Bağdat'ın Şehrizor kazasına bağlı Hoşnav beldesinde doğan Ebûbekir Efendi, kendi ifadesiyle bir seyyit ailesine mensuptur. İlk tahsiline dedelerinin kurduğu Emîr Süleyman Medresesi'nde başladı. Daha sonra beş yıllık medrese eğitimini İstanbul'da tamamladı. Ardından Bağdat'ta ve Emîr Süleyman'ın Hoşnav'da açtığı medresede müderrislik yaptı. 1861'de Erzurum'da Sarayönü Medresesi müderrisliğine tayin edildiyse de aynı yıl İstanbul'a gitti.

Güney Afrika Cape Town (Ümitburnu) müslümanları arasında 1856'da başlayan sözlü gelenekle kitâbî İslam anlayışı arasındaki tartışma ileriki yıllarda fiilî çatışmaya dönüştü. Bunun temel sebebi, burada yeterli ve eğitimli âlimin yokluğu idi. Bunun üzerine Cape Town'dan üç önemli imam, 13.000 müslüman adına İstanbul'a bir mektup gönderdi. 29 Aralık 1857 tarihli ve Arapça olan bu mektupla Cape Town'da konsolosluk açılmasını istediler. 16 Nisan 1862'de de kendi aralarındaki tartışmaları bitirmek için İstanbul'dan dinî kitaplar ve bunları okutacak bir muallim talebinde bulundular.

Ahmed Cevdet Paşa'nın tavsiyesi ve Sultan Abdülaziz'in 26 Mayıs 1862 tarihli iradesiyle Ebûbekir Efendi'nin çok sayıda dinî kitap ile Cape Town'a gönderilmesi kararlaştırıldı. Ebûbekir Efendi, pasaportta oğlu olarak gösterilen yeğeni Ömer Lütfi Efendi ile 13 Ocak 1863'te Cape Town'a ulaşarak vazifesine başladı. 25 Ocak 1863'te Münif Paşa'nın neşrettiği Mecmûa-i Fünûn'da yayımlanan bir mektubunda, Cape Town'daki vazifesini Osmanlı kamuoyuna, "İslam'ın sahih itikatlarını, o havalide neşr ü telkinle, meydana gelen tefrikanın ortadan kaldırılması" olarak duyurdu. Cape Town'daki ilk günlerinde Ebûbekir Efendi, haberleşme sıkıntısı, dil, âdet ve iklim konusundaki farklılıklar gibi yaşadığı bazı sıkıntıları merkeze iletti. İstanbul'dan gönderilen cevapta tereddüde düşmemesi ve "Osmanlı hilafetinin temsili gibi mukaddes bir vazifesi olduğunu" unutmaması hatırlatıldı.

Ebûbekir Efendi, Mecmûa-i Fünûn aracılığı ile kaleme aldığı yazılarında Cape Town'ın durumu, bölgedeki "minaresiz camilerde" ibadet eden müslümanların dinî eğitimden uzak kalışlarının sıkıntıları ve müslümanlar arasındaki anlaşmazlıkların asıl sebebi üzerinde durdu. Keza sıkıntıların asıl kaynağının coğrafî uzaklık, mahrumiyet ve taassup olduğu hususunda İstanbul'a ayrıntılı raporlar gönderdi. Bu sıkıntıları çözmek ve İslam dininin inanç esaslarını öğretmek için evini bir Osmanlı mektebine dönüştürerek faaliyete geçirdi. 120 öğrenci ile açtığı bu mektepte Arapça, çevresinde ihtiyaç olan yerlere imam, müezzin, müderris yetiştirmek için Kur'an-ı Kerim, doğru okuma ve hafızlık eğitimi verdirdi. Açtığı bu mektebi, bütün müslümanların ortak merkezi haline getirdi.

Ebûbekir Efendi birkaç defa da Mozambik'e giderek, orada da eğitim öğretim faaliyetleri yürüttü. Bu bölgelerden gelen talebeleri okuttuğu gibi yetiştirdiği talebelerini oralara vazifeli olarak gönderdi. 1863-1864'te İstanbul'a ulaştırdığı Zengibar'la ilgili raporlarında Hinduan adaları ve Mauritius'taki müslümanların kendisini davet ettiklerinden de söz ederek bölgeye iyi yetiştirilmiş din görevlileri gönderilmesini talep etti.

29 Haziran 1880 tarihinde Cape Town'da vefat eden Ebûbekir Efendi, Tana Baru'ya defnedildi. Erzurum'daki ilk evliliğinden Mustafa ve Fehime adlı iki çocuğu oldu. Kızı Fehime, Cape Town'da Kur'an-ı Kerim muallimliği de yapan Abdürrezzak İlmî Efendi ile evlendi. Ebûbekir Efendi, 8 Mart 1863'te de Cape Town'da Rukea (Rukiye) Maker ile evlenmiş ve bu evliliğinden doğan Ahmed Atâullah adlı oğlu Kimberley ve Cape Town'da Osmanlı mektep müdürlüğü, Singapur'da konsolos yardımcılığı yapmıştır.

Ebûbekir Efendi, 30 Aralık 1866'da ise Cape Town'da üçüncü eşi olan Tahora Şâban ile evlendi. Tahora Hanım 1880'de kız kardeşi Saniye hanım ile Cape Town'da ilk müslüman kız mektebini açtı. Bu evlilikten Hişâm Nîmetullah, Muhammed Alâeddin, Ömer Celâleddin ve Hüseyin Fevzi adlı dört oğlu oldu. Hişâm Nîmetullah müderris olup Cape Town, Parl Nûr-ı Osmâniye ve Kimberley medreselerinde ve camilerinde 1901-1909 yılları arasında vazife yaptı. 1901'den sonra Cape (Hamidiye) İslam Cemiyeti başkanlığında bulundu. Muhammed Alâeddin'in küçük kardeşi Ömer Celâleddin de müderrislik vazifesinde bulundu. Ebûbekir Efendi'nin kızından ve oğullarından Güney Afrika ve Türkiye'de çok sayıda torunları bulunmaktadır.

Ebûbekir Efendi, "Cape Felemenkçesi", "Cape Malaycası" yahut "Afrikanca" gibi adlarla anılan Güney Afrika müslümanlarının dilinde sekiz kitap yazdı. Bunların hemen hemen tamamı, kelam ve fıkha dair Arapça kitaplara yapılmış şerhlerdi. İstinsah ile çoğaltılıp okutulan bu kitaplardan en mühimi olan Beyânü'd-Dîn fi'l-Fıkh ve'l-Hadîs olan eserini sadaret vasıtasıyla Sultan Abdülaziz'e arzetmiş, 1870'te kendisine üçüncü rütbeden Mecîdî nişanı verilmiştir. Nîmetullah Efendi'nin İstanbul'da bastırdığı Afrikanca Hâzâ İlm-i Hâl-i Lis'Sıbyan adlı ilmihali ile Siracü'l-Îydiyye adlı fıkıh kitabı yıllarca Claremont'taki Medresetü'l-Felah'ta ders kitabı olarak okutulmuştur.

Ebûbekir Efendi'nin Beyânü'd-Dîn adlı eseri de Sultan II. Abdülhamid'in 10 Ekim 1877 tarihli iradesiyle Osmanlı Maarif Nezareti'nce 1500 adet basılmıştır. Kitabın Türkçe mukaddimesinde 16.000 mil uzaktan geldiği Cape Town'da yedi ay çok sıkı çalışarak yerlilerin konuştuğu dili öğrendiğini belirten Ebûbekir Efendi, eserini de II. Abdülhamid'e ithaf ettiğini kaydetti. Bu eser, Arap elifbasıyla Afrikanca dilinde basılan ilk kitaplardan biri olup Hollandalı oryantalistler M. J. de Goeje, C. Snouck Hurgronje, Kramers ve A. von Selms ile Amerikalı misyoner Samuel M. Zwemer tarafından, "İslamî propagandanın büyük bir timsali ve Güney Afrika müslümanları için çok önemli bir eser" olarak tanıtılmıştır. Diğer eserleri ise basılmamış olup nüshalarının nerede bulundukları bilinmemektedir.

Ahmed Cevdet Paşa, Ebûbekir Efendi'nin hem İngilizce'yi hem de yerli lisanı öğrenerek bölgedeki müslümanların eski inançlarını ve fikirlerini ıslah ve İslam'ı tebliğ ettiğini söylemiştir. Ebûbekir Efendi, ölümünden önce Cape Town valiliğine verdiği dilekçelerle başta eğitim öğretim olmak üzere müslümanların miras, vasiyet, yargılanma, ceza, boşanma, ibadet ve devlet dairelerinde istihdamı gibi konularda sömürge yönetimince alınmış haklarının onlara geri verilmesi için mücadele etmiştir.

Yıllar sonra Güney Afrikalı yazar A. Davids, Ebûbekir Efendi'yi değerlendirirken Cape Town müslümanlarına İslamî kimliklerini hatırlattığını, burada Hanefî mezhebini ilk yayan kişi olduğunu, imamların seçimini belli kurallara bağladığını, birçok müslüman âlim yetiştirdiğini ve dört mezhebi de çok iyi bilen manevi bir lider olduğunu ifade etmiştir. Ebûbekir Efendi'nin buradaki hizmetleri 1884'ten sonra oğulları tarafından devam ettirilmiş ve Cape Town'da kurulan ilk müslüman kız mektebi de Ebûbekir Efendi'nin yönlendirmesiyle açılmıştır. 20 Ağustos 2020 tarihli Cumhurbaşkanlığı kararı ile Ebubekir Efendi'nin torunlarına Türk vatandaşı olma hakkı tanınmıştır.