Kûfe, eski Hîre şehrinin yakınlarında, Fırat nehri kıyısında İslam tarihinde "Emsâr" adıyla bilinen ve taşranın askerî-siyasî merkezleri olan ordugâh şehirlerden biri olarak, 638 yılında Hz. Ömer'in emriyle Sa'd b. Ebû Vakkas tarafından kuruldu. Kûfe isminin "çakıl taşlarıyla karışmış kum tepesi" veya "insanların toplandıkları yer" anlamlarına geldiği kaydedilir.
Kûfe, Hz. Ömer ve Hz. Osman dönemlerinde Basra ile bilhassa İran ve Kafkasya'ya yönelik askerî harekât üssü olarak kullanıldı. Hz. Osman'ın halifeliğinin son yıllarında ortaya çıkan hoşnutsuzlukta başını çeken grupların yaşadığı şehirlerden biri oldu. Hz. Ali 656-657 yılında Muâviye b. Ebû Süfyan'a karşı Kûfe'yi kendisine yeni merkez yaptı. Hz. Ali'nin 661'de şehit edilmesi üzerine onun şehadet mahalli ve vefatı sonrasında defnedildiği Necef, zaman içerisinde gelişerek Kûfe'nin de içinde yer aldığı büyük bir şehre dönüştü ve Kûfe, Şiîler için önemli bir merkez haline gelen Necef'in bir nahiyesi oldu.
Emevîler'in Irak valisi Ziyâd b. Ebîh zamanında, kalıcı binaların yapımıyla şehir ortaya çıkmaya başladı. Kûfeliler, Emevîler dönemi boyunca yönetime karşı bütün hareketlerin içinde yer alarak muhtelif isyanları desteklediler.
Kûfe, Emevîler devrinin sonuna doğru, Abbâsî davetinin merkezi olarak hayli önemli roller üstlendi. Ancak Abbâsîler, kendilerini daha güvende hissedecekleri yeni bir başkent arayışı içine girince Bağdat'ı inşa ettiler. Böylece siyasî faaliyetlerin merkezi olmaktan uzaklaşan Kûfe, Basra ile birlikte birer ilim merkezine dönüşmeye başladı.
Kûfe'nin kurulmasıyla birlikte Hz. Ömer, bölge halkına Kur'an'ı öğretmesi için Abdullah b. Mes'ûd'u görevlendirdi. Sa'd b. Ebû Vakkas, Huzeyfe b. Yemân, Selmân-ı Fârisî, Ammâr b. Yâsir ve Ebû Mûsâ Eş'ârî Kûfe'ye yerleşen çok sayıdaki sahâbîden bazılarıdır. Hz. Ali'nin de gelmesiyle şehirde ilmî hayat giderek gelişti. Bilahare ehl-i rey olarak anılacak olan ilim halkası ve diğer bilimsel gelişmelerle Kûfe, Emevîler döneminde Medine'den sonra ikinci bir kültür merkezi olarak ortaya çıktı.
Kûfe'de tâbiîn neslinden de pek çok âlim yetişti. Bu dönemde Abdullah b. Abbas, Ebû Saîd Hudrî ve Enes b. Mâlik gibi sahâbîlerle görüşerek onlardan ders alan İbrâhim Nehaî Kûfe ekolünün tâbiîn neslindeki önemli temsilcilerindendir. Onun metot ve görüşleri, talebesi Hammâd b. Ebû Süleyman aracılığı ile Ebû Hanîfe'ye kadar ulaşarak, fıkıhta Ebû Hanîfe ekolünün oluşmasında büyük etkisi oldu. Emevîler'in yıkılmasından sonra Abbâsîler döneminde Kûfe mektebi, "ehl-i rey" olarak isimlendirildi. Hanefî mezhebiyle özdeşleşen bu adlandırmayı hangi dönemde kimin yaptığı bilinmemekle birlikte literatürde "ehl-i hadîs"in karşıtı olarak "ehl-i rey" yerine bölge olarak Hicaz-Irak ve şehir olarak Medine-Kûfe karşıtlığı da kullanılır.
Kûfe'de ortaya çıkan ancak taraftar toplayamadığı ya da tedvin edilemediği için günümüze kadar gelemeyen mezhepler de bulunuyordu. Ebû Îsâ Abdurrahman b. Ebû Leylâ (ö. 702), oğlu Muhammed b. Abdurrahman b. Ebû Leylâ (ö. 765), Süfyân b. Saîd Sevrî (ö. 778), Hafs b. Gıyâs (ö. 802), Süfyân b. Uyeyne (ö. 813), Şerîk b. Abdullah Nehaî (ö. 806), Yahyâ b. Âdem (ö. 818) kendi adlarına nispet edilen mezheplerin kurucusu âlimlerdir. Ebû Süleyman Dâvûd b. Ali de (ö. 883) İslamî ilimleri Kur'an'ın ve sünnetin (lafzî ve sözel) anlamlarından çıkarmayı temel alan Zâhiriye mezhebini kurmuştur.
Arap dilinin doğru kullanılması için bir kısım kuralların tespitine dair kaleme alınan ilk eserler VII. yüzyılın ikinci yarısında Basra'da ortaya çıkmaya başladı. Basralı dil âlimlerinden faydalanarak yetişen ve daha sonra ayrı bir grup oluşturan Kûfeli dil âlimleri, rekabet duygusuyla hararetli bir çalışmaya girişti. Böylece Basra ve Kûfe'de ortaya konulan dil ve edebiyat çalışmaları, aralarında ihtilaflar bulunan iki dil okulunun ortaya çıkmasına sebep oldu.
924-937 yıllarında Karmatîler tarafından yağmalandıktan sonra Kûfe, merkez olarak gittikçe geriledi. XIV. yüzyılda coğrafyacı İbn Battûta tarafından ziyaret edildiğinde neredeyse şehir terkedilmiş gibiydi. Ancak Şiîler'ce önemi asla unutulmadı. XII. yüzyılda şehir bir Şiî merkezi olma sürecine girdi.
Safevîler döneminde (1501-1736) Kerbelâ ile Necef'teki meşhetler gittikçe Şiîler'ce birer hac merkezi olarak önem kazandı. Osmanlılar'da Safevîler'in elinde baskı unsuru haline gelen Bağdat, Necef, Kûfe ve Kerbelâ'daki Ehlibeyt imamlarının türbelerine ihtimam göstermeye devam ettiler.
Osmanlılar'ın son dönemlerinde Irak'ta zamanın ihtiyaçlarına göre yeni okullar açıldı. Bunlar genellikle Bağdat ve Basra merkezli idi. Bölgede misyoner okullarıyla birlikte farklı zamanlarda yabancı okullar da açılıyordu. İranlılar'da Kâzımiye, Kerbelâ ve Necef'te yeni okullar açtılar.
I. Dünya Savaşı'nın ardından Irak'ta 1921'de krallık kurulduktan sonra modern eğitim sistemine önem verildi. 1932'de bağımsızlığına kavuşan Irak'ta millî bir eğitim politikası benimsenerek bütün yabancı okullar Maarif Nezareti'ne bağlandı. Bununla birlikte Necef medreseleri, Şiî İslam dünyasının en önemli eğitim merkezlerinden biri olmayı sürdürdü. Âyetullah Humeynî (1902-1989) 1965'ten 1978'e kadar burada bulunan Şeyh Murtaza Ensârî Medresesi'nde ders verdi. 1970'lerde Irak, İran ve Lübnan'da ortaya çıkan yeni Şiî hareketin önde gelen isimlerinden birçoğu Necef'te eğitim gördü.
Necef'te 1987 yılında ilk olarak Kûfe Üniversitesi kuruldu. İran-Irak savaşı sonucunda ekonomik durumu zayıflayan Irak'ta yeni kurulan üniversiteler özel olup, paralı eğitim yapıyorlardı. Özellikle 2000'li yıllarda bir kısmı özel üniversite olmak üzere yüksek eğitim kurumlarının sayısında bir artış oldu. 2003'te özel olarak kurulan Kefîl Üniversitesi, 2004 yılında Sadreddin Gubani tarafından kurulan İslam Üniversitesi, 2005'te kurulan Tûsî Üniversitesi, 2013'te kurulan Câbir b. Hayyân Üniversitesi ve 2014 yılında kurulan Teknoloji Üniversitesi aktif olarak eğitim öğretim faaliyetlerini devam ettirmektedir. Halen çok sayıda öğrencinin eğitimini sürdürdüğü İslam Üniversitesi'nin bünyesinde, İslamî İlimler, Hukuk, İletişim ve Gazetecilik, Diş Hekimliği, Mühendislik, Tıbbî Teknoloji ve Eğitim fakülteleri bulunmaktadır.
