Türkiye'de askerî yükseköğretimin temeli I. Abdülhamid dönemine (1775) kadar uzatılabilir. Süreç içinde çok farklı değişim ve dönüşümler geçiren askerî yükseköğretimin kırılma noktalarından biri de 15 Temmuz 2016'da yaşanan darbe girişimi sonrasında olmuştur. Bir terör yapılanmasının (FETÖ) öncülük ettiği söz konusu kalkışma neticesinde askerî okullarla ilgili bir dizi radikal düzenleme yapılmıştır. Bunların başında 31 Temmuz 2016 tarih ve 669 sayılı Kanun Hükmünde Kararname'yle (KHK) askerî liseler ve harp akademilerinin kapatılması ve Millî Savunma Üniversitesi'nin kurulması kararı gelmektedir. 9 Kasım 2016 tarih ve 669 sayılı Kanun Hükmünde Kararname'nin kanunlaşmasıyla adı geçen üniversite kurulmuştur. Millî Savunma Üniversitesi'ne ilk rektör olarak 4 Ekim 2016'da Erhan Afyoncu atanmıştır.
Millî Savunma Üniversitesi'nin kurulmasının ardından bazı tasfiyeler yapılmış, öğretim elemanı eksiğini karşılamak için sivil üniversitelerden hocalar davet edilmiştir. Millî Savunma Bakanlığı'nın onayı ile 31 Ekim 2016'da daha önceden eğitim için gelmiş olan dost ve kardeş ülkelerden 126 yabancı öğrenci ve kursiyer subayla Millî Savunma Üniversitesi eğitim öğretime başlamıştır. Bunlardan yirmi yedisi harp enstitülerinde, elli dokuzu harp okullarında ve kırkı astsubay meslek yüksekokullarında eğitim öğretime kaydedilmiştir.
İdarî ve akademik birimleri ise şöyledir: Kara Harp Okulu, Deniz Harp Okulu, Hava Harp Okulu, Kara Astsubay Meslek Yüksekokulu, Deniz Astsubay Meslek Yüksekokulu, Hava Astsubay Meslek Yüksekokulu ve Bando Astsubay Meslek Yüksekokulu. Kara Harp Enstitüsü, Deniz Harp Enstitüsü, Hava Harp Enstitüsü, Müşterek Harp Enstitüsü, Atatürk Stratejik Araştırmalar Enstitüsü, Alparslan Savunma Bilimleri Enstitüsü, Barbaros Deniz Bilimleri ve Mühendisliği Enstitüsü, Hezarfen Havacılık ve Uzay Teknolojileri Enstitüsü, Millî Savunma ve Güvenlik Enstitüsü ve Fatih Harp Tarihi Araştırmaları Enstitüsü.
İlerleyen yıllarda Atatürk Stratejik Araştırmalar Enstitüsü, Alparslan Savunma Bilimleri Enstitüsü, Barbaros Deniz Bilimleri ve Mühendisliği Enstitüsü, Hezarfen Havacılık ve Uzay Teknolojileri Enstitüsü, Millî Savunma ve Güvenlik Enstitüsü İstanbul ve Ankara'da iki enstitü olarak Atatürk Stratejik Araştırmalar Enstitüsü ve Alparslan Savunma Bilimleri ve Millî Güvenlik Enstitüsü isimleriyle birleştirilmiştir.
2022'de Yabancı Diller Yüksekokulu faaliyete geçmiştir. 2023'te ise üç kuvvete ait lisan okulları Millî Savunma Üniversitesi Yabancı Diller Yüksekokulu bünyesinde kurulan Kurslar Müdürlüğü'ne devredilmiştir. 2024'te Türk Silahlı Kuvvetler Astsubay Üst Karargâh Hizmetleri Merkezi Komutanlığı (AÜKHEM) Millî Savunma Üniversitesi'ne bağlanmıştır. 2022 ve 2023'te Havacılık ve Uzay Teknolojileri Araştırma ve Uygulama Geliştirme Merkezi, Elektronik Harp ve Siber Güvenlik Araştırma ve Uygulama Geliştirme Merkezi, Kıbrıs, Yunanistan ve Ege-Doğu Akdeniz Araştırma Merkezi, MSÜ Sürekli Eğitim Merkezi, MSÜ Öğretim Programları Materyalleri, Ortamları Araştırma, Uygulama ve Geliştirme Merkezi faaliyete başlamıştır.
Millî Savunma Üniversitesi beş şehirde (İstanbul, Ankara, İzmir, Balıkesir, Yalova) on beş yerleşkede faaliyetlerini sürdürmektedir. Üniversitenin rektörlüğü 4 Ekim 2016-6 Ocak 2017 tarihleri arasında farklı yerleşkelerde yer almıştır. 9 Ocak 2017 tarihinden itibaren bugün de kullanılan İstanbul Yenilevent Yerleşkesi'ne taşınmıştır. Rektörlük merkezi ile kurmay ve araştırma enstitülerinin ikisi Yenilevent Yerleşkesi'nde, harp okulları Ankara ve İstanbul'dadır. Astsubay meslek yüksekokulları ise İzmir, Balıkesir ve Yalova'dadır. Kuleli Askerî Lisesi binasında 2022-2023 eğitim öğretim döneminden itibaren Yabancı Diller Yüksekokulu faaliyete geçmiş, bütün harp okullarına giren öğrencilere müşterek yabancı dil eğitimi verilmeye başlanmıştır. Burada yabancı dil eğitiminin yanı sıra Harbiyeliler'e temel beden eğitimi ve spor dersi, yüzme dersleri ve temel askerlik eğitimi de verilmektedir.
FETÖ ile irtibatlı ve iltisaklı personelin ihracı sonrasında Türk Silahlı Kuvvetleri'nde alt rütbeli subay ve astsubay kadrolarında azalma ortaya çıkmıştı. Bunun üzerine Türk ordusu ihtiyaç duyduğu genç subay ve astsubayların temini için planlar yapmıştır. Kasım 2016'da sivil üniversitelerden yatay geçişle öğrenci alınması için harekete geçilmiştir. Alınan öğrenciler 13 Şubat 2017'de Hava Harp Okulu, 13 Mart 2017'de ise Kara Harp Okulu ve Deniz Harp Okulu'nda eğitim öğretime başlamıştır. Astsubay meslek yüksekokullarının ikinci sınıflarına da 2017-2018 eğitim öğretim döneminde başlamak üzere sivil meslek yüksekokullarından yatay geçişle öğrenci alınmıştır. Ayrıca üniversite ve meslek yüksekokullarının mezunlarından mülakatla adaylar alınıp, üniversite bünyesindeki askerî okullarda yaklaşık bir yıl süren "subay temel askerlik ve subaylık anlayışı kazandırma" (SUTASAK) ve "astsubay temel askerlik ve astsubaylık anlayışı kazandırma" (ASTTASAK) eğitimleri ile subay ve astsubaylar yetiştirilmiş ve halen yetiştirilmeye devam edilmektedir.
2 Ekim 2017'de harp okullarında yabancı dil hazırlık sınıfları açılmıştır. Hazırlık sınıflarının açılmasının iki amacı vardır: Öncelikle öğrencilerin askerî lise eğitimi kaldırıldığı için harp okullarında bir yıl fazla eğitim alması, ikinci olarak da ihtiyaç hissedilen dil eğitimlerinin verilmesidir. Harp okullarında İngilizce'nin yanında yıllar içerisinde Arapça, Farsça, Rusça, Fransızca, Almanca ve Yunanca hazırlık sınıfları da açılmıştır.
Kurmaylık sistemi dünya örnekleri incelenerek yenilenmiş üç aşamalı hale getirilmiştir. 11 Ekim 2017'de ilk "karargâh subaylığı eğitimi" sınavları yapılmıştır. 23 Ekim 2017'de yenilenen kurmaylık sistemiyle eğitim öğretime başlanmıştır. Bir yıl sonra "karargâh subaylığı eğitimi"ni görüp, sınavda başarılı olan kursiyer subaylar 2 Ekim 2018'de de "komuta kurmay eğitimi" verilmiştir. Aynı tarihte "müşterek komuta ve kurmay eğitimi" başlatılmıştır. 27 Aralık 2018'de özellikle doktor ve acil tıp teknisyeni ihtiyacının sivil üniversitelerden karşılanması için fakülte ve Yüksekokullar Askerî Öğrenci Komutanlığı kurulmuştur.
Türk Silahlı Kuvvetleri'nin eğitim öğretim sistemini tek çatı altında toplayan Millî Savunma Üniversitesi, kuruluşunu müteakip iki sene içerisinde birimlerinin tamamında eğitim öğretime başlamıştır. Bu süre zarfında rektörlüğün, enstitülerin, harp okullarının ve astsubay meslek yüksekokullarının teşkilat, malzeme ve personel kadroları yenilenmiş, kanun ve yönetmelik seviyesinde hukukî düzenlemeler yapılmıştır. Millî Savunma Üniversitesi'ne bağlanan askerî eğitim öğretim kurumları arasında eş güdüm ve iş birliği sağlanmış, başta eğitim öğretim programları ve dersler olmak üzere idarî ve akademik uygulamalar gözden geçirilerek yeniden düzenlenmiştir. Askerî eğitimin süresi ve askerî derslerin saatleri arttırılmıştır. "Demokrasi ve sivil toplum" ve "Türk savaş felsefesi ve stratejik kültür" gibi yeni dersler konulmuştur. Harp tarihi derslerinin saatleri arttırılmış, askerliğin temeli disiplin olduğundan bu ilkeden taviz verilmemiştir. Okullardaki eğitimin askerî eğitim ve akademik eğitim olarak iki koldan yürütülmesi planlanmıştır. Mevcut durumda, askerî eğitim okul komutanları, akademik eğitim ise akademik unvanı olan sivil dekan ve müdürler tarafından yürütülmektedir.
Harp okullarının ve astsubay meslek yüksekokullarının öğrenci temini için Öğrenci Seçme ve Yerleştirme Merkezi ile yapılan protokol kapsamında 2018'den itibaren Millî Savunma Üniversitesi Askerî Öğrenci Aday Belirleme Sınavı yapılmaya başlanmıştır. Bu sınavla seçilen öğrenciler, fizikî yeterlik ve mülakata da girdikten sonra "Temel Yeterlik Testi" (TYT) ve "Alan Yeterlik Testi" (AYT) puanları hesaba katılarak askerî okullara kabul edilmektedirler.
Savunma sahasına nitelikli personel yetiştirmek amacıyla Millî Savunma Üniversitesi enstitülerinde yüksek lisans ve doktora programları da açılmıştır. Yine Millî Eğitim Bakanlığı ile iş birliği yapılarak Millî Savunma Üniversitesi adına lisansüstü eğitim öğretim görmek üzere 2017 yılından itibaren yurt dışına öğrenci gönderilmeye başlanmıştır. Ayrıca hem Türk Silahlı Kuvvetleri'nin ihtiyacı hem de araştırmacıların istifadesine sunulması amacıyla askerî tarih araştırmaları için çalışmalar başlatılmıştır. Bu kapsamda üniversite bünyesinde 17 Ekim 2017'de kurulan Fatih Harp Tarihi Araştırmaları Enstitüsü'nün girişimleriyle müşterek harp tarihi sempozyumları yapılmakta bibliyografya, kronoloji ve ansiklopedi çalışmaları ile harp tarihi dergisi çıkarılmaktadır.
