Süleymaniyeli Baban ailesinden Vali Mustafa Zihni Paşa'nın ve İclâl Hanım'ın oğlu olarak Bağdat'ta doğdu. Bağdat Mekteb-i İbtidâî ve Rüştiyesi'ni bitirdikten sonra İstanbul'a geldi. Galatasaray Sultânîsi'nden (1891) ve Mülkiye Mektebi'nden mezun oldu (1894). Dönemin teamüllerine uygun olarak dışarıdan cami/medrese dersleri de aldı.

Mülkiye Mektebi'nden mezun olduğu yıl Hariciye Nezareti Tahrîrât-ı Hariciye Kalemi'nde Arapça mütercimi olarak çalışmaya başladı. Mart 1895 tarihinde mezun olduğu Mekteb-i Sultânî'ye Arapça muallimi tayin edildi ve bu görevi bazı fasılalarla 1914 yılına kadar devam etti. Aynı okulda ilm-i tevhit dersleri de okuttu.

II. Meşrutiyet'in ilanından hemen sonra kadrosu Hariciye'den Maârif'e aktarılarak Maarif Nezareti Meclis-i Maarif İlmiye Şubesi azalığına (Ağustos 1908), ardından aynı yıl mülga Mekâtib-i Rüşdiye İdaresi müdürlüğüne getirildi. İki yıl sonra Meclis-i Maârif azası oldu. Bir ara Tedrîsât-ı Âliye müdürlüğü de yaptı (1911-1912). Ağustos 1914 tarihinden itibaren Maarif Nezareti Telif ve Tercüme Heyeti azalığında bulundu ve bu daire bünyesinde kurulan Istılâhât-ı İlmiye Encümeni'nde önemli çalışmalar yaptı.

Dârülfünun Edebiyat ve İlahiyat Şubesi felsefe grubu müderrisliklerine getirildikten sonra felsefe, hikmet, ruhiyat, ahlak, mantık, mâba'dettabîa, bedîiyat ve İslam felsefesi dersleri okuttu (1910-1933). Dârülfünun'da bir kısmı ilk defa okutulan bu dersler için hazırladığı kıymetli notlar-uyarlamalar ve tercümeler daha sonra kitaplaştı. Maarif Nezareti'ne bağlı olarak Ali Ekrem'in (Bolayır) riyasetinde 1918 yılında Dârülfünun'da kurulan Tedkîkat-ı Lisâniye Encümeni ve yine Maarif Nezareti bünyesinde ve kendi riyasetinde kurulan sarf, imla ve edebiyat encümenlerinde çalıştı.

Yazarlık hayatına 1898 yılında Servet-i Fünûn mecmuasında "Bedâyiu'l-Arab" başlığı altında Cahiliye devri ve erken İslam dönemi Arap edebiyatından şiir tercümeleri ve açıklamalarıyla başladı. Galatasaray Lisesi'ndeki hocalığının bir parçası olarak Arapça ders kitapları telifi ve Arapça eğitimi için yeni bir usul geliştirmekle uğraştı. Türk eğitim tarihi ve yeni ders kitapları bakımından bu çabaları kıymetli bulunur. 1908 yılında çıkmaya başlayan Sırât-ı Müstakîm-Sebîlürreşâd mecmuası kadrosu içinde yer aldı ve farklı konularda birçok yazı kaleme aldı.

Naim Bey 1933 yılında yapılan üniversite reformuyla tasfiye edilerek emekli oldu. Arapça'ya vukufu, tercüme denemeleri, hususan Sırât-ı Müstakîm-Sebîlürreşâd'daki hadis tercüme ve şerhlerindeki başarısı hesaba katılarak kendisine 1926 yılında Diyanet İşleri Riyaseti tarafından teklif edilen ve hazırladığı iki cildi basılan Tecrîd-i Sarîh Tercemesi çalışmalarını sürdürürken 13 Ağustos 1934 tarihinde vefat etti. Ertesi gün Fatih Camii'nde cenaze namazı kılındı ve Edirnekapı Mezarlığı'na defnedildi.

Şâbânî/Halvetî tarikatına müntesip olan Naim Bey son devrin büyük mutasavvıflarından Türbedar Ahmed Amiş Efendi'nin kızı Ayşe (Serinken) Hanım'dan olan torunu Avniye Hanım ile evli idi.

Naim Bey'in ilim adamlığı ve hocalığı, dillere vukufu, ilmî konulardaki hassasiyetleri, çalışmaları, ders kitabı yazarlığı, ders takrir tarzları ve tercümeleri üzerinden takip edilebilir. Özellikle ders kitabı, öncelikli tercümeleri kendi sahalarında ölçü olabilecek, merkeze alınabilecek özelliklere sahiptir.

Mekteplerde Arapça eğitimi meselesiyle ilgisi Galatasaray Sultânîsi'ndeki hocalığı sırasında başladı ve bu çalışmalarında klasik usullerle modern usuller arasında geçiş devresi diyebileceğimiz bir dönemde ürünler verdi, ana dili Türkçe olan çocuklara Arapça öğretmek için ders kitapları yazdı.

Maarif Nezareti'nde aldığı görevler ve Dârülfünun'daki felsefe grubu dersleri hocalığı sırasında Fransızca yeni felsefe terimlerinin Osmanlıca'ya-Türkçe'ye nasıl aktarılacağı konusunda önemli çalışmalar yaptı; ilim ve felsefe terimlerinin, mümkün olduğu ölçüde İslam-Osmanlı felsefe-kelam-tasavvuf-dil-mantık geleneği hesaba katılarak üretilmesini savundu ve bu konuda en çok kavram-terim tartışması metni yazan ve kavram-terim karşılığı teklif eden kişi oldu. Ayrıca umumi dil bahisleriyle de yakından ilgilendi. Türk yüksek eğitim sisteminde felsefe grubu derslerinin nasıl ve hangi muhtevada okutulacağı meselesi üzerinde kafa yoran, düşüncelerini fiilen uygulayan, bu dersler için tercüme-uyarlama-telif eserler yazan hocalar ve aydınlar arasında da ilk sıralarda yer alır.

Naim Bey hadis metinlerinin yeni tercümelerinin dili konusunda da öncülük yapan yazarlar arasında bulunur. Sebîlürreşâd'daki hadis tercüme ve şerhleri ile Tecrîd-i Sarîh Tercemesi dil açısından hâlâ aşılamamış çalışmalardır.

II. Meşrutiyet devri milliyetçilik tartışmalarıyla ilgili en önemli tenkit-tartışma metni, onun Türk Yurdu ve İslâm Mecmuası çevresine yönelik olarak kaleme aldığı İslâm'da Dâvâ-yı Kavmiyet başlıklı metnidir. Babanzade Arnavut isyanı ve Balkan savaşları sonrasında, 1912-13 yıllarında farklı bir çerçevede yükseliş göstermeye başlayan seküler milliyetçilik meselesini, İslam'a uygun olup olmadığı ve Osmanlı Devleti için zararları açılarından ele alır. Ona göre milliyetçilik, klasik İslam kültüründeki "asabiyet" kavramı merkeze alınarak değerlendirilmelidir. Kur'an, üstünlük ölçüsü olarak ırkı, kavmi (milleti) değil "takva"yı öne çıkardığı gibi Hz. Peygamber de asabiyetle övünmeyi yasaklamıştır. Dolayısıyla dinen böyle bir görüş savunulamaz.

Osmanlı Devleti için milliyetçiliğin yıkıcı zararları ise açıktır. Çünkü bu fikir ve temayül, aynı ırktan olmayan Osmanlı tebaası müslüman unsurlar arasında husumeti, tefrikayı arttıracağı gibi gayrimüslimlerle olan problemleri de artıracaktır. Bu ise Osmanlı siyasî birlik arayışlarını doğrudan zarara uğratacaktır. Ahmed Naim Bey'in bu tenkitlerine, Türk Yurdu yazarlarından Ahmet Ağaoğlu doğrudan, Gökalp ise dolaylı olarak cevaplar vermiştir.

Babanzade, özellikle İslâm Mecmuası yazarlarının, modern bir İslam yorumu ortaya koymak maksadıyla fıkıh ve fıkıh usulü kavramlarına ve buna bağlı olarak fıkıh meselelerine getirdikleri yeni yorum çerçevelerine karşı da tenkit yazıları kaleme almıştır. Bu yazılarda kadının konumu, dörde kadar kadınla evlenmeye cevaz meselesi gibi konular ağırlıktadır. Tenkitlerine ve tartışmalarına bakıldığında onun modernleşmeye karşı çıkmaktan çok, bu uğurda öne sürülen fikirlerin seviyesi ve mantığı ile ciddi olarak uğraştığı görülecektir.

Bazı Eserleri: Temrînât-Sarf-ı Arabî'ye Mahsus Temrînât (Galatasaray Ders Nazırı Cemil Bey'in yazdığı Sarf-ı Arabî kitabının tatbik ve temrinleri, 1900); Hikmet Dersleri (1913); İslâm'da Dâvâ-yı Kavmiyet (1914); Felsefe Dersleri (1914); Mebâdî-i Felsefeden Birinci Kitap İlmü'n-Nefs (G.L. Fonsegrive'den geniş notlarla tercüme, 1915; kitaptaki kavram çalışmalarının tamamı Bir Felsefe Dili Kurmak adlı eserde mukayeseli olarak ve sözlük standartlarında neşredilmiştir); İlm-i Mantık (Elie Rabier'den tercüme, 1919). Ahlâk-ı İslâmiye Esasları (1924); Kırk Hadis (Nevevî'den tercüme, 1925); Sahîh-i Buhârî Muhtasarı Tecrîd-i Sarîh Tercemesi (I ve II. C., 1928; vefatı üzerine III. cildin ve diğer ciltlerin tercümeleri Kâmil Miras tarafından tamamlanarak yayıma hazırlanmıştır. Eserin I. cildi hadis usulü ve tarihi kitabıdır).