İstanbul'da dünyaya geldi. Annesi Zeliha Hanım, babası ise saray memurlarından Sivaslı Gedikoğulları ailesine mensup Mehmed Ali Bey'dir. Rehber-i Maarifet Mektebi'nden sonra Dârülmuallimât'ta öğrenim gördü ve 1901'de mezun oldu. Ertesi yıl aynı okulda muallim muavini (öğretmen yardımcısı) olarak göreve başladı. Verdiği derslerden biri târîh-i Osmânî idi. Bu vazifesinin yanı sıra Üsküdar ve Gedikpaşa'daki İngiliz okullarında dersler verdi. 1908 yılında "inâs-ı İslam çocuklarını mekâtib-i mezbûreye devam etmeleri için teşvik etmekte olduğu" gerekçesiyle Zaptiye Nezareti tarafından hakkında soruşturma başlatıldı. 9 Kasım 1908'de Dârülmuallimât'ın kâtipliğine, 25 Eylül 1909'da ise Müdür Ahmed Edip Bey'in muavinliğine getirildi. Ancak 21 Eylül 1911'de İstanbul İnâs İdâdîsi'ne müdire tayin edilince buradaki görevinden ayrıldı.

İnâs İdâdîsi binasının 23 Temmuz 1911'de meydana gelen Aksaray yangınında zarar görmesi üzerine Beyazıt'ta yeni bir konağa taşınmasıyla birlikte programında da ıslahat yapıldı. Bu süreçte Maarif Nezareti ile ters düştüğü mevzular oldu. Kurumda yapılan bir başka ıslahat sonucu görevinden alınarak kendisine ders nazırlığı vazifesi verildi. Nakiye Hanım bunun üzerine 9 Aralık 1913'te istifa etti.

Şer'iye ve Evkaf Vekâleti'ne bağlı mahalle mekteplerinin ıslahı ve geliştirilmesinde adımlar atan Nazır Mustafa Hayri Efendi'nin teklifi ve tam yetki vermesiyle onunla birlikte çalışmayı kabul etti (29 Aralık 1913). Sultanahmet'te bulunan ve eski usulde öğretim yapan mahalle mekteplerinin yeniden düzenlenmesi bağlamında bunlardan on beşini kapattırarak bazı binalarını modern okula dönüştürdü. Geri kalanlar için Boğaz'ın Anadolu ve Rumeli kıyıları ile İstanbul Beyoğlu'nda merkezî binalar buldu. İbtidâî seviyede mektep haline gelmeleri için başlangıçta üç sınıf tahsis etti. Ardından sınıf ilaveleriyle bunları tam zamanlı okul haline getirdi. Ayrıca hepsinin öğretmen kadrolarını kendisi oluşturdu ve eksik kadroları tamamladı. 14 Eylül 1914'te Sultanahmet'teki vakıf kız mekteplerinin müdireliğine atandı. Bu görevine 9 Şubat 1915 tarihinde Umumi İnâs Mektebi Vakfiye müfettişliği de eklendi. Maarif Nezareti'nin baştan aşağı bütün tedrisatı merkezîleştirme siyaseti çerçevesinde vakıf okullarını bünyesine alması üzerine Nakiye Hanım resmî okul hayatında kendisi için bir vazife kalmadığını düşünerek 28 Şubat 1917'de görevinden ayrıldı.

Suriye Valisi Cemal Paşa'nın davetiyle 1916 yılında o bölgeye giden Halide Edip, Falih Rıfkı Atay ve Hamdullah Suphi Tanrıöver'in de bulunduğu heyette yer aldı. O sırada Halide Edip'le birlikte Şam ve Bi'rüssebi'de incelemelerde bulundu. İstanbul'a döndükten sonra Suriye'de tesis edilen okulların öğretmen ihtiyacını karşılamak için çalışmalara başladı, temin ettiği öğretmenleri Suriye'ye gönderdi.

Nakiye Hanım'ın bundan sonra görev yaptığı okul Feyziye Mektebi'dir. Okulun Selanik'teki kurucusu Mısırlızade Mustafa Tevfik Efendi başkanlığındaki heyeti Sâtı Bey'le iş birliği yaparak Beyazıt'ta 1915'te açtığı Yeni Mektep'in müdürlüğü, Sâtı Bey'in 1917'deki istifasıyla boşalınca Nakiye Hanım'a teklif götürüldü. Onun idaresinde aynı dönemde adı Feyziye Mektebi'ne çevrilen bu okulda Nakiye Hanım birtakım yeniliklere imza attı. Örneğin okul programındaki Arapça ve Farsça derslerini kaldırtıp yerlerine felsefe, sosyoloji, mantık, kozmografya ve ticaret derslerini koydu. İlk mektep olarak devraldığı bu kurumu lise seviyesine yükseltti ve karma eğitime geçmesini sağladı. Ardından mezunlarının Dârülfünun'a kabulünde rol aldı. Böylece Feyziye Mektebi mezunları 1922 yılında Dârülfünun'a kabul edilmeye başlandı. 1928'in sonlarında görevinden ayrıldı. 1929'da İstanbul İnâs Sultânîsi müdireliğine getirildi. Fakat ertesi yıl İstanbul Belediyesi Meclis-i Umûmî üyeliğine seçilince bu görevinden de ayrıldı.

Eğitim kurumlarında bu kadar hareketli ve etkin olan Nakiye Hanım'ın aynı etkinliği kalemiyle gösterdiği söylenemez. Dârülfünun'da karma eğitime geçilmesi için yapılan kamuoyu tartışmalarında yer almıştır. Konuyla ilgili bir yazısında, Batı medeniyeti ve irfanının bütün insanlığın refahı, tekâmül ve terakkisi için yegâne âmil olduğunu söyledikten sonra "… Eğer Garp medeniyet ve irfanını samimiyetle arzu ve buna iman ediyorsak -ki aksi takdirde milletin temin-i istiklal ve istikbali kabil değildir- kadınlığı ve binnetice milleti kurtarmanın en müessir çare ve tedbirleri artık her türlü terakkiye set çeken bağları çözmek ve müessesât-ı irfanın kapılarını, mesâî-yi beşeriye sahalarını kadınlara açmakla kabil olacağını biliyoruz. (…) Ben zannediyorum ki kadınların bir haysiyet-i ictimâiye iktisap edebilmesi, ancak hayât-ı ictimâiyeye bilfiil iştirakleri ile kabil olabileceğini kabul etmek birinci ve bu iştirakin ne suretle tatbiki lazım geleceğini düşünmek de ikinci şartı teşkil etmeliydi" sözleriyle karma eğitime geçilmesini istemiştir (Elgün, 1919: 90).

Mektep Müzesi adlı mecmuanın dokuz sayısında kaleme aldığı "Fenn-i İdâre-yi Beytiye" başlıklı yazı dizisinde ise ev idaresi, ev düzeni, ev ekonomisi, ev tefrişatı, aile, tasarruf, evin haşeratlardan temizlenmesi, temizlik, bahçe bakımı, kıyafet bakımı, alafranga ve alaturka sofra adabı; Roma'da, Saksonlar'da ve Çinliler'de yemek salonları gibi konularda bilgi vermiş ve tavsiyelerde bulunmuştur.

Kurumsal eğitim faaliyetleri yanında okul dışı etkinliklerde de aktif olan Nakiye Hanım 1909'da Teâlî-yi Nisvân Cemiyeti'nin kurucuları arasında yer aldı. Türk Ocağı'nın ilk kadın üyelerinden biri oldu. Balkan Savaşı sırasında teşekkül ettirilen Osmanlı Hanımları Müdâfaa-yı Milliye Cemiyeti'nde faaliyet gösterdi ve cemiyetin 15 Şubat 1913'te gerçekleştirdiği ikinci Dârülfünun toplantısına katıldı. I. Dünya Savaşı sırasında Hilâliahmer Cemiyeti'nde de görev yaptı. 1915 yılında şehit ailelerini himaye için Şehit Ailelerine Yardım Birliği adında bir teşkilat kurdu. 1918'de kurulan Muallimler Cemiyeti'ne üye oldu ve bir yıl sonra cemiyetin başkanlığına seçildi. 13 Ocak 1920'de o cemiyetin başkanı sıfatıyla Anadolu'nun işgaline karşı düzenlenen Sultanahmet Mitingi'nde bir konuşma yaptı.

Nakiye Elgün Cumhuriyet döneminde de sosyal faaliyetlerine devam etti. Millî İktisat ve Tasarruf Cemiyeti'nin İstanbul şubesi kurucu üyeliği, Türk Tayyare Cemiyeti başkanlığı, 13 Haziran 1936 tarihinde toplanan Çocuk Esirgeme Kurumu Genel Kongresi'nde bu kurumun umumi merkez heyeti üyeliği, III. Türk Dil Kurultayı'nda Tüzük Komisyonu üyeliği, 20 Ocak 1931'de kurulan Topkapı Türk Fukaraperver Hayır Müessesesi'nin kurucu üyeliği, İstanbul Halkevi İdare Heyeti'nde fahrî muhasiplik, halk dershaneleri kolu başkanlığı, İstanbul Umumi Meclisi ve Daimi Encümeni üyeliği (1934-1935) bunlardandır. 1935 yılında V. dönem Erzurum milletvekili olarak meclise girdi. Bu görevi VI ve VII. dönemde de sürdürdü. 1946'da aktif siyasetten çekildi. Osmanlı kadın modernleşmesinde ve Cumhuriyet sonrası siyaset alanında rol alan öncü kadınlardan biri olan Nakiye Elgün 23 Mart 1954'te İstanbul'da vefat etti. Kabri Zincirlikuyu Asrî Mezarlığı'ndadır. Mustafa Özyürek ve Hacer Yıldız hayatı ve faaliyetleri hakkında birer yüksek lisans tezi hazırlamış, Nuray Özdemir de bir kitap neşretmiştir.