Asıl adı Muhammed'dir. Ebüssuud ise bir künye veya lakaptır. İstanbul'da doğdu. Babası İskilipli Şeyh Muhyiddin Muhammed Yavsî'dir. Annesi Sultan Hatun, Ali Kuşçu'nun yeğeni veya kızıdır. İlk tahsilini babasının yanında yaptı ve temel dinî kaynakları okudu. Daha sonra İbn Kemal'den ders aldı. 1516 yılında Yavuz Sultan Selim döneminde Çankırı Medresesi'ne tayin edildiyse de buraya gitmekte tereddüt gösterince İnegöl İshak Paşa Medresesi'nde görevlendirildi. 1521'de Davutpaşa Medresesi'ne, bir yıl sonra da Mahmutpaşa Medresesi'ne nakledildi. 1525'te Vezir Çoban Mustafa Paşa'nın Gebze'de inşa ettirdiği medreseye tayin edildi. 1526'da Medâris-i Semâniye'de müderris oldu. Beş yıl burada görev yaptıktan sonra Bursa ve ardından da İstanbul kadılığına getirildi. Ağustos 1537 tarihinde Rumeli kazaskerliğine tayin edildi ve padişahın yanında Karaboğdan, Estergon ve Budin seferlerinde yer aldı. Budin'in fethinden sonra buradaki ilk cuma namazını kıldırdı. Sekiz yıl Rumeli kazaskerliği yaptıktan sonra, 1545'te şeyhülislam oldu.

Yirmi sekiz yıl on bir ay şeyhülislamlık yapan Ebüssuud Efendi vefatından sonra Eyüp Sultan Camii civarında sağlığında inşa ettirdiği sıbyan mektebinin haziresine defnedildi. Kanûnî Sultan Süleyman'ın "Halde haldaşım, sinde sindaşım, ahiret karındaşım, tarîk-i Hak'ta yoldaşım" dediği Ebüssuud Efendi'ye Süleymaniye Camii'nin temelini attırdığı da bilinmektedir.

İlim ve itibar bakımından yaşadığı dönemin en önemli şahsiyetlerinden biri olan Ebüssuud Efendi, Kanûnî Sultan Süleyman ile ilişkilerinde vakur davranmıştır. Kanûnî; II. Selim, III. Murad ve III. Mehmed'in saltanatlarında şeyhülislamlık, kazaskerlik ve müderrislik yapan birçok âlimin de hocasıdır. Tasavvufa ilgi duymamış, ancak tasavvuf ve sufilerle ilgili kararlarında şeriat esaslarına bağlı olduğunu değerlendirdiği anlayışlara itibar etmiştir. Yarım asrı geçen görevi zamanında Ebüssuud Efendi'nin en önemli hizmetlerinin ilmiye ve hukuk alanındaki çalışmaları olduğu kaydedilir. Döneminde şeyhülislamlık kurumu diğer ilmî müesseselerin üstünde yer aldı, yüksek seviyedeki müderrislerle mevleviyet kadılarını tayin etme yetkisi şeyhülislamlara tahsis edildi. Buna bağlı olarak kazasker, mevleviyet kadıları veya müderrislerden uygun görülen birinin bu makama tayini için önce Rumeli kazaskeri olması şartı getirildi, ilmiye teşkilatını bir düzene koyan İlmiye Kanunnamesi de muhtemelen Ebüssuud Efendi tarafından hazırlanmış olmalıdır. "Mevâlî-yi izâm ve müderrisîn-i kirâmın tedrise muvâzebetleri içün nişân-ı hümâyun" başlığını taşıyan bu kanunnamede müderrislerin ve talebelerin uyması gereken kurallar sıralanmış, eğitim ve müfredatın nasıl belirlenip uygulanacağı hatırlatılmış ilmiyede aksaklıklar görülmeye başlandığından bahisle bunların düzeltilmesi istenmiştir. Bu gibi hususlar için bizzat kanunnameye müracaat edilmesi konuya verilen önemi de göstermektedir.

Ebüssuud Efendi bu çerçevede Fâtih Sultan Mehmed zamanından beri var olduğu düşünülen mülazemet usulünü kurumsallaştırmış ve uzun yıllar muntazam uygulanan bir sisteme kavuşturmuştur (bk. Mülazemet).

Hukuk alanındaki uygulamaları, fetvaları ve risaleleri, onun geleneksel fıkıh yanında pratik değeri olan ve değişen şartlara göre yeni çözümler üretebilen bir anlayışa sahip olduğunu göstermekte, bu durum ise ona diğer Osmanlı şeyhülislamları arasında seçkin bir konum kazandırmaktadır. Kanûnî döneminin bu alandaki ıslahat ve düzenlemelerinde Ebüssuud Efendi'nin büyük dahli vardır. Osmanlı toplumunda hukukî anlamda birlik ve nizamın tesis edilebilmesi amacıyla uygulanan siyaset politikası Ebüssuud Efendi zamanında hassasiyetle takip edilmiş, adalet sistemi ve fetvalarda Hanefî mezhebinin esas alınması hususu kadı ve müftülerin beratlarında açıkça belirtilmeye başlanmıştır. Ebüssuud Efendi şartlar ve ihtiyaçlar değiştiğinde gelenek içinde farklı arayışlara da yönelmiştir. Nitekim nikâhların ancak kadıların izin ve bilgileri dahilinde kıyılması konusunda hassasiyet göstermesi, kadı izni olmadan evlenen kimselerin bu nikâhla ilgili ileride ortaya çıkabilecek ihtilaf ve taleplerinin mahkemece dinlenmeyeceğini ifade etmesi ve başka birçok konuda Hanefî mezhebi içindeki farklı içtihatlardan faydalanmayı mümkün görmesi, onun hüküm ve fetvalarında şartlar ve ihtiyaçları göz önünde bulundurduğu, gelenekteki yerleşik kabulleri yorumlayarak yeni meselelere uygulamakla birlikte hukukta istikrarı bozmamaya da dikkat ettiği şeklinde yorumlanır. Ebüssuud Efendi şer'î hukuka aykırı olmadığı sürece devletin ve toplumun ihtiyaçları çerçevesinde yapılan idarî tasarrufları desteklemiştir. Arazi hukukundaki görüşleri bu duruma örnek gösterilir. Selçuklular zamanından beri mevcut olan arazi sistemi Osmanlı Devleti'nde mîrî arazi adıyla var olmuş ve kuruluştan itibaren malî ve askerî hayatın temelini oluşturmuştur. Kanûnî'nin isteği ile Ebüssuud'un bu konudaki hukukî esasları sistemleştirerek "fetvâ-yı şerife" haline getirmesi, daha sonraki dönemlerde bütün hukukî düzenlemelerde bu fetvaların esas alınması mîrî arazi uygulamasının bânisi olarak onu ön plana çıkarmıştır. Devlet siyasetinde ve dış politikada da gerçekçi anlayışın temsilcisidir. "Sultânü'l-müfessirîn, hâtimetü'l-müfessirîn" gibi unvanları onun tefsir ilminde de önemli bir yere sahip olduğunu gösterir.

Eserleri: Tefsir. İrşâdü'l-Akli's-Selîm; Maâkıdü't-Tırâf fî Evveli Sûreti'l-Feth mine'l-Keşşâf; Tefsîru Sûreti'l-Furkân; Tefsîru Sûreti'l-Mü'minîn; Risâle fî Bahsi Îmâni'l-Fir'avn. Hukuk. Fetâvâ-yı Ebüssuûd Efendi; Ma'rûzât; Arâzî-yi Harâciyye ve Öşriyye Hakkında Kanun ve Fetvâlar; Risâle fî Vakfi'l-Menkûl ve'n-Nukûd; Bidâatü'l-Kadî li'htiyâcihî fi'l-Müstakbel ve'l-Mâzî; Fetâvâ Kâtiblerine Tenbih; el-Fetva'l-Müteallika bi-Beyâni'l-Vakti'l-Mu'tebere li'l-Hasâd ve İstihkâki'l-Gallât; Gamezâtü'l-Melîh fî Evveli Mebâhisi Kasri'l-Âmm mine't-Telvîh; Sevâkıbü'l-Enzâr fî Evâili Menâri'l-Envâr; Hasmü'l-Hilâf fi'l-Mesh ale'l-Hifâf; Risâle fî Vakfi'l-Arâzî ve Ba'zı Ahkâmi'l-Vakf; Risâle fî Tescîli'l-Evkâf; Risâle fî Vakfi't-Tavâhîn ale'l-Arzi'l-Mevkûfe li'l-Gayr; Öşür Hakkında Risâle. Ebüssuûd Efendi'nin akaide dair Risâle fî Beyâni'l-Kazâ ve'l-Kader tıbba dair Risâle li-Ecli't-Tâûn adlı iki risalesiyle bir duanamesi vardır. Dil ve Edebiyat. Galatât-ı Ebüssuûd (Galatât-ı Avâm). Risâle fî Tashîhi'l-Elfâzi'l-Mütedâvile beyne'n-Nâs ve Sakatâtü'l-Avâm adlarıyla da kaydedilmiştir; el-Kasîdetü'l-Mîmiyye (yazma nüshaları için bk. Süleymaniye Ktp., Lâleli, nr. 3725, vr. 185-186); el-Kasâidü'l-Arabiyye; Kasîde fî Risâi's-Sultân Süleymân; Münşeât-ı Ebüssuûd.