Batı dünyasında XVIII. yüzyıldan itibaren bilim akademileri ile ulusal ya da yerel düzeyde araştırmalar yürüten tarih kurumlarının tesis edildiği bilinmektedir. Bu kurumlar, yerel tarih araştırmalarının yanında, milliyetçilik akımının da etkisiyle "milletin tarihi"ni araştırmak ve yazmak üzere ulusal ölçekte tetkik ve neşriyatta bulunmuştur. Tarih araştırmalarının kurumsallaşması ve belli yöntemle ilkeleri gözeten bir bilim dalı haline gelerek tarih eğitimine katkılar getirmesi de bu süreçle bağlantılıdır.

Osmanlı Devleti'nde XIX. asırda kurulan Encümen-i Dâniş doğrudan tarihle ilgili bir kurum olmamasına rağmen genel bir tarih kitabı yazılması yönündeki girişimiyle tarih araştırmalarına ve tarihin kurumsallaşmasına katkı sağlamıştır. Daha sonra Dârülfünun'un tesisi ve özellikle II. Meşrutiyet'le birlikte sayıları artan dernek ve cemiyetlerle Türkiye'de tarih çalışmaları hızlanmıştır. Ülkemizde, Batı'daki kuruluşların muadili sayılabilecek bir tarih kurumu 1909'da Târîh-i Osmânî Encümeni'nin teşkiliyle vücuda getirilmiştir. Tarihî kaynakların toplanması, kapsamlı bir Osmanlı tarihi eseri hazırlanması, muhtelif konularda monografilerle mecmualar yayımlanması gibi amaçlarla hareket eden encümen, dönemin şartlarına rağmen kıymetli çalışmalar ortaya koymuş; neşrettiği Târîh-i Osmânî Encümeni Mecmuası ve telif eserler, derlediği zengin kütüphane materyali ve yetiştirdiği müverrihlerle Türk tarihçiliği açısından önemli bir yere sahip olmuştur. Cumhuriyet'in ilanından sonra 1924'te Türk Tarih Encümeni adını alan müessese 1931'de kapatılmış ve aynı yıl yerine Türk Tarihi Tetkik Cemiyeti (Türk Tarih Kurumu) kurulmuştur.

Türkiye Cumhuriyeti'nin ilanı ve birtakım siyasî reformların ardından Türkiye'nin ve Türk milletinin dünya kamuoyu nezdindeki algısını düzeltmek, Türkler'e karşı geçmişten gelen ön yargıları ve kalıplaşmış düşünceleri değiştirmek, vatandaşlarının ulus bilincinin kuvvetlendirilmesi için Cumhuriyet'in kurucu kadrosu tarafından tarih kitaplarının ve çalışmalarının yeniden ele alınması düşünülmüştür.

Afet İnan'ın anlatımına göre, kendisi 1928 yılında Mustafa Kemal'e Fransızca bir coğrafya kitabı göstermiş, kitapta Türkler'in ikincil düzeyde bir millet olarak tavsif edildiğini gören Mustafa Kemal itiraz ederek ilmî yollarla karşı görüş hazırlanması yönünde bir talimat vermiştir (bk. İnan, Afet). Bu noktada "Türkler'in beşeriyet tarihindeki hakiki rolü ve medeniyete katkıları" bir araştırma ve inceleme konusu haline gelmiştir. Tarih çalışmalarında bir bütünlük ve sistem arayışı kapsamında, Türk Ocakları'nın 28 Nisan 1930 tarihli altıncı kurultayında Afet İnan tarafından, "Türk tarih ve medeniyetini ilmî surette tetkik etmek için hususi ve daimi bir heyetin teşkiline karar verilmesini ve bu heyetin azasını seçmek salahiyetinin merkez heyetine bırakılmasını teklif ederiz" şeklinde bir önerge sunulmuştur. Bu çerçevede Türk Ocakları Yasası'na eklenen bir madde ile Türk Ocağı Türk Tarih Heyeti teşkil edilmiştir. 4 Haziran 1930'da ilk toplantısını icra eden heyetin Yönetim Kurulu başkanlığına Cumhurbaşkanlığı Genel Sekreteri Mehmet Tevfik (Bıyıklıoğlu), başkan vekilliğine Akçuraoğlu Yusuf ile Sâmih Rifat, genel sekreterliğe ise Reşit Galip seçilmiştir. Afet (İnan), Vasıf (Çınar), Halil Ethem (Eldem), Yusuf Ziya (Özer), Sadri Maksudi (Arsal), Reşit Saffet (Atabinen), Gyula Meszaros, İsmail Hakkı (Uzunçarşılı), Ragıp Hulusi (Özden), Mükrimin Halil (Yinanç), Zakir Kadiri (Ugan) ve Hamit Zübeyr (Koşay) ise diğer kurucu üyelerdir.

Genellikle Ankara'da Türk Ocakları Merkez Binası ile Cumhurbaşkanlığı Özel Kalemi'nde toplantılarını icra eden heyetin üstlendiği en önemli faaliyetlerden biri 1930 yılında derlenen Türk Tarihinin Ana Hatları isimli eserdir. İlk etapta yalnızca 100 nüsha basılan ve ilgililerin incelemesine sunulan bu eserde "Türk tarih tezi" olarak adlandırılabilecek yeni bir tarih görüşü yansıtılmaya çalışılmıştır. Bu nazariyeye göre dünyanın en eski milletlerinden olan Türkler, milattan en az yedi binyıl önce Orta Asya'da tarih sahnesine çıkmış, burada büyük bir medeniyet kurmuş, daha sonra göçler yoluyla Anadolu dahil olmak üzere dünyanın birçok bölgesine uygarlık ve kültürünü taşımıştır. Başta Mustafa Kemal Atatürk olmak üzere, Türk Tarihinin Ana Hatları'nı inceleyen uzmanlar eserde tarihsel bilgi ve izlenen yöntem açısından birçok tenkitte bulunduysa da kitabın ana fikrinden vazgeçilmemiş ve eserin kısaltılmış bir kopyası Türk Tarihinin Ana Hatları-Medhal Kısmı başlığı altında 1931 yılında Maarif Vekâleti'nce 30.000 adet basılarak okullara dağıtılmıştır.

Türk Ocakları'nın 10 Nisan 1931'deki yedinci kurultayda feshedilmesi kararı üzerine, Türk Tarih Heyeti de mülga konuma gelmiştir. Heyet üyeleri, dernek olarak faaliyetlerine devam etmek için 12 Nisan 1931 tarihinde Dahiliye Vekâleti'ne başvuruda bulunmuş, 15 Nisan'da ilgili başvurunun kabulüyle Türk Tarihi Tetkik Cemiyeti resmen kurulmuştur. (Cemiyetin ismi 1935 yılında önce Türk Tarihini Araştırma Kurumu, akabinde Türk Tarih Kurumu olarak değiştirilmiştir.) Daha önceden Türk Tarih Heyeti üyeliklerinden ayrılan Mezsaros ve Zakir Kadiri beylerin yerine Hasan Cemil (Çambel) ve Şemsettin (Günaltay) beyler eklenmiş, önceki Yönetim Kurulu'nun görevinin devamına karar verilmiştir. 1932 senesinde yayımlanan Türk Tarihi Tetkik Cemiyeti Nizamnamesi'ne göre cemiyetin amacı, "Türk tarihini tetkik ve elde edilen neticeleri neşir ve tamim etmektir." Bu maksada ulaşmak için toplantılarla ilmî müzakerelerde bulunmak, Türk tarihi kaynaklarını araştırıp neşretmek, Türk tarihi açısından önem arzeden belge ve diğer malzemeleri toplamak ve cemiyetin çalışmalarının sonuçlarını her türlü yollarla yayımlamak yöntemlerine başvurulacaktır. Cemiyetin koruyucu başkanı ise Mustafa Kemal Atatürk'tür. Atatürk hayatının son dönemlerine kadar cemiyetin çalışmalarıyla yakından ilgilenmiş, birçok defa çalışma planını kendisi tespit ederek toplantılarına katılmıştır. Ayrıca 5 Eylül 1938'de düzenlediği vasiyetname ile mirasının bir bölümünü Türk Tarih Kurumu'na bağışlamıştır. Atatürk'ten sonra gelen bütün cumhurbaşkanları da bir gelenek olarak kurumun hâmi başkanlığını üstlenmiştir.

Türk Tarih Kurumu'nun kuruluşundan bugüne kadar tarih araştırmalarına sunduğu katkılar içerisinde yayın faaliyetleri mühim bir yer tutmaktadır. Öncelikle Türk Tarihinin Ana Hatları adlı eserde vurgulanan temel esaslara göre hazırlanan dört ciltlik Tarih ders kitapları 1931 yılında basılarak liselerde okutulmaya başlanmıştır. Ders kitaplarının dışında, kurum tarafından 1930'lardan günümüze, Türk ve Türkiye tarihine dair 2000'in üzerinde kitap (telif, tercüme, edisyon, kronik, tıpkıbasım, sempozyum bildirileri vb.) neşredilmiştir. Bu eserler coğrafî (Orta Asya'dan Avrupa'ya), kronolojik (ilk çağlardan XX. yüzyıla) ve tematik (arkeoloji-sanat tarihinden diplomasiye, iktisat tarihinden siyasî ve askerî tarihe) olarak geniş bir yelpaze üzerinde konumlanmaktadır. Kitaplara ilaveten kurumun süreli yayınları da tarih araştırmalarında önemlidir. 1937 yılında yayın hayatına başlayan ve Aralık 2024 itibarıyla 313'üncü sayısı yayımlanan Belleten uluslararası hakemli bir dergi olup yurt içinde ve yurt dışındaki birçok dizin sistemi tarafından taranmaktadır. Osmanlı dönemine ait kaynak neşri için çıkarılan Belgeler ve arkeolojik kazı rapor ve sonuçlarını ihtiva eden Höyük de Kurumun diğer iki bilimsel dergisidir.

Kongreler ve bilimsel toplantılar da Türk Tarih Kurumu'nun ana faaliyetlerindendir. Kurum tarafından yeni tarih görüşünü ülke geneline yaymak ve Tarih ders kitaplarını tanıtmak/tenkitlere göre düzenlemek amacıyla planlanan I. Türk Tarih Kongresi 1932 yılında öğretmenlere yönelik olarak icra edilmiştir. Bu kongreler bir gelenek halini almış ve on dokuzuncusu 3-7 Ekim 2022 tarihinde uluslararası katılımla tertip edilmiştir. Bunun yanında, yurt içinde ve yurt dışında birçok sempozyum, konferans, panel ve çalıştay da kurum tarafından gerçekleştirilmiştir.

Tarih alanında önemli bir ihtisas kitaplığı olan Türk Tarih Kurumu Kütüphanesi 1930'lu yıllardan itibaren gelişmektedir. 230.000'i aşkın materyalin (kitap, süreli yayın, ansiklopedi, CD, harita vb.) yanında 16.000'in üzerinde nadir eseri ihtiva eden kütüphane, satın alma, bağış ve değişim yoluyla günden güne zenginleşmektedir. Kurum arşivinde ise Atatürk, Enver Paşa, İsmet İnönü, Kâzım Orbay, Ethem Eldem, Süheyl Ünver gibi isimlere ait koleksiyonlar başta olmak üzere, yakın dönem tarihine dair pek çok kıymetli belge bulunmaktadır.

Bilim kurumları ve araştırmacılar tarafından yürütülen arkeolojik kazılara ve tarih projelerine destekler sunan Türk Tarih Kurumu, tarih ve tarihle ilgili sosyal bilim dallarında lisans, yüksek lisans ve doktora bursları da vererek Türkiye'de tarihçiliğin ve tarih eğitiminin gelişimine faydalar sağlamaktadır. Kurum uluslararası tarihçilik açısından önem taşıyan Osmanlı Öncesi ve Osmanlı Araştırmaları Uluslararası Komitesi (CIÉPO), Uluslararası Askerî Tarih Komisyonu (CIHMC) ve Uluslararası Akademiler Birliği (UAI) gibi çeşitli bilim kurullarının da üyesidir.

Kurum, 2024 yılında açılışı yapılan Ankara-Beytepe muhitindeki Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Yerleşkesi içerisindeki binası ile Ankara-Sıhhiye'de bulunan, Mimar Turgut Cansever tarafından tasarlanan ve Uluslararası Ağa Han Mimarlık Ödülü ile taltif edilen binasında hizmetlerini sürdürmektedir. Kurumun ayrıca Ankara-Kızılay ve İstanbul-Üsküdar'da kitap satış şubeleri bulunmaktadır.

1931 yılında cemiyet olarak teşekkül eden, 1984 yılında Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu çatısı altına alınarak kamu kurumu hüviyeti kazanan ve 2018 yılında Kültür ve Turizm Bakanlığı ile ilişkilendirilen Türk Tarih Kurumu, mevzuatı uyarınca "Türk ve Türkiye tarihini araştırmak" üzere bir başkan, bir başkan yardımcısı, öğretim üyeleri arasından seçilen Bilim Kurulu ve yüksek kurum uzmanları ile idarî teşkilatında tanımlanan hizmet birimleriyle çalışmalarını sürdürmektedir.