Islâh-ı Medâris, Konya Valisi Bekir Sâmi Paşa'nın 1846'da yaptırdığı medresenin devamıdır. Yeri, Alaeddin caddesi üzerinde İplikçi Camii karşısında Sanayi Mektebi yanındadır. Yeniden kuruluşu, üç müderris kardeş Zeynelâbidin (1869-1940), Rifat (1872-1920) ve Ahmed Ziya (1873-1925) efendilerin oluşturduğu Islâh-ı Medâris-i İslâmiye Cem'iyet-i Hayriyesi tarafından 1909 yılında gerçekleştirilmiştir. Eski odaları yıkılıp yerine iki katlı yeni bir bina yaptırılmıştır. Bünyesinde müderris evi, mescidi, müderrislerinin kitaplarının da bulunduğu kütüphanesi, konferans salonu, kimyahanesi, içinde astronomi derslerinde kullanılan açı ölçme aletleri, sanat eseri küreleri olan fizik laboratuvarı, dershaneleri, abdest için som ak mermerden aslı lahit olan musluklu şadırvanı vardır. Islâh-ı Medâris'i diğer medreseler içinde benzersiz kılan tarafı, matbaasıyla yayın organlarının bulunmasıdır. Kendi mensuplarının ifadesine göre bir İslam inkılabı yapmayı benimseyen medrese; talebelerine yayın yaptırıp gazete ve mecmualarda yazılar yayımlatmıştır. Fikrî sahada uyanış, vatanî vazife görülmüştür. Bu çerçevede, Anadolu (1908), Meşrik-ı İrfan (1909-1913), İntibah (1919), Hak Yolu (1919) adlı yayınlar çıkarılmıştır. Islâh-ı Medâris'in açılması, sadece Anadolu'da değil, başkentte de yankı uyandırmış, Tokat Mebusu ve Şeyhülislam Mustafa Sabri Efendi, oğlu İbrahim'i bu medresede ilim tahsil etmeye göndermiştir.
Medresenin öncelikli gelir kaynağı, Ebûbekir Sâmi Paşa tarafından kurulan 20.000 kuruşluk para vakfıyla sekiz dükkânıdır. Müderrisleri öncülüğünde ilim adamları, hayır severlerle kurulan derneği ile birlikte halk desteğini de almıştır. Bağışçılar arasında İttihat ve Terakkî Cemiyeti liderlerinden Dahiliye Nazırı Talat (Paşa), Maliye Nazırı Cavit'le (Bey) on bir milletvekili de vardır. Gelen bağışlarla yapılan harcamaları, gazetede yayımlanarak yardım atmosferini canlı tutulmuştur.
Medrese, geleneksel İslamî ilimlerle modern müspet ilimleri birlikte öğretirken, Türk ve müslüman kalarak Batı tekniğinin takibini amaçlamıştır. Böylece medreseler ıslah edilirken, İslam'ın istediği maddi ve manevi ilimlerde ehliyetli müslüman âlimlerin yetiştirilmesi hedeflenmiştir. Onun için talebeye, medrese dersleri yanında tarikat erkânı da verilmiştir. Islah, baştan itibaren taşıdığı Nakşibendî-Hâlidî zaviye kapatılıncaya kadar devam ettirilmiştir. Başmüderrisi, aynı zamanda medresenin şeyhidir. Müderris gözetiminde abdest alınarak ibadet etmeye, selamı yaymaya dikkat edilmiştir.
Konya Islâh-ı Medârisi'ne nasıl talebe alınacağına yönelik bir nizamname yayımlanmıştır. 3 Ekim 1909 tarihinde yayımlanan nizamnameye göre, iyi hal sahibi, sağlıklı, yaşı on beşten büyük olmayanlardan sınavla talebe kabul edileceği belirtilmiştir. Hafızlığın tercih sebebi olacağı, her talebe için bir kefilin isteneceği, söz verdiği halde eğitimini terkedenlere bazı yükümlülükler getirileceği yazılmıştır.
Medresede verilmeye başlanan yeni derslerin klasik derslere engel olmayacağı vurgulanmıştır. Ayrıca dersleri takip etmek isteyen dinleyicilerin kabul edilebileceği de ilave edilmiştir. Medresede eğitim süresi, senelik dokuz ay, toplam on yıldır. Yılda, ikisi sene içinde, biri yıl sonunda olmak üzere üç sınav yapılacak, başarılı talebe ödüllendirilecek ve medrese ve tarikat icazeti verilecektir.
Medrese, yönetimde katılımcılığı benimsemiştir. Buna göre, iki yılda bir seçimle belirlenen beş kişi tarafından yönetilecektir. Her dershanede bulunan daimi müderris; devam, temizlik dahil eğitimin bütün sürecini takip edecektir. Ders notları kontrol edilecek ve ezbercilikten kaçınılacaktır. Talebe araştırmaya, anlatmaya, izin alarak soru-sorup tartışmaya teşvik edilecektir. Dersin anlamadan geçilmemesi, talebenin her yerde iyi davranışlar sergileyip görevini, doğru ve şevkle yapması istenmiştir. Toplamda öğretim yılının yarısı kadar bir süre devam etmeyenlerin sınava alınmayacağı belirtilmiştir. Medresede sınıf geçme usulü uygulanacaktır. İki yıl üst üste kalanlarla kurallara uymayanların kaydı silinecektir.
Islâh-ı Medaris'te, talebenin canlı tutulması amacıyla öğrenmeyi zorlaştıran "ma'tebe" adındaki bir aracın kullanılması ilginçtir. "İtâb/paylama" anlamından gelen ma'tebe, ufak bir tahtadır. Birinci sınıfta Arapça öğretildiği için ikinci sınıftan itibaren medresede Türkçe konuşulması istenmemiştir. Bunu ihlal edenlere "huzi'l-ma'tebe" (ma'tebe sende, al onu) denilerek tahta verilmiştir. Elinde "ma'tebe" olan, onu elinden çıkarabilmek için talebe arasında Türkçe konuşanı arar. Bulamazsa, ceza olarak temizlik yapar, su taşır. Böylece talebe, Arapça konuşmaya gayret edip kısa sürede dilini geliştirir. Medresede Arapça yanında ilk defa Fransızca, astronomi, spor (kılıç-kalkan/güreş), hikmet, kimya, coğrafya, tarih gibi dersler de verilmiştir. Astronomi dersi, Ahmed Ziya Efendi tarafından Alâeddin tepesinde, bazan da minare şerefelerinde gösterilerek öğretilmeye çalışılmıştır.
Konya Islâh-ı Medârisi'nin mekteple medreseyi birleştirmeye çalışan düzeniyle beş yıl sonra İstanbul'da hayata geçecek olan Islâh-ı Medâris Nizamnamesi'ne (Dârülhilâfe) öncülük ettiği söylenebilir. 1914 yılında elli üç talebesi olan medresenin I. Dünya Harbi'nde üç müderrisi (Ömer Lutfi, Abdullah Fevzi, Ali Rıza Kudsî), cepheye asker olarak gitmiştir. Medrese, kurucularından İslâmiyet ve Meşrutiyet kitabının yazarı Zeynelâbidin Efendi'nin siyasetteki etkinliği yüzünden tepki çekmiştir. Sebebi kesin olmamakla birlikte Eylül 1917 tarihinde de kapatılmıştır. Bir ara Konya Dârüleytamı olarak kullanılan binasının İplikçi Camii tarafındaki odaları, cadde genişletme sırasında yıktırılmıştır. Ardından mescidi ve şadırvanıyla diğer müştemilatı da yok edilmiş, kütüphanesi yağmalanmıştır. İstiklal mahkemelerinin etkin çalışma sürecinde medresenin müderrislerinden Rifat Efendi idam edilmiştir. Medrese kurucularının ve idarecilerinin dağılması neticesinde arsası ve kalan binaları satılmıştır. Arsanın bir kısmı Sanayi Mektebi bahçesine katılmış, bir kısmına da Merkez Bankası Konya Şubesi inşa edilmiştir.
Osmanlı son dönemi medrese modernleşmesinde sıra dışı bir tecrübe olan Konya Islâh-ı Medârisi, iz bırakan eğitim kurumlarından biri olmuştur. Medresenin bilinen müderrisleri arasında Ali Rıza Kudsî (1880-1956), Abdullah Fevzi Tanrıkulu (1883-1943), Ali Sami Yücesoy (1879-1960), Hacı Veyiszâde Mustafa Kurucu (1889-1960), Ömer Lütfi Tekin (1882-1966), Fahri Kulu (1881-1950) vardır.
