatnameye göre Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi Şer'iye Vekâleti'nin bünyesinde yer alan Tedrisat Müdüriyet-i Umûmiyesi'ne bağlanmış ve bir önceki dönemde ibtidâ-yı hâriç, ibtidâ-yı dâhil ve Sahn medresesi ile Medrese-yi Süleymaniye kısımlarına dokunulmamıştır. İbtidâ-yı hâriç medreseleri bünyesindeki ihzârî (hazırlık) sınıfları ise korunmuş, medresenin her kısmının, bir müdürün başkanlığında oluşturulan idare heyeti tarafından yönetilmesi karara bağlanmıştır.

8 Mayıs 1921 tarihli Medâris-i İlmiye Nizamnamesi'ne göre Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi mezunlarının görev ve iş alanlarının daha önceki mevzuatta belirlendiği şekliyle korunduğu anlaşılmaktadır. İbtidâ-yı hariç ve ibtidâ-yı dâhil medreselerinden mezun olanlar için şehadetname, Sahn medresesi ile Medrese-yi Süleymaniye'den mezun olanlar için ise icazetname düzenlenmiştir. Ancak Medrese-yi Süleymaniye'den icazetname almaya hak kazanabilmek için öğrencinin son sınıf sınavlarında başarılı olmasının yanında bölüm müderrisleri tarafından belirlenecek bir konu hakkında yazacağı risalenin/tezin yine bu müderris grubu tarafından kabul edilmesi zorunlu kılınmıştır.

İbtidâ-yı hâriç mezunlarının köy camilerinin imam ve hatiplikleri ile muallimliklerine, yine bu görevlere eş değer memuriyet görevlerine; ibtidâ-yı dâhil mezunlarının ise hâfız-ı kütüplüklere, mahalle camilerinin imam ve hatipliklerine, ibtidâî ve numune mekteplerinin ulûm-ı dîniye muallimliklerine ve bunlara eşdeğer memuriyetlere tayin edilmeleri kabul edilmiştir.

Sahn mezunları, Meşihat ve Evkaf Nezareti'nin yazı işleri memurlukları ile müftülük müsevvitliklerine, taşrada kurulan ibtidâ-yı dâhil ve ibtidâ-yı hariç medreselerinin müdür, müdür muavinliği ve muallimliklerine, teşkilat kapsamına alınmayan yerleşim birimlerinin merkez müderrisliklerine; tabur imamlıklarına ve bu görevlere eş değer memuriyetlere tayin olunmaları mümkün olmuştur.

Medrese-yi Süleymaniye mezunları ise ihtisas derecelerine göre Dârülhilâfeti'l-aliyye Medresesi müderrisliği, müdürlüğü ve müdür muavinliği ile müftülük görevlerine, ayrıca Sahn teşkilatına dönüştürülen taşra medreselerinin müdür ve müderrisliklerine, mekâtib-i umûmiyenin ulûm-ı dîniye ve Arabiye muallimliklerine, fetvahane müsevvitliklerine, kürsü şeyhliklerine, sefaret ve alay imamlıkları ile bunlara eşdeğer olan diğer memuriyetlere tayin edilmişlerdir.

3 Mart 1924 tarihli Tevhîd-i Tedrisat Kanunu'na istinaden medreselerin kapatılması öncesinde Anadolu'da dârülhilâfe kapsamındaki medrese sayısı otuz sekize ulaşmıştır.