Asıl adı Mahmud Abdülbâki olan şair İstanbul'da dünyaya geldi. Babası Mehmed Efendi Fatih Camii müezzinlerindendi. Okuma ve öğrenme isteği ağır basan Bâkî, medrese eğitimi almaya başladı. Döneminin tanınmış müderrislerinden Karamanlı iki kardeş Ahmed ve Mehmed efendilerden dersler aldı. Ders arkadaşları arasında Nev'î, Üsküplü Vâlihî, Edirneli Mecdî ve Hoca Sâdeddin Efendi gibi ileride büyük âlim ve şairler arasında yer alacak olan kişiler bulunmaktaydı. Genç yaşlarda şiirle haşir neşir olan Bâkî hocası Karamânîzâde Mehmed Efendi adına söylediği "Sünbül Kasidesi" sayesinde daha çok tanındı. Devrin şiir ustası olarak bilinen, Zâtî'nin yönlendirmeleri sayesinde şairliğini daha da geliştirdi. 1555 yılında Nahcıvan seferinden dönen Kanûnî Sultan Süleyman'a sunduğu kaside ile hem yaşadığı zorlukları anlatma hem de kendini tanıtma fırsatı buldu (bk. Kanûnî Sultan Süleyman). Muhibbî mahlasıyla şiirler yazan, Kanûnî, Bâkî'ye de sahip çıktı. Hocası Kadızâde Şemseddin Ahmed Efendi, Halep kadılığına tayin edilince Bâkî'yi de yanına aldı. Dört yıl Halep'te kadı nâipliği yapan şair 1560 İstanbul'a döndüğünde Ebüssuûd Efendi'ye "Lâmiye" kasidesini sunarak onun takdirini kazandı. Müderrisliğe yükselen Bâkî, Pîrî Mehmed Paşa Medresesi ve otuz sekiz yaşındayken Mahmud Paşa Medresesi müderrisliğine tayin edildi. Yazdığı divanını Kânûnî'ye sunarak pek çok ikrama nail oldu. 1566'da padişahın vefatı üzerine duyduğu üzüntüyü ifade eden ünlü mersiyesini yazdı.

1573'te Sahn-ı Seman müderrisliğine kadar yükseldi. Bilgi ve birikimi sayesinde döneminin âlimleri arasında yer almış olsa da şairliği daha fazla ön plana çıktı. Yazdığı şiirler sayesinde Sultan Selim'den de takdir gördü. Sultan III. Murad ve sadrazamı Sokullu Mehmed Paşa döneminde de Süleymaniye Medresesi müderrisliğine yükseltildi (1575). Yazdığı bir gazelden dolayı Sultan Murad yerine babası Sultan Selim'i tercih ettiği iddia edilerek Sultan Murad'a şikâyet edildi. Bunun üzerine Süleymaniye müderrisliği görevinden azledilip İstanbul'dan uzaklaştırıldı. Dostları sözü edilen gazellerin Bâkî'ye ait olmadığını söyleyerek onu korumak istemişler ve Bâkî'nin Edirne Selimiye müderrisliğine gönderilmesini sağlamışlardır. Edirne'de bir süre kaldıktan sonra 1579'da Mekke kadılığına oradan da Medine kadılığına atandı. Bir yıl görev yaptıktan sonra İstanbul'a çağrıldı. Şair, Sultan Murad'a Kutbüddin Mekkî'den Türkçe'ye çevirdiği Fezâil-i Mekke'yi sundu. Yazdığı gazel ve kasideleriyle padişahın ilgisini tekrar kazandı ve İstanbul kadılığına getirildi. Daha sonrasında Anadolu ve Rumeli kazaskerliği görevlerinde bulundu. Şeyhülislam olmak isteyen Bâkî bu emeline kavuşamadan emekli edildi. Sultan III. Mehmed tahta geçince ona bir cülus kasidesi sundu. Padişah Bâkî'yi tekrar Rumeli kazaskeri olarak görevlendirdi. Bir süre sonra bu görevden alındı ama daha sonra üçüncü defa Rumeli kazaskeri olarak göreve başladı. 7 Kasım 1600 tarihinde yetmiş dört yaşında vefat etti. Edirnekapı dışındaki mezarlığa defnedildi.

"Sultânüşşuarâ" olarak tanınan Bâkî, şiirlerinde rindane bir üslup benimsemiştir. Bazı şiirlerinde döneminden yakınmalar görülmektedir. Divan edebiyatında sıkça işlenen tasavvufî şiirlere divanında pek yer vermemiştir. Bâkî nazım tekniklerini uygulamada oldukça başarılı olduğundan şiirleri şekilsel yönden kusursuz olarak nitelenir. Bir ressam gibi tabiat güzelliklerini resmeden şair, sözcük seçiminde de özenli davranmıştır. Bu sayede savaş sahnelerine yer verdiği şiirlerinde savaş seslerini, "Kanûnî Mersiyesi"nde olduğu gibi hüzün ve acıya yer verdiği şiirlerinde acıyı çağrıştıran ritim ve ahengi vermeyi başarabilmiştir.

Bâkî, medrese öğrenimi görmüş, önemli hocalardan dersler almış, âlimlerin meclislerinde bulunmuş, müderrislik, kadılık, kazaskerlik gibi eğitim öğretim hususunda birinci dereceden etkili görevler üstlenmiş biridir. Görev yaptığı yerlerle ilgili eğitici ve öğretici eserler kaleme almış tercümeler yapmıştır. Şiirlerindeki mükemmellik onun şair yönüyle daha çok tanınmasında etkili olmuştur. Dil konusunda hassas davranan Bâkî, Arapça ve Farsça'yı çok iyi biliyor olmasına rağmen şiirlerinde İstanbul Türkçesi'ni kullanmış, halk diline yaklaşan sade beyitler kaleme almış, atasözü ve deyimlere yer vermiştir. Bu kullanım tarzı Bâkî sayesinde yerleşmiş Nedim'in şiirlerinde en üst seviyeye ulaşmıştır.

Günümüzde edebiyat derslerinde, divan edebiyatı konusunun öğretiminde Bâkî'nin şiirlerine sıkça yer verilmektedir. Dilinin sadeliği ve güzelliği sayesinde özellikle lise çağındaki öğrencilerin divan edebiyatına ilgi duyması ve bu geleneği anlaması gibi hususlarda Bâkî'nin de şiirlerinden faydalanılmaktadır. Bu sayede divan edebiyatının anlaşılamaz, halktan uzak bir edebiyat olduğu algısının kırılmasında onun gibi şairlerin katkısı oldukça fazladır. "Âvâze-yi bu âleme Davûd gibi sal / Bâkî kalan bu kubbede bir hoş sadâ imiş."; "Kadrüni seng-i musallâda bilüp ey Bâkî / Durup el bağlayalar karşuna yârân saf saf" gibi beyitleri âdeta atasözü gibi kullanım sıklığı fazla olan eğitim kitaplarında yer alan beyitlerdendir.

Eğitimle yakından ilgili olan Bâkî, kasidelerinde yer alan benzetmelerde eğitimle ilgili araç gereçlere de vurgu yapmıştır. Kalem anlamında "hâme, kilk" gibi sözcükleri kullanmış, şiirlerinde kalem; çeşmeye, sürme miline, neştere, serviye benzetilmiş, şiir; mücevher bir gerdanlığa, yazı; fîrûzeye, menekşeye, cennet bahçesine, gecedeki gökyüzüne, fesleğene, sayfa; gümüş levhaya, sayfanın beyaz kısmı; sabahın parlaklığına, sayfalardaki siyah kısım göz sürmesine, siyah yazı içindeki noktalar; Ülker yıldızına benzetilmiştir. Ayrıca yazı aleti olarak mürekkep/midâd, mıstar, divit (devat), hokka, şîrâze (kitap bağı, örgüsü) sözcükleri de kullanılmıştır.

Eserleri: Divan: Bâkî'nin ölümünden yaklaşık otuz yıl önce tertip edilmiştir. Farklı kütüphanelerdeki pek çok yazma nüshası bulunmaktadır. Divan, Kanûnî Sultan Süleyman'a sunulan kaside ile başlar. Padişahlara (Kanûnî'ye dört, II. Selim'e bir, III. Murat'a üç, III. Mehmed'e dokuz) sunulmuş on yedi kaside yer almaktadır. Bunlar dışında devrin önde gelen şahsiyetlerine sunulmuş başka kasideler de bulunmakta olup 550'ye yakın gazel ihtiva etmektedir. Divan üzerine yerli ve yabancı pek çok araştırmacı çalışmıştır.

Meâlimü'l-Yakîn fî Sîreti Seyyidi'l-Mürselîn (Mevâhibü'l-Ledünniyye): Bir siyer kitabıdır. Sokullu Mehmed Paşa'nın teşvikiyle Kastallânî'nin el-Mevâhibü'l-Ledünniyye bi'l-Minahi'l-Muhammediyye adlı Arapça eserinin çevirisidir. Ancak başka eserlerden yararlanarak kendisi de eklemelerde bulunmuştur. 1869'da iki cilt halinde basılmıştır.

Fezâil-i Cihâd: Arapça Meşâriu'l-Eşvâk ilâ Mesârii'l-Uşşâk adlı eserin tercümesidir. Müslümanları cihada teşvik eden eser, asker kışlalarında çokça okunmuştur.

Fezâil-i Mekke: Osmanlı padişahlarının Mekke'de yaptırdığı eserleri konu alan kitap Kutbüddin Mekkî'nin el-İ'lâm fî Ahvâli Beledi'llâhi'l-Harâm adlı eserinin çevirisidir. Eser Sokullu Mehmed Paşa'nın emriyle vücuda getirilmiş ve III. Murad'a sunulmuştur.

Terceme-i Hadîs-i Erbaîn: Eyüpsultan müderrisliği görevindeyken yazdığı bu eserin bilgisine Nev'îzâde'nin Şekaik Zeyli'nde rastlanmakta olup Ebû Eyyûb Ensârî'nin rivayet ettiği kırk hadisin tercümesini içermektedir. Hakkında bilgi olmasına rağmen eserin kendisine ulaşılamamıştır.