II. Mahmud devri reformlarının bir gereği olarak vakıflar, Evkaf-ı Hümâyun Nezareti çatısı altında toplandı. Şeyhülislamlar da şer'î işler nazırı sıfatıyla din ve ilmiye sınıfıyla ilgili teşkilatın nazırı olarak görev yaptı. Bu idarî yapılanma Osmanlı Devleti'nin yıkılışına kadar sürdü. 23 Nisan 1920 tarihinde Ankara'da Türkiye Büyük Millet Meclisi açıldı. 2 Mayıs 1920 tarihinde de on bir kişilik İcra Vekilleri Heyeti seçimi yapıldı. Bu sırada İstanbul hükümetinin bir parçası olan şeyhülislamlığa mukabil Ankara hükümeti tarafından Ankara'da Şer'iye ve Evkaf Vekâleti kuruldu. Şer'iye ve Evkaf Vekâleti, statü bakımından şeyhülislamlığın karşılığı idi ve hükümet listesinde başvekilden sonra İcra Vekilleri Heyeti'nin ilk sırasındaydı. Öyle ki 25 Kasım 1920 tarihinde Şer'iye ve Evkaf Vekili Mustafa Fehmi Efendi, Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanı Mustafa Kemal'in yerine meclis başkanlığına, 9 Şubat 1924 tarihinde de Reisicumhur Mustafa Kemal Paşa'nın onayı ile Başvekil İsmet Paşa'nın yerine başvekilliğine vekalet etti.
Şer'iye ve Evkaf Vekâleti, hem şeyhülislamlığın hem de Evkaf Nezareti'nin yetkilerini üstlendi. Ankara hükümeti, II. Mahmud ve Tanzimat tecrübesinin aksine şer'î işleri ve evkafın idaresini ayrı ayrı değil tek çatı altında Şer'iye ve Evkaf Vekâleti'nin görevleri arasında saydı.
Şer'iye ve Evkaf Vekâleti'nin teşkilatı, 1922 yılı bütçe görüşmeleri sırasında onaylandı. Bu düzenlemeye göre vekâletin merkez idaresi; Şer'iye ve Evkaf vekili, fetva emini, fetva emaneti azaları, fetva emaneti müsevvidleri, Tedkîkat ve Te'lîfât-ı İslâmiye reis ve azaları, tedrîsât-ı umûmiye müdürü, müderris kâtibi, sicil ve me'mûrîn müdürü, sicil ve evrak mümeyizi, me'mûrîn kâtibi, odacılar ile hak sahibi ilmiye mensuplarından (müstahıkkîn-i ilmiye) müteşekkildi. Ayrıca dersiâmlar, mülhakat ve Dârülhilâfe medreseleri ile müderrislerle ilgili işleri yürütmek üzere yirmi birer kişilik müdür, kâtip, müderris ve benzeri personel yeniden tayin edildi. Taşrada ise müftüler ve müftülük müsevvidleri için elli beş vilayet müftülüğü, 258 kaza müftülüğü ve müsevvidliği için tahsisat ayrıldı.
Bu teşkilat yapılanmasıyla Fetva Heyeti, Tedkîkat ve Te'lîfât-ı İslâmiye Heyeti ile Tedrisat ve Teftiş Heyeti adıyla üç kurul tesis edildi. 12 Kasım 1922 tarihli Te'lîfât-ı İslâmiye Heyeti Talimatnamesi hazırlandı. Atama şartlarına uygun bulunan üç dört üye atandı ve başarılı telif çalışmaları yapıldı. Dinî ve ilmî araştırma ve telif eser kaleme alan bu heyetin çalışmaları neticesinde on eser neşredildi.
Bu eserler; Mehmed Şemseddin, İslâm Tarihi (İstanbul 1923); Mehmed Şemseddin, İslâm'da Tarih ve Müverrihler (İstanbul 1923); İzmirli İsmail Hakkı, el-Cevâbü's-Sedîd fî Beyâni Dîni't-Tevhîd (İstanbul 1924); İzmirli İsmail Hakkı, Yeni İlm-i Kelâm (İstanbul 1924); Abdülaziz Çaviş, İçkinin Hayât-ı Beşerde Açtığı Rahneler (çev. Mehmed Âkif, Ankara 1923); Abdülaziz Çaviş, Âsârü'l-Hamr (İstanbul 1923); Ferid Kam, Mebâdi-i Felsefeden İlm-i Ahlâk (Ankara 1923); Abdülaziz Çaviş, Ecvibe fi'l-İslâm an Es'ileti'l-Kenîseti'l-Ancilikaniye (İstanbul 1923); Abdülaziz Çaviş, Angilikan Kilisesine Cevab (çev. Mehmed Âkif, İstanbul 1923) şeklinde sıralanabilir.
1 Mart 1924 tarihinde Büyük Millet Meclisi'nin beşinci çalışma yılının açılış nutkunda Mustafa Kemal Paşa, İslam dinini, siyaset vasıtası olmaktan kurtarmanın elzem olduğunu, İslam dininin yüceliğinin ancak bu şekilde tecelli edeceğini ifade etti. Konuşmasında milletin, Cumhuriyet'in ebedî ve kesin olarak korunmasıyla eğitim öğretimin birleştirilmesini istediğini vurguladıktan sonra Müslümanlığın bir siyaset vasıtası olarak kullanılmasına son verilmesinin gereğinin yüzyıllara dayanan bir tecrübeyle görüldüğünü belirtti.
Gerekli çalışmalar yapıldıktan sonra Şeyh Saffet Efendi ile elli arkadaşı hilafetin ilgası ve hanedanın Türkiye sınırları dışına çıkarılmasını, Siirt Milletvekili Halil Hulki Efendi ve elli arkadaşı Şer'iye ve Evkaf Vekâleti ile Erkân-ı Harbiye Vekâleti'nin ilgasını ve Saruhan Milletvekili Vasıf Bey ile elli arkadaşı da tevhîd-i tedrisat önergesini meclise sundu. Ardından da sonradan ihdas edilen Şer'iye ve Evkaf Vekâleti ile Erkân-ı Harbiye-yi Umûmiye Vekâleti'nin ilgası teklif edildi. Şer'iye ve Evkaf Vekâleti'nin ilgasıyla da "Bütün evkafın millete intikal etmesi ve ona göre idare edilmesi tabii bir neticedir" denildi.
Konuyla ilgili önerge sahiplerinin konuşmaları ve Seyid Bey ile İsmet Paşa'nın da meclise hitabından sonra Türkiye Büyük Millet Meclisi 429, 230 ve 431 sayılı kanunları kabul etti. Böylece 2 Mayıs 1920 tarihinde kurulan Şer'iye ve Evkaf Vekâleti, tesisinden üç yıl on ay bir gün sonra 3 Mart 1924 tarihinde ilga edildi.
3 Mart 1924 tarihli kanunun birinci maddesinde ifade edildiği üzere Türkiye Cumhuriyeti'nde "muâmelât-ı nâsa dair olan ahkâmın" yasama ve yetkisinin Türkiye Büyük Millet Meclisi ile onun teşkil ettiği hükümete ait olduğu vurgulandı. Bu bağlamda bundan sonra İslam dininin "itikadât ve ibâdâta" dair bütün ahkâm ve meselelerin karara bağlanması ve dinî müesseselerin idaresi için bir Diyanet İşleri Riyaseti makamı tesis edildiği ifade edildi. Kanunun 5. maddesinde de Diyanet İşleri Riyaseti'nin görevleri Türkiye Cumhuriyeti dahilinde bulunan bütün cami, mescit, tekke ve zaviyenin idaresi, imam, hatip, vaiz, şeyh, müezzin, kayyım ve diğer hizmetlilerin tayin ve azilleri şeklinde tarif edildi. 6. maddede müftülerin de yine Diyanet İşleri Riyaseti'ne bağlı olacağı belirtildi. Evkaf işlerinin ise milletin menfaatlerine uygun olarak başvekâlete bağlı bir Evkaf Umum Müdürlüğü şeklinde teşkilatlandırılacağı ifade olundu. Bu minval üzere kanunun 1-7. maddeleri Şer'iye ve Evkaf Vekâleti'nin ilgası ve Diyanet İşleri Riyaseti'nin kuruluşu; 8-12. maddeleri Erkân-ı Harbiye-yi Umûmiye Vekâleti'nin ilgasına; 13-14. maddeleri ise yürürlüğe girme tarihi ve yürütmeyle ilgiliydi. Diyanet İşleri Reisi'nin başvekilin arzı üzerine reisicumhur tarafından atanacağı ve bütçesinin de başvekalet bütçesine bağlı olacağı ifade edildi.
3 Mart 1924 tarihinde kabul edilen "Tevhîd-i Tedrisat Hakkındaki Teklîf-i Kanun"un 1 ve 4. maddeleri uyarınca bütün eğitim öğretim kurumları Maarif Vekâleti'ne devredildi. Böylece Şer'iye ve Evkaf Vekâleti'nin yetkisinde olan medreseler de Maarif Vekâleti'ne devredildi. Din görevlisi yetiştirme yetki ve vazifesi de Maarif Vekâleti nezaretinde İlahiyat fakülteleri ve diğer okullar vasıtasıyla yürütülecekti. 3 Mart 1924 tarihinde Şer'iye ve Evkaf Vekâleti'nin ilgası ve Diyanet İşleri Riyaseti'nin kuruluş gerekçesinde de Şer'iye ve Evkaf Vekâleti'nin ilgası üzerine vakıfların millete intikal ettiği ifade edilmek suretiyle bir sorumluluk ve yetki daralmasına gidileceği vurgulandı. 1923 Lozan Antlaşması ile ülke sınırları dışında kalan müslüman toplumlar üzerindeki hilafetin müftüler üzerinden dinî-siyasî-idarî nüfuzu ilga edildi. 3 Mart 1924 tarihinde hilafetin bütün yetkilerinin Türkiye Büyük Millet Meclisi'nde mündemiç olduğu ifade edilerek mevcut hilafet kurumu ilga edildi. İstanbul hükümetinin şeyhülislamlık kurumuna mukabil, Ankara hükümeti tarafından kurulan Şer'iye ve Evkaf Vekâleti, tesisinden üç yıl on ay bir gün sonra 3 Mart 1924 tarihinde ilga edildi. Şer'iye ve Evkaf Vekâleti'nin yerine Diyanet İşleri Riyaseti ve Vakıflar Umum Müdürlüğü tesis edildi. Böylece Şer'iye ve Evkaf Vekâleti'nin görevleri yeniden dinî işler ve vakıfların idaresi şeklinde ikiye ayrıldı. Bir yandan da medreseler Maarif Vekâleti'ne bağlanarak bu kurumların statü ve yetkilerinde ciddi bir daralmaya gidildi. Şeyhülislamlık kurumuna muadil olarak kurulan Şer'iye ve Evkaf Vekâleti'nin ilgasıyla bu defa yeniden isimlendirilerek görev ve yetkileri tanımlanan Diyanet İşleri Riyaseti'nin tesisinden sonra da statü ve yetki daralması devam etti.
Vakıfların ayrı bir genel müdürlük olarak teşkilatlandırılması ve Diyanet İşleri Riyaseti'ne bütçeden belli bir miktar ödenek ayrılması, malî bakımdan da belli bir daralma ve kontrol anlamına geliyordu. Diyanet İşleri Riyaseti alt düzey bir başkanlığa dönüştürüldü. Statüsü, yetkileri ve sorumlulukları büyük ölçüde daraltılarak sadece dinî ibadetlerin yapıldığı cami ve mescitlerin idaresiyle bu bağlamda dinî hizmetlerin yerine getirilmesi göreviyle sınırlandırıldı. 17 Nisan 1924 tarihinde Türkiye Büyük Millet Meclisi'nde Diyanet İşleri Reisliği bütçesi görüşüldü.
Meclisteki müzakereden Şer'iye ve Evkaf Vekâleti bünyesinde on birer üyeden müteşekkil Hey'et-i İlmiye ile Hey'et-i İftâiye şubelerinin bulunduğu anlaşılmaktadır. Bütçe görüşmeleri sonunda Diyanet İşleri Riyaseti merkez teşkilatı; "idâre-yi merkeziye, Tahrirat ve Evrak Müdüriyeti, Tedkîk-i Mesâhif Heyeti, Müessesât-ı Dîniye ve Teberrükât Müdüriyeti, Levazımat Müdüriyeti, müstahtemîn-i müteferrika, İdâre-yi Vilayet Müftülükleri Müstahtemini, Umûr-ı Hayriye Maaş ve Muhassasatı" şeklinde idi.
Diyanet İşleri Riyaseti'nin tesisinden bir yıl sekiz ay on gün sonra 13 Kasım 1925 tarihinde, "Tekke ve Zaviyeler ile Türbelerin Seddine ve Türbedarlıklar ile Birtakım Unvanların Men' ve İlgasına Dair Kanun" yayımlandı. Böylece tekke ve zaviyeler ilga edilirken tekkelerin idaresi ve şeyhlerin atama ve diğer işleri Diyanet İşleri Riyaseti'nin görev ve sorumluluğundan çıktı. 1927 yılı bütçesinde Diyanet İşleri Riyaseti'nin merkez ve taşra teşkilatı ilk defa açık şekilde belirtildi. Diyanet İşleri Riyaseti'nin merkez teşkilatında Hey'et-i Müşâvere ve Tedkîk-i Mesâhif Heyeti Reisliği, Müessesât-i Dîniye Müdüriyeti, Me'mûrîn ve Sicil Müdüriyeti, Levazımat Müdüriyeti, Tahrirat ve Evrak Müdüriyeti; taşra teşkilatında ise vilayet ve kazalarda müftülükler yer aldı. 1927 ve 1928 yılları bütçelerine göre de Diyanet İşleri Riyaseti bünyesinde 391 müftü, 94 müftü müsevvidi, 866 vaiz, 33 cuma vaizi, 850 dersiâm, 20 hafız muallimi, 83 kâtip, 100 odacı, 10.524 hayrat hademesi olmak üzere 13.488 kişilik bir istihdam söz konusu idi.
1928 yılında Teşkîlât-ı Esâsiye Kanunu yeniden düzenlenerek "Türkiye Devleti'nin dini İslam'dır, Resmî lisanı Türkçe'dir" şeklindeki 2. maddesi "Türkiye Devleti, cumhuriyetçi, milliyetçi, halkçı, laik ve inkılapçıdır. Resmî dili Türkçe'dir" şeklinde yeniden düzenlendi. 1931 yılında ise 1827 sayılı kanunla bütün cami ve mescitlerin idaresi personelleriyle birlikte Evkaf Umum Müdürlüğü'ne aktarıldı. Böylece 1930 bütçesinde ifade edilen yirmi altı İstanbul kürsü ve cuma vaizi ile 4081 cami görevlisi Diyanet İşleri Reisliği'nden Evkaf Umum Müdürlüğü'ne geçmiş oldu. Buna bağlı olarak Dinî Müesseseler Müdürlüğü ile Levazimat Müdürlüğü de personeliyle birlikte Evkaf Umum Müdürlüğü'ne aktarıldı.
Haziran 1935 tarihli "Diyanet İşleri Reisliği Teşkilat ve Vazifeleri Hakkında Kanun" Diyanet İşleri'nin ilk teşkilat kanunudur. Bu kanuna göre merkez ve taşra teşkilatı, kadroları, görevleri ve atama usulleri belirlendi. Diyanet İşleri reisleri ise M. Rifat Börekçi (1924-1941), M. Şerafettin Yaltkaya (1942-1947), Ahmet Hamdi Akseki (1947-1951) idi. 1950 yılında 5634 sayılı kanunla Diyanet İşleri Riyaseti'nin adı Diyanet İşleri Başkanlığı olarak değiştirildi. Evkaf Umum Müdürlüğü'ne 1931 yılında devredilen cami ve mescitlerin idaresi ve personeli yeniden Diyanet İşleri Riyaseti'ne aktarıldı. Bu düzenleme sırasında elli iki merkez ve 889 taşra görevlisi ile 4503 imam, hatip, müezzin ve kayyımdan müteşekkil hayrat hademesi Diyanet İşleri Riyaseti'ne aktarıldı.
