Kadı/nâip mektebi olan Muallimhâne-yi Nüvvâb'ın adı, otuz yılın ardından Mekteb-i Nüvvâb oldu. Ders müfredatı genişletilen ve maaşlı staj uygulaması getirilen Mekteb-i Nüvvâb da yirmi beş yıl daha eğitim öğretim faaliyetlerini yürüttü. 1909 yılında da Mekteb-i Nüvvâb'ın adı Mekteb-i Kudât olarak değiştirildi ve ders müfredatı bir defa daha genişletildi.

Bu çerçevede şeyhülislamlıkta Encümen-i Islâhât-ı İlmiye tarafından hazırlanan düzenleme 27 Ocak 1909 tarihinde Şeyhülislam Mehmed Cemâleddin Efendi tarafından Bâbıâli'ye arzedilerek Mebusan Meclisi'ne sunuldu. Ardından 28 Şubat 1909 tarihinde de Şûrâ-yı Devlet tarafından Maarif Nezareti'ne havale edilerek incelenmesi istendi. 20 Mart 1909 tarihinde Mekteb-i Hukuk müdürü, Mekteb-i Kudât mezunlarının hem şer'î memuriyetlerde hem de Mekteb-i Hukuk mezunlarının görev alanlarında memur olabilmelerine dair maddeye itiraz etti. 11 Nisan 1909 tarihinde Maarif Nezareti de Mekteb-i Nüvvâb'ın ders programlarını istedi.

Bu müzakereler devam ederken Muallimhâne-yi Nüvvâb müdüriyeti antetli ve 17 Nisan 1909 tarihli tezkirede Maarif Nezareti'nin 27 Mart 1909 tarihli tezkiresine cevap verildi. Bu cevaba göre yapılan düzenleme ile Mekteb-i Nüvvâb adı Mekteb-i Kudât olarak değiştirildi. Mektebe giriş (duhul), eğitim (tedris) ve mezuniyet (huruç) prosedürü izah edildi. Mektebe giriş için aday iyi halini ve akaide kadar ders görmüş olduğunu ispat edecekti. Hiçbir sınıfın talebe sayısı belirlenen sayının üstüne çıkarılmayacaktı. İmtihanda talebenin kabiliyetini ve donanımını ölçmek için iki defa sarf, nahiv, mantık, meânî, beyan, vaz', ilm-i usul ve ilm-i kelamdan "müsabaka" imtihanı yapıldıktan sonra başarılı olanlar mektebe kabul ve kaydedilecekti. Her sene sonunda nizamnamede beyan olunduğu üzere imtihanla ehliyetini ispat edenler bir üst sınıfa terfî edecek ve dört yılın sonunda şehadetname almaya hak kazanacaklardı.

Bu düzenlemenin amacı şer'î ve hukukî bilgi donanımına sahip kadı/nâip yetiştirmekti. Bunun için de ders müfredatı genişletildi ve mektebin adı Mekteb-i Kudât olarak değiştirildi. Tahsilini tamamlayıp mezuniyet ruûsü alacaklar derecelerine göre Meclis-i İntihâb'ın uygun görmesiyle bütün şer'î memuriyetlerde istihdam edileceklerdi.

Mekteb-i Kudât'ın idare heyeti bir müdür, bir muavin, bir kâtip, iki mubassır ve maiyetlerinde iki odacı ve bir kapıcıdan oluşacaktı. Müdür ve muavin ile mubassırlar Meclis-i İntihâb'ın tensibi ile şeyhülislamlık tarafından tayin olunacaktı; ancak müdürün tayini için padişah iradesine ihtiyaç duyulacaktı. Müdürün görevi Mekteb-i Kudât'ın dâhilî inzibatına, talebenin iyi hallerine ve davranışlarına ve talebenin derslerine nezaret etmek, talebenin mektebe giriş imtihan ve kabul prosedürü ile mektebin bütçesine göre harcama yapmaktı. Müdür her sene sonunda mektep muallimleriyle müzakere ederek gerekli görülecek ıslahatı şeyhülislamlığa arzedecekti.

Mektep dahilinde adaba ve mektebin nizamına aykırı hareket eden talebe, müdür tarafından ilkinde nasihat, ikincisinde tembih, üçüncüsünde ise hey'et-i tâ'limiye ve talebe huzurunda alenen cezalandırılacak, son noktada ise hey'et-i tâ'limiyenin görüşü şeyhülislama arzedilerek Meclis-i İntihâb kararıyla kaydı silinecekti. Mektep dışında işlenen suçlar için de Meclis-i İntihâb kararıyla ceza verilecek veya kaydı silinecekti. Derse özürsüz devam etmeyen muallimlerin maaşlarından günlük kesinti yapılacak, devamsızlığın uzaması halinde ise Meclis-i İntihâb tarafından azledilerek yerine başka biri tayin olunacaktı. Mektebin diğer çalışanları için de benzer bir süreç işletilecekti.

Mekteb-i Kudât'ın ders müfredatı sırasıyla; Dürer, Mecelle, sakk-ı şer'î, ferâiz ve defter-i kassâm, kanûn-ı arâzî, usûl-i muhâkeme-yi hukûkıye, icra kanunu, kanûn-ı cezâ, usûl-i muhâkemât-ı cezâiye, tanzîm-i i'lâmât-ı hukûkıye ve cezâiye, ticâret-i berriye kanunu, ticâret-i bahriye kanunu, kitâbet-i resmiye, hukûk-ı düvel dersleri şeklinde idi.

Gerek sınıf imtihanlarında gerekse mezuniyet imtihanlarında Dürer dersi en fazla 20, en az 10 puan, diğer derslerden ise her biri en fazla 10, en az 3 puan itibar olunacaktı. Esas mizan denilen yıl sonu ortalaması ise Dürer'den 12, diğer derslerden 6'şar puan olarak hesaplanacaktı. Nihayet Dürer'den 10 diğerlerinden 3'er puandan daha düşük puan alıp genel ortalamayı tutturamayanlar sınıf terfîsine ve mezuniyet ruûsüne nail olamayacaklardı. Dürer'den 18 ve diğer derslerden ortalama dokuz puan alanlar "aliyyülâlâ", Dürer'den 16 ve diğer derslerden 8'er puan alanlar "âlâ" ve Dürer'den 12 diğer derslerden 6'şar puan alanlar ise "karîb-i âlâ" derecesiyle sınıf geçecek veya mezun olacaktı.

Sınıf terfisi ve mezuniyet imtihanları her dersin muallimi ve ihtisas erbabından iki mümeyyiz tarafından Meclis-i İntihâb-ı Hükkâm'dan iki zatın nezareti altında yapılacaktı. Sınıf imtihanlarında sorulacak sualler tedrisat dairesine münhasır olacağı gibi mezuniyet imtihanında da talebe ancak son senede okudukları derslerden imtihan olunacaktı.

Mezuniyet imtihanında başarılı olan talebeye derecesini de gösterir mezuniyet ruûsü, merasimde mezunlara şer'î ahkâma ve Kanûn-ı Esâsî ahkâmına aykırı davranmayacağına dair yemin ettirilerek verilecekti. Üst üste iki sene sınıf geçemeyenler ile mezuniyet imtihanında üç sene başarılı olamayanların kayıtları silinecekti. Bu düzenlemenin icrasından şeyhülislamlık sorumlu olacaktı.

Bu düzenlemeden yaklaşık bir yıl sonra 16 Ağustos 1910 tarihinde Beyânülhak'ta "Mekteb-i Kudât İmtihanı" başlıklı bir yazı neşredildi. Bu yazıda da ifade edildiği gibi Mekteb-i Kudât'a öteden beri sözlü ve yazılı iki imtihanla talebe alınmaktaydı. Bu usule rağmen eskiden imtihansız bir sınıfın da varlığı ehliyet ve liyakatli talebe seçiminde bir eksiklikti. Meşrutiyet ile birlikte bu imtiyaz ve usulün kaldırıldığına vurgu yapıldı. Memnuniyetle ifade edilen bir konu da Mekteb-i Kudât'ta talebenin Mekteb-i Hukuk'ta aldığı dersleri de görmeleri olduğuna vurgu yapıldı. Mekteb-i Kudât talebesinin şer'î hukuka dair dersleri de görmesi bakımından daha üstün bir donanıma sahip olacağına işaret edildi.

18 Ağustos 1910 tarihinde Dârülfünun mezunlarının bir kısmının imtihansız Mekteb-i Kudât'a girme talepleri üzerine Şeyhülislam Cemâleddin Efendi, Şûrâ-yı Devlet'te tedkikte bulunan nizamnameye hususi bir madde eklenerek bu taleplerin de karşılanabileceğini Maarif Nezareti'ne bildirdi.

29 Kasım 1910 tarihinde Şeyhülislam Mûsâ Kâzım Efendi Mekteb-i Kudât talebe sayısının bu yıl artmış olması ve şer'î mahkemelerde istihdam edilecek memurlar için hususi bir sınıf teşkil edilmesi üzerine mevcut mektep binasının yeterli gelmediğini sadarete arzetti. Çözüm olarak da Cağaloğlu'nda bulunan Muallimhâne-yi Nüvvâb'ın Mekteb-i Kudât'a tahsis edilmesini istedi. Bu mümkün olmazsa da yeterli finans sağlanarak yeni bir mektep inşasını talep etti. 8 Aralık 1910 tarihinde Maârif-i Umûmiye Nezareti bu talebi gayrikabil buldu.

13 Mayıs 1912 tarihinde Beyânülhak'ta "Mekteb-i Kudât Yahud Medresetü'l-Kudât Binâ-yı Cedîdi" başlıklı bir yazı neşredildi. Yazıda Mekteb-i Kudât'ın mezunlarının Arapça bilen ve belli bir kabiliyet ve yeterlilikteki talebe içinden seçildiğine mezunlarının memleketin en donanımlı hâkimleri olduğuna işaret edilerek Mecelle'nin yeterli gelmediği konularda fıkıh kitaplarından gerekli bilgiyi çıkaracak ve adaletle hükmedecek yeterlilikte oldukları ifade edildi. Dolayısıyla Mekteb-i Kudât'ın ihtiyaçlarının karşılanması ve medreselerin en kıymetlisi olması sebebiyle adında bulunan "mektep" ibaresinin yerine "medrese" ifadesi eklenerek "Medresetü'l-kudât" denilmesini teklif etti.

Ahmed Şîrânî imzalı 19 Temmuz 1913 tarihli haberde mektep yerine medrese ifadesini kullanarak Medresetü'l-kudat'tan on altı talebe "aliyyülâlâ"; on beş talebe "âlâ"; bir talebe de "karîbü'l-âlâ" derecesiyle mezun oldu. Mekteb-i Kudât müdüriyeti görevini İstanbul müderrislerinden Kayserili Mahmud Hamdi Efendi ile Karesi Şeyhi Eğinli Mehmed Rahmi Efendi yaptı. İki müdür de Mekteb-i Nüvvâb mezunu idi.

Görüldüğü gibi kadı/nâip mektebi olan ve modern usullerle eğitim öğretim yapan Mekteb-i Nüvvâb'ın adı 1909 yılında da Mekteb-i Kudât olarak değiştirildi ve ders müfredatı genişletildi. Ancak Mekteb-i Hukuk ile eşitlenen ders programına rağmen Mekteb-i Kudât'ın Mekteb-i Hukuk mezunlarının iş sahası ve yetkisini kullanma talepleri kabul edilmedi. Mektebin ilk mezunları arasında aliyyülâlâ derecesiyle mezun olan tanınmış fakih Erzurumlu Ömer Nasuhi Efendi de yer almıştı.