Osmanlı'dan Cumhuriyet'e intikal eden askerî eğitim kurumlarından biridir. 1773 yılında Kaptanıderya Cezayirli Gazi Hasan Paşa tarafından kurulduğu kabul edilen okulun temelleri, Kasımpaşa'da kurulan Hendesehane'ye dayanır. Tarihî süreçte Bahriye Mektebi ve Mühendishâne-yi Bahrî-yi Hümâyûn gibi farklı isimler almıştır. Deniz kuvvetlerine subay yetiştirmek için kurulan okulun eğitim süresi, öğretim programı, idarî ve akademik yapısı zaman içinde birçok defa değişti. Ancak deniz subayı yetiştirme amacı hiç değişmedi.
Cumhuriyet'in ilanından sonra Tevhîd-i Tedrisat Kanunu'yla (3 Mart 1924) bütün askerî okullar gibi Deniz Harp Okulu da bütçe ve eğitim kadrosuyla Maarif Vekâleti'ne bağlandı. Ancak bir yıl sonra, bu kanunda yapılan değişiklikle Millî Müdafaa Vekâleti'ne devredildi. İlerleyen yıllarda Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'na bağlanan okul, 2016 yılından itibaren Millî Savunma Bakanlığı'na bağlı Millî Savunma Üniversitesi bünyesinde eğitim öğretime devam etmektedir.
27 Mayıs 1928 tarihinde, Genelkurmay Başkanlığı'nın kararıyla yeni bir yapılanmaya gidildi. Heybeliada'daki Bahriye Mektebi'nin idâdî kısmı Deniz Lisesi adını alırken, Deniz Harp Okulu Kasımpaşa'da Divanhane binasına taşındı ve Deniz Harp Mektebi Çekirdekliği adıyla yeniden yapılandırıldı. Bugünkü Kuzey Deniz Saha Komutanlığı binasında faaliyet gösteren okul ilk mezunlarını 1 Aralık 1929'da verdi. Ancak Kasımpaşa'daki bina ve teknik donanımın eğitim öğretim için yetersiz olması sebebiyle, Deniz Harp Mektebi 12 Ekim 1930'da Heybeliada'ya taşındı. İki okulun idarî olarak aynı çatı altında toplanmasının uygun olacağı değerlendirilerek Deniz Harp Mektebi ve Lisesi Müdürlüğü adı altında birleştirildi. 1962-1963 eğitim öğretim dönemine kadar harp okulu ve lise aynı teşkilat altında faaliyetini sürdürdü. Bu dönemden itibaren Deniz Harp Okulu Komutanlığı ve Deniz Lisesi Komutanlığı olarak ayrıldı.
Kasımpaşa'da kurulan Deniz Harp Okulu günümüze kadar birkaç defa yer değiştirdi. Kasımpaşa'dan sonra Heybeliada'ya taşınan okul, II. Dünya Savaşı'nda Almanlar'ın Balkanlar'ı işgal etmesi üzerine, güvenlik tedbirleri kapsamında, 23 Mayıs 1941'de Mersin'de eski 23. Alay Kışlası'na taşındı. Savaşın sona ermesini müteakip 9 Eylül 1946 tarihinde Heybeliada'ya geri taşındı ve 1985 yılına kadar eğitime burada devam edildi. Heybeliada'daki bina ve tesisler gelişen ve değişen eğitim ihtiyaçlarına cevap vermede yetersiz kalmaya başlaması okulun geniş kapasiteye sahip bir yere taşınmasını gündeme getirdi. 28 Temmuz 1977'de Tuzla yarımadasında başlayan inşaatın tamamlanmasıyla, Deniz Harp Okulu 31 Temmuz 1985'te Heybeliada'dan Tuzla Yerleşkesi'ne taşındı.
Osmanlı döneminde olduğu gibi Cumhuriyet döneminde de okulun eğitim süresi birçok defa değişti. 1924 yılında, güverte ve makine sınıfları için bir yılı hazırlık sınıfı olmak üzere toplam dört yıl olan eğitim süresi, 1930-1953 yılları arasında bir yılı okulda teorik, bir yılı donanmada pratik eğitim olmak üzere iki yıl olarak belirlenmişti. 1953-1969 yılları arasında iki yıl, 1971'de üç yıl olan eğitim süresi, 1979'da dört yıla çıkarıldı. 2016 yılında yapılan düzenlemeyle, İngilizce hazırlık sınıfı eklendi ve eğitim süresi beş yıla çıkarıldı. Ancak yabancı dil muafiyet sınavından başarılı olan öğrenciler hazırlık sınıfı okumadan doğrudan birinci sınıfa başlayabilmekte ve dört yılda mezun olabilmektedir.
Eğitim süresi gibi eğitim öğretim programı da birçok defa değişti. 1984 yılında eğitim öğretim programının yenilenmesi, bilimsel ve teknolojik gelişmelere paralel olarak 1986-1987 eğitim öğretim yılında Yöneylem Araştırması, Makine ve Elektrik/Elektronik (Muhabere, Bilgisayar, Kontrol, Elektrik) Anabilim dallarında eğitime başlanması bunlardan bazılarıydı. 1990 yılı başında, lisans tamamlama eğitimine ihtiyaç duymayacak şekilde eğitim yapılmasına karar verilmiş ve yeniden düzenlenen programlar 1991-1992 yılında uygulanmaya başlanmıştı. 1995-1996 eğitim öğretim yılından itibaren uygulanan yeni programda müfredata STCW dersleri eklenmiş, meslek ve yabancı dil dersleri arttırılmış, dört yıllık kredi saat toplamları azaltılmış, meteoroloji ve istihbarat dersleri ilave edilmişti. 2000 yılında yürürlüğe giren Harp Okulları Kanunu kapsamında mühendislik diploması veren dallar bölüm olarak isimlendirilmiş ve bölüm sayısı dörtten dokuza çıkarılmıştı. 2011-2012 eğitim öğretim yılında Uluslararası İlişkiler ve Deniz Güvenliği Lisans Programı açılmış, ancak daha sonra kapatılmıştı.
Deniz Harp Okulu idarî ve akademik yapısındaki son değişiklik 2016 yılında oldu. 15 Temmuz 2016 tarihinde yaşanan askerî darbe/kalkışma teşebbüsü sonrasında Türkiye'de askerî eğitim öğretim sistemi yeniden yapılandırıldı. Bu kapsamda 2016 yılında Millî Savunma Bakanlığı'na bağlı Millî Savunma Üniversitesi (MSÜ) kurularak askerî okullar tek bir çatı altında toplandı. Bu tarihten sonra diğer askerî okullar gibi Deniz Harp Okulu da Millî Savunma Üniversitesi bünyesinde eğitim öğretime başladı. Yeni yapılanmayla beraber bir yılı hazırlık sınıfı olmak üzere beş yıllık lisans eğitimi verilmeye başlandı. Bu kapsamda, öğretim programı yeniden düzenlendi, askerî eğitim öğretim programı uygulama yönünde geliştirildi. 2016 yılından önce öğrencilerin büyük bölümü Heybeliada'da bulunan Deniz Lisesi mezunlarından oluşuyor, ihtiyaç durumuna göre sivil liselerden de öğrenci alınıyordu. Askerî liselerin kapatılması sonrasında sivil liselerden merkezî sınav ve sayısal puanla (matematik, fizik, kimya, biyoloji) öğrenci alınmaya başlandı. Akademik kadro, dekanlıkta görevli sivil öğretim elemanları ve Deniz Kuvvetleri personeli asker öğretim elemanlarından oluşturuldu. Dekanlık akademik teşkilat yapısı ve akademik eğitim Yükseköğretim Kurulu (YÖK) kriterlerine uyumlu hale getirildi ve mühendislik lisans diploması uluslararası nitelik kazandı.
Okulun idarî yapısı, eskiden olduğu gibi okul komutanlığı, dekanlık ve öğrenci alay komutanlığı olarak devam etmektedir. Okul komutanı, dekanlıkça yürütülen akademik eğitim öğretim faaliyetlerinin dışında, okulda gerçekleştirilen askerî eğitim ve diğer bütün faaliyetlerden sorumlu, tuğamiral veya tümamiral rütbesinde bir deniz subayıdır. Dekan, Millî Savunma bakanı tarafından atanır ve harp okulundaki akademik eğitim öğretim, bilimsel araştırma ve etkinlikler ile yayım faaliyetlerini yürütür. Dekan sivil veya asker olabilir ve rütbe olarak okul komutanına denktir. Öğrencilerin askerî eğitimi, beden eğitimi ve spor, disiplin, yönetim, barınma ve beslenme gibi faaliyetler öğrenci alay komutanlığı tarafından yürütülür. Öğrenci alay komutanı, albay rütbesinde deniz subayıdır. Okul komutanı ve öğrenci alay komutanı Deniz Kuvvetleri personelidir.
Deniz Harp Okulu'nun temel amacı, 1773 yılından bu yana sahip olduğu eğitim tecrübesi ve bilgi birikimiyle, komutanlık ve liderlik niteliklerine sahip deniz subayı yetiştirmektedir. Bu amaca yönelik olarak okulda, Türk Deniz Kuvvetleri'nin ihtiyaçlarına göre belirlenmiş mühendislik bilim dallarında lisans düzeyinde akademik ve askerî eğitim verilir. Akademik ve askerî eğitim programı, deniz subayının görev ve sorumlulukları esas alınarak, ulusal ve uluslararası standartlara göre yapılır. Akademik eğitim sivil ve asker akademisyenler, askerî eğitim ise Deniz Kuvvetleri'nde görevli deniz subayları tarafından verilir. Akademik eğitim; içerik, ders saati ve kredisi bakımından Yükseköğretim Kurulu ve Avrupa Birliği eğitim standartlarına uyumlu olarak yapılır.
Akademik yapı, dekanlık çatısı altında on bölümden oluşur. Bilgisayar, Elektrik-Elektronik, Endüstri, Gemi İnşaatı-Gemi Makineleri ile Makine Mühendisliği bölümleri lisans diploması veren bölümlerdir. Ayrıca ortak derslerin verildiği Beşeri ve Sosyal Bilimler, Denizcilik ve Askerî Bilimler, Eğitim Bilimleri, Temel Bilimler ve Yabancı Diller bölümleri vardır.
Birinci sınıfta, çoğunluğu sayısal derslerden oluşan ortak bir program uygulanır. İkinci sınıftan itibaren öğrenciler Bilgisayar, Endüstri, Gemi İnşaatı-Gemi Makineleri, Makine ve Elektrik-Elektronik Mühendisliği bölümlerinden birini seçerek üç yıl boyunca bu alanda ders alır. Öğrenci mezun olduğu bölüme göre uluslararası geçerliliği olan mühendislik lisans diploması alır.
Okuldaki askerî eğitimler, Türk Deniz Kuvvetleri personeli olan subaylar tarafından verilir. Bu dersler laboratuvarlarda, gemi havuzu ve köprü üstü simülatöründe uygulamalı olarak yapılır. Öğrenci Alay Komutanlığı tarafından, beden eğitimi ve spor dersleri yanında, ayrıca savaş beden eğitimi ve temel askerî eğitim dersleri verilir. Askerî dersler kapsamında öğrenci donanma gemilerinde deniz eğitimi alır ve donanma stajını yapar. Öğrenciler akademik dersler ve askerî eğitimin yanı sıra, STCW (Gemi Adamları Eğitim Belgelendirme ve Vardiya Standartları Hakkında Sözleşme) dersleri de almaktadır. Bu sayede mezunlar uluslararası sularda "gemi adamlığı belgesi" almaya hak kazanır. Öğrenciler Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'nın yapmış olduğu planlı tatbikatlar ile birlik tanıma faaliyetleri gibi çeşitli etkinliklere katılır. Askerî eğitim alan öğrenci subay diploması almaya hak kazanır.
Öğrencilerin gemi ve deniz hayatını öğrenmesi ve teorik bilgiyi pratiğe dökmek amacıyla; eğitim botlarında, okul ve harp gemilerinde uygulamalı deniz eğitimleri yapılır. Birinci sınıfta temel denizcilik eğitimleri eğitim botlarında verilir. İkinci sınıfın sonunda yaz döneminde on günlük iç liman ziyaretlerinden oluşan ileri denizcilik eğitimleri vardır. Üçüncü sınıfın sonunda ise yabancı ülke limanlarının ziyaret edildiği yirmi gün süreli açık deniz eğitimleri yapılır. Bu seyirler sırasında çeşitli askerî eğitimler de verilir. Yaz periyodunda öğrenciler, yaz kampı ve donanma stajını tamamlar.
Okul mezunları deniz kuvvetlerinde subay olarak görev yapacaklarından, subaylar arasında dönem/devre birliğinin sağlanması amacıyla ders geçme değil, sınıf geçme sistemi uygulanır. Bu sebeple bütün derslerden başarılı olan öğrenci bir üst sınıfa geçebilir. Güz ve bahar adıyla iki dönemden oluşan eğitim sürecinde dersler yıllık değil dönemliktir. Yabancı dil hazırlık sınıfında başarısız olan öğrencinin okulla ilişkisi kesilir. Hazırlık sınıfı dahil beş yıllık eğitim sürecinde öğrencinin en fazla bir yıl kalma hakkı vardır. Okulu altı yılda bitirmek zorundadır, aksi halde akademik başarısızlık gerekçesiyle okuldan kaydı silinir.
Deniz Harp Okulu'nda öğrencilerin büyük çoğunluğunu erkekler oluşturmakla birlikte, kız öğrenciler de vardır. Türkiye'de harp okullarına kız öğrenci alımı ilk defa 1955 yılında başlamış ve bu tarihte okula iki kız öğrenci alınmıştır. 1956'da bir, 1959'da beş kız öğrenci alınmış, ancak 1960 yılında bu uygulamaya son verilmiştir. Sivil lise mezunlarından kız öğrenci alımına 1992 yılında yeniden başlanmış ve aynı yıl yirmi beş kız öğrencinin kaydı yapılmıştır. Günümüzde, Deniz Kuvvetleri'nin ihtiyacına göre her yıl belirli bir oranda kız öğrenci alımı devam etmektedir.
Başka ülkelerle yapılan askerî eğitim iş birliği anlaşmaları kapsamında, Deniz Harp Okulu'nda çok sayıda yabancı öğrenci eğitim almış ve halen de almaya devam etmektedir. Misafir askerî personel olarak kabul edilen yabancı öğrenciler, bir yıl Türkçe hazırlık programını tamamladıktan sonra Türk öğrencilerle birlikte eğitime devam ederler. İlk yabancı öğrenci 1954 yılında Libya'dan gelmiş ve 1958 yılında mezun olmuştur. Bugüne (2024) kadar toplam 418 yabancı askerî öğrenci Deniz Harp Okulu'ndan mezun olmuştur. 2023-2024 eğitim öğretim yılında on üç farklı ülkeden toplam 115 yabancı öğrenci bulunmaktadır. Bu öğrencilerin ellisi Azerbaycan, on beşi ise Libya'dandır. Arnavutluk, Gambiya, Gine, Kamerun, Kazakistan, Kore Cumhuriyeti, Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti, Pakistan, Senegal, Somali, Türkmenistan ve Ürdün öğrenci bulunan diğer ülkelerdir. Öte yandan, Deniz Harp Okulu öğrencileri arasından seçilen az sayıda Türk öğrenci de yurt dışında eğitime gönderilmiştir. Yurt dışına öğrenci gönderme ilk defa 1994 yılında başlamış, 2006 yılına kadar on dört öğrenci bu kapsamında Amerika Birleşik Devletleri'nde eğitim almıştır. 2023 yılında bir öğrencinin mezun olduğu Kore Cumhuriyeti Deniz Harp Okulu'nda halen, 2023-2024 eğitim öğretim yılında, iki Türk öğrenci eğitim görmektedir.
Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'nın ihtiyaç duyduğu deniz subayını yetiştiren Deniz Harp Okulu, aynı zamanda İçişleri Bakanlığı'na bağlı Sahil Güvenlik Komutanlığı için de öğrenci yetiştirir. Adı geçen komutanlık adına ilk defa 2004-2005 eğitim öğretim yılında öğrenci kabul edilmiştir. Bu kapsamda her yıl ortalama elli öğrenci Deniz Harp Okulu'nda eğitim görmektedir. 2023-2024 eğitim öğretim yılında toplam 220 öğrenci, Sahil Güvenlik Komutanlığı adına eğitim almaktadır.
Deniz Harp Okulu, 2022-2023 eğitim öğretim yılında 453'ü Türk, on ikisi yabancı olmak üzere toplam 465 mezun vermiştir. Bu, okul tarihindeki en yüksek mezun sayısıdır. 2023-2024 eğitim öğretim yılında ise 115'i yabancı olmak üzere toplam 1687 öğrenci Deniz Harp Okulu'nda eğitim görmektedir.
