Azerbaycan'ın Şeki (Nuha) kasabasında doğdu. Amcası Ali Asker'in himayesi ve gözetiminde eğitime başladığı medresede hat öğretmeni şair Mirza Şefî Vâzıh Tebrîzî'nin modern eğitime yönelmesi tavsiyesi üzerine, Şeki'deki Rus okuluna kaydoldu (1833). Böylelikle Rus kültürü ve dilini öğrenme, dolaylı da olsa Batı düşüncesini tanıma imkânı buldu. 1834 yılında Tiflis'e yerleşti. Hayatının hemen hemen tamamını Ruslar'ın Kafkasya Genel Valiliği merkezi olan Tiflis'te geçirdi. Kafkasya Genel Valiliği'nde mütercim olarak çalışırken Rus ordusuna katıldı ve albaylığa kadar yükseldi. Hayatındaki entelektüel gelişme ise Tiflis'te kurduğu temaslarla gerçekleşti. Abbaskulu Bakühanlı (1794-1846), İsmâil Bey Gutgaşınlı (1806-1861), Kasımbey Zâkir (1784-1857), A. Çavçavadze (1786-1846), G. Tsereteli (1842-1900) gibi Âzerî ve Gürcü edipler, Rus şairi Y.P. Polonsky (1819-1898), şarkiyatçı N.V. Khanikoff (1822-1878) ve A. Berje (1828-1886), gazeteci ve etnograf N.T. Berdzenov, Ermeni yazarı H. Abovyan (1809-1848 ), Kafkasya'ya sürgün edilmiş Polonyalı şair T.L. Tablostki, Ahunzâde'nin Tiflis'teki tanıdığı ve görüştüğü kişilerden bazılarıdır. Böyle bir muhitte, içinde bulunduğu toplumun durumunu sorgulamaya başlayan Ahundzâde İslam medeniyetinin çökmekte olduğu kanaatiyle, çıkış yolunun Ruslar üzerinden temasa geçtiği Batı değerlerinin benimsenmesinde olduğunu savunmuş, köklü reform teklifleri öne sürmüştür.
Bu doğrultudaki görüşlerini, İslam dünyasında ilk örnekleri olan altı adet tiyatro eserinde, bir roman ve kısaca Mektûbât olarak bilinen eseriyle ortaya koymuştur.
H. Abovian'ın Ermeni edebî dilinin sadeleştirilmesi gerekliliği ve Kafkas halkının kültürel ve politik yönden Rusya'ya tâbi olması yönündeki görüşleri Ahundzâde'nin üzerinde büyük bir tesiri olmuştur. Abovian'ın yolundan yürüyerek, Hekâyet-i Molla İbrahim Halil Kimyâger (1850), Hekâyet-i Müsyö Jurdân Hekîm-i Nebâtât ve Dervîş Mesteli Şâh Câduger Meşhûr (1850), Sergüzeşt-i Vezîr-i Hân-ı Lenkerân (1850), Hekâyet-i Hırs-ı Guldurbasan (1851), Sergüzeşt-i Merd-i Hesîs (1852), Hekâyet-i Vükelâ-yi Mürâfi'e-yi Tebrîz (1855) başlıklı, günlük basit konuşma diliyle yazdığı hiciv yönü ağır basan komedi eseriyle Ahundzâde, hem Âzerî Türkçesi'nde hem de Fars dilinde yeni bir edebî üslup ve çığır açmış oldu.
Eserlerinde, halkı aldatarak zengin olmaya çalışan fırsatçı tüccarlar, kötü idareciler, halkın dinî duygularını sömüren mollalar, cahil ve bâtıl itikat sahibi kişilerin gülünç durumlarını teşhir etmekte, kadının toplum içindeki konumu, bâtıl inançlar gibi konuları ele almaktadır. Ahundzâde sahnelenen eserlerle seyircinin müşahhas ibretler çıkarmasını ve piyeslerinde çizdiği yeniliklere açık aydın tipinin giderek benimsemesini hedeflemiştir.
1857 yılında tamamladığı Aldanmış Kevâkib adlı uzun hikâye ile şah despotizmini şiddetli bir şekilde eleştirmiştir. Eser birçok araştırmacı tarafından Azerbaycan edebiyatının ilk romanlarından kabul edilir.
Edebî eserlerinin yanı sıra Ahundzâde'nin Türk ve İslam dünyasındaki yönetim, sosyal-dinî hayat, eğitim, insan hakları sorunlarını eleştirdiği ve 1866 yılında tamamladığı Kemâlüddevle Mektubları adlı, biri Mısır'da diğeri de Hindistan'da yaşayan hayalî iki şehzadenin mektupları şeklinde tasarladığı bir eseri de bulunmaktadır. Bu mektuplarda, sahip olduğu materyalist dünya görüşünü ortaya koymakta, Batı'da İslam'a karşı ileri sürülen itirazları aynen benimseyerek Hz. Peygamber'in çok evliliğini, Kur'an'ın kadınlarla ilgili hükümlerini ve cihat telakkisini açıkça tenkit etmektedir.
İran'ın geçmiş ihtişamına kavuşabilmesi, Farsça'daki Arapça kelimelerin ayıklanması, kendi ifadesiyle "hurûf-ı berberiyet" olan Arap alfabesi ve İslam'ın kaldırılmasıyla mümkündür. Tarihî romantizmin ötesinde alfabenin kaldırılmasının bir gerekçesi de öğrenilmesindeki güçlüktür. Bu itibarla İslam alfabesi okuma yazma öğrenmenin ve halkın eğitimli olmasının önündeki en büyük engeldir ve İslam toplumlarındaki cahilliğin, geri kalmışlığın en büyük sebebidir. Ayrıca Türkçe ses uyumunu da karşılamamaktadır. Arap alfabesi sadece üç tane sesli harf barındırmaktayken, Türkçe'nin ihtiyacı olan sesli harf sayısı dokuzdur. Hareke olmaksızın her sesin karşılığı bir sembol olmalıdır. Çeşitli şekillerde okunması dolayısıyla, mesela "kaf" harfinin Türkçe'deki belirsizliği ve noktalama işaretlerinin kullanımındaki elverişsizlik gibi sebeplerle bu alfabe yetersizdir. Kendi ifadesiyle "Kadim İslam hattı ilmin ve halkın terakkisine manidir. Şayet bu hat değiştirilmezse, İslam milleti dünyanın sonuna kadar cehalet karanlığında kalacaktır." Bu konu 1850'li yıllardan itibaren Ahundzâde'nin zihnini meşgul etmiştir.
Ahundzâde alfabeye ilişkin tekliflerine destek bulmak üzere 1863 yılı Temmuzunda İstanbul'a geldi. Hariciye Nazırı Âli Paşa ve Sadrazam Fuad Paşa onun bu teklifini Cem'iyet-i İlmiye-yi Osmâniye'ye havale etti. Konu, benzer düşünceleri bulunan Münif Paşa'nın başkanlığındaki Cem'iyet-i İlmiye-yi Osmâniye'nin, kendisinin de katıldığı Ağustos 1863 tarihli iki toplantısında tartışıldı. Ahundzâde, Kiril alfabesini esas alarak hazırladığı yeni alfabenin daha kolay öğrenileceğini iddia ederek bu alfabenin dinî açıdan sakıncalı olmadığını, yeni yazıya geçişte bir süre eski yazının da kullanılabileceğini belirtti. Her ne kadar ilgi görse de bu konuda Osmanlı resmî mahfillerinin vardıkları netice olumsuz oldu. Bu yeni yazı şeklinin hiç olmazsa kısmen ve deneme mahiyetinde kullanılması temennisi dahi, "mücerred icrasında derkâr olan müşkîlât-i azîme ve eski âsâr-i İslâmiye'nin nisyânına müeddî olacağından ..." reddedildi.
Arap harflerini ıslah girişimlerinden bir sonuç alamayan Ahundzâde, bunun üzerine harflerin tamamen değiştirilmesi gerektiği fikrini benimsedi. Ona göre harfler Latin alfabesi esas alınarak değiştirilmeli, yazı da soldan sağa doğru yazılmalıdır.
Batı karşısında çıkış yolu ararken İslam kültüründen ve medeniyetinden koparak İslam öncesi tarihe derin özlemini ifade eden Ahunzâde'nin, Batı karşısında bocalayan muasırları gibi kendisinin de bir çıkmaza düştüğü sık sık vurgulanmıştır.
Bununla birlikte Azerbeycan'da 1922 ve 1932 yıllarında uygulanan Latin harfleri ile günümüzde uygulanan Latin harfleri Ahundzâde'nin önerdiği alfabe olmuştur. Ahunzâde, sadece eleştirmekle kalmamış, ortaya alternatif bir alfabe koymuştur. Bu itibarla Türkiye ve Azerbeycan başta olmak üzere Türk dünyasında Latin harflerinin teklifi ve benimsenmesinde Ahunzâde'nin de büyük etkisi olduğu söylenebilir.
Kalp rahatsızlığı neticesinde 10 Mart 1878 tarihinde Tiflis'te vefat eden Ahundzâde, vasiyeti üzerine, eğitim hayatının başında seküler entelektüel dünyasının kapısını aralayan hocası Mirza Şefî Vâzıh'ın aynı şehirde bulunan müslüman mezarlığındaki kabrinin yanına defnedildi.
