Mısır'ın Büyük İskender tarafından ele geçirilmesi sonrasında Nil deltasında büyük bir şehir inşa etmek politikasıyla milattan önce 332 yılında kuruldu. Afrika, Asya ve Avrupa gibi üç kıtanın kara ve deniz yollarının kesiştiği bir mevkide bulunan şehir, kısa süre içerisinde dünyanın en büyük ticaret kentlerinden biri oldu ve değişik kültürlerin etkisine açık olarak gelişti.

Roma İmparatorluğu ikiye ayrılınca Doğu Roma yani Bizans toprakları içinde kalan İskenderiye, Bizans-Sâsânî savaşları ve hıristiyan mezhepleri arasındaki çatışmalardan dolayı zamanla sıkıntılı günler geçirmeye başladı. 619-628 yılları arasında kısa süre İran hakimiyetine girdiyse de İskenderiye'deki Bizans egemenliği 642 yılındaki İslam fethine kadar devam etti.

Hz. Ömer zamanında Kudüs'ün ele geçirilmesinden sonraki süreçte Amr b. Âs kumandasındaki İslam orduları tarafından İskenderiye İslam topraklarına dahil edildi. Fetihten sonra yapılan antlaşma ile halkın din hürriyeti güvence altına alındı ve talep edenlerin şehirden ayrılmalarına izin verildi. Şehir 645 senesinde bir ara Bizans'a tekrar geçtiyse de ertesi sene geri alındı.

Emevîler döneminde de İskenderiye büyük ilgi gördü. Şehirde bayındırlık ve imar faaliyetlerine hız verildi.

Abbâsî egemenliğinde de şehir Abbâsî deniz gücünün üssü oldu. 868 yılında vali olarak tayin edilen Tolunoğlu Ahmed döneminde İskenderiye'ye yeni surlarla Bâbülkarâfe, Bâbüreşîd, Bâbülbahr ve Bâbüsidre isimli yeni giriş kapıları inşa edildi.

İskenderiye daha sonra İhşîdîler'in idaresine geçti. 969 senesinde ise Fâtımî egemenliğine girdi. Bu dönemde gerek ticarî faaliyetlerden gerekse dinî ve ilmî öneminden dolayı Avrupa, İspanya ve Afrika'nın diğer bölgelerinden İslam memleketlerine gitmek isteyenlerin uğradıkları şehir haline geldi.

Memlükler zamanda yapılan bayındırlık faaliyetleri ile İskenderiye daha da gelişmiş bir şehir haline geldi. Fakat XIV. asır ortalarında istikrarsızlık ve ortaya çıkan veba salgınları neticesinde şehrin nüfusunda ciddi bir kırılma oldu. Bu süreçte zaman zaman dışarıdan da saldırıya uğrayan şehir tahribata uğradı. Sultan Kayıtbay zamanında yapılan medrese ve camilerle tekrar toparlanan şehir onun vefatından sonra da gerileme sürecine girdi. 1517'de Osmanlı topraklarına dahil edildi. İskenderiye, bundan sonra İstanbul-Kahire arasında uzanan deniz yolu üzerinde önemli bir liman şehri olarak tekrar gelişmeye başladı.

Hıristiyanlık öncesi zamanlarda Mısır tapınaklarında Helenistik dönemden kalma kütüphaneler vardı. İskenderiye Kütüphanesi özellikle iyi bilinmektedir. İskender'in ölümünden sonra (m.ö. 323) İskenderiye coğrafyası milattan önce 304-285 yılları arasında etkili olan Ptolemaios Soter'in idaresinde dünyanın bir kültür ve bilim merkezi durumuna geldi. Meşhur İskenderiye Kütüphanesi de bu süreçte teşkil edildi ve o dönem dünyanın en büyük kütüphanesi haline geldi. Dünyanın farklı coğrafyalarından tarih, coğrafya, astronomi, tıp, matematik, felsefe ve edebiyat gibi alanlarda yetkin olan kişiler İskenderiye'de toplandı. Bu ilim adamları sayesinde İskenderiye'de özellikle matematik, felsefe ve tıp alanlarında farklı ekoller ortaya çıktı. Bunlar yazdıkları eserlerle Eski Grek bilim ve felsefesinin yayılmasında büyük rol oynadılar. Öklid, Plotinus ve Arşimed burada eğitim gördüler. Tıp alanındaki en önemli çalışmalar da İskenderiye'de yapıldı.

İskenderiye'nin idaresi müslümanlara geçtikten sonra ilmî ve kültürel faaliyetler özellikle toplum hayatında yer bulmaya başladı. Şehir ilim ve kültür dünyasında Fâtımîler'in son dönemleri Mısır'ın ilk medreselerinin burada açılması sebebiyle önemli bir yer tutar. Mısır'da ilk medresenin Fâtımîler devrinde Nizamiye medreseleri örnek alınarak İskenderiye'de kurulduğu bilinmektedir. Fâtımîler zamanında İskenderiye'de kadılık yapmış olan Hadîd ailesinin kurduğu Benî Hadîd Medresesi bu süreçte kurulan ilk medreselerdendir. Fâtımîler döneminden kalan diğer bir medrese de Vezir Rıdvân b. Velahşî tarafından 1138 senesinde inşa edilen Avfiye Medresesi'dir. Silefiye Medresesi ise Fâtımî Halifesi Zâfir-Biemrillâh zamanında Vezir Âdil b. Sallâr tarafından tesis edilmiştir. Daha sonra Eyyûbîler döneminde İskenderiye'de yeni Sünnî medreselerin açılmasıyla şehrin ilmî hayatında ciddi bir gelişme yaşandı. Bu süreçte şehir müslüman âlimlerin sıkça ziyaret ettiği yerlerden olduğu gibi dünyanın değişik bölgelerinden gelen hacıların güzergâhı üzerinde idi. Ziyaret eden çok sayıda ilim adamı zaman zaman bir müddet burada kalmış, medreselerde dersler camilerde vaaz ve hutbeler vermek suretiyle halkın bilinçlenmesinde etkili olmuşlardır. Eyyûbîler zamanında kurulan Tûran Şah Medresesi adını Selâhaddin Eyyûbî'nin ağabeyi Tûran Şah'tan almıştır. Tâcir Medresesi de Eyyûbîler zamanında zengin bir tüccar tarafından yaptırılan bir medresedir. Yine Mâlikî mezhebine göre eğitim veren İbnü'l-Enceb Medresesi'nin de varlığı bilinmekle birlikte kim tarafından yaptırıldığı hakkında bir bilgi yoktur.

Memlükler zamanında İskenderiye'de kiliseden çevrilerek tesis edildiği bilinen ilk medrese Hadrâ Medresesi'dir. Hadis alanında bir ihtisas eğitim kurumu olan Tikrîtiye Dârülhadisi XIII. asrın ikinci yarısında Tikritî ailesi tarafından kurulmuştur. Ebzâriye Dârülhadisi, Nebîhiye Dârülhadisi ve Sirâciye Medresesi'nin ise kimler tarafından kurulduğu bilinmemektedir.

Şehrin Rehhâbîn bölgesinde Demâminî ailesi tarafından XIV. asrın ilk çeyreğinde inşa edilen Demâmînî Medresesi'nde eğitim Mâlikî mezhebine göre yapılıyordu.

Yine bu dönemde İskenderiye'de inşa edilen Halâsiye Medresesi, Nablusiye Medresesi, Fahr Medresesi, Cezerî Medresesi, Cerâre Medresesi gibi kurumların varlığı da bilinmektedir. Bunlardan başka kimin tarafından yapıldığı belli olmayan Kaid Medresesi, İbn Bessâsa Medresesi, Külmiye Medresesi ve Zekeviye Medresesi gibi çok sayıda eğitim kurumu vardır.

Eyyûbîler ve Memlükler zamanında bu kadar çok sayıda medrese ve eğitim kurumunun bulunması şehrin tasavvufî olarak da gelişmesinde etkili olmuştur. Şâzelî tarikatının İskenderiye'den dünyaya yayıldığı bilinmektedir.

İskenderiye Osmanlı idaresine geçtikten sonra kısa süre içerisinde güvenliği sağlanarak Akdeniz'in en mühim liman kentlerinden biri haline geldi. Pîrî Reis tarafından "Arap ülkelerinin denize açılan kilidi" olarak tanımlanan şehir, Türkler'in idaresine geçtikten sonra "el-Medînetü't Türkiye" tabiriyle anılmaya başlandı.

Bu dönemde İskenderiye farklı inançlardan ve kültürlerden insanların burada yaşadığı çok kimlikli bir kent durumundaydı. Müslüman toplumu Türkler, yerli halk ve diğer İslam ülkelerinden buraya gelenler oluştururken, hıristiyan ve yahudiler ise Rumlar ve Avrupa'dan gelenler tarafından oluşuyordu.

Osmanlı döneminde de çok sayıda eğitim kurumu inşa edildi. 1656 yılında Terbana Camii 1672 yılında Seyyidî Mıfrid Camii, 1685'te Hacı İbrâhim Tirbâne Mescidi, 1715 yılında Ebû Ali Camii, 1755'te Abdülbâki Çorbacı Camii ve 1756 yılında inşa edilen Abdüllatif Mescidi de diğer yapılar olarak ifade edilebilir. Cami ve mescitlerden başka şehrin birçok yerinde hamamlar, su depoları ve bîmâristan da Osmanlı döneminde inşa edilmiştir.

İskenderiye şehri XVIII. yüzyılın sonlarına kadar Osmanlı idaresi döneminde herhangi bir dış müdahaleye maruz kalmadı. 1798-1801 yılları arasında Fransızlar tarafından kısa süreliğine de olsa işgal edildi. Bu andan sonra ciddi bir Fransız etkisi görülmeye başlandı. Bu sırada İskenderiye'de bir Fransız İlim Enstitüsü'nün kurulmuş olması ardından başka yabancı okulların açılması şehirde Avrupa nüfuz ve kültürünün yerleşmesine zemin teşkil etti.

Şehir bir ticaret merkezi olduğundan dolayı birçok yabancı ülkeye ticarî imtiyazlar verilmişti. Bu ülkeler de İskenderiye'de konsolosluklar açtılar. Daha sonraları bunlara otel, hastane, okul, kilise gibi kurumlar açma imkânı da tanındı.

İskenderiye'nin 1882 yılında İngilizler tarafından işgal edilmesi şehrin tahrip edilmesine de sebep oldu. İşgalden sonra şehirde gayrimüslim nüfusu hızla artmaya başladı. 1882 yılından sonra İskenderiye'de üç tip okul olduğu ifade edilmektedir. Bunların ilki hükümet tarafından kurulmuş olanlardır. İkincisini mevcut Arap okulları ve eski cami okulları oluştururken üçüncüsü de gayrimüslimlerin okulları ile yabancılar tarafından yapılmış okullardır.

I ve II. Dünya savaşları sırasında fiilen İngiliz kontrolünde olan İskenderiye 1951 yılına kadar âdeta İngiliz donanmasının Akdeniz'deki en önemli üssü durumunda idi. Bu tarihten itibaren ise ortaya çıkan gelişmelerle İngiliz etkisi ve nüfuzu azalmaya başladı. 1952 yılında gerçekleşen devrim sonrası şehrin idaresi bir komisyona bırakıldı. Bundan sonra İskenderiye'deki gayrimüslim ve yabancı sayısı yavaş yavaş azalmaya başladı.

Osmanlı döneminde İskenderiye'ye liman kenti ve kadim bir kültür merkezi olması hasebiyle özel önem verildi. Şehrin imkânlarını arttıran çok sayıda sosyal, siyasî ve askerî binalar ve tesisler inşa edildi. Bunların yanında daha önceden var olanların da tamirleri yapıldı. Osmanlı döneminde İskenderiye "serhadd-i azîm" olarak kabul ediliyor ve ona göre yatırımlar yapılıyordu. İskenderiye'nin güvenliğini temin için Kanûnî Sultan Süleyman tarafından Doğu Limanı'nda burç ve köprü, İskenderiye Limanı'na da burç yaptırılmıştı. Daha sonraki süreçlerde bu yapıların tamiri konusuyla ilgili gerekenler neyse yapılıyordu. Aynı şekilde 1803 yılında yapılan tamir için de Avrupa'dan mühendisler getirtilmişti.

Tolunoğulları döneminde inşa edilen İskenderiye Kalesi farklı zamanlarda hasara uğramıştı. Osmanlı döneminde de bu kale için ıslah ve tamir çalışmaları yapıldı. 1734 yılında kale duvarları, yolları Dizdar Mehmed Ağa tarafından ciddi bir meblağ harcanarak tamir ettirilmiştir. Yine Büyük İskenderiye Burcu 1732 ve 1747 yıllarında, Ebû Kır Kalesi 1706 yılında, Sedd-i Kebîr yani Büyük İskenderiye Seddi ve muhtelif yıllarda pek çok defa Feyyûm Seddi onarımdan geçirildi.

Demiryolu Osmanlı topraklarında ilk olarak İskenderiye'de inşa edildi. 1851-1856 yıllarında İskenderiye-Kahire arasında yapılan hat inşa edildiği zamanlarda hem stratejik açıdan hem de iktisadî açıdan büyük öneme sahipti.

XX. yüzyıl başlarında İskenderiye'de Osmanlı İttihat ve Terakkî Kız Sanayi Mektebi adıyla bir kız okulu açıldı. Osmanlı Maarif Nezareti'nin özel ilgi gösterdiği bu okulun kurucusu ve ilk müdürü Mehmed Şükrü Efendi idi. İskenderiye Osmanlı İttihat ve Terakkî Kız Mektebi'nin müfredatına ikinci senesinde Türkçe olarak eklenen Osmanlı coğrafyası, hıffıssıhha, ilm-i eşya derslerine ait kitaplar İstanbul'dan gönderilmiştir.

Abbâsîler ve Tolunoğulları'ndan bugüne kadar İskenderiye'de Türk varlığı devam ettiği için şehirde bazı sokak ve mahalle isimleri Türkçe'dir. Buna İkinci Abdülhamid caddesi ve Hurşid Paşa caddesi örnek olarak verilebilir. İskenderiye'de ayrıca bir Türk mahallesi de vardır. Mahallenin mühim unsurlarından biri XVIII ve XIX. yüzyıldan kalma Türk evleridir. Sokakların zikzaklı ve dar yapıları, evlerdeki çıkmalar, cumbalar şehrin mimarisinde yaşayan Türk kültürüne işaret eder.

Şehirde en önemli yükseköğretim kurumlarının başında İskenderiye Üniversitesi gelmektedir. 1938 yılında Kahire Üniversitesi'ne bağlı olarak fakülte şeklinde eğitime başlayan okul 1942'de Fârûku'l-Evvel Üniversitesi olarak bilinen devlet üniversitesi olmuştur. Daha sonraki süreçte 1972 yılında Tanta'daki eğitim kolejleri ile tıp fakültesinin buradan ayrılmasıyla İskenderiye Üniversitesi kurulmuştur. Diğer bir eğitim kurumu olan Arap Bilim, Teknoloji ve Deniz Taşımacılığı Akademisi 1972 yılında kurulmuştur. Deniz ulaşımı ve inşaat sektöründe uzmanlar yetiştiren bir devlet üniversitesi durumundadır. Pharos Üniversitesi ise İskenderiye'de 2006'da kurulmuş olan ilk özel üniversitedir.

Günümüzde 6 milyona yakın nüfusuyla Mısır'da başkent Kahire'den sonra en büyük şehir durumundaki İskenderiye sahip olduğu medeniyet birikimi ve coğrafî konumu itibariyle ekonomik, kültürel ve sanatsal açıdan Mısır, Doğu Akdeniz ve Afrika'nın merkezî şehirlerinden biridir.