İstanbul'da doğdu. Annesi Sabire Hanım, babası Mehmed Cemal Bey'dir. Numûne-yi Terakkî Mektebi'nin ibtidâî kısmında başladığı eğitimini, mutasarrıf olan babasının görevli bulunduğu çeşitli Anadolu şehirlerindeki okullarda sürdürdü. Bu durum, Anadolu'yu ve Anadolu insanını tanımasının yanında edebî kişiliğinin gelişmesine de katkı sağlamıştır. Ailesi ile İstanbul'a döndükten sonra kaydolduğu Lycée Françoise Mektebi'nden (Fransız Lisesi) "prix d'excellence" derecesi ile mezun oldu. Yüksek öğrenimini Fransa'da sürdürmek istemiş ancak maddi imkânsızlıklar sebebiyle bu ülkeye gidemeyince Paris'teki Ecole Libre des Sciences Politique et Morales'e (Politika ve Ahlak Bilimleri Okulu) yazılarak bu okulun kurslarını uzaktan yazışma yoluyla tamamladı. Ayrıca özel hocalardan aldığı derslerle Arapça ve Farsça'sını ileri bir düzeye taşıdı. Babasının vefatı üzerine ailesinin geçimini sağlamak zorunda kalınca Maarif Nezareti'nde Mekâtib-i Ecnebiye Kalemi'nde işe başladı, daha sonra müze kütüphanesinde, Darphane Tahrirat Kalemi'nde çalıştı.

Darphanede çalışırken, Mürebbî-yi Etfâl adlı özel okulda riyaziye dersi verdi, ardından Dârülmuallimîn-i Âliye'ye muallim olarak atandı. Burada edebiyat, ma'lûmât-ı ahlâkiye ve medeniye, ilm-i terbiye ve ahlak, Fransızca, usûl-i tercüme ve psikoloji gibi çeşitli derslere girdi. 1918 yılında imzalanan Mondros Mütarekesi'ni takiben Dârülmuallimîn-i Âliye'deki görevinden alınınca İ'tibâr-ı Millî Bankası'nda kâtiplik yapmaya başladı. Aynı zamanda Sanâyi-i Nefîse Mektebi'nde bedâyi, tarih ve mitoloji, İstanbul ve Galatasaray liselerinde edebiyat, felsefe, pedagoji, Fransızca ve usûl-i tercüme derslerini okuttu. Kısa bir süre Amerikan Kız Koleji'nde de edebiyat öğretmenliğinde bulundu. 1928 yılında Mustafa Kemal'in (Atatürk) isteği ve Maarif Vekâleti'nin teklifiyle "lisanımızda Latin harflerinin suret ve imkân-ı tatbikini düşünmek üzere" kurulan komisyonda görev aldı (bk. Alfabe Değişimi). 1950 yılına kadar Elazığ ve Diyarbakır milletvekilliği yaptı. Uzun yıllar Parlamenterler Birliği Türk Grubu üyesi olarak Avrupa'da çeşitli şehirlerde düzenlenen kongre ve toplantılarda Türkiye'yi temsil etti. Fransa'da Sorbonne Üniversitesi'nde Türk inkılabına dair konferanslar verdi.

1960 yılında geçirdiği ciddi bir rahatsızlık sonucu ayakları felç oldu. Bu tarihten sonra Cerrahpaşa Hastanesi'nde yattı. 5 Aralık 1967'de vefat etti ve Zincirlikuyu Mezarlığı'nda toprağa verildi. Uzun yıllar yaşadığı Kınalıada'da bir sokağa ismi verilmiştir.

Fecr-i Âtî topluluğunun bir üyesi olan Fazıl Ahmet, II. Meşrutiyet döneminde Celal Sahir'in Seyyâre gazetesinde ilk yazısını yayımlayarak başladığı yazarlığa Cumhuriyet döneminde de devam etmiştir. Hilâl, Servet-i Fünûn, Peyâm, Tedrîsât, Terbiye, Muallim, Türk Yurdu, Edebiyât-ı Umûmiye, Vakit, Alemdar, Cumhuriyet, Ulus, Yeni Adam, Arkadaş, Akbaba, Ülkü, Aydede, Havadis, Son Havadis, Yeni İstiklâl gibi çok sayıda gazete ve dergide yazıları yayımlanmıştır.

Son dönem Osmanlı aydınlarında görülen Batı ve Doğu düşüncesini bir arada sürdürme anlayışı onda da görülmektedir. Divan edebiyatının inceliklerini Batı klasikleri ile bütünleştirerek verdiği eserlerinde yerli ve millî bir duyarlılık içerisinde olmuştur. Bu yönüyle değerlendirildiğinde yazar, şair ve eğitimci olmanın ötesinde özellikle mizah alanındaki eserleri ile Halil Nihat (Boztepe), Abdülbaki Fevzi (Ulubey), Yusuf Ziya (Ortaç) ve Faruk Nafiz Çamlıbel gibi isimler üzerinde etkili olmuştur. Şiirlerine nazireler yazanlar olduğu gibi mizah tekniğinden yararlananlar da vardır.

II. Meşrutiyet'ten sonra milletvekili seçildiği 1928 yılına kadar farklı okullarda öğretmenlik yapmanın yanında eğitim konularını ele aldığı yazılar da yazmış, bu yazılarını topladığı Terbiyeye Dâir (1910) yayımlanan ilk eseri olmuştur. Daha sonra yazdığı mizahî şiirlerinde de eğitim konusuna değinmiş, 1924 yılında Tanin gazetesinde, tamamıyla eğitimi konu alan "Maarif Diyor ki" adlı manzumesi yayımlanmıştır. Yirmi yıl süren milletvekilliği sırasında, yeri geldiğinde maarifin meseleleri hakkındaki görüşlerini meclis kürsüsünden dillendirmiştir.

Eğitimle ilgili yazılarında J. J. Rousseau, G. le Bon, Spencer, T. Ribot gibi Batılı düşünürlerin eserlerinden yararlanmakla beraber belli bir akımın temsilcisi olarak görünmez. Çağdaş eğitimi savunur. Eğitimin toplum hayatındaki yeri ve önemi, çocuk eğitimi ve bu eğitimin uygulanma şekli, okulların fizikî şartları gibi konuları ele alır. Zihinsel, bedensel, ahlakî açıdan bütünlük oluşturan bir eğitim anlayışına sahiptir. Geleceğin imarında yetiştirilecek nitelikli insanın rolüne işaret eder. Eğitimde çocuklarda merak ve araştırma ruhunun canlı tutulmasını önemser. Osmanlı Devleti'nin gerilemesinin temelinde terbiye konusunun bulunduğunu belirterek aile terbiyesindeki fenalığa ve okullarda son fennî gelişme konusundaki kayıtsızlığa işaret eder.

İlk mektebin aile ocağı olduğuna işaret eden Fazıl Ahmet Aykaç, annelerin "Beşiği sallayan el dünyaya hükmeder" anlayışına sahip olmasını bekler. Hanımlarımızın asrî bir terbiye konusunda bilgisinin az olduğunu belirtir. Beden terbiyesinin insanın zihnî melekelerini geliştirdiğine değinerek çocuğa temiz havalı ortamların sağlanmasını giyim ve beslenmesine özen gösterilmesini ailenin ilk işleri arasında sayar. Asrî terbiye usullerine göre tesis edilmiş okullarımızın azlığı ve öğretmen yetersizliği üzerinde durur.

Eğitimde maddi değerler kadar manevi değerleri de önemli bulur. Ahlak konusunu ele alır. İyi örneklik, çocuğun iyi davranışlarının aşırıya kaçmadan ödüllendirilmesi, onların zihinlerine aile, vatan, insanlık fikirlerinin aşılanmasını değerli bulur. Duyuların terbiyesinde çocukların sınırsız olan hayal güçlerinin peri masalları gibi onları hayalperestliğe itecek konularla doldurulmaması, okutulacak eser seçiminde akla mantığa uygunluk aranması taraftarıdır. La Fontaine masalları, tarihte yaşamış meşhur kişilerin hayatları, önemli olayların anlatıldığı kitaplar okutulmasını önerdiği eserlerdir. El işi, resim, müzik dersleri üzerinde de durur. Düzenli yaşama, nezaket, düzgün konuşma, âdâb-ı muâşereti eğitimin birer parçası olarak zikreder.

"Mekteplere Dâir" adlı yazısında (1910), okulun yeri, sınıfların durumu, okulların temizliği, sınıflarda çocuk sayısı gibi konuların yanında sıraların yapısı ve sınıfların sıcaklığı gibi ayrıntılara indiği görülür.

1935 yılında, mecliste bütçe müzakereleri sırasında söz alarak nitelikli eleman ihtiyacının belirlenmesi için Millî Eğitim Bakanlığı'nca bir çalışma yapılmasını teklif eder. Eğitimle ilgili yayın faaliyetleri arasında E. Luis ve Condorse'tan yaptığı çevirileri de (1914) anmak gerekir.

Eserleri arasında; Terbiyeye Dâir (İstanbul 1326), Dîvançe-i Fâzıl der-Vasf-ı Efâzıl (İstanbul 1329), Harman Sonu (İstanbul 1335), Kırpıntı (İstanbul 1342/1924), Şeytan Diyor ki (İstanbul 1927), Gelecek Asırlarda Tarih Dersi (İstanbul 1928), İkinci Sis (İstanbul 1951) öne çıkar.  Ayrıca çeşitli hicivleri, konuşma ve yazıları Fazıl Ahmet (Hitabeler, şiirler, hicivler ve saire) adıyla bir kitapta toplanmıştır (İstanbul 1934).